# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 945.345 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.003 0.005 0.030 0.059 0.233 0.002 0.126 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.014 0.107 0.085 0.160 0.160 0.001 2 M 0.004 0.004 0.050 0.028 0.345 0.001 0.140 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.054 0.052 0.062 0.092 0.147 0.001 3 K 0.005 0.005 0.260 0.200 0.026 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.006 0.012 0.027 0.177 0.221 0.001 4 P 0.005 0.006 0.003 0.003 0.816 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.101 0.007 0.012 0.019 0.016 0.001 5 K 0.028 0.021 0.566 0.165 0.003 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.006 0.002 0.178 0.004 0.001 0.001 0.009 0.005 0.002 6 L 0.069 0.082 0.005 0.007 0.550 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.011 0.030 0.017 0.010 0.170 0.001 0.004 0.003 0.001 0.027 7 C 0.214 0.181 0.132 0.100 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.043 0.091 0.027 0.127 0.012 0.001 0.001 0.002 0.001 0.014 8 R 0.279 0.260 0.029 0.052 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.031 0.093 0.030 0.024 0.046 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 9 L 0.285 0.213 0.041 0.086 0.118 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.037 0.074 0.014 0.048 0.027 0.001 0.001 0.003 0.002 0.010 10 A 0.128 0.104 0.092 0.221 0.133 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.022 0.067 0.032 0.106 0.039 0.004 0.003 0.012 0.012 0.006 11 K 0.069 0.053 0.092 0.144 0.312 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.005 0.006 0.013 0.004 0.069 0.050 0.028 0.013 0.034 0.097 0.002 12 G 0.017 0.014 0.087 0.124 0.181 0.001 0.025 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.003 0.047 0.016 0.077 0.037 0.097 0.262 0.001 13 E 0.010 0.008 0.070 0.065 0.171 0.001 0.067 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.013 0.318 0.040 0.056 0.138 0.001 14 N 0.016 0.021 0.085 0.063 0.096 0.005 0.329 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.029 0.010 0.149 0.042 0.032 0.102 0.002 15 G 0.056 0.077 0.094 0.121 0.232 0.004 0.123 0.004 0.002 0.002 0.008 0.004 0.014 0.006 0.022 0.020 0.038 0.079 0.049 0.040 0.006 16 Y 0.177 0.208 0.167 0.086 0.132 0.001 0.015 0.002 0.001 0.001 0.010 0.009 0.024 0.015 0.050 0.028 0.018 0.006 0.013 0.023 0.014 17 G 0.230 0.319 0.082 0.077 0.064 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.028 0.019 0.052 0.029 0.040 0.007 0.003 0.004 0.004 0.004 0.034 18 F 0.330 0.282 0.030 0.029 0.062 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.039 0.088 0.035 0.012 0.014 0.001 0.001 0.003 0.003 0.032 19 H 0.245 0.272 0.083 0.068 0.038 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.038 0.069 0.054 0.052 0.011 0.001 0.001 0.002 0.003 0.020 20 L 0.207 0.177 0.019 0.045 0.148 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.048 0.045 0.125 0.069 0.030 0.037 0.004 0.002 0.006 0.004 0.031 21 N 0.149 0.150 0.094 0.118 0.056 0.001 0.009 0.003 0.001 0.001 0.022 0.030 0.056 0.058 0.161 0.027 0.017 0.006 0.013 0.020 0.010 22 A 0.061 0.072 0.035 0.071 0.273 0.003 0.031 0.006 0.001 0.001 0.009 0.010 0.032 0.027 0.065 0.108 0.063 0.035 0.031 0.060 0.007 23 I 0.031 0.030 0.100 0.112 0.138 0.005 0.039 0.008 0.004 0.002 0.005 0.005 0.011 0.010 0.083 0.028 0.079 0.046 0.108 0.154 0.002 24 R 0.010 0.010 0.058 0.055 0.108 0.004 0.109 0.009 0.003 0.002 0.002 0.002 0.005 0.005 0.053 0.034 0.316 0.043 0.048 0.121 0.002 25 G 0.010 0.012 0.054 0.054 0.103 0.006 0.239 0.005 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.003 0.048 0.021 0.107 0.116 0.082 0.128 0.001 26 L 0.008 0.008 0.093 0.086 0.081 0.002 0.020 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.025 0.019 0.070 0.046 0.178 0.351 0.001 27 P 0.013 0.016 0.053 0.033 0.175 0.002 0.033 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.005 0.042 0.033 0.342 0.030 0.045 0.163 0.003 28 G 0.051 0.084 0.087 0.093 0.112 0.009 0.164 0.022 0.002 0.001 0.013 0.008 0.023 0.019 0.050 0.033 0.050 0.066 0.047 0.049 0.015 29 S 0.133 0.127 0.115 0.059 0.123 0.002 0.021 0.021 0.001 0.001 0.026 0.021 0.053 0.045 0.067 0.062 0.026 0.022 0.030 0.025 0.018 30 F 0.142 0.224 0.087 0.078 0.083 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.033 0.027 0.072 0.065 0.079 0.027 0.009 0.005 0.010 0.010 0.029 31 I 0.211 0.196 0.024 0.041 0.132 0.001 0.005 0.010 0.001 0.001 0.048 0.046 0.080 0.068 0.048 0.044 0.008 0.004 0.008 0.005 0.021 32 K 0.193 0.260 0.106 0.099 0.038 0.002 0.006 0.009 0.001 0.001 0.025 0.018 0.075 0.047 0.079 0.012 0.009 0.002 0.003 0.005 0.012 33 E 0.117 0.140 0.015 0.056 0.228 0.005 0.019 0.018 0.002 0.001 0.040 0.034 0.087 0.054 0.017 0.076 0.013 0.022 0.020 0.015 0.021 34 V 0.058 0.068 0.056 0.066 0.149 0.001 0.019 0.013 0.003 0.002 0.011 0.015 0.036 0.059 0.219 0.063 0.045 0.030 0.042 0.038 0.006 35 Q 0.015 0.010 0.088 0.097 0.032 0.004 0.018 0.010 0.006 0.002 0.005 0.005 0.010 0.018 0.091 0.033 0.095 0.018 0.145 0.295 0.002 36 K 0.002 0.002 0.006 0.006 0.145 0.002 0.107 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.022 0.045 0.462 0.058 0.023 0.100 0.001 37 G 0.001 0.001 0.023 0.019 0.010 0.006 0.425 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.061 0.014 0.077 0.119 0.104 0.121 0.001 38 G 0.002 0.002 0.035 0.011 0.043 0.002 0.010 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.010 0.128 0.049 0.160 0.518 0.001 39 P 0.002 0.002 0.011 0.011 0.033 0.015 0.024 0.154 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.010 0.588 0.021 0.052 0.048 0.001 40 A 0.002 0.005 0.014 0.010 0.014 0.013 0.108 0.699 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 0.004 0.065 0.011 0.007 0.024 0.001 41 D 0.003 0.004 0.008 0.027 0.015 0.040 0.216 0.491 0.019 0.015 0.002 0.001 0.002 0.001 0.004 0.004 0.059 0.019 0.054 0.017 0.001 42 L 0.001 0.001 0.003 0.014 0.034 0.017 0.233 0.012 0.069 0.083 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.465 0.040 0.014 0.006 0.001 43 A 0.001 0.001 0.005 0.006 0.007 0.007 0.813 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.032 0.027 0.086 0.001 44 G 0.001 0.001 0.003 0.002 0.046 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.012 0.722 0.104 0.090 0.001 45 L 0.001 0.001 0.015 0.005 0.022 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 0.021 0.015 0.433 0.464 0.001 46 E 0.001 0.001 0.019 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.006 0.001 0.260 0.694 0.001 47 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.048 0.832 0.005 0.006 0.027 0.001 48 E 0.001 0.001 0.005 0.006 0.002 0.001 0.936 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.003 0.004 0.014 0.004 0.005 0.001 49 D 0.015 0.021 0.064 0.054 0.211 0.001 0.033 0.006 0.001 0.001 0.003 0.003 0.011 0.009 0.016 0.138 0.007 0.165 0.147 0.094 0.003 50 V 0.121 0.142 0.216 0.087 0.123 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.012 0.011 0.029 0.022 0.132 0.035 0.017 0.003 0.016 0.015 0.012 51 I 0.298 0.363 0.023 0.042 0.093 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.026 0.016 0.061 0.020 0.018 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.020 52 I 0.354 0.456 0.025 0.026 0.021 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.021 0.016 0.034 0.012 0.015 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 53 E 0.231 0.476 0.014 0.047 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.034 0.021 0.076 0.036 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 54 V 0.387 0.299 0.019 0.051 0.068 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.025 0.074 0.012 0.008 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.010 55 N 0.225 0.306 0.090 0.130 0.072 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.011 0.028 0.009 0.069 0.009 0.009 0.002 0.005 0.009 0.009 56 G 0.074 0.104 0.018 0.037 0.509 0.001 0.033 0.001 0.001 0.001 0.011 0.009 0.021 0.009 0.025 0.056 0.021 0.027 0.012 0.018 0.011 57 V 0.048 0.041 0.288 0.225 0.044 0.004 0.031 0.003 0.001 0.001 0.007 0.006 0.016 0.004 0.095 0.010 0.025 0.032 0.040 0.077 0.004 58 N 0.014 0.020 0.024 0.033 0.484 0.002 0.009 0.003 0.001 0.001 0.004 0.003 0.008 0.002 0.011 0.052 0.019 0.062 0.126 0.117 0.004 59 V 0.009 0.005 0.156 0.148 0.045 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.004 0.177 0.019 0.078 0.015 0.190 0.126 0.001 60 L 0.004 0.005 0.025 0.037 0.134 0.002 0.093 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.035 0.035 0.387 0.032 0.036 0.156 0.001 61 D 0.002 0.003 0.018 0.027 0.064 0.005 0.318 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.027 0.036 0.047 0.189 0.120 0.130 0.001 62 E 0.001 0.001 0.046 0.028 0.011 0.001 0.006 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.009 0.171 0.034 0.147 0.511 0.001 63 P 0.001 0.001 0.004 0.002 0.133 0.001 0.019 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.087 0.029 0.129 0.533 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.009 0.008 0.003 0.001 0.020 0.150 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.002 0.683 0.015 0.033 0.036 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.829 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.150 0.001 0.001 0.003 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.027 0.956 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.978 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.006 0.978 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.972 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 0.912 0.008 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.009 0.002 0.003 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.139 0.620 0.083 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.008 0.003 0.004 0.001 73 S 0.001 0.001 0.003 0.003 0.008 0.042 0.331 0.082 0.240 0.090 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.124 0.052 0.010 0.011 0.001 74 S 0.001 0.001 0.007 0.008 0.028 0.002 0.296 0.016 0.011 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.154 0.089 0.101 0.269 0.001 75 G 0.001 0.002 0.009 0.006 0.068 0.001 0.112 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.016 0.127 0.352 0.177 0.116 0.001 76 K 0.007 0.007 0.173 0.070 0.045 0.009 0.079 0.005 0.006 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.040 0.056 0.082 0.071 0.164 0.175 0.002 77 N 0.031 0.047 0.071 0.047 0.371 0.001 0.042 0.002 0.001 0.001 0.006 0.005 0.012 0.010 0.056 0.084 0.033 0.051 0.072 0.041 0.017 78 V 0.122 0.114 0.118 0.066 0.106 0.001 0.016 0.001 0.001 0.001 0.030 0.024 0.050 0.034 0.113 0.127 0.003 0.010 0.020 0.009 0.036 79 T 0.201 0.270 0.070 0.046 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.026 0.070 0.058 0.069 0.045 0.001 0.003 0.002 0.001 0.045 80 L 0.265 0.272 0.011 0.014 0.037 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.077 0.057 0.118 0.064 0.013 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 81 L 0.267 0.264 0.021 0.025 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.037 0.147 0.096 0.051 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 82 V 0.287 0.305 0.011 0.031 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.043 0.110 0.061 0.020 0.028 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 83 C 0.183 0.198 0.036 0.067 0.056 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.025 0.057 0.099 0.200 0.039 0.004 0.001 0.002 0.003 0.011 84 G 0.090 0.127 0.043 0.127 0.200 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.014 0.016 0.052 0.043 0.078 0.088 0.015 0.012 0.023 0.047 0.009 85 K 0.038 0.032 0.088 0.087 0.190 0.002 0.026 0.002 0.001 0.001 0.004 0.005 0.011 0.008 0.119 0.058 0.078 0.033 0.076 0.139 0.003 86 K 0.009 0.009 0.083 0.076 0.116 0.003 0.042 0.006 0.001 0.001 0.002 0.001 0.005 0.002 0.046 0.029 0.100 0.044 0.125 0.300 0.001 87 A 0.004 0.003 0.031 0.028 0.147 0.002 0.057 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 0.029 0.119 0.065 0.164 0.311 0.001 88 Q 0.002 0.002 0.051 0.045 0.059 0.004 0.109 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.016 0.256 0.066 0.121 0.198 0.001 89 D 0.002 0.003 0.029 0.036 0.095 0.010 0.189 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.018 0.195 0.087 0.118 0.161 0.001 90 T 0.003 0.004 0.032 0.034 0.104 0.006 0.194 0.036 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.022 0.019 0.164 0.108 0.119 0.148 0.001 91 V 0.004 0.006 0.040 0.039 0.122 0.004 0.135 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.035 0.028 0.148 0.103 0.122 0.163 0.001