# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2607 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.015 0.736 0.003 0.005 0.002 0.001 0.001 0.014 0.120 0.040 0.034 0.029 2 M 0.001 0.013 0.818 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.015 0.079 0.019 0.009 0.034 3 K 0.001 0.011 0.695 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.039 0.107 0.008 0.112 0.016 4 P 0.006 0.011 0.403 0.015 0.005 0.001 0.006 0.003 0.105 0.027 0.013 0.005 0.401 5 K 0.012 0.004 0.067 0.069 0.002 0.001 0.004 0.004 0.088 0.024 0.001 0.716 0.008 6 L 0.043 0.002 0.019 0.005 0.001 0.001 0.028 0.015 0.161 0.002 0.001 0.011 0.713 7 C 0.207 0.002 0.018 0.035 0.001 0.001 0.084 0.059 0.155 0.001 0.001 0.359 0.078 8 R 0.328 0.002 0.011 0.011 0.001 0.001 0.115 0.037 0.119 0.001 0.001 0.148 0.226 9 L 0.301 0.006 0.043 0.010 0.002 0.001 0.042 0.020 0.066 0.003 0.002 0.165 0.337 10 A 0.095 0.007 0.157 0.049 0.003 0.001 0.020 0.008 0.088 0.028 0.014 0.388 0.143 11 K 0.028 0.017 0.278 0.008 0.009 0.002 0.004 0.002 0.019 0.159 0.101 0.070 0.302 12 G 0.006 0.015 0.357 0.009 0.011 0.001 0.001 0.001 0.004 0.244 0.198 0.078 0.073 13 E 0.004 0.012 0.224 0.007 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.238 0.403 0.027 0.055 14 N 0.003 0.014 0.140 0.008 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.328 0.426 0.027 0.027 15 G 0.010 0.019 0.285 0.025 0.028 0.003 0.001 0.001 0.002 0.297 0.242 0.032 0.058 16 Y 0.046 0.023 0.265 0.076 0.019 0.006 0.006 0.001 0.007 0.239 0.133 0.097 0.081 17 G 0.159 0.020 0.164 0.047 0.006 0.005 0.033 0.005 0.020 0.079 0.048 0.168 0.246 18 F 0.355 0.006 0.069 0.017 0.001 0.001 0.067 0.025 0.025 0.009 0.002 0.168 0.254 19 H 0.440 0.003 0.011 0.015 0.001 0.001 0.095 0.027 0.033 0.002 0.001 0.305 0.066 20 L 0.408 0.004 0.010 0.007 0.001 0.001 0.121 0.031 0.059 0.001 0.001 0.050 0.306 21 N 0.224 0.006 0.065 0.219 0.006 0.003 0.067 0.027 0.050 0.022 0.016 0.209 0.087 22 A 0.095 0.011 0.207 0.014 0.013 0.004 0.014 0.008 0.053 0.087 0.046 0.152 0.296 23 I 0.033 0.016 0.334 0.013 0.053 0.010 0.007 0.004 0.022 0.128 0.120 0.051 0.209 24 R 0.011 0.017 0.210 0.009 0.087 0.010 0.003 0.002 0.012 0.158 0.298 0.130 0.052 25 G 0.003 0.023 0.184 0.006 0.029 0.004 0.001 0.001 0.003 0.341 0.340 0.015 0.049 26 L 0.003 0.013 0.454 0.017 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.350 0.096 0.028 0.019 27 P 0.006 0.012 0.332 0.043 0.019 0.007 0.002 0.001 0.004 0.251 0.263 0.018 0.043 28 G 0.047 0.021 0.291 0.047 0.014 0.005 0.010 0.003 0.015 0.191 0.141 0.101 0.113 29 S 0.216 0.011 0.135 0.044 0.004 0.003 0.057 0.032 0.060 0.027 0.005 0.178 0.228 30 F 0.272 0.005 0.014 0.022 0.001 0.002 0.196 0.084 0.131 0.003 0.002 0.137 0.130 31 I 0.358 0.004 0.015 0.039 0.003 0.003 0.156 0.098 0.106 0.002 0.002 0.063 0.152 32 K 0.272 0.002 0.028 0.121 0.006 0.003 0.077 0.036 0.096 0.008 0.005 0.245 0.101 33 E 0.159 0.009 0.050 0.011 0.005 0.004 0.047 0.020 0.153 0.020 0.014 0.220 0.288 34 V 0.070 0.054 0.240 0.011 0.009 0.006 0.031 0.021 0.112 0.054 0.022 0.066 0.303 35 Q 0.007 0.010 0.624 0.009 0.007 0.006 0.002 0.002 0.047 0.095 0.014 0.130 0.048 36 K 0.001 0.005 0.098 0.003 0.047 0.048 0.001 0.001 0.003 0.144 0.615 0.004 0.032 37 G 0.001 0.009 0.084 0.004 0.045 0.029 0.001 0.001 0.001 0.190 0.626 0.008 0.004 38 G 0.002 0.014 0.566 0.002 0.026 0.077 0.001 0.001 0.001 0.258 0.031 0.009 0.014 39 P 0.003 0.014 0.305 0.001 0.046 0.481 0.001 0.001 0.002 0.070 0.054 0.004 0.019 40 A 0.001 0.004 0.024 0.002 0.105 0.779 0.001 0.001 0.001 0.011 0.068 0.002 0.003 41 D 0.001 0.003 0.035 0.002 0.244 0.626 0.001 0.001 0.001 0.008 0.076 0.002 0.003 42 L 0.004 0.002 0.036 0.002 0.382 0.467 0.001 0.001 0.001 0.013 0.086 0.003 0.005 43 A 0.002 0.002 0.058 0.001 0.075 0.286 0.001 0.001 0.001 0.040 0.527 0.004 0.004 44 G 0.001 0.016 0.141 0.001 0.024 0.070 0.001 0.001 0.001 0.055 0.685 0.002 0.006 45 L 0.001 0.029 0.851 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.005 0.075 0.005 0.012 0.008 46 E 0.001 0.003 0.935 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.003 0.002 0.014 47 D 0.001 0.003 0.162 0.005 0.090 0.026 0.001 0.001 0.003 0.108 0.600 0.001 0.003 48 E 0.001 0.001 0.100 0.006 0.050 0.015 0.001 0.001 0.005 0.241 0.576 0.004 0.001 49 D 0.004 0.007 0.665 0.006 0.064 0.022 0.001 0.002 0.038 0.100 0.016 0.012 0.064 50 V 0.083 0.011 0.147 0.013 0.010 0.038 0.035 0.032 0.304 0.032 0.006 0.157 0.132 51 I 0.467 0.004 0.020 0.028 0.004 0.017 0.128 0.063 0.042 0.004 0.003 0.051 0.170 52 I 0.637 0.003 0.007 0.032 0.004 0.014 0.108 0.030 0.024 0.001 0.003 0.071 0.066 53 E 0.632 0.004 0.016 0.016 0.006 0.019 0.081 0.022 0.033 0.002 0.006 0.073 0.090 54 V 0.280 0.003 0.094 0.031 0.018 0.027 0.033 0.018 0.052 0.014 0.021 0.091 0.319 55 N 0.027 0.002 0.093 0.075 0.008 0.010 0.007 0.001 0.026 0.152 0.392 0.170 0.038 56 G 0.005 0.005 0.149 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.213 0.571 0.009 0.033 57 V 0.007 0.027 0.606 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.022 0.115 0.008 0.180 0.023 58 N 0.008 0.045 0.436 0.002 0.007 0.007 0.004 0.003 0.049 0.079 0.019 0.019 0.323 59 V 0.012 0.047 0.462 0.033 0.081 0.033 0.008 0.008 0.031 0.104 0.054 0.069 0.058 60 L 0.004 0.016 0.223 0.028 0.063 0.028 0.004 0.002 0.020 0.172 0.384 0.026 0.030 61 D 0.001 0.027 0.325 0.002 0.029 0.015 0.001 0.001 0.009 0.270 0.277 0.016 0.026 62 E 0.001 0.038 0.697 0.001 0.004 0.021 0.001 0.001 0.008 0.181 0.016 0.021 0.013 63 P 0.001 0.019 0.809 0.001 0.006 0.045 0.001 0.001 0.002 0.089 0.011 0.002 0.017 64 Y 0.001 0.001 0.008 0.001 0.013 0.972 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.006 0.934 0.001 0.001 0.001 0.002 0.053 0.001 0.001 73 S 0.001 0.001 0.021 0.001 0.009 0.662 0.001 0.001 0.001 0.019 0.287 0.001 0.001 74 S 0.001 0.001 0.061 0.001 0.009 0.090 0.001 0.001 0.001 0.071 0.766 0.001 0.001 75 G 0.001 0.001 0.077 0.001 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.159 0.752 0.001 0.001 76 K 0.002 0.003 0.369 0.013 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.456 0.109 0.026 0.008 77 N 0.038 0.006 0.349 0.013 0.002 0.001 0.015 0.009 0.137 0.084 0.029 0.024 0.294 78 V 0.249 0.002 0.040 0.036 0.001 0.001 0.155 0.070 0.217 0.015 0.001 0.143 0.070 79 T 0.382 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 0.247 0.121 0.085 0.001 0.001 0.058 0.073 80 L 0.456 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.256 0.141 0.054 0.001 0.001 0.041 0.047 81 L 0.450 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.271 0.119 0.068 0.001 0.001 0.047 0.025 82 V 0.457 0.001 0.013 0.004 0.001 0.001 0.143 0.039 0.126 0.001 0.001 0.071 0.142 83 C 0.245 0.004 0.111 0.053 0.003 0.001 0.057 0.012 0.134 0.023 0.013 0.200 0.145 84 G 0.044 0.010 0.400 0.011 0.006 0.002 0.007 0.001 0.034 0.169 0.046 0.091 0.178 85 K 0.009 0.015 0.470 0.010 0.020 0.007 0.002 0.001 0.010 0.235 0.101 0.045 0.076 86 K 0.010 0.024 0.388 0.013 0.127 0.023 0.001 0.001 0.004 0.145 0.164 0.038 0.062 87 A 0.004 0.023 0.371 0.007 0.159 0.041 0.001 0.001 0.003 0.138 0.205 0.017 0.030 88 Q 0.005 0.019 0.419 0.010 0.152 0.052 0.001 0.001 0.003 0.112 0.187 0.015 0.025 89 D 0.004 0.025 0.480 0.006 0.057 0.046 0.001 0.001 0.007 0.165 0.152 0.035 0.022 90 T 0.003 0.045 0.650 0.003 0.023 0.018 0.001 0.001 0.011 0.098 0.077 0.010 0.060 91 V 0.001 0.019 0.830 0.002 0.003 0.004 0.001 0.001 0.014 0.068 0.004 0.041 0.012