# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2607 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.028 0.002 0.001 0.009 0.014 0.032 0.109 0.001 0.001 0.020 0.783 2 M 0.015 0.001 0.001 0.010 0.016 0.028 0.151 0.001 0.001 0.014 0.764 3 K 0.008 0.001 0.001 0.038 0.141 0.247 0.131 0.001 0.001 0.029 0.403 4 P 0.003 0.001 0.001 0.051 0.075 0.223 0.084 0.001 0.001 0.056 0.506 5 K 0.001 0.001 0.001 0.092 0.296 0.458 0.022 0.001 0.001 0.030 0.099 6 L 0.001 0.001 0.001 0.169 0.221 0.396 0.014 0.001 0.001 0.063 0.135 7 C 0.001 0.001 0.001 0.112 0.510 0.317 0.004 0.001 0.001 0.016 0.040 8 R 0.001 0.001 0.001 0.185 0.306 0.409 0.007 0.001 0.001 0.041 0.049 9 L 0.003 0.001 0.001 0.100 0.408 0.342 0.014 0.001 0.001 0.035 0.096 10 A 0.008 0.001 0.001 0.090 0.310 0.302 0.034 0.001 0.002 0.057 0.195 11 K 0.041 0.002 0.001 0.032 0.057 0.098 0.100 0.003 0.001 0.047 0.619 12 G 0.386 0.002 0.001 0.012 0.015 0.020 0.072 0.005 0.001 0.066 0.419 13 E 0.033 0.001 0.001 0.007 0.006 0.012 0.111 0.001 0.001 0.021 0.809 14 N 0.010 0.001 0.001 0.017 0.012 0.035 0.140 0.001 0.001 0.019 0.766 15 G 0.012 0.002 0.001 0.033 0.082 0.119 0.119 0.001 0.001 0.074 0.556 16 Y 0.003 0.002 0.001 0.095 0.212 0.251 0.088 0.001 0.001 0.053 0.294 17 G 0.002 0.002 0.001 0.144 0.132 0.406 0.036 0.001 0.001 0.061 0.215 18 F 0.001 0.001 0.001 0.164 0.379 0.293 0.018 0.001 0.001 0.037 0.106 19 H 0.003 0.003 0.001 0.258 0.233 0.357 0.019 0.001 0.001 0.049 0.076 20 L 0.019 0.005 0.001 0.217 0.208 0.237 0.039 0.003 0.001 0.055 0.215 21 N 0.016 0.004 0.006 0.149 0.198 0.296 0.051 0.004 0.007 0.062 0.207 22 A 0.081 0.003 0.001 0.043 0.055 0.133 0.100 0.004 0.002 0.048 0.530 23 I 0.380 0.002 0.001 0.023 0.026 0.036 0.083 0.004 0.001 0.086 0.359 24 R 0.009 0.001 0.001 0.028 0.012 0.027 0.121 0.001 0.001 0.019 0.783 25 G 0.024 0.002 0.001 0.013 0.007 0.022 0.121 0.001 0.001 0.026 0.783 26 L 0.071 0.004 0.001 0.014 0.075 0.040 0.154 0.003 0.001 0.072 0.566 27 P 0.011 0.006 0.001 0.054 0.034 0.087 0.158 0.001 0.001 0.038 0.610 28 G 0.005 0.006 0.001 0.066 0.095 0.433 0.071 0.001 0.001 0.035 0.288 29 S 0.003 0.005 0.001 0.096 0.308 0.333 0.037 0.001 0.001 0.035 0.180 30 F 0.009 0.012 0.001 0.133 0.281 0.388 0.022 0.001 0.001 0.047 0.105 31 I 0.027 0.018 0.001 0.118 0.209 0.263 0.048 0.007 0.001 0.073 0.237 32 K 0.010 0.008 0.001 0.167 0.255 0.336 0.038 0.002 0.001 0.034 0.149 33 E 0.017 0.007 0.021 0.065 0.115 0.260 0.078 0.003 0.014 0.096 0.326 34 V 0.072 0.005 0.001 0.075 0.058 0.088 0.121 0.006 0.001 0.054 0.518 35 Q 0.772 0.002 0.001 0.012 0.010 0.009 0.027 0.002 0.001 0.024 0.141 36 K 0.002 0.001 0.001 0.018 0.002 0.011 0.110 0.001 0.001 0.004 0.852 37 G 0.003 0.017 0.001 0.005 0.005 0.008 0.061 0.001 0.001 0.010 0.889 38 G 0.202 0.516 0.002 0.005 0.079 0.011 0.030 0.025 0.001 0.031 0.100 39 P 0.185 0.631 0.002 0.006 0.002 0.003 0.034 0.014 0.001 0.017 0.105 40 A 0.172 0.239 0.200 0.007 0.012 0.016 0.026 0.021 0.066 0.035 0.207 41 D 0.815 0.019 0.003 0.003 0.003 0.007 0.017 0.011 0.002 0.008 0.113 42 L 0.465 0.025 0.002 0.008 0.005 0.011 0.051 0.016 0.001 0.019 0.397 43 A 0.017 0.005 0.001 0.029 0.010 0.017 0.065 0.001 0.001 0.023 0.830 44 G 0.013 0.003 0.001 0.011 0.006 0.021 0.089 0.001 0.001 0.052 0.805 45 L 0.019 0.002 0.001 0.008 0.055 0.019 0.103 0.001 0.001 0.022 0.771 46 E 0.716 0.002 0.001 0.009 0.010 0.007 0.042 0.002 0.001 0.020 0.191 47 D 0.034 0.003 0.001 0.007 0.004 0.015 0.128 0.002 0.001 0.015 0.791 48 E 0.005 0.006 0.001 0.022 0.016 0.118 0.129 0.002 0.001 0.015 0.687 49 D 0.006 0.011 0.001 0.035 0.232 0.300 0.056 0.001 0.001 0.067 0.292 50 V 0.003 0.006 0.001 0.055 0.251 0.448 0.033 0.001 0.001 0.045 0.158 51 I 0.011 0.006 0.001 0.095 0.281 0.256 0.025 0.001 0.001 0.043 0.281 52 I 0.001 0.001 0.008 0.043 0.379 0.507 0.007 0.001 0.005 0.017 0.033 53 E 0.035 0.002 0.001 0.073 0.149 0.395 0.035 0.002 0.001 0.052 0.256 54 V 0.821 0.001 0.001 0.009 0.021 0.021 0.011 0.003 0.001 0.057 0.055 55 N 0.002 0.002 0.001 0.039 0.033 0.066 0.084 0.001 0.001 0.012 0.762 56 G 0.005 0.005 0.001 0.017 0.009 0.068 0.059 0.001 0.001 0.021 0.815 57 V 0.003 0.001 0.002 0.010 0.720 0.072 0.023 0.001 0.001 0.035 0.131 58 N 0.096 0.002 0.001 0.113 0.038 0.062 0.069 0.002 0.001 0.050 0.568 59 V 0.565 0.002 0.001 0.010 0.015 0.029 0.051 0.003 0.001 0.064 0.260 60 L 0.002 0.001 0.001 0.028 0.005 0.017 0.084 0.001 0.001 0.006 0.858 61 D 0.019 0.017 0.001 0.007 0.004 0.014 0.079 0.001 0.001 0.012 0.847 62 E 0.011 0.056 0.001 0.017 0.116 0.016 0.131 0.002 0.001 0.012 0.639 63 P 0.029 0.838 0.001 0.002 0.003 0.001 0.011 0.004 0.001 0.018 0.094 64 Y 0.016 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.003 65 E 0.007 0.911 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.057 0.018 66 K 0.004 0.945 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.028 0.016 67 V 0.009 0.962 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.001 0.008 0.007 68 V 0.008 0.928 0.003 0.001 0.001 0.002 0.004 0.006 0.001 0.028 0.019 69 D 0.014 0.636 0.005 0.002 0.003 0.006 0.017 0.002 0.001 0.195 0.119 70 R 0.023 0.130 0.010 0.002 0.002 0.003 0.047 0.007 0.003 0.701 0.071 71 I 0.040 0.038 0.147 0.006 0.007 0.008 0.078 0.037 0.098 0.457 0.085 72 Q 0.270 0.017 0.011 0.003 0.007 0.009 0.063 0.007 0.012 0.044 0.556 73 S 0.048 0.002 0.002 0.002 0.001 0.002 0.045 0.001 0.001 0.009 0.887 74 S 0.026 0.001 0.002 0.003 0.004 0.005 0.113 0.001 0.001 0.006 0.840 75 G 0.019 0.001 0.001 0.002 0.002 0.008 0.141 0.001 0.001 0.009 0.817 76 K 0.002 0.001 0.001 0.020 0.058 0.095 0.133 0.001 0.001 0.011 0.680 77 N 0.001 0.001 0.001 0.184 0.037 0.177 0.055 0.001 0.001 0.063 0.482 78 V 0.001 0.001 0.001 0.265 0.292 0.216 0.021 0.001 0.001 0.068 0.137 79 T 0.001 0.001 0.001 0.661 0.094 0.119 0.005 0.001 0.001 0.058 0.062 80 L 0.001 0.001 0.001 0.289 0.440 0.214 0.003 0.001 0.001 0.021 0.033 81 L 0.001 0.001 0.001 0.366 0.301 0.262 0.004 0.001 0.001 0.030 0.037 82 V 0.002 0.001 0.001 0.219 0.415 0.250 0.011 0.001 0.001 0.023 0.077 83 C 0.014 0.003 0.001 0.211 0.231 0.208 0.041 0.003 0.001 0.034 0.253 84 G 0.125 0.015 0.002 0.034 0.043 0.064 0.107 0.010 0.002 0.050 0.548 85 K 0.104 0.012 0.002 0.021 0.015 0.022 0.124 0.009 0.001 0.063 0.626 86 K 0.077 0.007 0.002 0.011 0.011 0.017 0.100 0.004 0.002 0.051 0.717 87 A 0.099 0.005 0.002 0.013 0.013 0.018 0.108 0.004 0.001 0.045 0.692 88 Q 0.098 0.003 0.001 0.010 0.010 0.014 0.088 0.002 0.001 0.035 0.740 89 D 0.025 0.002 0.001 0.013 0.011 0.015 0.099 0.001 0.001 0.022 0.811 90 T 0.017 0.004 0.001 0.016 0.009 0.015 0.114 0.001 0.001 0.023 0.801 91 V 0.032 0.007 0.001 0.023 0.024 0.022 0.144 0.002 0.001 0.039 0.705