# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2607 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.812 0.168 0.015 0.004 0.001 0.001 0.001 2 M 0.740 0.204 0.042 0.012 0.003 0.001 0.001 3 K 0.664 0.240 0.076 0.017 0.003 0.001 0.001 4 P 0.439 0.337 0.173 0.044 0.007 0.001 0.001 5 K 0.264 0.360 0.214 0.126 0.032 0.004 0.001 6 L 0.053 0.209 0.304 0.301 0.107 0.026 0.001 7 C 0.022 0.050 0.106 0.213 0.387 0.215 0.008 8 R 0.047 0.232 0.355 0.260 0.088 0.017 0.001 9 L 0.022 0.062 0.140 0.271 0.351 0.148 0.006 10 A 0.080 0.249 0.356 0.209 0.090 0.016 0.001 11 K 0.199 0.285 0.251 0.194 0.062 0.009 0.001 12 G 0.576 0.315 0.074 0.025 0.009 0.001 0.001 13 E 0.471 0.312 0.131 0.066 0.017 0.003 0.001 14 N 0.519 0.322 0.109 0.036 0.012 0.002 0.001 15 G 0.158 0.344 0.265 0.155 0.062 0.015 0.001 16 Y 0.009 0.038 0.110 0.256 0.382 0.189 0.015 17 G 0.007 0.042 0.154 0.296 0.283 0.195 0.023 18 F 0.001 0.003 0.007 0.016 0.112 0.595 0.266 19 H 0.004 0.031 0.123 0.295 0.292 0.192 0.062 20 L 0.002 0.008 0.015 0.043 0.172 0.543 0.217 21 N 0.016 0.087 0.229 0.318 0.226 0.112 0.012 22 A 0.072 0.178 0.222 0.260 0.168 0.092 0.007 23 I 0.070 0.140 0.274 0.278 0.171 0.063 0.004 24 R 0.281 0.266 0.218 0.146 0.067 0.021 0.001 25 G 0.438 0.341 0.124 0.059 0.028 0.008 0.001 26 L 0.224 0.296 0.209 0.150 0.088 0.029 0.004 27 P 0.092 0.195 0.191 0.214 0.205 0.094 0.010 28 G 0.029 0.125 0.221 0.274 0.218 0.120 0.013 29 S 0.009 0.023 0.066 0.142 0.311 0.356 0.093 30 F 0.003 0.019 0.066 0.128 0.234 0.410 0.141 31 I 0.003 0.012 0.027 0.078 0.223 0.490 0.167 32 K 0.014 0.121 0.246 0.313 0.224 0.079 0.005 33 E 0.019 0.158 0.239 0.327 0.198 0.057 0.003 34 V 0.004 0.014 0.057 0.228 0.435 0.251 0.011 35 Q 0.070 0.227 0.276 0.281 0.125 0.021 0.001 36 K 0.441 0.431 0.091 0.027 0.009 0.002 0.001 37 G 0.281 0.344 0.226 0.124 0.021 0.004 0.001 38 G 0.116 0.132 0.215 0.276 0.197 0.061 0.003 39 P 0.218 0.307 0.249 0.145 0.060 0.019 0.002 40 A 0.141 0.116 0.171 0.215 0.222 0.117 0.018 41 D 0.211 0.303 0.211 0.149 0.084 0.037 0.005 42 L 0.183 0.209 0.230 0.202 0.118 0.050 0.007 43 A 0.348 0.281 0.164 0.112 0.064 0.027 0.004 44 G 0.233 0.292 0.215 0.150 0.072 0.033 0.005 45 L 0.109 0.077 0.143 0.261 0.254 0.132 0.023 46 E 0.293 0.323 0.196 0.112 0.055 0.019 0.002 47 D 0.330 0.309 0.164 0.109 0.059 0.024 0.004 48 E 0.209 0.278 0.197 0.169 0.097 0.042 0.007 49 D 0.077 0.125 0.168 0.231 0.241 0.136 0.022 50 V 0.044 0.104 0.183 0.243 0.235 0.157 0.035 51 I 0.028 0.039 0.067 0.131 0.230 0.365 0.140 52 I 0.018 0.040 0.079 0.151 0.267 0.347 0.098 53 E 0.069 0.179 0.236 0.242 0.173 0.084 0.017 54 V 0.031 0.062 0.110 0.207 0.297 0.246 0.047 55 N 0.111 0.200 0.218 0.225 0.169 0.069 0.007 56 G 0.289 0.313 0.190 0.123 0.060 0.023 0.002 57 V 0.231 0.267 0.255 0.162 0.067 0.018 0.001 58 N 0.215 0.321 0.243 0.152 0.055 0.014 0.001 59 V 0.100 0.094 0.200 0.278 0.242 0.082 0.005 60 L 0.345 0.339 0.181 0.090 0.038 0.007 0.001 61 D 0.565 0.338 0.074 0.017 0.005 0.001 0.001 62 E 0.269 0.350 0.219 0.130 0.030 0.003 0.001 63 P 0.289 0.372 0.188 0.094 0.048 0.009 0.001 64 Y 0.021 0.063 0.203 0.369 0.260 0.081 0.003 65 E 0.362 0.463 0.132 0.032 0.010 0.001 0.001 66 K 0.078 0.298 0.363 0.214 0.043 0.004 0.001 67 V 0.002 0.006 0.011 0.033 0.288 0.589 0.071 68 V 0.002 0.033 0.167 0.490 0.242 0.065 0.001 69 D 0.092 0.488 0.259 0.115 0.036 0.010 0.001 70 R 0.004 0.029 0.216 0.483 0.234 0.034 0.001 71 I 0.003 0.010 0.030 0.069 0.389 0.482 0.016 72 Q 0.078 0.367 0.378 0.144 0.030 0.002 0.001 73 S 0.404 0.478 0.084 0.028 0.006 0.001 0.001 74 S 0.282 0.310 0.221 0.141 0.041 0.005 0.001 75 G 0.437 0.334 0.150 0.059 0.018 0.002 0.001 76 K 0.433 0.421 0.109 0.031 0.006 0.001 0.001 77 N 0.073 0.349 0.368 0.160 0.044 0.007 0.001 78 V 0.005 0.021 0.052 0.181 0.465 0.256 0.020 79 T 0.003 0.057 0.238 0.461 0.182 0.057 0.002 80 L 0.001 0.006 0.011 0.036 0.193 0.661 0.091 81 L 0.002 0.029 0.175 0.411 0.274 0.104 0.006 82 V 0.002 0.012 0.027 0.084 0.266 0.539 0.069 83 C 0.014 0.080 0.274 0.321 0.230 0.077 0.004 84 G 0.112 0.219 0.247 0.260 0.130 0.031 0.001 85 K 0.472 0.369 0.107 0.035 0.014 0.002 0.001 86 K 0.662 0.250 0.058 0.023 0.006 0.001 0.001 87 A 0.690 0.216 0.063 0.023 0.007 0.001 0.001 88 Q 0.742 0.188 0.052 0.015 0.003 0.001 0.001 89 D 0.782 0.174 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 90 T 0.627 0.239 0.087 0.034 0.010 0.002 0.001 91 V 0.408 0.186 0.172 0.138 0.070 0.024 0.002