# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2607 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.109 0.094 0.186 0.216 0.019 0.115 0.026 0.033 0.030 0.017 0.031 0.029 0.040 0.005 0.016 0.035 2 M 0.073 0.161 0.206 0.402 0.003 0.027 0.006 0.014 0.019 0.006 0.021 0.014 0.013 0.001 0.005 0.028 3 K 0.043 0.074 0.217 0.598 0.002 0.029 0.002 0.002 0.010 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.008 4 P 0.037 0.020 0.221 0.644 0.001 0.063 0.001 0.002 0.001 0.001 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 5 K 0.003 0.164 0.102 0.725 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.017 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 C 0.001 0.002 0.134 0.862 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.002 0.002 0.932 0.027 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.018 0.001 0.516 0.371 0.084 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.001 0.184 0.002 0.419 0.057 0.093 0.001 0.211 0.005 0.003 0.018 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 12 G 0.003 0.058 0.011 0.080 0.175 0.207 0.009 0.050 0.112 0.183 0.079 0.023 0.005 0.002 0.001 0.004 13 E 0.049 0.119 0.027 0.053 0.156 0.038 0.048 0.099 0.018 0.010 0.280 0.052 0.008 0.026 0.013 0.005 14 N 0.017 0.089 0.081 0.080 0.010 0.029 0.006 0.261 0.052 0.023 0.026 0.096 0.012 0.003 0.198 0.018 15 G 0.099 0.047 0.101 0.073 0.030 0.019 0.040 0.006 0.218 0.057 0.012 0.012 0.012 0.025 0.006 0.244 16 Y 0.475 0.048 0.177 0.181 0.001 0.015 0.005 0.042 0.006 0.003 0.008 0.010 0.007 0.001 0.016 0.005 17 G 0.018 0.034 0.426 0.437 0.001 0.012 0.001 0.002 0.032 0.007 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.021 18 F 0.057 0.007 0.064 0.866 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 H 0.001 0.002 0.119 0.858 0.003 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.007 0.009 0.704 0.104 0.165 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.001 0.154 0.005 0.702 0.041 0.030 0.001 0.043 0.002 0.001 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.004 0.073 0.022 0.588 0.035 0.137 0.002 0.027 0.045 0.026 0.012 0.013 0.009 0.001 0.002 0.005 23 I 0.017 0.025 0.040 0.060 0.519 0.078 0.117 0.008 0.007 0.015 0.066 0.011 0.007 0.027 0.001 0.003 24 R 0.008 0.092 0.021 0.063 0.012 0.040 0.003 0.608 0.005 0.002 0.039 0.026 0.005 0.001 0.073 0.002 25 G 0.006 0.073 0.045 0.110 0.010 0.010 0.003 0.009 0.417 0.141 0.015 0.020 0.008 0.002 0.004 0.127 26 L 0.388 0.011 0.035 0.041 0.129 0.084 0.219 0.003 0.004 0.008 0.011 0.023 0.014 0.022 0.002 0.004 27 P 0.012 0.201 0.165 0.057 0.001 0.022 0.003 0.381 0.004 0.002 0.045 0.014 0.011 0.001 0.075 0.006 28 G 0.017 0.033 0.040 0.313 0.001 0.009 0.001 0.001 0.450 0.030 0.007 0.021 0.005 0.001 0.001 0.072 29 S 0.359 0.015 0.278 0.337 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 30 F 0.002 0.003 0.233 0.537 0.002 0.214 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 31 I 0.001 0.013 0.006 0.203 0.010 0.681 0.001 0.001 0.001 0.001 0.074 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.648 0.002 0.241 0.001 0.010 0.001 0.004 0.002 0.001 0.018 0.066 0.007 0.001 0.001 0.001 33 E 0.003 0.011 0.039 0.778 0.007 0.017 0.003 0.003 0.011 0.001 0.018 0.014 0.080 0.002 0.002 0.012 34 V 0.008 0.010 0.711 0.151 0.013 0.010 0.009 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.068 0.001 0.002 0.008 35 Q 0.001 0.001 0.004 0.020 0.780 0.019 0.069 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.096 0.001 0.001 36 K 0.001 0.010 0.002 0.015 0.018 0.013 0.002 0.803 0.001 0.001 0.015 0.001 0.006 0.003 0.110 0.001 37 G 0.001 0.035 0.003 0.019 0.001 0.003 0.001 0.021 0.451 0.368 0.008 0.009 0.006 0.001 0.004 0.070 38 G 0.711 0.004 0.006 0.010 0.002 0.091 0.004 0.003 0.008 0.021 0.013 0.081 0.043 0.001 0.001 0.003 39 P 0.012 0.016 0.062 0.010 0.001 0.083 0.002 0.011 0.001 0.001 0.590 0.067 0.137 0.002 0.002 0.002 40 A 0.001 0.015 0.009 0.042 0.002 0.013 0.002 0.002 0.002 0.001 0.035 0.713 0.156 0.002 0.003 0.002 41 D 0.002 0.003 0.009 0.017 0.004 0.019 0.004 0.003 0.001 0.001 0.014 0.044 0.859 0.006 0.006 0.007 42 L 0.001 0.001 0.004 0.001 0.009 0.001 0.079 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.033 0.862 0.002 0.004 43 A 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.004 0.024 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.945 0.002 44 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.969 45 L 0.946 0.004 0.032 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 46 E 0.003 0.002 0.059 0.002 0.229 0.562 0.104 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.025 0.001 0.001 47 D 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.436 0.001 0.001 0.511 0.001 0.003 0.001 0.020 0.001 48 E 0.001 0.039 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.750 0.013 0.004 0.157 0.002 0.001 0.001 0.027 49 D 0.784 0.008 0.139 0.012 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.022 0.001 0.006 0.008 50 V 0.009 0.018 0.906 0.010 0.001 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.016 51 I 0.014 0.011 0.171 0.345 0.006 0.116 0.002 0.004 0.001 0.001 0.282 0.003 0.041 0.003 0.001 0.001 52 I 0.001 0.178 0.169 0.547 0.008 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.029 0.047 0.001 0.002 0.003 53 E 0.003 0.005 0.028 0.698 0.109 0.029 0.014 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.070 0.015 0.001 0.017 54 V 0.001 0.002 0.023 0.016 0.645 0.022 0.211 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.065 0.001 0.001 55 N 0.001 0.036 0.003 0.028 0.001 0.011 0.001 0.833 0.003 0.004 0.006 0.002 0.002 0.001 0.069 0.001 56 G 0.005 0.014 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.774 0.045 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.131 57 V 0.849 0.011 0.075 0.053 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 58 N 0.002 0.006 0.181 0.019 0.005 0.769 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 59 V 0.002 0.031 0.002 0.026 0.106 0.053 0.012 0.002 0.001 0.001 0.740 0.005 0.004 0.015 0.001 0.001 60 L 0.001 0.166 0.009 0.036 0.001 0.007 0.002 0.150 0.006 0.001 0.009 0.537 0.004 0.001 0.070 0.001 61 D 0.004 0.015 0.051 0.024 0.001 0.009 0.007 0.001 0.169 0.038 0.004 0.006 0.040 0.001 0.006 0.624 62 E 0.471 0.024 0.380 0.066 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.009 0.009 0.018 0.001 0.002 0.011 63 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.980 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.982 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.009 0.001 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.990 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.004 0.001 0.008 71 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.011 0.007 0.005 72 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.013 0.009 0.020 73 S 0.003 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.095 0.782 0.006 0.043 74 S 0.003 0.004 0.030 0.001 0.001 0.002 0.012 0.024 0.001 0.001 0.004 0.002 0.080 0.003 0.828 0.007 75 G 0.011 0.019 0.031 0.006 0.001 0.007 0.010 0.002 0.059 0.019 0.007 0.003 0.048 0.011 0.005 0.762 76 K 0.842 0.042 0.028 0.044 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.007 0.011 0.001 0.004 0.006 77 N 0.020 0.055 0.752 0.142 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 78 V 0.016 0.006 0.199 0.775 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 T 0.001 0.002 0.110 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 L 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 V 0.001 0.002 0.001 0.518 0.341 0.136 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 C 0.001 0.245 0.002 0.580 0.011 0.025 0.001 0.128 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 G 0.001 0.047 0.004 0.357 0.019 0.333 0.001 0.011 0.084 0.119 0.014 0.008 0.001 0.001 0.001 0.002 85 K 0.071 0.178 0.066 0.172 0.017 0.130 0.004 0.033 0.006 0.006 0.284 0.024 0.007 0.001 0.002 0.002 86 K 0.008 0.174 0.061 0.192 0.012 0.161 0.004 0.019 0.014 0.008 0.081 0.245 0.012 0.002 0.002 0.004 87 A 0.018 0.118 0.104 0.236 0.026 0.133 0.018 0.019 0.014 0.006 0.100 0.107 0.073 0.006 0.009 0.011 88 Q 0.017 0.139 0.137 0.231 0.015 0.081 0.023 0.021 0.018 0.006 0.062 0.087 0.118 0.006 0.013 0.024 89 D 0.039 0.064 0.153 0.235 0.018 0.069 0.026 0.021 0.022 0.013 0.061 0.081 0.138 0.010 0.014 0.036 90 T 0.041 0.053 0.156 0.161 0.065 0.090 0.065 0.015 0.013 0.009 0.061 0.054 0.145 0.030 0.012 0.032 91 V 0.027 0.078 0.149 0.193 0.053 0.054 0.054 0.057 0.010 0.007 0.065 0.054 0.114 0.025 0.035 0.026