# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 322.136 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.027 0.097 0.752 2 M 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.084 0.041 0.152 0.676 3 K 0.049 0.040 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.011 0.002 0.007 0.004 0.002 0.002 0.194 0.098 0.121 0.452 4 P 0.020 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.003 0.152 0.064 0.127 0.575 5 K 0.015 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.012 0.005 0.467 0.064 0.069 0.296 6 L 0.011 0.029 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.005 0.613 0.050 0.048 0.224 7 C 0.009 0.013 0.003 0.001 0.003 0.008 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.730 0.047 0.027 0.140 8 R 0.015 0.009 0.006 0.002 0.020 0.021 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.614 0.088 0.027 0.163 9 L 0.033 0.006 0.006 0.002 0.035 0.046 0.056 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.329 0.056 0.055 0.364 10 A 0.076 0.003 0.012 0.002 0.151 0.071 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.191 0.061 0.057 0.353 11 K 0.062 0.003 0.005 0.001 0.020 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.050 0.090 0.715 12 G 0.208 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.033 0.073 0.652 13 E 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.039 0.081 0.809 14 N 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.028 0.113 0.704 15 G 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.060 0.028 0.005 0.009 0.003 0.001 0.002 0.089 0.054 0.092 0.547 16 Y 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.032 0.045 0.008 0.039 0.020 0.011 0.006 0.364 0.061 0.087 0.288 17 G 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.013 0.005 0.086 0.079 0.048 0.013 0.425 0.070 0.041 0.203 18 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.036 0.068 0.081 0.017 0.581 0.045 0.030 0.123 19 H 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.024 0.009 0.808 0.036 0.017 0.065 20 L 0.010 0.007 0.002 0.002 0.009 0.025 0.046 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.582 0.056 0.056 0.185 21 N 0.027 0.006 0.006 0.003 0.040 0.027 0.023 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.493 0.082 0.053 0.225 22 A 0.050 0.004 0.004 0.001 0.018 0.011 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.241 0.066 0.103 0.480 23 I 0.295 0.002 0.002 0.001 0.022 0.017 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.058 0.067 0.444 24 R 0.018 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.041 0.102 0.792 25 G 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.024 0.112 0.786 26 L 0.048 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.018 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.042 0.074 0.123 0.657 27 P 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.090 0.044 0.192 0.642 28 G 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.011 0.016 0.006 0.019 0.011 0.006 0.003 0.440 0.048 0.072 0.340 29 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.009 0.003 0.019 0.020 0.022 0.008 0.491 0.073 0.054 0.286 30 F 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.020 0.031 0.026 0.010 0.714 0.091 0.018 0.074 31 I 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.010 0.004 0.572 0.113 0.038 0.232 32 K 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.697 0.036 0.050 0.185 33 E 0.018 0.005 0.006 0.001 0.038 0.025 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.461 0.086 0.072 0.274 34 V 0.013 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.383 0.041 0.132 0.420 35 Q 0.668 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.034 0.044 0.210 36 K 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.014 0.145 0.782 37 G 0.019 0.093 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.027 0.122 0.681 38 G 0.048 0.604 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.009 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.079 0.057 0.133 39 P 0.210 0.413 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.041 0.062 0.208 40 A 0.077 0.064 0.064 0.001 0.013 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.009 0.003 0.021 0.038 0.008 0.002 0.118 0.249 0.064 0.253 41 D 0.818 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.018 0.019 0.117 42 L 0.115 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.018 0.116 0.721 43 A 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.016 0.115 0.806 44 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.011 0.134 0.815 45 L 0.027 0.001 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.039 0.128 0.732 46 E 0.575 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.070 0.057 0.246 47 D 0.141 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.029 0.135 0.657 48 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.009 0.129 0.677 49 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.517 0.055 0.045 0.285 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.013 0.014 0.001 0.005 0.001 0.002 0.003 0.721 0.086 0.016 0.100 51 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.051 0.044 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.054 0.016 0.011 0.005 0.643 0.050 0.008 0.099 52 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.478 0.081 0.026 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.009 0.002 0.331 0.014 0.002 0.028 53 E 0.009 0.001 0.006 0.001 0.165 0.005 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.672 0.034 0.009 0.076 54 V 0.826 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.028 0.009 0.080 55 N 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.021 0.098 0.790 56 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.002 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.008 0.057 0.808 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.001 0.002 0.629 0.165 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.015 0.009 0.061 58 N 0.054 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.152 0.249 0.056 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.054 0.026 0.040 0.346 59 V 0.075 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.033 0.008 0.476 0.098 0.005 0.001 0.029 0.023 0.023 0.215 60 L 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.047 0.027 0.007 0.051 0.026 0.084 0.704 61 D 0.084 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.010 0.005 0.054 0.027 0.089 0.701 62 E 0.017 0.082 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.024 0.125 0.721 63 P 0.059 0.707 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.037 0.026 0.162 64 Y 0.016 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.005 0.018 65 E 0.003 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.005 0.012 66 K 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.002 0.006 67 V 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 68 V 0.022 0.876 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.081 0.004 0.011 69 D 0.040 0.480 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.387 0.012 0.064 70 R 0.028 0.198 0.052 0.002 0.002 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.566 0.033 0.100 71 I 0.052 0.055 0.382 0.002 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.306 0.048 0.129 72 Q 0.306 0.011 0.027 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.066 0.076 0.499 73 S 0.048 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.058 0.853 74 S 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.076 0.137 0.743 75 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.050 0.159 0.754 76 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.258 0.054 0.119 0.520 77 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.011 0.013 0.002 0.007 0.003 0.001 0.002 0.404 0.109 0.067 0.352 78 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.046 0.035 0.014 0.004 0.644 0.148 0.012 0.085 79 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.044 0.059 0.008 0.692 0.112 0.004 0.047 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.003 0.900 0.042 0.002 0.034 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.925 0.031 0.002 0.025 82 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.777 0.051 0.019 0.105 83 C 0.012 0.001 0.001 0.001 0.006 0.009 0.017 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.521 0.071 0.061 0.295 84 G 0.034 0.003 0.001 0.001 0.006 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.059 0.121 0.594 85 K 0.070 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.108 0.050 0.118 0.627 86 K 0.092 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.119 0.074 0.649 87 A 0.036 0.010 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.017 0.011 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.092 0.186 0.101 0.520 88 Q 0.073 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.007 0.002 0.005 0.002 0.001 0.001 0.061 0.059 0.086 0.679 89 D 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.009 0.009 0.003 0.010 0.005 0.003 0.003 0.140 0.052 0.081 0.656 90 T 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.003 0.004 0.001 0.006 0.003 0.004 0.003 0.131 0.017 0.094 0.715 91 V 0.016 0.010 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.009 0.008 0.005 0.005 0.185 0.041 0.107 0.594