# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2607 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.024 0.002 0.001 0.013 0.023 0.031 0.035 0.001 0.001 0.002 0.868 2 M 0.007 0.001 0.001 0.005 0.006 0.015 0.030 0.001 0.001 0.001 0.935 3 K 0.042 0.001 0.001 0.050 0.050 0.056 0.107 0.001 0.001 0.001 0.694 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.994 5 K 0.006 0.001 0.001 0.105 0.355 0.488 0.007 0.001 0.001 0.001 0.038 6 L 0.012 0.001 0.001 0.049 0.042 0.054 0.037 0.001 0.001 0.001 0.806 7 C 0.004 0.001 0.001 0.057 0.397 0.532 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 8 R 0.004 0.001 0.001 0.086 0.289 0.510 0.020 0.001 0.001 0.001 0.090 9 L 0.001 0.001 0.001 0.044 0.423 0.471 0.012 0.001 0.001 0.001 0.048 10 A 0.003 0.001 0.001 0.037 0.374 0.451 0.034 0.001 0.001 0.001 0.098 11 K 0.003 0.001 0.001 0.027 0.223 0.351 0.058 0.001 0.001 0.003 0.334 12 G 0.010 0.001 0.001 0.020 0.078 0.174 0.138 0.001 0.001 0.005 0.575 13 E 0.062 0.001 0.001 0.010 0.017 0.038 0.105 0.001 0.001 0.004 0.764 14 N 0.010 0.001 0.001 0.008 0.012 0.015 0.156 0.001 0.001 0.004 0.794 15 G 0.153 0.001 0.002 0.026 0.053 0.072 0.110 0.001 0.001 0.013 0.569 16 Y 0.168 0.001 0.002 0.028 0.100 0.129 0.095 0.001 0.001 0.003 0.474 17 G 0.036 0.001 0.001 0.081 0.222 0.317 0.105 0.001 0.001 0.009 0.227 18 F 0.024 0.001 0.002 0.080 0.285 0.338 0.045 0.001 0.001 0.002 0.222 19 H 0.007 0.001 0.001 0.129 0.299 0.510 0.015 0.001 0.001 0.001 0.039 20 L 0.002 0.001 0.001 0.104 0.317 0.336 0.040 0.001 0.001 0.001 0.198 21 N 0.002 0.001 0.001 0.214 0.238 0.465 0.019 0.001 0.001 0.003 0.058 22 A 0.005 0.001 0.001 0.110 0.143 0.224 0.077 0.001 0.001 0.004 0.436 23 I 0.011 0.004 0.001 0.115 0.122 0.228 0.130 0.001 0.001 0.006 0.383 24 R 0.040 0.005 0.001 0.058 0.066 0.118 0.188 0.001 0.001 0.013 0.509 25 G 0.049 0.004 0.001 0.020 0.024 0.043 0.121 0.001 0.001 0.016 0.721 26 L 0.227 0.002 0.004 0.020 0.033 0.048 0.141 0.001 0.001 0.005 0.519 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.986 28 G 0.025 0.001 0.001 0.057 0.122 0.233 0.066 0.001 0.001 0.003 0.492 29 S 0.141 0.003 0.001 0.117 0.187 0.170 0.043 0.001 0.001 0.005 0.333 30 F 0.013 0.004 0.001 0.183 0.269 0.357 0.064 0.001 0.001 0.004 0.104 31 I 0.019 0.010 0.001 0.364 0.144 0.302 0.026 0.001 0.001 0.005 0.129 32 K 0.003 0.008 0.001 0.156 0.354 0.415 0.021 0.001 0.001 0.001 0.042 33 E 0.007 0.016 0.001 0.097 0.168 0.266 0.122 0.001 0.001 0.003 0.319 34 V 0.031 0.021 0.001 0.192 0.175 0.378 0.036 0.001 0.001 0.006 0.159 35 Q 0.027 0.040 0.003 0.075 0.199 0.168 0.213 0.002 0.001 0.007 0.265 36 K 0.009 0.021 0.001 0.013 0.043 0.057 0.070 0.003 0.001 0.005 0.777 37 G 0.067 0.029 0.007 0.028 0.035 0.123 0.062 0.008 0.001 0.071 0.569 38 G 0.650 0.003 0.070 0.011 0.005 0.006 0.083 0.002 0.001 0.005 0.164 39 P 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.976 40 A 0.010 0.008 0.001 0.022 0.029 0.111 0.141 0.001 0.001 0.002 0.677 41 D 0.116 0.084 0.001 0.032 0.043 0.049 0.164 0.003 0.001 0.007 0.502 42 L 0.233 0.337 0.001 0.020 0.057 0.049 0.118 0.007 0.001 0.007 0.170 43 A 0.165 0.462 0.003 0.009 0.023 0.023 0.185 0.009 0.001 0.009 0.112 44 G 0.461 0.082 0.004 0.013 0.021 0.032 0.010 0.037 0.001 0.187 0.152 45 L 0.092 0.012 0.683 0.006 0.005 0.005 0.096 0.004 0.001 0.003 0.094 46 E 0.032 0.005 0.010 0.030 0.027 0.023 0.405 0.003 0.001 0.009 0.458 47 D 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.009 0.030 0.001 0.001 0.001 0.950 48 E 0.024 0.006 0.001 0.105 0.064 0.148 0.214 0.001 0.001 0.007 0.431 49 D 0.474 0.007 0.003 0.088 0.026 0.037 0.131 0.001 0.001 0.022 0.210 50 V 0.179 0.020 0.004 0.228 0.250 0.186 0.067 0.001 0.001 0.010 0.055 51 I 0.009 0.018 0.003 0.293 0.268 0.262 0.050 0.001 0.001 0.003 0.093 52 I 0.002 0.007 0.001 0.347 0.189 0.423 0.007 0.001 0.001 0.002 0.023 53 E 0.004 0.008 0.001 0.072 0.327 0.528 0.009 0.001 0.001 0.001 0.051 54 V 0.002 0.027 0.001 0.117 0.424 0.335 0.015 0.001 0.001 0.001 0.076 55 N 0.005 0.014 0.001 0.061 0.231 0.456 0.073 0.001 0.001 0.003 0.154 56 G 0.130 0.008 0.004 0.067 0.051 0.129 0.097 0.007 0.001 0.055 0.453 57 V 0.245 0.007 0.058 0.036 0.033 0.031 0.262 0.002 0.001 0.012 0.314 58 N 0.007 0.001 0.001 0.014 0.019 0.019 0.110 0.001 0.001 0.003 0.826 59 V 0.030 0.005 0.004 0.045 0.058 0.157 0.067 0.001 0.001 0.002 0.632 60 L 0.036 0.018 0.001 0.064 0.046 0.075 0.283 0.001 0.001 0.009 0.468 61 D 0.180 0.015 0.001 0.016 0.012 0.031 0.209 0.002 0.001 0.025 0.509 62 E 0.445 0.031 0.007 0.032 0.013 0.019 0.106 0.001 0.001 0.005 0.340 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.001 0.001 0.001 0.964 64 Y 0.020 0.019 0.003 0.022 0.022 0.117 0.105 0.001 0.001 0.002 0.690 65 E 0.031 0.201 0.001 0.006 0.007 0.015 0.078 0.001 0.001 0.004 0.656 66 K 0.056 0.220 0.001 0.002 0.003 0.004 0.160 0.001 0.001 0.003 0.549 67 V 0.030 0.854 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 0.103 68 V 0.004 0.967 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 69 D 0.003 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 70 R 0.004 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.009 71 I 0.011 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.006 72 Q 0.009 0.977 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.005 73 S 0.059 0.839 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.066 0.001 0.001 0.026 74 S 0.262 0.503 0.018 0.003 0.001 0.002 0.002 0.157 0.001 0.001 0.052 75 G 0.283 0.140 0.062 0.015 0.006 0.007 0.010 0.116 0.001 0.017 0.344 76 K 0.086 0.006 0.569 0.013 0.006 0.004 0.086 0.008 0.001 0.003 0.219 77 N 0.024 0.001 0.005 0.028 0.008 0.006 0.107 0.002 0.001 0.001 0.818 78 V 0.032 0.002 0.008 0.129 0.188 0.269 0.078 0.001 0.001 0.002 0.291 79 T 0.012 0.001 0.001 0.385 0.200 0.325 0.025 0.001 0.001 0.001 0.050 80 L 0.005 0.001 0.001 0.216 0.277 0.353 0.019 0.001 0.001 0.001 0.129 81 L 0.001 0.001 0.001 0.379 0.270 0.332 0.004 0.001 0.001 0.001 0.012 82 V 0.001 0.001 0.001 0.156 0.310 0.383 0.026 0.001 0.001 0.001 0.122 83 C 0.002 0.002 0.001 0.186 0.234 0.517 0.011 0.001 0.001 0.002 0.045 84 G 0.006 0.004 0.001 0.080 0.149 0.279 0.089 0.001 0.001 0.004 0.388 85 K 0.016 0.003 0.001 0.036 0.051 0.147 0.104 0.001 0.001 0.004 0.639 86 K 0.015 0.002 0.001 0.010 0.017 0.035 0.207 0.001 0.001 0.005 0.709 87 A 0.087 0.009 0.001 0.011 0.018 0.034 0.138 0.001 0.001 0.008 0.695 88 Q 0.125 0.045 0.003 0.012 0.033 0.061 0.138 0.002 0.001 0.009 0.571 89 D 0.148 0.053 0.004 0.013 0.033 0.047 0.103 0.003 0.001 0.010 0.586 90 T 0.143 0.040 0.008 0.014 0.023 0.040 0.073 0.004 0.001 0.006 0.648 91 V 0.133 0.056 0.014 0.040 0.056 0.089 0.095 0.003 0.001 0.006 0.508