# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2607 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.456 0.287 0.047 0.095 0.054 0.021 0.019 0.010 0.005 0.004 0.002 2 M 0.274 0.121 0.028 0.092 0.100 0.103 0.103 0.075 0.050 0.032 0.022 3 K 0.439 0.387 0.044 0.079 0.034 0.007 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 4 P 0.244 0.106 0.038 0.150 0.141 0.117 0.095 0.055 0.030 0.017 0.008 5 K 0.066 0.100 0.061 0.149 0.164 0.165 0.140 0.064 0.050 0.030 0.013 6 L 0.019 0.073 0.059 0.291 0.222 0.149 0.112 0.039 0.022 0.010 0.004 7 C 0.004 0.005 0.012 0.014 0.022 0.039 0.123 0.199 0.229 0.201 0.150 8 R 0.023 0.081 0.090 0.356 0.296 0.065 0.049 0.019 0.013 0.007 0.002 9 L 0.001 0.004 0.011 0.015 0.013 0.029 0.079 0.095 0.260 0.258 0.235 10 A 0.044 0.075 0.081 0.293 0.261 0.082 0.088 0.028 0.026 0.016 0.007 11 K 0.036 0.076 0.055 0.115 0.114 0.124 0.183 0.109 0.091 0.056 0.039 12 G 0.234 0.202 0.064 0.211 0.132 0.063 0.047 0.020 0.013 0.008 0.006 13 E 0.416 0.258 0.045 0.100 0.075 0.031 0.036 0.019 0.010 0.005 0.003 14 N 0.435 0.199 0.035 0.134 0.087 0.042 0.033 0.018 0.010 0.005 0.003 15 G 0.221 0.133 0.046 0.142 0.120 0.108 0.100 0.049 0.040 0.025 0.015 16 Y 0.011 0.020 0.014 0.043 0.057 0.096 0.185 0.204 0.176 0.116 0.079 17 G 0.051 0.085 0.041 0.142 0.141 0.140 0.164 0.089 0.071 0.045 0.031 18 F 0.003 0.004 0.005 0.007 0.011 0.017 0.055 0.122 0.215 0.283 0.278 19 H 0.043 0.069 0.043 0.171 0.170 0.112 0.130 0.092 0.077 0.052 0.041 20 L 0.003 0.003 0.004 0.009 0.008 0.016 0.047 0.076 0.204 0.277 0.353 21 N 0.042 0.072 0.038 0.178 0.185 0.120 0.132 0.081 0.072 0.044 0.036 22 A 0.084 0.075 0.045 0.139 0.129 0.104 0.138 0.095 0.088 0.058 0.044 23 I 0.067 0.055 0.027 0.094 0.092 0.111 0.153 0.106 0.119 0.092 0.087 24 R 0.151 0.155 0.055 0.175 0.135 0.094 0.098 0.057 0.040 0.025 0.016 25 G 0.514 0.139 0.039 0.103 0.058 0.043 0.042 0.025 0.017 0.012 0.008 26 L 0.118 0.088 0.036 0.119 0.113 0.122 0.116 0.085 0.082 0.077 0.044 27 P 0.184 0.175 0.038 0.130 0.106 0.107 0.115 0.057 0.045 0.026 0.018 28 G 0.116 0.079 0.036 0.139 0.133 0.146 0.138 0.076 0.063 0.044 0.030 29 S 0.041 0.039 0.037 0.064 0.080 0.090 0.152 0.144 0.138 0.126 0.089 30 F 0.012 0.045 0.032 0.119 0.125 0.100 0.167 0.152 0.114 0.082 0.052 31 I 0.001 0.002 0.005 0.011 0.012 0.026 0.066 0.098 0.209 0.262 0.307 32 K 0.038 0.053 0.092 0.291 0.253 0.114 0.085 0.028 0.023 0.016 0.007 33 E 0.052 0.132 0.093 0.231 0.206 0.110 0.091 0.037 0.026 0.014 0.008 34 V 0.003 0.004 0.004 0.009 0.011 0.018 0.060 0.135 0.202 0.244 0.310 35 Q 0.040 0.104 0.070 0.170 0.159 0.131 0.146 0.080 0.047 0.036 0.015 36 K 0.298 0.296 0.175 0.145 0.049 0.015 0.010 0.005 0.003 0.002 0.001 37 G 0.335 0.119 0.039 0.144 0.115 0.113 0.074 0.031 0.017 0.009 0.004 38 G 0.080 0.050 0.019 0.058 0.067 0.081 0.150 0.133 0.154 0.126 0.083 39 P 0.066 0.129 0.062 0.196 0.173 0.121 0.120 0.054 0.041 0.022 0.016 40 A 0.016 0.018 0.041 0.035 0.034 0.049 0.103 0.115 0.183 0.215 0.189 41 D 0.068 0.113 0.085 0.293 0.178 0.102 0.083 0.034 0.023 0.013 0.007 42 L 0.044 0.052 0.031 0.126 0.093 0.120 0.151 0.111 0.121 0.083 0.068 43 A 0.145 0.115 0.039 0.129 0.131 0.124 0.132 0.061 0.058 0.040 0.026 44 G 0.351 0.262 0.044 0.143 0.087 0.045 0.035 0.014 0.010 0.006 0.003 45 L 0.017 0.009 0.007 0.020 0.019 0.034 0.078 0.101 0.194 0.219 0.303 46 E 0.143 0.335 0.052 0.200 0.147 0.040 0.038 0.018 0.013 0.009 0.007 47 D 0.243 0.326 0.044 0.122 0.098 0.051 0.046 0.028 0.020 0.012 0.010 48 E 0.496 0.140 0.032 0.139 0.092 0.048 0.025 0.011 0.008 0.005 0.003 49 D 0.015 0.021 0.015 0.063 0.088 0.125 0.183 0.171 0.141 0.110 0.067 50 V 0.006 0.032 0.026 0.155 0.189 0.171 0.195 0.133 0.056 0.027 0.010 51 I 0.001 0.002 0.009 0.010 0.012 0.023 0.073 0.108 0.216 0.301 0.245 52 I 0.002 0.006 0.022 0.036 0.047 0.074 0.154 0.192 0.193 0.157 0.117 53 E 0.008 0.025 0.113 0.221 0.228 0.118 0.118 0.063 0.049 0.039 0.016 54 V 0.001 0.003 0.005 0.007 0.009 0.024 0.075 0.156 0.200 0.265 0.254 55 N 0.040 0.091 0.065 0.157 0.118 0.124 0.154 0.094 0.073 0.059 0.025 56 G 0.400 0.190 0.070 0.152 0.070 0.040 0.032 0.020 0.013 0.009 0.004 57 V 0.156 0.094 0.044 0.131 0.153 0.133 0.125 0.062 0.049 0.034 0.019 58 N 0.242 0.237 0.041 0.179 0.140 0.052 0.051 0.026 0.019 0.009 0.005 59 V 0.006 0.007 0.006 0.011 0.008 0.022 0.069 0.077 0.219 0.277 0.298 60 L 0.042 0.138 0.074 0.223 0.210 0.133 0.102 0.038 0.022 0.012 0.006 61 D 0.368 0.215 0.101 0.159 0.073 0.029 0.025 0.013 0.009 0.006 0.003 62 E 0.279 0.082 0.035 0.110 0.124 0.107 0.108 0.062 0.041 0.029 0.021 63 P 0.119 0.495 0.057 0.116 0.069 0.040 0.052 0.021 0.016 0.011 0.004 64 Y 0.012 0.021 0.015 0.053 0.090 0.155 0.260 0.205 0.104 0.054 0.031 65 E 0.634 0.077 0.166 0.076 0.019 0.013 0.007 0.003 0.002 0.001 0.001 66 K 0.047 0.066 0.115 0.396 0.198 0.109 0.050 0.012 0.004 0.002 0.001 67 V 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.006 0.040 0.091 0.232 0.277 0.347 68 V 0.001 0.002 0.021 0.047 0.098 0.260 0.327 0.108 0.074 0.043 0.020 69 D 0.007 0.012 0.880 0.073 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.004 0.039 0.053 0.089 0.223 0.385 0.119 0.056 0.021 0.009 71 I 0.001 0.002 0.006 0.004 0.004 0.007 0.043 0.086 0.224 0.325 0.299 72 Q 0.004 0.010 0.102 0.151 0.273 0.192 0.172 0.052 0.025 0.014 0.004 73 S 0.035 0.084 0.620 0.122 0.062 0.033 0.022 0.009 0.006 0.004 0.002 74 S 0.042 0.057 0.032 0.077 0.079 0.157 0.293 0.116 0.076 0.046 0.025 75 G 0.627 0.188 0.020 0.043 0.030 0.021 0.026 0.019 0.013 0.008 0.006 76 K 0.366 0.311 0.068 0.119 0.063 0.033 0.021 0.008 0.005 0.003 0.002 77 N 0.163 0.182 0.057 0.247 0.185 0.088 0.045 0.019 0.009 0.004 0.002 78 V 0.002 0.003 0.003 0.008 0.012 0.032 0.093 0.152 0.220 0.232 0.243 79 T 0.015 0.096 0.058 0.376 0.293 0.096 0.042 0.012 0.006 0.003 0.001 80 L 0.001 0.001 0.004 0.004 0.004 0.008 0.029 0.083 0.216 0.299 0.351 81 L 0.011 0.032 0.047 0.276 0.289 0.121 0.111 0.044 0.036 0.025 0.009 82 V 0.001 0.004 0.010 0.010 0.008 0.016 0.052 0.104 0.223 0.299 0.274 83 C 0.006 0.021 0.030 0.106 0.127 0.129 0.193 0.148 0.112 0.083 0.044 84 G 0.046 0.083 0.091 0.132 0.110 0.107 0.149 0.098 0.083 0.072 0.030 85 K 0.187 0.140 0.077 0.217 0.158 0.086 0.068 0.031 0.018 0.012 0.006 86 K 0.394 0.187 0.063 0.125 0.087 0.045 0.045 0.024 0.016 0.010 0.004 87 A 0.212 0.170 0.051 0.134 0.113 0.076 0.094 0.061 0.043 0.030 0.017 88 Q 0.182 0.153 0.080 0.162 0.129 0.097 0.093 0.050 0.029 0.016 0.008 89 D 0.455 0.190 0.097 0.101 0.053 0.034 0.031 0.017 0.011 0.006 0.003 90 T 0.294 0.184 0.056 0.132 0.103 0.085 0.073 0.033 0.021 0.012 0.006 91 V 0.276 0.077 0.033 0.075 0.075 0.095 0.125 0.082 0.076 0.051 0.034