# TARGET T0388 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0388.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2152 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.027 0.158 0.105 0.043 0.072 0.050 0.085 0.258 0.136 0.050 0.016 2 N 0.131 0.104 0.034 0.011 0.165 0.007 0.027 0.141 0.097 0.178 0.105 3 L 0.120 0.143 0.026 0.005 0.208 0.009 0.021 0.159 0.174 0.087 0.050 4 Y 0.085 0.119 0.044 0.012 0.170 0.017 0.057 0.222 0.123 0.103 0.049 5 F 0.144 0.152 0.057 0.008 0.188 0.005 0.016 0.113 0.103 0.161 0.052 6 Q 0.054 0.311 0.147 0.021 0.157 0.012 0.024 0.146 0.073 0.033 0.023 7 S 0.056 0.217 0.112 0.014 0.137 0.011 0.035 0.237 0.115 0.041 0.025 8 M 0.046 0.093 0.033 0.013 0.077 0.026 0.068 0.338 0.194 0.085 0.027 9 I 0.067 0.069 0.032 0.029 0.077 0.022 0.035 0.142 0.192 0.259 0.075 10 N 0.052 0.172 0.109 0.037 0.117 0.036 0.083 0.208 0.107 0.059 0.020 11 S 0.066 0.168 0.073 0.012 0.132 0.010 0.047 0.125 0.139 0.192 0.037 12 F 0.151 0.228 0.105 0.014 0.284 0.011 0.023 0.046 0.043 0.040 0.056 13 Y 0.055 0.242 0.077 0.031 0.171 0.037 0.061 0.164 0.087 0.048 0.026 14 A 0.285 0.080 0.021 0.004 0.360 0.004 0.020 0.035 0.041 0.079 0.073 15 F 0.217 0.177 0.023 0.003 0.502 0.003 0.005 0.013 0.018 0.013 0.027 16 E 0.300 0.098 0.013 0.001 0.493 0.001 0.004 0.010 0.005 0.017 0.058 17 V 0.163 0.282 0.038 0.001 0.473 0.001 0.002 0.005 0.002 0.009 0.025 18 K 0.061 0.286 0.040 0.003 0.520 0.008 0.010 0.016 0.007 0.029 0.019 19 D 0.101 0.143 0.534 0.004 0.113 0.001 0.006 0.054 0.020 0.005 0.019 20 A 0.004 0.007 0.012 0.017 0.003 0.044 0.095 0.648 0.145 0.020 0.004 21 K 0.001 0.735 0.206 0.043 0.008 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 22 G 0.009 0.004 0.009 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.435 0.526 23 R 0.010 0.658 0.145 0.001 0.152 0.001 0.003 0.014 0.008 0.005 0.003 24 T 0.417 0.067 0.011 0.001 0.407 0.001 0.002 0.004 0.006 0.014 0.072 25 V 0.036 0.460 0.214 0.018 0.217 0.009 0.020 0.008 0.005 0.004 0.008 26 S 0.073 0.536 0.175 0.001 0.205 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 27 L 0.005 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.236 0.714 0.028 0.006 28 E 0.001 0.006 0.001 0.001 0.003 0.004 0.012 0.675 0.291 0.006 0.001 29 K 0.006 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.012 0.646 0.221 0.107 0.002 30 Y 0.057 0.006 0.016 0.017 0.021 0.038 0.037 0.294 0.210 0.269 0.035 31 K 0.001 0.015 0.016 0.212 0.002 0.118 0.329 0.234 0.042 0.025 0.006 32 G 0.004 0.008 0.025 0.017 0.003 0.006 0.001 0.007 0.039 0.849 0.040 33 K 0.006 0.721 0.099 0.001 0.150 0.001 0.002 0.010 0.007 0.003 0.001 34 V 0.531 0.014 0.001 0.001 0.423 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 35 S 0.103 0.102 0.007 0.011 0.745 0.017 0.010 0.001 0.001 0.001 0.003 36 L 0.197 0.019 0.001 0.001 0.778 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 37 V 0.283 0.021 0.001 0.001 0.677 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 38 V 0.310 0.031 0.002 0.003 0.469 0.004 0.007 0.002 0.001 0.014 0.158 39 N 0.194 0.166 0.045 0.019 0.380 0.014 0.011 0.009 0.005 0.042 0.114 40 V 0.137 0.267 0.069 0.014 0.219 0.005 0.006 0.021 0.027 0.108 0.125 41 A 0.108 0.150 0.073 0.049 0.180 0.040 0.027 0.064 0.105 0.117 0.087 42 S 0.016 0.162 0.088 0.056 0.049 0.087 0.212 0.162 0.124 0.031 0.013 43 D 0.095 0.032 0.017 0.008 0.058 0.007 0.029 0.070 0.098 0.439 0.146 44 C 0.041 0.522 0.151 0.010 0.190 0.003 0.006 0.017 0.017 0.026 0.017 45 Q 0.040 0.183 0.238 0.065 0.086 0.037 0.043 0.136 0.074 0.049 0.049 46 L 0.078 0.130 0.049 0.018 0.113 0.016 0.055 0.257 0.129 0.094 0.062 47 T 0.021 0.278 0.135 0.039 0.079 0.019 0.024 0.214 0.088 0.089 0.015 48 D 0.011 0.038 0.017 0.006 0.024 0.010 0.028 0.541 0.252 0.057 0.016 49 R 0.003 0.014 0.007 0.002 0.006 0.004 0.027 0.641 0.267 0.026 0.003 50 N 0.007 0.013 0.006 0.004 0.008 0.005 0.030 0.446 0.212 0.248 0.021 51 Y 0.016 0.083 0.027 0.006 0.043 0.004 0.009 0.576 0.165 0.054 0.017 52 L 0.001 0.015 0.009 0.003 0.005 0.032 0.065 0.768 0.097 0.005 0.001 53 G 0.006 0.024 0.019 0.003 0.005 0.001 0.006 0.720 0.069 0.139 0.010 54 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.828 0.136 0.028 0.002 55 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.933 0.058 0.001 0.001 56 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.963 0.030 0.003 0.001 57 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.933 0.050 0.007 0.001 58 H 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.822 0.149 0.019 0.001 59 K 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.790 0.156 0.007 0.001 60 E 0.002 0.002 0.002 0.003 0.002 0.018 0.261 0.474 0.104 0.128 0.004 61 F 0.072 0.290 0.135 0.025 0.148 0.012 0.037 0.054 0.034 0.150 0.043 62 G 0.072 0.067 0.131 0.232 0.048 0.086 0.023 0.066 0.050 0.135 0.089 63 P 0.045 0.087 0.104 0.079 0.088 0.054 0.070 0.184 0.176 0.087 0.027 64 S 0.004 0.030 0.023 0.032 0.012 0.086 0.212 0.301 0.198 0.093 0.009 65 H 0.139 0.076 0.024 0.017 0.122 0.010 0.012 0.017 0.041 0.369 0.173 66 F 0.138 0.149 0.010 0.001 0.685 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 67 S 0.062 0.179 0.009 0.001 0.742 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 68 V 0.554 0.016 0.001 0.001 0.367 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 69 L 0.120 0.079 0.016 0.037 0.500 0.074 0.087 0.011 0.006 0.019 0.050 70 A 0.401 0.072 0.031 0.001 0.366 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.116 71 F 0.037 0.408 0.261 0.051 0.189 0.007 0.008 0.009 0.005 0.012 0.015 72 P 0.031 0.565 0.223 0.007 0.155 0.001 0.001 0.006 0.002 0.003 0.006 73 C 0.009 0.026 0.005 0.004 0.019 0.010 0.018 0.237 0.620 0.041 0.011 74 N 0.031 0.029 0.027 0.019 0.042 0.023 0.041 0.299 0.252 0.199 0.038 75 Q 0.035 0.065 0.025 0.007 0.054 0.009 0.062 0.400 0.188 0.146 0.009 76 F 0.048 0.086 0.054 0.042 0.055 0.041 0.086 0.206 0.123 0.221 0.040 77 G 0.016 0.107 0.132 0.167 0.042 0.105 0.053 0.104 0.095 0.150 0.030 78 E 0.040 0.084 0.066 0.035 0.078 0.029 0.053 0.182 0.126 0.253 0.054 79 S 0.050 0.261 0.183 0.040 0.141 0.014 0.025 0.080 0.060 0.114 0.032 80 E 0.033 0.410 0.230 0.016 0.197 0.009 0.026 0.048 0.014 0.008 0.008 81 P 0.061 0.289 0.226 0.011 0.128 0.011 0.026 0.051 0.054 0.095 0.049 82 R 0.016 0.439 0.390 0.011 0.091 0.004 0.012 0.017 0.007 0.007 0.006 83 P 0.008 0.644 0.245 0.002 0.044 0.001 0.001 0.029 0.010 0.012 0.004 84 S 0.005 0.014 0.004 0.001 0.010 0.001 0.003 0.664 0.279 0.015 0.004 85 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.899 0.085 0.007 0.001 86 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.917 0.045 0.034 0.001 87 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.953 0.041 0.005 0.001 88 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.028 0.001 0.001 89 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.990 0.008 0.001 0.001 90 F 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.018 0.006 0.001 91 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.952 0.039 0.005 0.001 92 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.932 0.050 0.005 0.001 93 K 0.002 0.046 0.045 0.004 0.005 0.003 0.083 0.731 0.073 0.007 0.001 94 N 0.025 0.023 0.012 0.006 0.014 0.010 0.085 0.493 0.130 0.168 0.033 95 Y 0.002 0.817 0.125 0.006 0.041 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 96 G 0.063 0.006 0.007 0.007 0.013 0.007 0.002 0.008 0.018 0.444 0.425 97 V 0.072 0.454 0.068 0.002 0.371 0.001 0.002 0.007 0.007 0.008 0.009 98 T 0.240 0.132 0.038 0.008 0.380 0.006 0.017 0.028 0.026 0.053 0.073 99 F 0.121 0.302 0.162 0.019 0.320 0.009 0.008 0.016 0.014 0.010 0.018 100 P 0.154 0.217 0.030 0.003 0.521 0.003 0.007 0.021 0.010 0.007 0.027 101 I 0.289 0.139 0.039 0.004 0.382 0.004 0.008 0.029 0.011 0.024 0.072 102 F 0.209 0.146 0.046 0.019 0.305 0.021 0.022 0.055 0.032 0.062 0.083 103 H 0.046 0.176 0.076 0.056 0.124 0.075 0.120 0.182 0.079 0.045 0.021 104 K 0.211 0.118 0.058 0.006 0.233 0.003 0.008 0.065 0.058 0.134 0.105 105 I 0.100 0.171 0.029 0.012 0.217 0.015 0.025 0.186 0.157 0.050 0.038 106 K 0.127 0.055 0.024 0.020 0.147 0.033 0.087 0.162 0.120 0.142 0.084 107 I 0.174 0.170 0.050 0.011 0.283 0.011 0.034 0.104 0.049 0.060 0.055 108 L 0.103 0.176 0.077 0.039 0.159 0.035 0.071 0.127 0.061 0.091 0.062 109 G 0.058 0.145 0.176 0.126 0.099 0.042 0.022 0.093 0.075 0.114 0.050 110 S 0.041 0.102 0.048 0.018 0.095 0.037 0.065 0.296 0.211 0.064 0.023 111 E 0.039 0.102 0.078 0.035 0.056 0.030 0.087 0.263 0.114 0.152 0.043 112 G 0.040 0.100 0.090 0.061 0.070 0.034 0.046 0.122 0.096 0.298 0.043 113 E 0.061 0.290 0.158 0.021 0.144 0.013 0.027 0.186 0.052 0.026 0.022 114 P 0.027 0.077 0.043 0.011 0.054 0.010 0.017 0.486 0.193 0.057 0.024 115 A 0.023 0.044 0.012 0.006 0.041 0.016 0.043 0.681 0.092 0.033 0.009 116 F 0.042 0.044 0.010 0.008 0.070 0.009 0.023 0.572 0.116 0.087 0.021 117 R 0.026 0.053 0.018 0.008 0.063 0.017 0.035 0.638 0.095 0.033 0.013 118 F 0.062 0.052 0.022 0.006 0.071 0.006 0.025 0.567 0.093 0.073 0.024 119 L 0.042 0.026 0.012 0.007 0.046 0.009 0.026 0.551 0.188 0.071 0.024 120 V 0.031 0.073 0.014 0.012 0.059 0.034 0.102 0.452 0.175 0.035 0.012 121 D 0.069 0.042 0.020 0.012 0.089 0.014 0.095 0.294 0.148 0.172 0.045 122 S 0.087 0.099 0.051 0.018 0.118 0.027 0.083 0.171 0.127 0.179 0.041 123 S 0.083 0.236 0.180 0.047 0.180 0.016 0.016 0.079 0.061 0.069 0.032 124 K 0.039 0.093 0.069 0.041 0.078 0.057 0.110 0.284 0.146 0.063 0.020 125 K 0.039 0.124 0.127 0.042 0.079 0.033 0.071 0.104 0.103 0.218 0.059 126 E 0.198 0.191 0.083 0.012 0.323 0.008 0.018 0.035 0.028 0.039 0.065 127 P 0.166 0.180 0.040 0.008 0.338 0.014 0.023 0.057 0.065 0.054 0.056 128 R 0.137 0.204 0.044 0.014 0.319 0.018 0.043 0.060 0.057 0.067 0.035 129 W 0.257 0.126 0.029 0.019 0.321 0.025 0.035 0.050 0.038 0.044 0.056 130 N 0.182 0.166 0.037 0.017 0.411 0.009 0.019 0.021 0.022 0.066 0.049 131 F 0.416 0.065 0.008 0.002 0.304 0.003 0.003 0.006 0.009 0.055 0.129 132 W 0.190 0.066 0.016 0.031 0.412 0.067 0.096 0.035 0.023 0.029 0.035 133 K 0.327 0.051 0.009 0.005 0.531 0.006 0.015 0.012 0.009 0.009 0.026 134 Y 0.171 0.139 0.008 0.001 0.661 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 135 L 0.195 0.074 0.002 0.001 0.679 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.044 136 V 0.054 0.430 0.049 0.001 0.435 0.001 0.001 0.002 0.001 0.009 0.017 137 N 0.044 0.132 0.699 0.010 0.104 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.003 138 P 0.001 0.004 0.016 0.008 0.001 0.024 0.127 0.725 0.091 0.003 0.001 139 E 0.001 0.824 0.111 0.027 0.009 0.002 0.015 0.006 0.001 0.003 0.001 140 G 0.031 0.026 0.017 0.005 0.016 0.002 0.001 0.001 0.003 0.443 0.458 141 Q 0.005 0.751 0.101 0.001 0.135 0.001 0.001 0.004 0.002 0.001 0.001 142 V 0.739 0.013 0.002 0.001 0.203 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 143 V 0.056 0.079 0.031 0.182 0.194 0.231 0.178 0.020 0.014 0.006 0.009 144 K 0.255 0.117 0.014 0.002 0.571 0.003 0.003 0.005 0.002 0.003 0.025 145 F 0.218 0.127 0.018 0.005 0.563 0.008 0.007 0.013 0.002 0.007 0.032 146 W 0.242 0.117 0.049 0.017 0.373 0.011 0.011 0.010 0.004 0.055 0.112 147 R 0.137 0.229 0.128 0.064 0.274 0.013 0.021 0.022 0.015 0.036 0.062 148 P 0.020 0.290 0.144 0.036 0.120 0.021 0.019 0.111 0.138 0.084 0.016 149 E 0.119 0.106 0.069 0.005 0.159 0.008 0.033 0.056 0.098 0.235 0.110 150 E 0.011 0.463 0.348 0.011 0.094 0.005 0.035 0.021 0.006 0.003 0.003 151 P 0.013 0.694 0.211 0.001 0.072 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.003 152 I 0.003 0.005 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.398 0.574 0.010 0.002 153 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.776 0.199 0.008 0.001 154 V 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.681 0.152 0.156 0.001 155 I 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.645 0.163 0.176 0.003 156 R 0.001 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.931 0.059 0.001 0.001 157 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.980 0.018 0.001 0.001 158 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.978 0.016 0.005 0.001 159 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.945 0.048 0.007 0.001 160 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.961 0.039 0.001 0.001 161 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.013 0.001 0.001 162 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.950 0.040 0.004 0.001 163 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.873 0.114 0.010 0.001 164 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.801 0.155 0.011 0.001 165 Q 0.001 0.007 0.004 0.002 0.004 0.005 0.075 0.638 0.148 0.113 0.003 166 V 0.032 0.090 0.030 0.003 0.064 0.005 0.045 0.498 0.137 0.074 0.022 167 I 0.062 0.055 0.015 0.008 0.064 0.012 0.048 0.435 0.154 0.111 0.035 168 I 0.049 0.155 0.055 0.016 0.118 0.015 0.063 0.302 0.126 0.078 0.024 169 K 0.033 0.205 0.139 0.024 0.111 0.020 0.041 0.241 0.102 0.065 0.019 170 K 0.044 0.138 0.056 0.011 0.111 0.015 0.075 0.359 0.127 0.046 0.017 171 K 0.070 0.102 0.047 0.014 0.110 0.017 0.055 0.213 0.143 0.182 0.047 172 E 0.045 0.295 0.149 0.025 0.141 0.018 0.043 0.131 0.064 0.064 0.027 173 D 0.127 0.259 0.112 0.009 0.261 0.007 0.017 0.084 0.033 0.042 0.051 174 L 0.084 0.176 0.049 0.009 0.150 0.012 0.028 0.216 0.165 0.075 0.036