# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 322.136 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.007 0.008 0.072 0.131 0.065 0.004 0.156 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.023 0.015 0.065 0.141 0.156 0.147 0.001 2 M 0.009 0.010 0.042 0.021 0.280 0.002 0.053 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.024 0.038 0.080 0.130 0.095 0.201 0.001 3 K 0.011 0.011 0.247 0.144 0.052 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.057 0.010 0.024 0.023 0.099 0.296 0.002 4 P 0.014 0.025 0.014 0.028 0.556 0.001 0.017 0.006 0.001 0.001 0.003 0.004 0.006 0.004 0.014 0.092 0.068 0.019 0.049 0.074 0.007 5 K 0.047 0.069 0.244 0.201 0.039 0.002 0.019 0.013 0.001 0.001 0.006 0.006 0.013 0.012 0.272 0.008 0.012 0.005 0.010 0.014 0.008 6 L 0.104 0.198 0.031 0.078 0.337 0.001 0.020 0.013 0.001 0.001 0.018 0.016 0.032 0.026 0.014 0.070 0.005 0.004 0.007 0.004 0.020 7 C 0.255 0.275 0.088 0.093 0.080 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.008 0.010 0.023 0.025 0.078 0.014 0.001 0.003 0.003 0.002 0.029 8 R 0.227 0.378 0.040 0.083 0.130 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.013 0.013 0.046 0.015 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 9 L 0.322 0.328 0.025 0.044 0.180 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.007 0.009 0.026 0.010 0.014 0.009 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 10 A 0.210 0.184 0.119 0.208 0.132 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.015 0.010 0.065 0.006 0.003 0.005 0.007 0.009 0.006 11 K 0.096 0.084 0.070 0.114 0.394 0.001 0.021 0.001 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.003 0.035 0.022 0.037 0.018 0.025 0.061 0.004 12 G 0.042 0.039 0.156 0.101 0.119 0.001 0.109 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.068 0.010 0.079 0.091 0.049 0.123 0.002 13 E 0.012 0.012 0.122 0.073 0.167 0.001 0.117 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.017 0.012 0.272 0.053 0.040 0.091 0.001 14 N 0.020 0.023 0.179 0.055 0.175 0.001 0.224 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.024 0.008 0.075 0.061 0.040 0.105 0.002 15 G 0.057 0.044 0.121 0.065 0.384 0.001 0.061 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.010 0.004 0.025 0.010 0.039 0.062 0.038 0.063 0.003 16 Y 0.128 0.110 0.140 0.093 0.287 0.001 0.025 0.001 0.001 0.001 0.008 0.015 0.024 0.006 0.044 0.010 0.025 0.011 0.017 0.046 0.009 17 G 0.155 0.251 0.098 0.066 0.215 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.019 0.020 0.046 0.013 0.043 0.015 0.007 0.006 0.007 0.009 0.015 18 F 0.248 0.307 0.045 0.041 0.146 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.021 0.032 0.061 0.016 0.034 0.009 0.002 0.001 0.002 0.002 0.027 19 H 0.253 0.379 0.061 0.070 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.019 0.050 0.022 0.019 0.008 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 20 L 0.311 0.293 0.014 0.029 0.205 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.023 0.040 0.016 0.014 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 21 N 0.251 0.335 0.080 0.111 0.058 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.016 0.047 0.017 0.039 0.006 0.001 0.001 0.002 0.003 0.011 22 A 0.250 0.189 0.022 0.050 0.364 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.011 0.019 0.007 0.017 0.018 0.006 0.008 0.009 0.006 0.010 23 I 0.160 0.114 0.222 0.115 0.117 0.002 0.011 0.002 0.001 0.001 0.008 0.005 0.012 0.005 0.115 0.007 0.019 0.018 0.026 0.037 0.003 24 R 0.020 0.015 0.092 0.141 0.149 0.002 0.096 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.003 0.001 0.030 0.016 0.189 0.038 0.068 0.132 0.001 25 G 0.008 0.013 0.051 0.020 0.109 0.001 0.399 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.027 0.006 0.149 0.092 0.027 0.086 0.001 26 L 0.006 0.003 0.110 0.080 0.030 0.001 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.011 0.046 0.037 0.164 0.451 0.001 27 P 0.008 0.012 0.023 0.019 0.489 0.001 0.039 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.002 0.013 0.020 0.255 0.032 0.014 0.063 0.002 28 G 0.065 0.101 0.266 0.089 0.096 0.002 0.156 0.003 0.001 0.001 0.010 0.012 0.024 0.009 0.072 0.014 0.009 0.020 0.018 0.022 0.011 29 S 0.108 0.135 0.034 0.042 0.429 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.023 0.032 0.054 0.022 0.031 0.025 0.005 0.008 0.013 0.008 0.024 30 F 0.228 0.275 0.086 0.084 0.076 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.023 0.026 0.066 0.038 0.049 0.010 0.001 0.001 0.004 0.003 0.025 31 I 0.217 0.303 0.025 0.058 0.163 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.022 0.061 0.039 0.032 0.027 0.002 0.001 0.003 0.001 0.020 32 K 0.198 0.249 0.047 0.078 0.061 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.026 0.031 0.071 0.056 0.125 0.012 0.004 0.002 0.002 0.003 0.023 33 E 0.106 0.179 0.092 0.113 0.105 0.003 0.019 0.007 0.001 0.001 0.023 0.018 0.040 0.060 0.066 0.098 0.012 0.015 0.018 0.016 0.009 34 V 0.053 0.086 0.025 0.033 0.289 0.002 0.023 0.009 0.001 0.001 0.005 0.010 0.025 0.035 0.116 0.079 0.050 0.059 0.048 0.042 0.010 35 Q 0.043 0.023 0.145 0.099 0.056 0.002 0.014 0.010 0.006 0.002 0.006 0.003 0.008 0.010 0.121 0.017 0.051 0.052 0.152 0.179 0.001 36 K 0.001 0.001 0.007 0.025 0.090 0.001 0.071 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.696 0.012 0.017 0.045 0.001 37 G 0.007 0.015 0.036 0.024 0.053 0.004 0.615 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.031 0.005 0.016 0.126 0.014 0.042 0.001 38 G 0.001 0.001 0.007 0.056 0.017 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.039 0.103 0.021 0.297 0.446 0.001 39 P 0.007 0.010 0.030 0.030 0.124 0.004 0.016 0.118 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.032 0.022 0.338 0.054 0.025 0.179 0.001 40 A 0.015 0.022 0.016 0.019 0.036 0.057 0.129 0.490 0.002 0.001 0.003 0.001 0.006 0.003 0.016 0.003 0.061 0.026 0.075 0.018 0.001 41 D 0.007 0.009 0.008 0.014 0.021 0.015 0.093 0.717 0.006 0.003 0.002 0.001 0.005 0.003 0.013 0.002 0.052 0.012 0.010 0.007 0.001 42 L 0.003 0.003 0.089 0.107 0.032 0.013 0.246 0.033 0.171 0.120 0.005 0.002 0.004 0.005 0.023 0.004 0.114 0.007 0.010 0.009 0.001 43 A 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.004 0.806 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.025 0.008 0.018 0.102 0.001 44 G 0.001 0.001 0.003 0.006 0.006 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 0.870 0.042 0.042 0.001 45 L 0.001 0.002 0.021 0.010 0.057 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.050 0.048 0.037 0.355 0.402 0.001 46 E 0.001 0.001 0.046 0.024 0.026 0.002 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.088 0.021 0.051 0.027 0.255 0.436 0.001 47 D 0.002 0.002 0.023 0.037 0.088 0.003 0.060 0.007 0.001 0.001 0.003 0.003 0.003 0.016 0.051 0.115 0.273 0.044 0.104 0.162 0.002 48 E 0.005 0.010 0.099 0.040 0.035 0.005 0.172 0.021 0.001 0.001 0.005 0.007 0.011 0.041 0.283 0.040 0.109 0.028 0.038 0.045 0.005 49 D 0.042 0.046 0.050 0.023 0.140 0.003 0.053 0.027 0.001 0.001 0.017 0.016 0.016 0.120 0.080 0.250 0.023 0.023 0.036 0.022 0.012 50 V 0.066 0.060 0.066 0.044 0.053 0.002 0.006 0.011 0.001 0.001 0.011 0.016 0.030 0.232 0.295 0.064 0.009 0.003 0.005 0.004 0.022 51 I 0.106 0.170 0.019 0.028 0.072 0.001 0.006 0.006 0.002 0.001 0.032 0.027 0.065 0.244 0.052 0.105 0.003 0.002 0.004 0.001 0.053 52 I 0.123 0.178 0.035 0.026 0.036 0.002 0.003 0.004 0.002 0.001 0.034 0.041 0.118 0.187 0.104 0.030 0.002 0.001 0.004 0.002 0.069 53 E 0.107 0.174 0.020 0.030 0.067 0.001 0.003 0.002 0.010 0.001 0.039 0.038 0.116 0.279 0.026 0.040 0.002 0.004 0.004 0.003 0.035 54 V 0.210 0.109 0.035 0.032 0.139 0.001 0.006 0.001 0.006 0.001 0.017 0.027 0.039 0.159 0.132 0.036 0.011 0.004 0.012 0.017 0.008 55 N 0.045 0.081 0.115 0.223 0.067 0.001 0.035 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.014 0.026 0.163 0.052 0.039 0.014 0.021 0.084 0.006 56 G 0.021 0.053 0.017 0.011 0.257 0.002 0.206 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.018 0.010 0.040 0.116 0.077 0.095 0.021 0.027 0.007 57 V 0.022 0.028 0.504 0.082 0.032 0.002 0.014 0.003 0.001 0.001 0.005 0.006 0.013 0.007 0.127 0.016 0.011 0.023 0.032 0.068 0.004 58 N 0.013 0.018 0.012 0.020 0.693 0.001 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.011 0.054 0.014 0.021 0.058 0.060 0.004 59 V 0.028 0.022 0.128 0.126 0.087 0.002 0.010 0.006 0.002 0.002 0.005 0.003 0.010 0.009 0.393 0.008 0.049 0.014 0.040 0.052 0.002 60 L 0.007 0.009 0.060 0.148 0.080 0.006 0.255 0.004 0.001 0.001 0.005 0.003 0.010 0.003 0.043 0.011 0.149 0.022 0.043 0.139 0.001 61 D 0.003 0.004 0.017 0.012 0.069 0.002 0.373 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.011 0.014 0.044 0.260 0.079 0.105 0.001 62 E 0.001 0.001 0.037 0.031 0.011 0.001 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.059 0.057 0.139 0.633 0.001 63 P 0.001 0.001 0.003 0.006 0.065 0.001 0.004 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.022 0.048 0.020 0.114 0.703 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.004 0.015 0.007 0.001 0.011 0.086 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.004 0.731 0.015 0.044 0.070 0.001 65 E 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.003 0.072 0.811 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.086 0.006 0.003 0.008 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.021 0.942 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.014 0.003 0.002 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.918 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.972 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.010 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.053 0.834 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.010 0.014 0.003 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.005 0.005 0.005 0.016 0.105 0.566 0.038 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.191 0.021 0.013 0.010 0.001 73 S 0.001 0.001 0.011 0.009 0.012 0.020 0.313 0.066 0.137 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.266 0.038 0.026 0.058 0.001 74 S 0.001 0.001 0.004 0.008 0.008 0.002 0.379 0.005 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.143 0.066 0.145 0.224 0.001 75 G 0.001 0.001 0.009 0.012 0.028 0.001 0.079 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.020 0.150 0.363 0.127 0.195 0.001 76 K 0.007 0.006 0.080 0.035 0.072 0.005 0.124 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.039 0.037 0.110 0.073 0.103 0.289 0.003 77 N 0.027 0.062 0.070 0.056 0.250 0.004 0.070 0.007 0.001 0.001 0.010 0.010 0.017 0.032 0.073 0.107 0.032 0.057 0.053 0.040 0.021 78 V 0.076 0.122 0.096 0.059 0.095 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.020 0.015 0.039 0.098 0.157 0.112 0.004 0.006 0.021 0.007 0.061 79 T 0.083 0.181 0.057 0.036 0.042 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.036 0.037 0.110 0.203 0.107 0.025 0.001 0.001 0.002 0.001 0.074 80 L 0.148 0.169 0.011 0.017 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.038 0.094 0.309 0.023 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 81 L 0.099 0.183 0.013 0.030 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.026 0.074 0.351 0.124 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 82 V 0.170 0.203 0.018 0.041 0.096 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.026 0.028 0.058 0.165 0.062 0.105 0.001 0.003 0.004 0.002 0.013 83 C 0.150 0.149 0.066 0.066 0.080 0.001 0.006 0.002 0.002 0.001 0.011 0.016 0.040 0.101 0.212 0.048 0.007 0.010 0.009 0.018 0.006 84 G 0.099 0.095 0.053 0.054 0.310 0.003 0.019 0.004 0.001 0.001 0.006 0.006 0.013 0.014 0.078 0.047 0.038 0.037 0.040 0.081 0.003 85 K 0.013 0.015 0.054 0.084 0.081 0.004 0.030 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.108 0.022 0.312 0.034 0.071 0.151 0.001 86 K 0.008 0.010 0.049 0.045 0.125 0.008 0.148 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 0.017 0.224 0.094 0.071 0.124 0.001 87 A 0.008 0.006 0.042 0.058 0.081 0.006 0.111 0.026 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.008 0.158 0.075 0.201 0.193 0.001 88 Q 0.004 0.004 0.032 0.052 0.084 0.007 0.136 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.008 0.340 0.072 0.055 0.155 0.001 89 D 0.008 0.009 0.050 0.047 0.092 0.013 0.336 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.021 0.010 0.127 0.103 0.057 0.081 0.001 90 T 0.013 0.016 0.085 0.074 0.145 0.006 0.068 0.042 0.002 0.001 0.003 0.002 0.006 0.003 0.032 0.038 0.075 0.086 0.145 0.156 0.002 91 V 0.018 0.022 0.137 0.080 0.174 0.004 0.025 0.044 0.002 0.001 0.003 0.003 0.008 0.005 0.081 0.034 0.077 0.062 0.100 0.116 0.004