# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2607 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.004 0.004 0.054 0.057 0.152 0.004 0.106 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.014 0.125 0.072 0.185 0.194 0.001 2 M 0.004 0.006 0.056 0.058 0.133 0.003 0.105 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.025 0.032 0.081 0.100 0.125 0.261 0.001 3 K 0.006 0.013 0.180 0.153 0.062 0.002 0.031 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.061 0.016 0.042 0.034 0.120 0.263 0.004 4 P 0.009 0.024 0.010 0.018 0.696 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.003 0.012 0.102 0.011 0.011 0.036 0.041 0.003 5 K 0.048 0.078 0.322 0.197 0.025 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.029 0.012 0.226 0.005 0.004 0.003 0.006 0.011 0.011 6 L 0.085 0.138 0.006 0.018 0.363 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.028 0.048 0.023 0.016 0.106 0.001 0.002 0.009 0.002 0.082 7 C 0.169 0.190 0.075 0.041 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.036 0.168 0.065 0.165 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 8 R 0.201 0.274 0.021 0.066 0.106 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.037 0.079 0.034 0.014 0.031 0.001 0.001 0.003 0.002 0.052 9 L 0.250 0.252 0.043 0.043 0.129 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.024 0.082 0.030 0.071 0.016 0.001 0.001 0.004 0.002 0.026 10 A 0.240 0.197 0.086 0.166 0.084 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.014 0.018 0.046 0.030 0.062 0.014 0.004 0.003 0.009 0.008 0.014 11 K 0.141 0.081 0.051 0.078 0.455 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.015 0.009 0.037 0.024 0.029 0.010 0.020 0.025 0.004 12 G 0.036 0.042 0.145 0.158 0.124 0.002 0.047 0.003 0.001 0.002 0.004 0.005 0.007 0.007 0.096 0.017 0.047 0.052 0.075 0.126 0.003 13 E 0.013 0.008 0.061 0.038 0.185 0.002 0.035 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.033 0.027 0.346 0.038 0.066 0.130 0.001 14 N 0.004 0.007 0.032 0.037 0.058 0.010 0.461 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.039 0.020 0.128 0.042 0.033 0.113 0.001 15 G 0.010 0.018 0.069 0.048 0.114 0.004 0.204 0.002 0.002 0.003 0.007 0.006 0.006 0.007 0.031 0.041 0.065 0.152 0.092 0.113 0.006 16 Y 0.023 0.044 0.096 0.052 0.206 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.025 0.023 0.114 0.096 0.040 0.021 0.056 0.135 0.015 17 G 0.044 0.100 0.091 0.065 0.104 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.050 0.025 0.061 0.066 0.199 0.034 0.011 0.015 0.022 0.017 0.084 18 F 0.072 0.105 0.021 0.020 0.117 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.094 0.050 0.102 0.132 0.088 0.110 0.002 0.002 0.012 0.005 0.067 19 H 0.082 0.088 0.076 0.053 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.044 0.148 0.198 0.148 0.016 0.001 0.001 0.006 0.003 0.042 20 L 0.074 0.076 0.009 0.023 0.123 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.043 0.096 0.257 0.047 0.155 0.003 0.002 0.005 0.003 0.031 21 N 0.082 0.070 0.067 0.067 0.025 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.029 0.040 0.110 0.274 0.174 0.023 0.004 0.003 0.008 0.005 0.014 22 A 0.057 0.066 0.033 0.081 0.203 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.013 0.017 0.043 0.154 0.059 0.153 0.019 0.022 0.029 0.030 0.006 23 I 0.038 0.036 0.113 0.122 0.109 0.004 0.033 0.002 0.003 0.002 0.008 0.011 0.016 0.039 0.177 0.045 0.049 0.041 0.053 0.092 0.005 24 R 0.013 0.010 0.053 0.038 0.118 0.008 0.068 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.005 0.014 0.080 0.057 0.261 0.035 0.082 0.143 0.002 25 G 0.006 0.008 0.042 0.030 0.102 0.006 0.266 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.003 0.006 0.069 0.027 0.109 0.139 0.056 0.120 0.001 26 L 0.006 0.006 0.107 0.056 0.049 0.002 0.021 0.002 0.002 0.002 0.003 0.003 0.003 0.003 0.028 0.024 0.056 0.043 0.201 0.386 0.002 27 P 0.005 0.008 0.036 0.039 0.167 0.003 0.026 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.038 0.029 0.339 0.035 0.040 0.219 0.003 28 G 0.021 0.052 0.040 0.042 0.216 0.007 0.234 0.004 0.001 0.001 0.011 0.009 0.020 0.019 0.057 0.079 0.033 0.062 0.033 0.045 0.012 29 S 0.106 0.172 0.110 0.116 0.093 0.001 0.010 0.002 0.001 0.001 0.028 0.024 0.081 0.057 0.078 0.038 0.008 0.011 0.028 0.020 0.018 30 F 0.144 0.129 0.058 0.048 0.197 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.045 0.042 0.090 0.078 0.041 0.048 0.007 0.005 0.020 0.007 0.037 31 I 0.181 0.134 0.066 0.064 0.078 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.033 0.047 0.088 0.083 0.142 0.022 0.009 0.003 0.008 0.003 0.031 32 K 0.158 0.166 0.037 0.066 0.138 0.001 0.008 0.004 0.001 0.001 0.019 0.029 0.110 0.109 0.090 0.027 0.006 0.004 0.005 0.007 0.015 33 E 0.101 0.124 0.103 0.182 0.086 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.032 0.030 0.052 0.068 0.092 0.029 0.014 0.012 0.021 0.018 0.021 34 V 0.067 0.102 0.030 0.047 0.434 0.001 0.016 0.004 0.001 0.001 0.006 0.007 0.021 0.015 0.055 0.072 0.039 0.032 0.020 0.027 0.003 35 Q 0.026 0.018 0.154 0.173 0.034 0.002 0.019 0.004 0.004 0.003 0.004 0.006 0.005 0.008 0.164 0.016 0.032 0.016 0.101 0.209 0.002 36 K 0.002 0.001 0.004 0.008 0.141 0.002 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.021 0.655 0.013 0.025 0.087 0.001 37 G 0.001 0.001 0.012 0.009 0.017 0.008 0.639 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.008 0.057 0.122 0.025 0.063 0.001 38 G 0.003 0.004 0.066 0.026 0.032 0.002 0.014 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.018 0.019 0.079 0.086 0.216 0.404 0.001 39 P 0.003 0.006 0.031 0.017 0.215 0.003 0.017 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.020 0.350 0.055 0.072 0.086 0.002 40 A 0.005 0.008 0.055 0.020 0.034 0.016 0.141 0.444 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.042 0.012 0.135 0.025 0.027 0.022 0.001 41 D 0.007 0.007 0.039 0.031 0.050 0.020 0.119 0.520 0.007 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.016 0.009 0.077 0.018 0.041 0.024 0.001 42 L 0.009 0.006 0.015 0.037 0.023 0.009 0.146 0.031 0.157 0.147 0.001 0.003 0.008 0.012 0.019 0.016 0.264 0.044 0.033 0.022 0.001 43 A 0.001 0.001 0.005 0.012 0.013 0.023 0.686 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.008 0.097 0.007 0.022 0.101 0.001 44 G 0.001 0.001 0.004 0.002 0.022 0.003 0.206 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.020 0.688 0.034 0.009 0.001 45 L 0.001 0.001 0.043 0.028 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.019 0.012 0.020 0.335 0.506 0.001 46 E 0.001 0.001 0.012 0.006 0.045 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.008 0.007 0.127 0.781 0.001 47 D 0.001 0.001 0.032 0.005 0.015 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.034 0.654 0.049 0.026 0.161 0.001 48 E 0.001 0.003 0.018 0.012 0.036 0.012 0.701 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.011 0.062 0.015 0.015 0.060 0.001 49 D 0.020 0.040 0.090 0.049 0.154 0.005 0.277 0.048 0.001 0.001 0.008 0.007 0.013 0.010 0.022 0.088 0.018 0.056 0.065 0.025 0.004 50 V 0.116 0.104 0.200 0.122 0.112 0.002 0.006 0.051 0.001 0.001 0.007 0.009 0.059 0.022 0.059 0.043 0.021 0.017 0.025 0.012 0.012 51 I 0.221 0.184 0.023 0.025 0.370 0.001 0.006 0.020 0.001 0.001 0.010 0.023 0.032 0.014 0.012 0.019 0.007 0.003 0.008 0.002 0.018 52 I 0.237 0.186 0.173 0.112 0.020 0.001 0.006 0.023 0.001 0.001 0.012 0.016 0.068 0.057 0.063 0.003 0.004 0.001 0.003 0.002 0.012 53 E 0.197 0.318 0.021 0.074 0.166 0.001 0.006 0.016 0.001 0.001 0.023 0.019 0.055 0.045 0.012 0.008 0.006 0.002 0.004 0.002 0.023 54 V 0.221 0.183 0.112 0.095 0.049 0.001 0.008 0.006 0.017 0.009 0.017 0.029 0.053 0.033 0.101 0.008 0.018 0.003 0.008 0.008 0.021 55 N 0.097 0.063 0.024 0.046 0.444 0.001 0.037 0.003 0.002 0.001 0.005 0.004 0.011 0.007 0.055 0.022 0.080 0.003 0.012 0.078 0.005 56 G 0.034 0.039 0.057 0.029 0.287 0.002 0.161 0.004 0.001 0.001 0.007 0.005 0.011 0.008 0.038 0.024 0.015 0.223 0.017 0.026 0.011 57 V 0.033 0.046 0.267 0.133 0.057 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.013 0.010 0.029 0.028 0.085 0.060 0.025 0.026 0.065 0.092 0.015 58 N 0.022 0.031 0.039 0.039 0.533 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.007 0.008 0.022 0.021 0.048 0.057 0.027 0.015 0.065 0.044 0.008 59 V 0.017 0.017 0.141 0.094 0.091 0.002 0.024 0.004 0.002 0.001 0.014 0.010 0.013 0.019 0.248 0.055 0.064 0.028 0.081 0.068 0.006 60 L 0.012 0.008 0.043 0.067 0.142 0.009 0.070 0.008 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.013 0.114 0.053 0.203 0.033 0.060 0.142 0.002 61 D 0.003 0.004 0.014 0.019 0.085 0.004 0.172 0.011 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.008 0.068 0.114 0.058 0.138 0.148 0.141 0.001 62 E 0.003 0.002 0.071 0.050 0.010 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.063 0.009 0.159 0.061 0.094 0.455 0.001 63 P 0.001 0.001 0.003 0.005 0.075 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.014 0.013 0.165 0.677 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.920 0.022 0.008 0.006 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.022 0.919 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.955 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.004 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 0.074 0.749 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.127 0.002 0.002 0.002 0.001 73 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.315 0.028 0.344 0.131 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.145 0.015 0.004 0.003 0.001 74 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.611 0.003 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.109 0.018 0.107 0.120 0.001 75 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.001 0.068 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.800 0.061 0.033 0.001 76 K 0.002 0.003 0.107 0.029 0.041 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.146 0.060 0.092 0.122 0.337 0.002 77 N 0.012 0.050 0.075 0.051 0.353 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.021 0.016 0.149 0.058 0.025 0.029 0.051 0.058 0.019 78 V 0.048 0.154 0.074 0.054 0.107 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.069 0.036 0.058 0.080 0.164 0.086 0.002 0.003 0.010 0.008 0.043 79 T 0.124 0.220 0.034 0.045 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.043 0.165 0.091 0.079 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.054 80 L 0.192 0.166 0.014 0.009 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.081 0.124 0.074 0.045 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.061 81 L 0.278 0.233 0.049 0.043 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.033 0.127 0.036 0.084 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 82 V 0.249 0.313 0.011 0.035 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.034 0.099 0.031 0.015 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 83 C 0.198 0.265 0.101 0.153 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.027 0.076 0.023 0.064 0.009 0.002 0.002 0.007 0.009 0.011 84 G 0.060 0.084 0.036 0.065 0.432 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.007 0.038 0.085 0.020 0.016 0.035 0.092 0.004 85 K 0.018 0.012 0.117 0.068 0.095 0.002 0.032 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.003 0.209 0.014 0.185 0.038 0.057 0.137 0.001 86 K 0.004 0.004 0.043 0.030 0.063 0.013 0.182 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.033 0.022 0.117 0.081 0.114 0.274 0.001 87 A 0.002 0.002 0.037 0.030 0.049 0.009 0.107 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.018 0.202 0.120 0.166 0.217 0.001 88 Q 0.002 0.004 0.032 0.030 0.070 0.010 0.172 0.020 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 0.018 0.225 0.086 0.125 0.176 0.001 89 D 0.004 0.007 0.060 0.071 0.065 0.016 0.190 0.030 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.027 0.017 0.120 0.070 0.122 0.189 0.001 90 T 0.008 0.012 0.041 0.052 0.212 0.005 0.096 0.025 0.002 0.001 0.003 0.003 0.006 0.003 0.024 0.050 0.088 0.100 0.144 0.123 0.002 91 V 0.013 0.019 0.125 0.120 0.100 0.003 0.034 0.026 0.001 0.001 0.004 0.004 0.009 0.005 0.087 0.031 0.061 0.040 0.134 0.182 0.003