# TARGET T0388 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0388.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2152 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 E 0.764 0.172 0.044 0.014 0.004 0.001 0.001 2 N 0.629 0.232 0.089 0.037 0.011 0.002 0.001 3 L 0.365 0.214 0.173 0.157 0.072 0.018 0.001 4 Y 0.409 0.307 0.156 0.086 0.033 0.009 0.001 5 F 0.222 0.195 0.216 0.209 0.120 0.033 0.004 6 Q 0.343 0.259 0.200 0.122 0.056 0.017 0.002 7 S 0.547 0.266 0.110 0.051 0.019 0.006 0.001 8 M 0.303 0.223 0.196 0.163 0.088 0.026 0.003 9 I 0.310 0.212 0.183 0.170 0.093 0.028 0.003 10 N 0.392 0.302 0.166 0.091 0.037 0.011 0.002 11 S 0.264 0.327 0.210 0.120 0.052 0.022 0.004 12 F 0.059 0.101 0.170 0.276 0.254 0.119 0.021 13 Y 0.070 0.151 0.211 0.248 0.188 0.110 0.022 14 A 0.087 0.237 0.273 0.212 0.117 0.060 0.014 15 F 0.018 0.031 0.068 0.184 0.364 0.292 0.043 16 E 0.088 0.255 0.272 0.204 0.118 0.054 0.009 17 V 0.031 0.052 0.115 0.279 0.350 0.160 0.013 18 K 0.145 0.362 0.291 0.146 0.046 0.010 0.001 19 D 0.185 0.358 0.275 0.137 0.038 0.006 0.001 20 A 0.233 0.212 0.221 0.209 0.105 0.020 0.001 21 K 0.751 0.193 0.043 0.011 0.002 0.001 0.001 22 G 0.483 0.265 0.166 0.071 0.014 0.001 0.001 23 R 0.485 0.349 0.121 0.037 0.007 0.001 0.001 24 T 0.285 0.391 0.213 0.086 0.022 0.003 0.001 25 V 0.074 0.134 0.234 0.322 0.192 0.041 0.001 26 S 0.094 0.413 0.319 0.136 0.032 0.005 0.001 27 L 0.023 0.042 0.122 0.360 0.354 0.095 0.003 28 E 0.312 0.434 0.189 0.054 0.010 0.001 0.001 29 K 0.433 0.409 0.125 0.028 0.004 0.001 0.001 30 Y 0.051 0.094 0.244 0.387 0.197 0.026 0.001 31 K 0.196 0.426 0.268 0.087 0.020 0.002 0.001 32 G 0.093 0.272 0.294 0.235 0.087 0.017 0.002 33 K 0.009 0.077 0.187 0.307 0.287 0.124 0.009 34 V 0.001 0.002 0.015 0.102 0.418 0.421 0.041 35 S 0.001 0.002 0.007 0.024 0.094 0.461 0.411 36 L 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.233 0.736 37 V 0.001 0.001 0.001 0.007 0.033 0.161 0.797 38 V 0.001 0.001 0.002 0.010 0.043 0.226 0.718 39 N 0.001 0.003 0.005 0.015 0.044 0.235 0.697 40 V 0.001 0.004 0.013 0.044 0.116 0.344 0.479 41 A 0.004 0.010 0.023 0.065 0.154 0.379 0.365 42 S 0.016 0.043 0.082 0.166 0.229 0.308 0.157 43 D 0.042 0.147 0.188 0.229 0.184 0.159 0.052 44 C 0.025 0.057 0.101 0.202 0.283 0.246 0.087 45 Q 0.168 0.217 0.172 0.151 0.129 0.121 0.042 46 L 0.099 0.140 0.156 0.195 0.187 0.166 0.056 47 T 0.042 0.061 0.108 0.242 0.300 0.206 0.042 48 D 0.144 0.268 0.278 0.186 0.087 0.031 0.006 49 R 0.209 0.298 0.206 0.150 0.087 0.040 0.010 50 N 0.070 0.179 0.230 0.240 0.182 0.087 0.012 51 Y 0.023 0.073 0.170 0.289 0.296 0.134 0.015 52 L 0.198 0.344 0.242 0.130 0.058 0.023 0.004 53 G 0.038 0.224 0.303 0.245 0.132 0.051 0.006 54 L 0.001 0.004 0.012 0.088 0.361 0.474 0.061 55 K 0.019 0.178 0.373 0.310 0.098 0.020 0.001 56 E 0.075 0.509 0.304 0.093 0.016 0.002 0.001 57 L 0.002 0.012 0.069 0.314 0.460 0.139 0.003 58 H 0.003 0.017 0.100 0.387 0.431 0.061 0.001 59 K 0.245 0.594 0.142 0.017 0.001 0.001 0.001 60 E 0.228 0.497 0.219 0.051 0.005 0.001 0.001 61 F 0.014 0.065 0.197 0.413 0.262 0.048 0.001 62 G 0.265 0.380 0.229 0.100 0.023 0.002 0.001 63 P 0.767 0.179 0.039 0.012 0.003 0.001 0.001 64 S 0.382 0.381 0.171 0.055 0.010 0.001 0.001 65 H 0.135 0.447 0.292 0.108 0.016 0.002 0.001 66 F 0.002 0.016 0.070 0.268 0.475 0.162 0.007 67 S 0.003 0.023 0.094 0.275 0.399 0.183 0.024 68 V 0.001 0.001 0.002 0.014 0.098 0.513 0.372 69 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.023 0.271 0.701 70 A 0.001 0.001 0.001 0.005 0.024 0.158 0.811 71 F 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.169 0.806 72 P 0.001 0.001 0.004 0.019 0.087 0.403 0.485 73 C 0.001 0.005 0.023 0.093 0.243 0.420 0.215 74 N 0.030 0.141 0.200 0.223 0.190 0.162 0.055 75 Q 0.034 0.080 0.145 0.240 0.290 0.185 0.027 76 F 0.045 0.060 0.117 0.225 0.308 0.217 0.028 77 G 0.202 0.235 0.235 0.182 0.103 0.038 0.005 78 E 0.295 0.315 0.205 0.115 0.049 0.018 0.003 79 S 0.105 0.208 0.244 0.233 0.153 0.052 0.005 80 E 0.157 0.166 0.192 0.239 0.178 0.065 0.004 81 P 0.353 0.263 0.186 0.129 0.056 0.013 0.001 82 R 0.395 0.308 0.180 0.087 0.025 0.004 0.001 83 P 0.687 0.230 0.060 0.019 0.004 0.001 0.001 84 S 0.505 0.342 0.120 0.028 0.004 0.001 0.001 85 K 0.749 0.190 0.045 0.013 0.003 0.001 0.001 86 E 0.225 0.466 0.223 0.072 0.013 0.001 0.001 87 V 0.011 0.030 0.122 0.438 0.352 0.046 0.001 88 E 0.107 0.428 0.336 0.111 0.017 0.002 0.001 89 S 0.352 0.505 0.123 0.018 0.002 0.001 0.001 90 F 0.012 0.045 0.152 0.417 0.319 0.054 0.001 91 A 0.017 0.058 0.168 0.356 0.329 0.071 0.001 92 R 0.220 0.395 0.270 0.097 0.016 0.001 0.001 93 K 0.607 0.314 0.065 0.012 0.002 0.001 0.001 94 N 0.383 0.296 0.181 0.098 0.035 0.006 0.001 95 Y 0.121 0.233 0.308 0.238 0.087 0.012 0.001 96 G 0.374 0.418 0.155 0.045 0.008 0.001 0.001 97 V 0.020 0.057 0.152 0.337 0.328 0.102 0.005 98 T 0.042 0.237 0.344 0.239 0.105 0.031 0.003 99 F 0.005 0.013 0.040 0.153 0.379 0.359 0.052 100 P 0.014 0.080 0.170 0.264 0.276 0.169 0.027 101 I 0.003 0.018 0.054 0.161 0.324 0.373 0.066 102 F 0.004 0.012 0.029 0.097 0.271 0.455 0.132 103 H 0.012 0.065 0.143 0.260 0.294 0.191 0.035 104 K 0.114 0.280 0.269 0.198 0.094 0.036 0.009 105 I 0.046 0.158 0.249 0.288 0.186 0.065 0.008 106 K 0.295 0.354 0.183 0.096 0.046 0.021 0.004 107 I 0.059 0.111 0.195 0.279 0.236 0.108 0.013 108 L 0.151 0.296 0.259 0.167 0.083 0.036 0.007 109 G 0.081 0.106 0.138 0.224 0.233 0.172 0.046 110 S 0.107 0.165 0.198 0.228 0.173 0.104 0.026 111 E 0.157 0.301 0.256 0.155 0.075 0.041 0.015 112 G 0.095 0.114 0.139 0.196 0.206 0.187 0.063 113 E 0.074 0.121 0.177 0.234 0.212 0.140 0.043 114 P 0.212 0.221 0.182 0.166 0.115 0.081 0.022 115 A 0.110 0.097 0.105 0.149 0.192 0.258 0.090 116 F 0.055 0.064 0.104 0.178 0.249 0.248 0.101 117 R 0.089 0.171 0.210 0.208 0.157 0.119 0.047 118 F 0.067 0.092 0.122 0.193 0.253 0.201 0.072 119 L 0.091 0.140 0.191 0.204 0.200 0.135 0.039 120 V 0.112 0.178 0.211 0.222 0.161 0.091 0.024 121 D 0.290 0.212 0.159 0.140 0.104 0.066 0.028 122 S 0.228 0.220 0.161 0.154 0.126 0.088 0.024 123 S 0.200 0.164 0.163 0.197 0.150 0.099 0.026 124 K 0.310 0.255 0.176 0.140 0.075 0.036 0.009 125 K 0.434 0.250 0.149 0.090 0.048 0.022 0.007 126 E 0.302 0.238 0.179 0.142 0.082 0.045 0.013 127 P 0.169 0.131 0.151 0.179 0.173 0.145 0.052 128 R 0.127 0.168 0.197 0.204 0.167 0.105 0.033 129 W 0.079 0.094 0.110 0.176 0.241 0.222 0.078 130 N 0.051 0.069 0.103 0.168 0.233 0.237 0.138 131 F 0.018 0.045 0.083 0.140 0.181 0.303 0.230 132 W 0.011 0.032 0.078 0.168 0.247 0.294 0.169 133 K 0.008 0.032 0.083 0.159 0.265 0.313 0.141 134 Y 0.002 0.004 0.011 0.034 0.131 0.494 0.324 135 L 0.004 0.013 0.024 0.068 0.196 0.478 0.216 136 V 0.004 0.014 0.034 0.122 0.309 0.420 0.097 137 N 0.031 0.142 0.290 0.321 0.166 0.045 0.005 138 P 0.078 0.269 0.326 0.229 0.083 0.015 0.001 139 E 0.606 0.306 0.067 0.016 0.003 0.001 0.001 140 G 0.129 0.177 0.269 0.264 0.133 0.026 0.001 141 Q 0.124 0.325 0.334 0.159 0.047 0.011 0.001 142 V 0.014 0.033 0.083 0.241 0.405 0.211 0.013 143 V 0.016 0.057 0.155 0.290 0.309 0.158 0.014 144 K 0.067 0.249 0.259 0.214 0.139 0.066 0.007 145 F 0.057 0.162 0.264 0.297 0.171 0.046 0.003 146 W 0.055 0.127 0.233 0.310 0.210 0.062 0.003 147 R 0.300 0.327 0.213 0.115 0.037 0.007 0.001 148 P 0.671 0.213 0.074 0.030 0.009 0.002 0.001 149 E 0.759 0.171 0.049 0.016 0.004 0.001 0.001 150 E 0.407 0.296 0.182 0.087 0.024 0.004 0.001 151 P 0.455 0.374 0.118 0.042 0.010 0.001 0.001 152 I 0.077 0.206 0.328 0.268 0.107 0.013 0.001 153 E 0.681 0.234 0.061 0.019 0.005 0.001 0.001 154 V 0.297 0.418 0.199 0.068 0.016 0.002 0.001 155 I 0.021 0.049 0.130 0.388 0.349 0.062 0.001 156 R 0.034 0.249 0.390 0.254 0.064 0.008 0.001 157 P 0.444 0.438 0.098 0.017 0.002 0.001 0.001 158 D 0.027 0.136 0.363 0.344 0.116 0.015 0.001 159 I 0.002 0.003 0.011 0.091 0.464 0.420 0.011 160 A 0.016 0.148 0.425 0.334 0.070 0.007 0.001 161 A 0.215 0.594 0.156 0.031 0.004 0.001 0.001 162 L 0.009 0.039 0.175 0.424 0.294 0.057 0.001 163 V 0.012 0.016 0.052 0.247 0.496 0.174 0.004 164 R 0.276 0.441 0.228 0.050 0.005 0.001 0.001 165 Q 0.576 0.338 0.070 0.015 0.002 0.001 0.001 166 V 0.164 0.225 0.298 0.228 0.075 0.010 0.001 167 I 0.419 0.294 0.163 0.090 0.029 0.004 0.001 168 I 0.644 0.211 0.090 0.040 0.013 0.002 0.001 169 K 0.778 0.161 0.038 0.016 0.005 0.001 0.001 170 K 0.768 0.153 0.047 0.024 0.008 0.002 0.001 171 K 0.826 0.119 0.034 0.015 0.005 0.001 0.001 172 E 0.765 0.166 0.050 0.015 0.003 0.001 0.001 173 D 0.761 0.173 0.050 0.014 0.002 0.001 0.001 174 L 0.752 0.138 0.068 0.032 0.009 0.001 0.001