# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2607 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.002 0.039 0.928 2 M 0.011 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.005 0.023 0.930 3 K 0.077 0.002 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.148 0.007 0.174 0.572 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.995 5 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.017 0.014 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.884 0.001 0.027 0.040 6 L 0.015 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.341 0.001 0.032 0.583 7 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.969 0.001 0.005 0.017 8 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.044 0.012 0.755 0.001 0.020 0.156 9 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.024 0.008 0.865 0.001 0.010 0.076 10 A 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.011 0.006 0.123 0.185 0.187 0.025 0.365 0.001 0.037 0.055 11 K 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.007 0.026 0.008 0.020 0.027 0.015 0.005 0.248 0.001 0.061 0.570 12 G 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.132 0.123 0.084 0.012 0.039 0.013 0.004 0.003 0.137 0.003 0.094 0.345 13 E 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.003 0.076 0.834 14 N 0.013 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.004 0.117 0.824 15 G 0.252 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.045 0.050 0.593 16 Y 0.089 0.003 0.002 0.002 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.015 0.196 0.616 17 G 0.023 0.001 0.004 0.005 0.212 0.017 0.012 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.233 0.007 0.091 0.385 18 F 0.005 0.002 0.001 0.002 0.035 0.122 0.051 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.004 0.513 0.002 0.046 0.183 19 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.042 0.049 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.010 0.012 0.702 0.001 0.050 0.062 20 L 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.009 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.009 0.017 0.024 0.016 0.745 0.001 0.024 0.128 21 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.005 0.002 0.013 0.013 0.009 0.007 0.861 0.001 0.030 0.049 22 A 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.018 0.008 0.007 0.005 0.011 0.022 0.016 0.480 0.004 0.104 0.304 23 I 0.030 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.002 0.005 0.010 0.012 0.031 0.009 0.005 0.240 0.010 0.138 0.480 24 R 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.002 0.001 0.068 0.007 0.185 0.692 25 G 0.062 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 0.029 0.060 0.757 26 L 0.099 0.007 0.005 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.006 0.134 0.663 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.995 28 G 0.019 0.002 0.001 0.001 0.013 0.011 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.205 0.008 0.067 0.663 29 S 0.275 0.007 0.003 0.001 0.002 0.006 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.018 0.062 0.348 30 F 0.004 0.002 0.001 0.001 0.017 0.004 0.004 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.874 0.001 0.021 0.066 31 I 0.002 0.002 0.001 0.001 0.027 0.017 0.009 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 0.008 0.675 0.001 0.024 0.204 32 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.002 0.940 0.001 0.011 0.027 33 E 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.023 0.025 0.028 0.008 0.513 0.002 0.043 0.336 34 V 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.717 0.002 0.021 0.238 35 Q 0.014 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.007 0.006 0.003 0.004 0.003 0.003 0.003 0.445 0.005 0.114 0.317 36 K 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.078 0.003 0.041 0.862 37 G 0.034 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.194 0.018 0.138 0.601 38 G 0.510 0.005 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.016 0.095 0.315 39 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.010 0.980 40 A 0.042 0.020 0.002 0.001 0.048 0.008 0.004 0.002 0.001 0.002 0.016 0.001 0.013 0.002 0.001 0.001 0.066 0.007 0.139 0.625 41 D 0.265 0.104 0.001 0.001 0.001 0.010 0.002 0.002 0.001 0.017 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.009 0.212 0.346 42 L 0.399 0.347 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.010 0.032 0.154 43 A 0.238 0.531 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 0.052 0.040 0.108 44 G 0.693 0.042 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.112 0.016 0.112 45 L 0.088 0.005 0.766 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.007 0.063 0.056 46 E 0.008 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.002 0.675 0.266 47 D 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.053 0.871 48 E 0.002 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.001 0.766 0.104 49 D 0.344 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.071 0.403 0.122 50 V 0.211 0.480 0.049 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.005 0.023 0.070 51 I 0.011 0.140 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.702 0.002 0.033 0.094 52 I 0.003 0.031 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.375 0.331 0.019 0.006 0.202 0.003 0.002 0.013 53 E 0.005 0.060 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.040 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.817 0.003 0.006 0.049 54 V 0.003 0.022 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.896 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.045 0.003 0.003 0.008 55 N 0.010 0.140 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.301 0.025 0.086 0.423 56 G 0.080 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.080 0.236 0.093 0.493 57 V 0.482 0.001 0.385 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.016 0.074 0.027 58 N 0.002 0.006 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.001 0.155 0.685 59 V 0.002 0.001 0.002 0.001 0.855 0.017 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.002 0.025 0.074 60 L 0.013 0.017 0.001 0.001 0.004 0.141 0.042 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.133 0.003 0.241 0.395 61 D 0.255 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.036 0.169 0.485 62 E 0.372 0.015 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.005 0.137 0.374 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.971 64 Y 0.074 0.014 0.002 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.092 0.004 0.133 0.671 65 E 0.003 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.120 0.825 66 K 0.047 0.074 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.543 0.330 67 V 0.006 0.959 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.031 68 V 0.005 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 69 D 0.002 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 70 R 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 71 I 0.008 0.987 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 72 Q 0.021 0.965 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.004 73 S 0.060 0.828 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.065 0.002 0.035 74 S 0.272 0.511 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.127 0.002 0.069 75 G 0.228 0.083 0.035 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.091 0.029 0.522 76 K 0.046 0.003 0.193 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.010 0.130 0.605 77 N 0.023 0.001 0.006 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.138 0.002 0.059 0.759 78 V 0.017 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.737 0.002 0.047 0.182 79 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.006 0.017 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.813 0.001 0.046 0.085 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.835 0.001 0.015 0.123 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.972 0.001 0.011 0.009 82 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.003 0.850 0.001 0.016 0.116 83 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.922 0.001 0.010 0.059 84 G 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.008 0.002 0.004 0.003 0.007 0.003 0.366 0.002 0.175 0.411 85 K 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.136 0.003 0.140 0.691 86 K 0.042 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.087 0.004 0.108 0.750 87 A 0.144 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.011 0.091 0.689 88 Q 0.119 0.022 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.009 0.080 0.710 89 D 0.191 0.028 0.005 0.001 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.014 0.067 0.639 90 T 0.151 0.032 0.006 0.002 0.004 0.005 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.011 0.060 0.678 91 V 0.145 0.045 0.010 0.002 0.004 0.004 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.002 0.002 0.117 0.013 0.087 0.551