# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2607 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.018 0.086 0.838 2 M 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.010 0.102 0.854 3 K 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.012 0.011 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.380 0.068 0.069 0.430 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.006 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.084 0.017 0.097 0.779 5 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.007 0.008 0.003 0.881 0.012 0.014 0.067 6 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.009 0.044 0.020 0.576 0.048 0.028 0.265 7 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.010 0.903 0.017 0.005 0.042 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.066 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.015 0.744 0.021 0.012 0.105 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.153 0.175 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.426 0.022 0.021 0.137 10 A 0.007 0.001 0.001 0.001 0.258 0.223 0.134 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.178 0.040 0.021 0.115 11 K 0.044 0.001 0.001 0.001 0.036 0.006 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.143 0.051 0.083 0.623 12 G 0.440 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.118 0.058 0.345 13 E 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.024 0.124 0.785 14 N 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.013 0.138 0.797 15 G 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.112 0.070 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.124 0.049 0.103 0.341 16 Y 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.165 0.128 0.016 0.032 0.012 0.008 0.003 0.148 0.048 0.099 0.305 17 G 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.059 0.009 0.174 0.073 0.026 0.008 0.447 0.063 0.024 0.109 18 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.006 0.079 0.146 0.180 0.018 0.404 0.052 0.020 0.087 19 H 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.038 0.019 0.807 0.037 0.016 0.054 20 L 0.006 0.002 0.001 0.001 0.005 0.028 0.025 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.669 0.075 0.030 0.137 21 N 0.019 0.003 0.001 0.001 0.043 0.038 0.066 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.516 0.109 0.052 0.136 22 A 0.026 0.002 0.001 0.001 0.006 0.006 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.288 0.041 0.122 0.491 23 I 0.217 0.006 0.002 0.001 0.015 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.138 0.125 0.396 24 R 0.015 0.001 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.069 0.025 0.137 0.735 25 G 0.039 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.033 0.123 0.773 26 L 0.159 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.007 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.060 0.084 0.139 0.508 27 P 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.088 0.030 0.174 0.677 28 G 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.005 0.038 0.004 0.015 0.005 0.006 0.002 0.436 0.052 0.077 0.346 29 S 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.015 0.013 0.006 0.016 0.024 0.046 0.005 0.453 0.043 0.076 0.278 30 F 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.010 0.009 0.018 0.007 0.810 0.033 0.018 0.079 31 I 0.015 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.024 0.025 0.012 0.468 0.076 0.047 0.299 32 K 0.010 0.006 0.001 0.001 0.003 0.010 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.005 0.678 0.049 0.040 0.171 33 E 0.016 0.007 0.003 0.001 0.029 0.013 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.365 0.079 0.073 0.394 34 V 0.045 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.299 0.058 0.116 0.468 35 Q 0.315 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.089 0.077 0.351 36 K 0.007 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.015 0.114 0.792 37 G 0.011 0.130 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.025 0.096 0.690 38 G 0.186 0.579 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.050 0.030 0.118 39 P 0.243 0.301 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.124 0.049 0.234 40 A 0.165 0.068 0.081 0.001 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.023 0.230 0.059 0.343 41 D 0.494 0.019 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.002 0.001 0.026 0.031 0.064 0.348 42 L 0.139 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.028 0.090 0.698 43 A 0.015 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.012 0.126 0.799 44 G 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.020 0.123 0.804 45 L 0.012 0.013 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.029 0.161 0.724 46 E 0.464 0.121 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.051 0.053 0.278 47 D 0.123 0.110 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.067 0.152 0.503 48 E 0.008 0.067 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.507 0.058 0.094 0.258 49 D 0.004 0.072 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.433 0.109 0.076 0.291 50 V 0.006 0.041 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.801 0.067 0.016 0.055 51 I 0.012 0.031 0.003 0.002 0.002 0.031 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.004 0.009 0.575 0.150 0.016 0.134 52 I 0.001 0.001 0.023 0.001 0.585 0.037 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.218 0.082 0.004 0.019 53 E 0.024 0.001 0.004 0.001 0.018 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.637 0.049 0.036 0.223 54 V 0.753 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.046 0.131 0.012 0.054 55 N 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.091 0.005 0.112 0.785 56 G 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.019 0.092 0.844 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.816 0.023 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.016 0.022 0.087 58 N 0.061 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.035 0.077 0.684 59 V 0.144 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.184 0.020 0.004 0.001 0.015 0.078 0.068 0.458 60 L 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.034 0.011 0.002 0.056 0.014 0.076 0.788 61 D 0.017 0.084 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.026 0.068 0.785 62 E 0.017 0.214 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.054 0.145 0.500 63 P 0.024 0.869 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.026 0.009 0.067 64 Y 0.026 0.947 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.016 65 E 0.004 0.847 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.119 0.004 0.023 66 K 0.006 0.924 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.002 0.010 67 V 0.005 0.979 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 68 V 0.009 0.955 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.003 0.012 69 D 0.019 0.323 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.596 0.010 0.047 70 R 0.009 0.122 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.764 0.040 0.053 71 I 0.081 0.033 0.200 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.544 0.044 0.091 72 Q 0.282 0.004 0.015 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.037 0.051 0.600 73 S 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.038 0.915 74 S 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.016 0.117 0.835 75 G 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.144 0.818 76 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.174 0.031 0.113 0.672 77 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.445 0.068 0.066 0.407 78 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.005 0.002 0.796 0.074 0.016 0.095 79 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.011 0.020 0.011 0.828 0.039 0.010 0.071 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.010 0.007 0.948 0.013 0.002 0.015 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.877 0.018 0.010 0.066 82 V 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.009 0.022 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.772 0.032 0.026 0.115 83 C 0.031 0.004 0.001 0.001 0.007 0.007 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.440 0.078 0.075 0.339 84 G 0.099 0.014 0.002 0.001 0.004 0.003 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.102 0.098 0.538 85 K 0.086 0.014 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.092 0.099 0.630 86 K 0.100 0.007 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 0.083 0.098 0.647 87 A 0.064 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.044 0.091 0.743 88 Q 0.063 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.006 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.025 0.031 0.095 0.763 89 D 0.020 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.013 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.039 0.017 0.120 0.767 90 T 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.049 0.014 0.122 0.787 91 V 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.104 0.022 0.126 0.709