# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 322.136 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.180 0.147 0.087 0.026 0.301 0.013 0.020 0.034 0.027 0.109 0.057 2 M 0.081 0.139 0.102 0.050 0.127 0.056 0.051 0.065 0.076 0.186 0.068 3 K 0.069 0.422 0.142 0.014 0.298 0.005 0.009 0.009 0.007 0.013 0.014 4 P 0.338 0.084 0.010 0.002 0.496 0.004 0.010 0.015 0.016 0.007 0.016 5 K 0.105 0.323 0.054 0.009 0.389 0.016 0.023 0.025 0.015 0.014 0.027 6 L 0.445 0.046 0.003 0.001 0.458 0.002 0.004 0.007 0.004 0.007 0.024 7 C 0.204 0.125 0.018 0.004 0.563 0.008 0.009 0.017 0.007 0.010 0.035 8 R 0.266 0.096 0.014 0.002 0.534 0.004 0.005 0.010 0.005 0.012 0.052 9 L 0.249 0.148 0.033 0.004 0.401 0.006 0.009 0.025 0.011 0.032 0.083 10 A 0.164 0.141 0.092 0.056 0.210 0.044 0.039 0.067 0.022 0.066 0.100 11 K 0.041 0.179 0.116 0.222 0.060 0.122 0.115 0.053 0.026 0.039 0.027 12 G 0.039 0.050 0.132 0.324 0.040 0.061 0.036 0.045 0.038 0.169 0.065 13 E 0.056 0.113 0.095 0.133 0.083 0.079 0.091 0.100 0.107 0.104 0.039 14 N 0.064 0.136 0.139 0.125 0.086 0.060 0.089 0.051 0.059 0.131 0.059 15 G 0.092 0.058 0.077 0.164 0.089 0.059 0.032 0.053 0.060 0.208 0.110 16 Y 0.071 0.204 0.146 0.094 0.148 0.066 0.090 0.047 0.042 0.060 0.032 17 G 0.089 0.133 0.122 0.128 0.115 0.041 0.033 0.028 0.030 0.164 0.116 18 F 0.181 0.211 0.040 0.007 0.506 0.005 0.009 0.010 0.007 0.010 0.014 19 H 0.303 0.067 0.009 0.002 0.580 0.003 0.003 0.006 0.003 0.006 0.018 20 L 0.261 0.142 0.034 0.011 0.405 0.014 0.015 0.020 0.011 0.016 0.071 21 N 0.217 0.129 0.046 0.026 0.326 0.028 0.026 0.026 0.015 0.048 0.112 22 A 0.184 0.152 0.108 0.028 0.239 0.014 0.018 0.049 0.037 0.084 0.086 23 I 0.109 0.116 0.084 0.060 0.158 0.056 0.053 0.102 0.083 0.106 0.073 24 R 0.041 0.224 0.115 0.123 0.073 0.095 0.159 0.063 0.046 0.042 0.020 25 G 0.049 0.026 0.070 0.142 0.034 0.042 0.029 0.027 0.033 0.429 0.120 26 L 0.086 0.258 0.246 0.052 0.202 0.019 0.015 0.032 0.028 0.036 0.028 27 P 0.042 0.140 0.086 0.090 0.068 0.113 0.183 0.103 0.096 0.053 0.027 28 G 0.057 0.132 0.119 0.143 0.093 0.041 0.032 0.036 0.042 0.211 0.093 29 S 0.180 0.138 0.014 0.002 0.645 0.002 0.003 0.005 0.003 0.004 0.005 30 F 0.243 0.080 0.004 0.001 0.639 0.002 0.002 0.005 0.002 0.004 0.018 31 I 0.489 0.033 0.005 0.003 0.344 0.006 0.007 0.007 0.008 0.007 0.092 32 K 0.104 0.135 0.052 0.056 0.238 0.167 0.085 0.045 0.024 0.026 0.067 33 E 0.239 0.103 0.033 0.003 0.528 0.002 0.006 0.013 0.005 0.032 0.036 34 V 0.225 0.204 0.060 0.004 0.363 0.005 0.011 0.010 0.013 0.042 0.064 35 Q 0.016 0.385 0.446 0.046 0.057 0.018 0.005 0.010 0.004 0.003 0.009 36 K 0.014 0.131 0.030 0.046 0.023 0.060 0.331 0.213 0.117 0.020 0.013 37 G 0.012 0.008 0.019 0.088 0.009 0.016 0.007 0.028 0.024 0.687 0.103 38 G 0.013 0.506 0.214 0.032 0.074 0.020 0.017 0.072 0.020 0.024 0.009 39 P 0.111 0.187 0.055 0.013 0.177 0.009 0.018 0.234 0.093 0.066 0.037 40 A 0.022 0.042 0.010 0.003 0.044 0.007 0.015 0.468 0.334 0.047 0.008 41 D 0.008 0.011 0.011 0.002 0.012 0.005 0.054 0.635 0.240 0.016 0.006 42 L 0.018 0.007 0.013 0.008 0.010 0.021 0.165 0.527 0.150 0.072 0.010 43 A 0.001 0.757 0.149 0.014 0.007 0.020 0.037 0.007 0.003 0.004 0.001 44 G 0.031 0.035 0.047 0.043 0.031 0.006 0.003 0.006 0.009 0.318 0.471 45 L 0.149 0.367 0.158 0.003 0.224 0.003 0.008 0.009 0.007 0.041 0.030 46 E 0.001 0.284 0.670 0.032 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 47 D 0.006 0.145 0.049 0.069 0.010 0.080 0.426 0.103 0.106 0.004 0.003 48 E 0.006 0.011 0.017 0.066 0.007 0.016 0.008 0.020 0.041 0.745 0.063 49 D 0.065 0.371 0.099 0.022 0.184 0.015 0.016 0.028 0.030 0.110 0.060 50 V 0.250 0.147 0.017 0.003 0.530 0.004 0.006 0.007 0.004 0.008 0.026 51 I 0.349 0.058 0.006 0.002 0.543 0.003 0.004 0.005 0.003 0.004 0.024 52 I 0.142 0.157 0.013 0.003 0.647 0.009 0.006 0.006 0.001 0.003 0.013 53 E 0.516 0.025 0.007 0.001 0.389 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.050 54 V 0.155 0.058 0.063 0.174 0.141 0.149 0.023 0.049 0.021 0.038 0.130 55 N 0.013 0.300 0.089 0.210 0.038 0.125 0.204 0.009 0.003 0.004 0.004 56 G 0.025 0.011 0.020 0.080 0.013 0.009 0.003 0.006 0.018 0.558 0.256 57 V 0.045 0.555 0.079 0.007 0.241 0.008 0.013 0.017 0.016 0.010 0.009 58 N 0.303 0.128 0.021 0.005 0.463 0.005 0.008 0.013 0.006 0.011 0.038 59 V 0.262 0.085 0.037 0.025 0.251 0.035 0.022 0.062 0.041 0.056 0.125 60 L 0.042 0.149 0.066 0.099 0.091 0.201 0.179 0.063 0.038 0.041 0.030 61 D 0.095 0.059 0.098 0.061 0.084 0.014 0.011 0.034 0.030 0.359 0.154 62 E 0.026 0.418 0.217 0.025 0.104 0.017 0.024 0.074 0.041 0.038 0.015 63 P 0.022 0.511 0.199 0.010 0.070 0.006 0.013 0.087 0.043 0.023 0.015 64 Y 0.009 0.010 0.003 0.001 0.007 0.001 0.004 0.618 0.325 0.013 0.009 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.915 0.073 0.002 0.001 66 K 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.970 0.013 0.009 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.022 0.005 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.035 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.025 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.934 0.046 0.010 0.001 71 I 0.004 0.012 0.002 0.001 0.005 0.001 0.006 0.815 0.125 0.029 0.002 72 Q 0.004 0.006 0.003 0.001 0.004 0.003 0.060 0.710 0.192 0.012 0.003 73 S 0.024 0.012 0.023 0.007 0.016 0.011 0.207 0.459 0.104 0.128 0.010 74 S 0.022 0.367 0.202 0.050 0.068 0.038 0.071 0.071 0.038 0.060 0.013 75 G 0.087 0.031 0.037 0.138 0.055 0.056 0.040 0.064 0.057 0.314 0.121 76 K 0.041 0.150 0.139 0.092 0.104 0.047 0.045 0.058 0.060 0.221 0.044 77 N 0.249 0.127 0.018 0.005 0.517 0.003 0.012 0.006 0.006 0.024 0.032 78 V 0.273 0.087 0.007 0.002 0.606 0.003 0.007 0.002 0.002 0.002 0.011 79 T 0.221 0.054 0.003 0.001 0.707 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.007 80 L 0.274 0.032 0.001 0.001 0.688 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 81 L 0.256 0.034 0.002 0.001 0.691 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 82 V 0.373 0.053 0.006 0.002 0.441 0.003 0.002 0.002 0.002 0.009 0.107 83 C 0.150 0.178 0.057 0.081 0.217 0.081 0.047 0.011 0.012 0.055 0.110 84 G 0.102 0.170 0.198 0.136 0.155 0.036 0.025 0.014 0.017 0.094 0.052 85 K 0.061 0.241 0.194 0.076 0.118 0.036 0.044 0.041 0.083 0.077 0.029 86 K 0.049 0.283 0.238 0.042 0.108 0.024 0.038 0.051 0.070 0.069 0.028 87 A 0.089 0.141 0.066 0.018 0.142 0.018 0.044 0.137 0.194 0.101 0.048 88 Q 0.066 0.089 0.053 0.037 0.102 0.044 0.078 0.181 0.173 0.133 0.043 89 D 0.077 0.169 0.114 0.040 0.165 0.031 0.039 0.111 0.067 0.143 0.045 90 T 0.228 0.134 0.030 0.005 0.435 0.005 0.012 0.039 0.024 0.050 0.037 91 V 0.213 0.172 0.036 0.007 0.438 0.010 0.014 0.030 0.019 0.023 0.038