# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 945.345 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.016 0.629 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 0.005 0.186 0.049 0.071 0.035 2 M 0.002 0.027 0.650 0.006 0.009 0.001 0.001 0.001 0.005 0.179 0.042 0.013 0.066 3 K 0.002 0.005 0.534 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.090 0.017 0.302 0.027 4 P 0.011 0.005 0.257 0.027 0.013 0.001 0.001 0.001 0.011 0.035 0.041 0.007 0.592 5 K 0.022 0.001 0.062 0.039 0.003 0.001 0.004 0.001 0.013 0.012 0.004 0.822 0.017 6 L 0.175 0.001 0.008 0.003 0.001 0.001 0.028 0.002 0.012 0.001 0.001 0.010 0.760 7 C 0.559 0.001 0.005 0.009 0.001 0.001 0.051 0.006 0.016 0.001 0.001 0.317 0.037 8 R 0.637 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.061 0.004 0.016 0.001 0.001 0.107 0.167 9 L 0.457 0.001 0.008 0.014 0.001 0.001 0.081 0.004 0.011 0.001 0.001 0.083 0.339 10 A 0.270 0.003 0.030 0.037 0.001 0.001 0.034 0.003 0.025 0.008 0.006 0.437 0.145 11 K 0.153 0.010 0.052 0.013 0.005 0.002 0.010 0.001 0.012 0.045 0.045 0.123 0.529 12 G 0.020 0.014 0.292 0.021 0.011 0.002 0.003 0.001 0.005 0.142 0.151 0.221 0.117 13 E 0.009 0.007 0.159 0.012 0.033 0.002 0.001 0.001 0.003 0.193 0.456 0.038 0.086 14 N 0.006 0.012 0.074 0.013 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.330 0.483 0.045 0.017 15 G 0.011 0.015 0.176 0.006 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.460 0.226 0.043 0.047 16 Y 0.054 0.017 0.385 0.085 0.009 0.002 0.003 0.001 0.009 0.140 0.113 0.048 0.135 17 G 0.264 0.016 0.112 0.029 0.005 0.002 0.022 0.004 0.021 0.041 0.050 0.304 0.130 18 F 0.576 0.003 0.026 0.005 0.001 0.001 0.030 0.005 0.009 0.003 0.002 0.026 0.314 19 H 0.374 0.002 0.008 0.011 0.001 0.001 0.064 0.006 0.008 0.002 0.001 0.494 0.029 20 L 0.394 0.003 0.008 0.010 0.001 0.001 0.087 0.012 0.010 0.003 0.001 0.031 0.438 21 N 0.354 0.005 0.034 0.099 0.004 0.007 0.036 0.010 0.025 0.016 0.013 0.307 0.089 22 A 0.298 0.012 0.079 0.021 0.012 0.009 0.017 0.008 0.030 0.058 0.050 0.106 0.298 23 I 0.139 0.018 0.202 0.024 0.039 0.017 0.012 0.004 0.021 0.082 0.090 0.124 0.228 24 R 0.027 0.016 0.159 0.026 0.076 0.027 0.005 0.003 0.016 0.117 0.373 0.083 0.072 25 G 0.010 0.017 0.198 0.018 0.038 0.011 0.001 0.001 0.007 0.257 0.372 0.024 0.047 26 L 0.004 0.008 0.416 0.005 0.011 0.002 0.001 0.001 0.003 0.440 0.053 0.038 0.019 27 P 0.003 0.009 0.291 0.038 0.015 0.008 0.001 0.001 0.008 0.268 0.312 0.010 0.037 28 G 0.018 0.014 0.224 0.040 0.021 0.012 0.004 0.001 0.015 0.198 0.338 0.062 0.051 29 S 0.283 0.009 0.239 0.012 0.006 0.009 0.022 0.015 0.058 0.031 0.008 0.048 0.259 30 F 0.406 0.006 0.034 0.006 0.002 0.008 0.082 0.039 0.115 0.004 0.002 0.215 0.082 31 I 0.239 0.006 0.037 0.042 0.004 0.016 0.204 0.035 0.043 0.006 0.006 0.053 0.309 32 K 0.177 0.005 0.047 0.180 0.007 0.025 0.095 0.026 0.080 0.022 0.010 0.242 0.084 33 E 0.340 0.007 0.037 0.009 0.007 0.026 0.031 0.020 0.099 0.022 0.012 0.094 0.296 34 V 0.167 0.047 0.156 0.018 0.016 0.064 0.032 0.019 0.069 0.036 0.035 0.087 0.254 35 Q 0.045 0.011 0.408 0.027 0.046 0.057 0.007 0.003 0.020 0.055 0.066 0.178 0.077 36 K 0.001 0.001 0.034 0.006 0.048 0.086 0.001 0.001 0.003 0.043 0.761 0.003 0.013 37 G 0.001 0.004 0.047 0.002 0.022 0.043 0.001 0.001 0.001 0.171 0.702 0.003 0.002 38 G 0.001 0.016 0.399 0.001 0.015 0.041 0.001 0.001 0.002 0.471 0.025 0.013 0.015 39 P 0.001 0.022 0.410 0.003 0.051 0.256 0.001 0.001 0.005 0.114 0.087 0.007 0.042 40 A 0.002 0.018 0.104 0.006 0.274 0.370 0.001 0.001 0.005 0.037 0.165 0.008 0.011 41 D 0.005 0.013 0.109 0.008 0.323 0.352 0.001 0.001 0.005 0.036 0.119 0.007 0.021 42 L 0.006 0.014 0.127 0.006 0.291 0.216 0.002 0.001 0.005 0.064 0.224 0.015 0.031 43 A 0.002 0.009 0.084 0.006 0.079 0.085 0.001 0.001 0.005 0.109 0.595 0.012 0.013 44 G 0.004 0.041 0.240 0.002 0.033 0.031 0.001 0.001 0.007 0.266 0.328 0.024 0.024 45 L 0.001 0.057 0.743 0.001 0.004 0.007 0.001 0.001 0.004 0.143 0.015 0.007 0.019 46 E 0.001 0.010 0.828 0.001 0.006 0.004 0.001 0.001 0.002 0.101 0.012 0.021 0.014 47 D 0.001 0.005 0.052 0.018 0.123 0.029 0.001 0.001 0.005 0.076 0.673 0.004 0.014 48 E 0.001 0.001 0.026 0.011 0.019 0.013 0.001 0.001 0.001 0.064 0.860 0.003 0.002 49 D 0.028 0.007 0.469 0.012 0.046 0.034 0.003 0.001 0.010 0.083 0.027 0.030 0.251 50 V 0.219 0.018 0.075 0.013 0.006 0.039 0.028 0.009 0.090 0.015 0.004 0.224 0.260 51 I 0.483 0.005 0.005 0.006 0.001 0.014 0.054 0.005 0.013 0.001 0.003 0.165 0.243 52 I 0.708 0.002 0.003 0.031 0.001 0.013 0.033 0.006 0.003 0.001 0.001 0.121 0.076 53 E 0.655 0.004 0.003 0.005 0.001 0.006 0.023 0.003 0.002 0.001 0.001 0.141 0.153 54 V 0.762 0.002 0.005 0.009 0.001 0.009 0.006 0.002 0.004 0.003 0.006 0.114 0.078 55 N 0.100 0.002 0.029 0.113 0.004 0.017 0.002 0.001 0.004 0.028 0.521 0.108 0.071 56 G 0.031 0.003 0.062 0.042 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.104 0.666 0.022 0.056 57 V 0.018 0.010 0.208 0.006 0.005 0.006 0.002 0.001 0.004 0.081 0.009 0.587 0.063 58 N 0.025 0.037 0.154 0.003 0.005 0.011 0.007 0.001 0.016 0.028 0.007 0.034 0.671 59 V 0.025 0.028 0.264 0.042 0.046 0.043 0.007 0.002 0.020 0.052 0.065 0.349 0.057 60 L 0.005 0.010 0.151 0.013 0.052 0.027 0.003 0.001 0.012 0.120 0.490 0.025 0.091 61 D 0.002 0.010 0.232 0.002 0.011 0.013 0.001 0.001 0.004 0.273 0.414 0.015 0.024 62 E 0.001 0.018 0.568 0.001 0.005 0.014 0.001 0.001 0.003 0.341 0.020 0.022 0.007 63 P 0.001 0.014 0.794 0.001 0.005 0.032 0.001 0.001 0.003 0.104 0.010 0.004 0.034 64 Y 0.001 0.001 0.070 0.001 0.018 0.869 0.001 0.001 0.001 0.016 0.021 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.005 0.001 0.009 0.978 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.003 0.001 0.009 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 73 S 0.001 0.001 0.017 0.001 0.019 0.727 0.001 0.001 0.001 0.012 0.220 0.001 0.003 74 S 0.001 0.002 0.097 0.001 0.009 0.120 0.001 0.001 0.001 0.122 0.639 0.005 0.005 75 G 0.001 0.002 0.159 0.002 0.006 0.009 0.001 0.001 0.002 0.137 0.675 0.004 0.004 76 K 0.001 0.004 0.405 0.009 0.010 0.006 0.001 0.001 0.009 0.242 0.268 0.026 0.018 77 N 0.024 0.008 0.370 0.022 0.008 0.003 0.004 0.002 0.045 0.062 0.069 0.036 0.347 78 V 0.228 0.003 0.086 0.035 0.002 0.001 0.028 0.017 0.136 0.011 0.005 0.321 0.128 79 T 0.459 0.001 0.012 0.014 0.001 0.001 0.130 0.018 0.045 0.001 0.001 0.089 0.229 80 L 0.641 0.001 0.003 0.010 0.001 0.001 0.138 0.017 0.017 0.001 0.001 0.085 0.087 81 L 0.668 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.093 0.018 0.027 0.001 0.001 0.110 0.074 82 V 0.645 0.001 0.006 0.005 0.001 0.001 0.057 0.012 0.031 0.001 0.001 0.077 0.163 83 C 0.280 0.005 0.069 0.056 0.003 0.001 0.035 0.005 0.044 0.017 0.020 0.192 0.274 84 G 0.034 0.006 0.262 0.046 0.007 0.002 0.005 0.001 0.023 0.153 0.119 0.178 0.164 85 K 0.007 0.018 0.343 0.006 0.016 0.003 0.001 0.001 0.011 0.339 0.094 0.064 0.099 86 K 0.002 0.028 0.564 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.006 0.239 0.038 0.056 0.051 87 A 0.001 0.025 0.702 0.003 0.035 0.006 0.001 0.001 0.003 0.125 0.036 0.020 0.043 88 Q 0.002 0.026 0.489 0.009 0.129 0.029 0.001 0.001 0.005 0.127 0.125 0.024 0.035 89 D 0.002 0.026 0.407 0.007 0.156 0.034 0.001 0.001 0.007 0.139 0.147 0.029 0.046 90 T 0.003 0.032 0.510 0.007 0.095 0.040 0.001 0.001 0.008 0.125 0.098 0.021 0.060 91 V 0.002 0.022 0.648 0.006 0.038 0.030 0.001 0.001 0.010 0.125 0.043 0.037 0.039