# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 322.136 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.401 0.162 0.125 0.115 0.076 0.054 0.033 0.014 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 2 M 0.097 0.067 0.100 0.171 0.189 0.156 0.095 0.061 0.032 0.017 0.008 0.005 0.002 0.001 3 K 0.097 0.082 0.107 0.144 0.165 0.151 0.105 0.070 0.039 0.022 0.012 0.004 0.002 0.001 4 P 0.050 0.033 0.042 0.070 0.110 0.142 0.139 0.144 0.109 0.066 0.049 0.029 0.012 0.005 5 K 0.049 0.037 0.047 0.084 0.110 0.120 0.129 0.125 0.112 0.078 0.059 0.031 0.013 0.006 6 L 0.025 0.015 0.021 0.037 0.057 0.078 0.105 0.126 0.126 0.136 0.123 0.095 0.036 0.019 7 C 0.015 0.014 0.018 0.015 0.027 0.047 0.076 0.106 0.132 0.202 0.159 0.101 0.067 0.022 8 R 0.046 0.048 0.072 0.130 0.138 0.122 0.111 0.129 0.092 0.057 0.030 0.014 0.007 0.003 9 L 0.024 0.023 0.034 0.068 0.115 0.127 0.128 0.141 0.120 0.110 0.061 0.029 0.012 0.008 10 A 0.066 0.098 0.128 0.174 0.165 0.141 0.107 0.062 0.030 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 11 K 0.153 0.159 0.169 0.164 0.128 0.093 0.061 0.033 0.023 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 12 G 0.400 0.221 0.120 0.097 0.069 0.040 0.028 0.011 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 13 E 0.409 0.199 0.134 0.108 0.068 0.037 0.024 0.009 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 14 N 0.292 0.183 0.150 0.138 0.092 0.061 0.040 0.019 0.016 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 15 G 0.076 0.076 0.102 0.148 0.158 0.155 0.123 0.071 0.048 0.021 0.011 0.005 0.003 0.001 16 Y 0.011 0.016 0.033 0.056 0.095 0.147 0.169 0.155 0.116 0.091 0.060 0.030 0.014 0.007 17 G 0.010 0.015 0.023 0.044 0.086 0.103 0.117 0.161 0.141 0.111 0.089 0.053 0.028 0.017 18 F 0.001 0.002 0.002 0.003 0.007 0.016 0.031 0.061 0.122 0.182 0.229 0.205 0.103 0.037 19 H 0.005 0.005 0.008 0.020 0.037 0.048 0.081 0.127 0.155 0.158 0.151 0.116 0.056 0.034 20 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.011 0.025 0.049 0.100 0.218 0.235 0.187 0.109 0.055 21 N 0.010 0.016 0.027 0.046 0.074 0.085 0.099 0.143 0.163 0.133 0.097 0.057 0.032 0.018 22 A 0.012 0.021 0.034 0.061 0.086 0.107 0.117 0.134 0.136 0.125 0.088 0.044 0.023 0.013 23 I 0.017 0.033 0.057 0.091 0.141 0.155 0.156 0.138 0.091 0.062 0.034 0.015 0.007 0.005 24 R 0.117 0.168 0.158 0.148 0.125 0.093 0.066 0.048 0.039 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 25 G 0.270 0.208 0.139 0.108 0.086 0.060 0.051 0.029 0.030 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 26 L 0.101 0.120 0.137 0.179 0.150 0.115 0.088 0.049 0.033 0.015 0.007 0.003 0.002 0.001 27 P 0.065 0.079 0.118 0.150 0.158 0.148 0.116 0.072 0.049 0.025 0.011 0.005 0.002 0.002 28 G 0.047 0.046 0.063 0.088 0.135 0.156 0.136 0.123 0.091 0.053 0.032 0.015 0.010 0.005 29 S 0.012 0.010 0.013 0.024 0.044 0.071 0.093 0.134 0.166 0.151 0.140 0.093 0.035 0.014 30 F 0.009 0.009 0.014 0.026 0.043 0.059 0.085 0.120 0.120 0.157 0.146 0.132 0.049 0.030 31 I 0.004 0.005 0.007 0.007 0.013 0.022 0.036 0.062 0.115 0.211 0.219 0.155 0.097 0.047 32 K 0.032 0.043 0.055 0.072 0.086 0.092 0.104 0.121 0.132 0.097 0.075 0.047 0.032 0.012 33 E 0.041 0.051 0.063 0.120 0.152 0.124 0.106 0.101 0.109 0.060 0.038 0.016 0.012 0.008 34 V 0.013 0.015 0.032 0.052 0.089 0.139 0.190 0.175 0.109 0.084 0.056 0.028 0.012 0.007 35 Q 0.074 0.116 0.141 0.166 0.149 0.119 0.077 0.063 0.048 0.025 0.013 0.005 0.003 0.001 36 K 0.255 0.187 0.129 0.104 0.087 0.067 0.060 0.038 0.044 0.017 0.008 0.003 0.002 0.001 37 G 0.139 0.120 0.127 0.144 0.140 0.116 0.096 0.050 0.035 0.018 0.008 0.005 0.002 0.001 38 G 0.122 0.129 0.153 0.147 0.137 0.109 0.086 0.053 0.030 0.017 0.009 0.005 0.003 0.001 39 P 0.094 0.072 0.087 0.115 0.160 0.146 0.107 0.095 0.056 0.032 0.020 0.010 0.005 0.002 40 A 0.104 0.067 0.079 0.101 0.126 0.133 0.111 0.106 0.073 0.044 0.031 0.016 0.008 0.003 41 D 0.163 0.099 0.102 0.133 0.135 0.101 0.085 0.067 0.054 0.027 0.017 0.009 0.004 0.002 42 L 0.080 0.056 0.074 0.104 0.128 0.133 0.105 0.098 0.089 0.059 0.040 0.019 0.010 0.004 43 A 0.126 0.102 0.110 0.123 0.124 0.126 0.101 0.067 0.050 0.032 0.021 0.011 0.005 0.002 44 G 0.120 0.148 0.147 0.152 0.141 0.101 0.075 0.052 0.034 0.016 0.008 0.003 0.003 0.001 45 L 0.033 0.027 0.045 0.083 0.158 0.166 0.158 0.143 0.089 0.044 0.027 0.018 0.006 0.002 46 E 0.127 0.151 0.157 0.184 0.134 0.095 0.078 0.035 0.019 0.009 0.005 0.003 0.001 0.001 47 D 0.070 0.091 0.112 0.165 0.145 0.124 0.098 0.081 0.059 0.029 0.015 0.005 0.003 0.002 48 E 0.027 0.040 0.060 0.117 0.170 0.186 0.148 0.114 0.074 0.032 0.018 0.008 0.005 0.002 49 D 0.014 0.019 0.032 0.058 0.097 0.129 0.141 0.145 0.139 0.094 0.065 0.040 0.019 0.007 50 V 0.006 0.007 0.013 0.027 0.046 0.064 0.097 0.138 0.177 0.166 0.130 0.075 0.036 0.017 51 I 0.003 0.003 0.004 0.005 0.010 0.019 0.038 0.066 0.119 0.202 0.213 0.176 0.095 0.047 52 I 0.005 0.007 0.009 0.010 0.018 0.031 0.054 0.082 0.150 0.180 0.178 0.133 0.109 0.035 53 E 0.026 0.025 0.035 0.075 0.102 0.092 0.122 0.144 0.140 0.096 0.067 0.040 0.022 0.014 54 V 0.005 0.006 0.010 0.021 0.045 0.067 0.101 0.136 0.158 0.165 0.128 0.091 0.037 0.030 55 N 0.024 0.040 0.059 0.092 0.112 0.147 0.147 0.144 0.090 0.064 0.041 0.024 0.009 0.006 56 G 0.061 0.108 0.115 0.133 0.121 0.112 0.110 0.083 0.073 0.044 0.023 0.009 0.005 0.002 57 V 0.083 0.077 0.109 0.117 0.173 0.141 0.105 0.081 0.061 0.027 0.013 0.008 0.003 0.001 58 N 0.202 0.188 0.151 0.157 0.133 0.070 0.043 0.026 0.017 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 59 V 0.067 0.045 0.099 0.146 0.183 0.167 0.117 0.086 0.052 0.022 0.009 0.004 0.002 0.001 60 L 0.197 0.153 0.144 0.170 0.135 0.100 0.056 0.024 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 61 D 0.540 0.229 0.104 0.052 0.034 0.018 0.014 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 62 E 0.419 0.253 0.141 0.091 0.050 0.025 0.011 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 63 P 0.374 0.201 0.144 0.116 0.085 0.036 0.028 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.060 0.057 0.118 0.198 0.241 0.167 0.086 0.042 0.019 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 65 E 0.554 0.249 0.098 0.055 0.023 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.253 0.394 0.196 0.077 0.041 0.021 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.015 0.014 0.032 0.081 0.181 0.234 0.198 0.154 0.064 0.017 0.005 0.003 0.001 0.001 68 V 0.033 0.056 0.104 0.189 0.251 0.174 0.099 0.059 0.022 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 69 D 0.751 0.169 0.049 0.017 0.006 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.051 0.086 0.153 0.251 0.231 0.129 0.051 0.031 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.030 0.019 0.039 0.074 0.169 0.218 0.217 0.153 0.056 0.018 0.005 0.002 0.001 0.001 72 Q 0.274 0.272 0.181 0.135 0.083 0.032 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.591 0.193 0.097 0.063 0.030 0.013 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.141 0.104 0.147 0.211 0.183 0.112 0.069 0.019 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 75 G 0.288 0.221 0.166 0.150 0.089 0.044 0.027 0.008 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.355 0.231 0.140 0.095 0.071 0.049 0.032 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 77 N 0.055 0.066 0.092 0.168 0.196 0.163 0.113 0.074 0.043 0.014 0.009 0.004 0.002 0.001 78 V 0.006 0.008 0.017 0.038 0.077 0.120 0.185 0.181 0.145 0.103 0.066 0.033 0.015 0.005 79 T 0.009 0.010 0.017 0.045 0.095 0.110 0.126 0.168 0.151 0.108 0.079 0.045 0.021 0.016 80 L 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.009 0.020 0.041 0.103 0.207 0.253 0.210 0.108 0.040 81 L 0.005 0.005 0.008 0.016 0.030 0.041 0.071 0.128 0.162 0.181 0.157 0.113 0.058 0.026 82 V 0.002 0.002 0.003 0.005 0.010 0.017 0.029 0.057 0.127 0.229 0.221 0.164 0.086 0.049 83 C 0.006 0.012 0.020 0.039 0.072 0.101 0.139 0.176 0.142 0.130 0.083 0.044 0.022 0.014 84 G 0.025 0.063 0.085 0.120 0.131 0.127 0.150 0.102 0.082 0.059 0.031 0.014 0.006 0.004 85 K 0.097 0.134 0.145 0.148 0.162 0.112 0.082 0.050 0.040 0.016 0.008 0.003 0.001 0.001 86 K 0.283 0.263 0.154 0.114 0.088 0.042 0.027 0.012 0.012 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.223 0.168 0.180 0.161 0.123 0.071 0.038 0.017 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 88 Q 0.521 0.220 0.108 0.074 0.038 0.019 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 89 D 0.562 0.203 0.105 0.056 0.035 0.018 0.012 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 90 T 0.269 0.215 0.164 0.131 0.099 0.058 0.035 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 91 V 0.124 0.082 0.118 0.133 0.195 0.144 0.094 0.062 0.027 0.012 0.005 0.003 0.001 0.001