This file specifies which residues will be varied Column 2: Chain Column 4-7: sequential residue number Column 9-12: pdb residue number Column 14-18: id (described below) Column 21-40: amino acids to be used NATAA => use native amino acid ALLAA => all amino acids NATRO => native amino acid and rotamer PIKAA => select inividual amino acids POLAR => polar amino acids APOLA => apolar amino acids The following demo lines are in the proper format A 1 3 NATAA A 2 4 ALLAA A 3 6 NATRO A 4 7 NATAA B 5 1 PIKAA DFLM B 6 2 PIKAA HIL B 7 3 POLAR ------------------------------------------------- start A 1 1 NATAA S A 2 2 NATAA M A 3 3 NATAA K A 4 4 NATRO P A 5 5 NATAA K A 6 6 NATAA L A 7 7 NATRO C A 8 8 NATAA R A 9 9 NATAA L A 10 10 NATAA A A 11 11 NATAA K A 12 12 NATAA G A 13 13 NATAA E A 14 14 NATAA N A 15 15 NATAA G A 16 16 NATAA Y A 17 17 NATAA G A 18 18 NATAA F A 19 19 NATAA H A 20 20 NATAA L A 21 21 NATAA N A 22 22 NATAA A A 23 23 NATAA I A 24 24 NATAA R A 25 25 NATAA G A 26 26 NATAA L A 27 27 NATRO P A 28 28 NATAA G A 29 29 NATAA S A 30 30 NATAA F A 31 31 NATAA I A 32 32 NATAA K A 33 33 NATAA E A 34 34 NATAA V A 35 35 NATAA Q A 36 36 NATAA K A 37 37 NATAA G A 38 38 NATAA G A 39 39 NATRO P A 40 40 NATAA A A 41 41 NATAA D A 42 42 NATAA L A 43 43 NATAA A A 44 44 NATAA G A 45 45 NATAA L A 46 46 NATAA E A 47 47 NATAA D A 48 48 NATAA E A 49 49 NATAA D A 50 50 NATAA V A 51 51 NATAA I A 52 52 NATAA I A 53 53 NATAA E A 54 54 NATAA V A 55 55 NATAA N A 56 56 NATAA G A 57 57 NATAA V A 58 58 NATAA N A 59 59 NATAA V A 60 60 NATAA L A 61 61 NATAA D A 62 62 NATAA E A 63 63 NATRO P A 64 64 NATAA Y A 65 65 NATAA E A 66 66 NATAA K A 67 67 NATAA V A 68 68 NATAA V A 69 69 NATAA D A 70 70 NATAA R A 71 71 NATAA I A 72 72 NATAA Q A 73 73 NATAA S A 74 74 NATAA S A 75 75 NATAA G A 76 76 NATAA K A 77 77 NATAA N A 78 78 NATAA V A 79 79 NATAA T A 80 80 NATAA L A 81 81 NATAA L A 82 82 NATAA V A 83 83 NATRO C A 84 84 NATAA G A 85 85 NATAA K A 86 86 NATAA K A 87 87 NATAA A A 88 88 NATAA Q A 89 89 NATAA D A 90 90 NATAA T A 91 91 NATAA V A 92 92 NATAA S A 93 93 NATAA M A 94 94 NATAA K A 95 95 NATRO P A 96 96 NATAA K A 97 97 NATAA L A 98 98 NATRO C A 99 99 NATAA R A 100 100 NATAA L A 101 101 NATAA A A 102 102 NATAA K A 103 103 NATAA G A 104 104 NATAA E A 105 105 NATAA N A 106 106 NATAA G A 107 107 NATAA Y A 108 108 NATAA G A 109 109 NATAA F A 110 110 NATAA H A 111 111 NATAA L A 112 112 NATAA N A 113 113 NATAA A A 114 114 NATAA I A 115 115 NATAA R A 116 116 NATAA G A 117 117 NATAA L A 118 118 NATRO P A 119 119 NATAA G A 120 120 NATAA S A 121 121 NATAA F A 122 122 NATAA I A 123 123 NATAA K A 124 124 NATAA E A 125 125 NATAA V A 126 126 NATAA Q A 127 127 NATAA K A 128 128 NATAA G A 129 129 NATAA G A 130 130 NATRO P A 131 131 NATAA A A 132 132 NATAA D A 133 133 NATAA L A 134 134 NATAA A A 135 135 NATAA G A 136 136 NATAA L A 137 137 NATAA E A 138 138 NATAA D A 139 139 NATAA E A 140 140 NATAA D A 141 141 NATAA V A 142 142 NATAA I A 143 143 NATAA I A 144 144 NATAA E A 145 145 NATAA V A 146 146 NATAA N A 147 147 NATAA G A 148 148 NATAA V A 149 149 NATAA N A 150 150 NATAA V A 151 151 NATAA L A 152 152 NATAA D A 153 153 NATAA E A 154 154 NATRO P A 155 155 NATAA Y A 156 156 NATAA E A 157 157 NATAA K A 158 158 NATAA V A 159 159 NATAA V A 160 160 NATAA D A 161 161 NATAA R A 162 162 NATAA I A 163 163 NATAA Q A 164 164 NATAA S A 165 165 NATAA S A 166 166 NATAA G A 167 167 NATAA K A 168 168 NATAA N A 169 169 NATAA V A 170 170 NATAA T A 171 171 NATAA L A 172 172 NATAA L A 173 173 NATAA V A 174 174 NATRO C A 175 175 NATAA G A 176 176 NATAA K A 177 177 NATAA K A 178 178 NATAA A A 179 179 NATAA Q A 180 180 NATAA D A 181 181 NATAA T A 182 182 NATAA V