# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2607 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.010 0.002 0.004 0.008 0.016 0.035 0.003 0.922 2 M 0.038 0.008 0.021 0.049 0.077 0.054 0.013 0.739 3 K 0.047 0.002 0.018 0.052 0.044 0.081 0.009 0.748 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 K 0.024 0.001 0.109 0.258 0.429 0.080 0.004 0.095 6 L 0.137 0.001 0.050 0.102 0.216 0.061 0.002 0.431 7 C 0.003 0.001 0.089 0.504 0.387 0.004 0.001 0.012 8 R 0.005 0.001 0.049 0.263 0.388 0.015 0.001 0.279 9 L 0.001 0.001 0.099 0.366 0.487 0.006 0.001 0.040 10 A 0.003 0.001 0.042 0.311 0.456 0.047 0.001 0.139 11 K 0.007 0.001 0.043 0.225 0.455 0.040 0.003 0.228 12 G 0.014 0.002 0.027 0.060 0.184 0.122 0.005 0.586 13 E 0.042 0.002 0.015 0.032 0.053 0.163 0.014 0.679 14 N 0.015 0.002 0.007 0.014 0.012 0.079 0.014 0.856 15 G 0.142 0.003 0.022 0.032 0.035 0.130 0.044 0.591 16 Y 0.147 0.003 0.103 0.075 0.082 0.182 0.011 0.397 17 G 0.049 0.001 0.085 0.179 0.340 0.130 0.005 0.210 18 F 0.026 0.001 0.110 0.232 0.404 0.045 0.001 0.180 19 H 0.003 0.001 0.134 0.386 0.399 0.016 0.001 0.061 20 L 0.003 0.001 0.054 0.199 0.514 0.022 0.001 0.207 21 N 0.002 0.002 0.121 0.314 0.497 0.017 0.001 0.047 22 A 0.013 0.004 0.066 0.232 0.310 0.066 0.005 0.304 23 I 0.051 0.006 0.107 0.112 0.239 0.110 0.010 0.364 24 R 0.035 0.006 0.061 0.083 0.130 0.146 0.010 0.527 25 G 0.048 0.008 0.028 0.036 0.075 0.106 0.043 0.656 26 L 0.136 0.004 0.030 0.026 0.039 0.136 0.014 0.616 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 28 G 0.017 0.001 0.025 0.045 0.081 0.064 0.006 0.762 29 S 0.138 0.001 0.174 0.127 0.118 0.052 0.006 0.383 30 F 0.019 0.001 0.090 0.157 0.255 0.059 0.001 0.417 31 I 0.009 0.001 0.139 0.211 0.454 0.035 0.001 0.150 32 K 0.004 0.003 0.159 0.371 0.381 0.023 0.001 0.059 33 E 0.010 0.005 0.104 0.230 0.306 0.029 0.004 0.311 34 V 0.017 0.005 0.265 0.146 0.265 0.040 0.005 0.257 35 Q 0.012 0.024 0.106 0.228 0.254 0.088 0.004 0.285 36 K 0.003 0.005 0.014 0.009 0.037 0.033 0.004 0.894 37 G 0.079 0.031 0.030 0.025 0.036 0.068 0.065 0.666 38 G 0.459 0.005 0.019 0.010 0.007 0.071 0.022 0.407 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 40 A 0.013 0.010 0.022 0.062 0.306 0.108 0.002 0.477 41 D 0.196 0.046 0.022 0.033 0.108 0.144 0.010 0.442 42 L 0.285 0.236 0.016 0.041 0.092 0.086 0.008 0.237 43 A 0.280 0.415 0.022 0.096 0.058 0.025 0.017 0.086 44 G 0.643 0.025 0.007 0.025 0.017 0.010 0.082 0.191 45 L 0.277 0.027 0.264 0.130 0.129 0.028 0.029 0.116 46 E 0.021 0.017 0.035 0.100 0.240 0.174 0.010 0.403 47 D 0.004 0.004 0.013 0.024 0.037 0.025 0.003 0.889 48 E 0.022 0.014 0.096 0.107 0.094 0.221 0.033 0.414 49 D 0.502 0.002 0.045 0.022 0.025 0.267 0.023 0.114 50 V 0.049 0.003 0.465 0.222 0.153 0.066 0.004 0.037 51 I 0.006 0.002 0.054 0.300 0.589 0.023 0.001 0.026 52 I 0.002 0.001 0.211 0.333 0.429 0.006 0.001 0.019 53 E 0.001 0.002 0.121 0.400 0.429 0.009 0.001 0.038 54 V 0.001 0.003 0.141 0.270 0.476 0.015 0.001 0.092 55 N 0.002 0.003 0.085 0.142 0.348 0.072 0.004 0.345 56 G 0.021 0.005 0.074 0.108 0.201 0.096 0.021 0.474 57 V 0.249 0.003 0.060 0.053 0.090 0.225 0.010 0.310 58 N 0.014 0.003 0.024 0.041 0.048 0.088 0.004 0.779 59 V 0.055 0.017 0.054 0.119 0.221 0.081 0.006 0.447 60 L 0.053 0.012 0.068 0.063 0.096 0.344 0.013 0.352 61 D 0.209 0.013 0.016 0.028 0.058 0.140 0.022 0.513 62 E 0.185 0.019 0.035 0.028 0.047 0.182 0.007 0.498 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.043 0.001 0.950 64 Y 0.026 0.019 0.011 0.010 0.064 0.127 0.005 0.738 65 E 0.027 0.045 0.005 0.004 0.013 0.171 0.003 0.732 66 K 0.039 0.115 0.002 0.003 0.005 0.163 0.003 0.670 67 V 0.030 0.609 0.002 0.002 0.004 0.023 0.002 0.329 68 V 0.003 0.915 0.001 0.001 0.004 0.005 0.001 0.069 69 D 0.001 0.974 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.020 70 R 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 71 I 0.008 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 72 Q 0.013 0.963 0.003 0.003 0.003 0.001 0.005 0.010 73 S 0.067 0.824 0.005 0.006 0.005 0.005 0.034 0.054 74 S 0.309 0.367 0.015 0.008 0.005 0.011 0.150 0.135 75 G 0.295 0.123 0.033 0.017 0.007 0.024 0.268 0.234 76 K 0.094 0.019 0.193 0.054 0.027 0.106 0.089 0.419 77 N 0.024 0.002 0.080 0.055 0.054 0.096 0.009 0.680 78 V 0.063 0.001 0.178 0.196 0.350 0.123 0.003 0.086 79 T 0.008 0.001 0.276 0.328 0.322 0.026 0.001 0.039 80 L 0.001 0.001 0.221 0.413 0.342 0.003 0.001 0.020 81 L 0.001 0.001 0.274 0.288 0.416 0.002 0.001 0.018 82 V 0.001 0.001 0.292 0.297 0.372 0.006 0.001 0.032 83 C 0.001 0.001 0.266 0.206 0.451 0.014 0.001 0.062 84 G 0.002 0.001 0.119 0.113 0.389 0.056 0.001 0.319 85 K 0.010 0.001 0.052 0.027 0.101 0.108 0.003 0.699 86 K 0.027 0.001 0.012 0.014 0.026 0.149 0.005 0.765 87 A 0.099 0.005 0.012 0.013 0.024 0.176 0.012 0.660 88 Q 0.103 0.017 0.020 0.017 0.026 0.140 0.014 0.662 89 D 0.081 0.029 0.027 0.019 0.024 0.111 0.014 0.694 90 T 0.079 0.021 0.025 0.015 0.023 0.090 0.011 0.735 91 V 0.064 0.030 0.048 0.027 0.049 0.094 0.007 0.680