# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2607 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.214 0.110 0.066 0.059 0.180 0.027 0.044 0.044 0.052 0.115 0.090 2 M 0.077 0.260 0.191 0.033 0.200 0.029 0.021 0.020 0.043 0.088 0.038 3 K 0.111 0.347 0.129 0.007 0.341 0.007 0.018 0.010 0.007 0.009 0.015 4 P 0.457 0.117 0.009 0.003 0.313 0.004 0.008 0.009 0.012 0.009 0.059 5 K 0.091 0.172 0.017 0.012 0.447 0.069 0.140 0.014 0.009 0.011 0.019 6 L 0.456 0.017 0.001 0.001 0.510 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 7 C 0.191 0.081 0.007 0.001 0.705 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 8 R 0.253 0.051 0.002 0.001 0.673 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 9 L 0.400 0.067 0.008 0.003 0.356 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.157 10 A 0.164 0.159 0.109 0.113 0.230 0.068 0.052 0.008 0.004 0.021 0.072 11 K 0.051 0.127 0.137 0.270 0.099 0.091 0.088 0.033 0.034 0.043 0.027 12 G 0.030 0.078 0.244 0.410 0.034 0.061 0.016 0.021 0.021 0.065 0.022 13 E 0.044 0.042 0.076 0.131 0.050 0.090 0.094 0.133 0.171 0.123 0.045 14 N 0.036 0.121 0.148 0.111 0.058 0.090 0.096 0.072 0.091 0.145 0.033 15 G 0.103 0.067 0.071 0.164 0.069 0.051 0.034 0.027 0.044 0.249 0.120 16 Y 0.086 0.163 0.091 0.079 0.202 0.061 0.066 0.031 0.050 0.113 0.057 17 G 0.277 0.133 0.025 0.028 0.254 0.031 0.061 0.015 0.023 0.060 0.094 18 F 0.213 0.099 0.014 0.002 0.654 0.002 0.002 0.001 0.001 0.003 0.008 19 H 0.203 0.105 0.006 0.001 0.657 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.019 20 L 0.471 0.056 0.007 0.003 0.284 0.004 0.002 0.003 0.002 0.008 0.159 21 N 0.105 0.146 0.086 0.077 0.233 0.122 0.079 0.029 0.019 0.063 0.041 22 A 0.161 0.155 0.123 0.045 0.180 0.016 0.033 0.062 0.069 0.097 0.060 23 I 0.088 0.104 0.080 0.077 0.131 0.067 0.061 0.114 0.098 0.117 0.062 24 R 0.036 0.284 0.137 0.125 0.085 0.066 0.106 0.056 0.052 0.039 0.014 25 G 0.048 0.028 0.077 0.144 0.029 0.051 0.028 0.026 0.038 0.392 0.139 26 L 0.044 0.295 0.376 0.056 0.154 0.017 0.011 0.008 0.011 0.016 0.010 27 P 0.051 0.060 0.040 0.093 0.048 0.157 0.196 0.089 0.136 0.091 0.040 28 G 0.079 0.099 0.053 0.087 0.073 0.030 0.060 0.036 0.050 0.291 0.145 29 S 0.112 0.265 0.032 0.002 0.560 0.002 0.004 0.004 0.003 0.006 0.010 30 F 0.239 0.076 0.004 0.001 0.654 0.002 0.003 0.004 0.002 0.002 0.013 31 I 0.549 0.039 0.004 0.003 0.228 0.005 0.002 0.007 0.007 0.008 0.148 32 K 0.098 0.139 0.084 0.055 0.238 0.139 0.080 0.046 0.026 0.041 0.053 33 E 0.254 0.144 0.035 0.007 0.460 0.003 0.008 0.016 0.010 0.034 0.027 34 V 0.190 0.184 0.026 0.012 0.387 0.012 0.016 0.029 0.031 0.045 0.068 35 Q 0.089 0.152 0.397 0.062 0.146 0.051 0.032 0.025 0.012 0.012 0.021 36 K 0.028 0.099 0.060 0.040 0.046 0.066 0.167 0.312 0.148 0.022 0.012 37 G 0.014 0.015 0.013 0.053 0.012 0.030 0.028 0.054 0.058 0.702 0.022 38 G 0.020 0.202 0.168 0.065 0.060 0.013 0.010 0.280 0.106 0.057 0.019 39 P 0.049 0.060 0.021 0.006 0.091 0.006 0.017 0.463 0.186 0.062 0.039 40 A 0.039 0.051 0.008 0.003 0.061 0.014 0.033 0.520 0.240 0.020 0.011 41 D 0.020 0.048 0.021 0.005 0.033 0.014 0.067 0.565 0.158 0.051 0.016 42 L 0.065 0.043 0.045 0.011 0.048 0.026 0.085 0.349 0.161 0.119 0.049 43 A 0.006 0.649 0.193 0.028 0.033 0.018 0.036 0.012 0.010 0.010 0.004 44 G 0.039 0.012 0.018 0.047 0.019 0.010 0.011 0.018 0.016 0.519 0.291 45 L 0.030 0.558 0.147 0.017 0.191 0.004 0.006 0.006 0.008 0.023 0.010 46 E 0.035 0.203 0.639 0.025 0.068 0.010 0.002 0.002 0.001 0.003 0.011 47 D 0.009 0.027 0.037 0.028 0.019 0.025 0.116 0.342 0.387 0.006 0.005 48 E 0.017 0.036 0.028 0.018 0.017 0.030 0.068 0.138 0.126 0.485 0.037 49 D 0.078 0.279 0.051 0.007 0.210 0.011 0.018 0.048 0.039 0.177 0.083 50 V 0.225 0.065 0.005 0.001 0.648 0.003 0.011 0.014 0.009 0.007 0.012 51 I 0.321 0.076 0.005 0.004 0.505 0.005 0.007 0.012 0.007 0.005 0.051 52 I 0.222 0.145 0.018 0.005 0.554 0.009 0.010 0.006 0.002 0.005 0.024 53 E 0.333 0.097 0.019 0.004 0.461 0.002 0.005 0.007 0.003 0.009 0.060 54 V 0.251 0.113 0.030 0.081 0.165 0.060 0.028 0.014 0.012 0.037 0.210 55 N 0.012 0.085 0.066 0.373 0.030 0.249 0.153 0.008 0.007 0.011 0.005 56 G 0.050 0.012 0.026 0.103 0.021 0.008 0.004 0.004 0.011 0.495 0.267 57 V 0.028 0.578 0.160 0.004 0.208 0.003 0.002 0.004 0.005 0.005 0.004 58 N 0.177 0.260 0.050 0.004 0.406 0.006 0.010 0.012 0.012 0.008 0.055 59 V 0.276 0.076 0.031 0.041 0.105 0.036 0.024 0.056 0.100 0.043 0.213 60 L 0.008 0.095 0.054 0.101 0.030 0.236 0.260 0.126 0.064 0.021 0.006 61 D 0.046 0.027 0.043 0.032 0.028 0.009 0.009 0.025 0.033 0.641 0.104 62 E 0.012 0.510 0.306 0.007 0.103 0.004 0.006 0.019 0.013 0.015 0.005 63 P 0.035 0.622 0.218 0.003 0.068 0.002 0.003 0.021 0.005 0.007 0.016 64 Y 0.010 0.020 0.004 0.002 0.013 0.002 0.003 0.642 0.291 0.009 0.005 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.910 0.081 0.002 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.956 0.031 0.008 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.020 0.003 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.955 0.044 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.027 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.958 0.030 0.001 0.001 71 I 0.003 0.002 0.001 0.001 0.004 0.001 0.015 0.856 0.104 0.013 0.002 72 Q 0.004 0.009 0.003 0.001 0.004 0.004 0.036 0.725 0.197 0.014 0.003 73 S 0.016 0.007 0.012 0.006 0.010 0.022 0.192 0.382 0.119 0.201 0.034 74 S 0.030 0.541 0.178 0.018 0.083 0.016 0.085 0.016 0.010 0.016 0.006 75 G 0.059 0.010 0.013 0.061 0.018 0.039 0.018 0.014 0.026 0.434 0.309 76 K 0.050 0.291 0.112 0.049 0.164 0.028 0.072 0.048 0.059 0.091 0.037 77 N 0.278 0.081 0.005 0.002 0.568 0.006 0.016 0.004 0.005 0.011 0.024 78 V 0.216 0.038 0.002 0.001 0.726 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.006 79 T 0.270 0.038 0.002 0.001 0.667 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.015 80 L 0.253 0.050 0.003 0.001 0.686 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 81 L 0.205 0.063 0.003 0.001 0.696 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 82 V 0.462 0.043 0.004 0.004 0.263 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.213 83 C 0.083 0.190 0.080 0.176 0.168 0.118 0.076 0.008 0.008 0.037 0.057 84 G 0.077 0.131 0.219 0.269 0.114 0.037 0.016 0.012 0.017 0.066 0.041 85 K 0.068 0.202 0.147 0.069 0.163 0.036 0.030 0.073 0.104 0.077 0.032 86 K 0.081 0.211 0.148 0.039 0.146 0.044 0.061 0.080 0.078 0.074 0.039 87 A 0.110 0.156 0.091 0.033 0.167 0.026 0.047 0.102 0.093 0.104 0.071 88 Q 0.077 0.190 0.089 0.038 0.140 0.037 0.051 0.139 0.112 0.081 0.045 89 D 0.080 0.163 0.102 0.035 0.143 0.035 0.054 0.124 0.087 0.123 0.054 90 T 0.142 0.166 0.072 0.019 0.221 0.016 0.034 0.106 0.065 0.101 0.059 91 V 0.128 0.233 0.080 0.024 0.246 0.024 0.031 0.086 0.048 0.054 0.046