# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 945.345 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.107 0.178 0.235 0.188 0.013 0.044 0.015 0.026 0.055 0.010 0.033 0.025 0.022 0.002 0.017 0.028 2 M 0.058 0.121 0.162 0.578 0.002 0.008 0.002 0.010 0.018 0.002 0.009 0.008 0.006 0.001 0.003 0.013 3 K 0.044 0.042 0.338 0.523 0.002 0.024 0.002 0.002 0.008 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 4 P 0.021 0.020 0.117 0.596 0.001 0.233 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 5 K 0.001 0.231 0.013 0.753 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.002 0.002 0.013 0.980 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 C 0.001 0.002 0.251 0.745 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.985 0.007 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.005 0.001 0.947 0.022 0.020 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.020 0.001 0.368 0.497 0.092 0.001 0.014 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.003 0.093 0.007 0.400 0.020 0.070 0.001 0.366 0.005 0.003 0.024 0.003 0.001 0.001 0.005 0.001 12 G 0.004 0.025 0.008 0.046 0.196 0.222 0.008 0.007 0.095 0.329 0.031 0.021 0.002 0.002 0.001 0.003 13 E 0.123 0.076 0.013 0.035 0.142 0.030 0.021 0.113 0.004 0.002 0.380 0.025 0.007 0.015 0.013 0.002 14 N 0.006 0.198 0.058 0.070 0.009 0.040 0.006 0.194 0.093 0.024 0.016 0.176 0.009 0.002 0.080 0.020 15 G 0.139 0.041 0.108 0.071 0.020 0.037 0.077 0.007 0.228 0.079 0.037 0.013 0.017 0.019 0.006 0.100 16 Y 0.309 0.148 0.214 0.180 0.001 0.013 0.002 0.065 0.009 0.001 0.012 0.010 0.006 0.001 0.027 0.004 17 G 0.012 0.030 0.348 0.557 0.001 0.005 0.001 0.001 0.025 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.013 18 F 0.061 0.003 0.160 0.772 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 H 0.001 0.003 0.063 0.896 0.009 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.004 0.003 0.557 0.380 0.047 0.001 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.001 0.052 0.004 0.570 0.097 0.052 0.001 0.207 0.002 0.002 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.003 0.035 0.011 0.345 0.055 0.122 0.003 0.054 0.170 0.101 0.067 0.020 0.005 0.001 0.002 0.006 23 I 0.032 0.035 0.018 0.041 0.520 0.072 0.042 0.013 0.017 0.035 0.081 0.056 0.011 0.023 0.001 0.003 24 R 0.019 0.057 0.029 0.058 0.033 0.054 0.008 0.526 0.005 0.005 0.057 0.037 0.019 0.005 0.084 0.002 25 G 0.009 0.105 0.061 0.070 0.007 0.028 0.006 0.014 0.391 0.074 0.023 0.048 0.015 0.002 0.008 0.139 26 L 0.446 0.017 0.044 0.028 0.064 0.028 0.183 0.006 0.019 0.015 0.041 0.028 0.034 0.032 0.004 0.011 27 P 0.024 0.050 0.306 0.069 0.002 0.022 0.004 0.382 0.002 0.002 0.025 0.013 0.020 0.001 0.073 0.003 28 G 0.013 0.072 0.057 0.354 0.001 0.020 0.004 0.003 0.291 0.059 0.020 0.028 0.013 0.001 0.002 0.060 29 S 0.381 0.018 0.153 0.397 0.001 0.010 0.001 0.003 0.001 0.001 0.008 0.011 0.013 0.001 0.002 0.002 30 F 0.005 0.032 0.265 0.544 0.002 0.124 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.007 0.001 0.001 0.007 31 I 0.005 0.019 0.034 0.415 0.008 0.496 0.002 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.010 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.291 0.016 0.674 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 33 E 0.002 0.004 0.024 0.919 0.002 0.025 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.001 0.005 34 V 0.006 0.013 0.614 0.299 0.014 0.017 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.002 0.025 0.001 0.001 0.002 35 Q 0.001 0.007 0.007 0.133 0.701 0.095 0.025 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 36 K 0.001 0.064 0.004 0.091 0.030 0.126 0.006 0.547 0.003 0.001 0.048 0.004 0.006 0.003 0.065 0.001 37 G 0.003 0.241 0.015 0.210 0.001 0.004 0.001 0.026 0.359 0.049 0.010 0.017 0.002 0.001 0.006 0.055 38 G 0.736 0.003 0.011 0.012 0.001 0.154 0.002 0.001 0.007 0.031 0.007 0.014 0.016 0.001 0.001 0.003 39 P 0.018 0.018 0.049 0.015 0.004 0.044 0.001 0.002 0.001 0.001 0.775 0.015 0.057 0.002 0.001 0.001 40 A 0.001 0.110 0.008 0.109 0.001 0.007 0.001 0.003 0.001 0.001 0.030 0.707 0.015 0.002 0.003 0.001 41 D 0.002 0.007 0.037 0.030 0.007 0.056 0.037 0.003 0.005 0.001 0.011 0.070 0.654 0.011 0.040 0.029 42 L 0.002 0.006 0.018 0.007 0.056 0.004 0.210 0.002 0.002 0.001 0.043 0.004 0.067 0.550 0.002 0.027 43 A 0.004 0.009 0.017 0.011 0.001 0.002 0.003 0.105 0.001 0.001 0.002 0.018 0.039 0.003 0.776 0.009 44 G 0.001 0.001 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.939 45 L 0.901 0.007 0.052 0.019 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.006 46 E 0.002 0.013 0.099 0.003 0.153 0.646 0.042 0.004 0.001 0.003 0.004 0.003 0.005 0.018 0.001 0.002 47 D 0.003 0.018 0.003 0.025 0.003 0.015 0.001 0.201 0.001 0.001 0.707 0.004 0.003 0.001 0.017 0.001 48 E 0.002 0.132 0.008 0.024 0.001 0.002 0.001 0.002 0.327 0.017 0.004 0.448 0.002 0.001 0.003 0.026 49 D 0.453 0.029 0.301 0.130 0.001 0.011 0.003 0.001 0.006 0.001 0.004 0.009 0.024 0.001 0.005 0.025 50 V 0.024 0.032 0.824 0.091 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.007 51 I 0.019 0.022 0.283 0.542 0.002 0.121 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 52 I 0.001 0.033 0.074 0.887 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 53 E 0.001 0.002 0.012 0.658 0.291 0.028 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 54 V 0.001 0.003 0.009 0.045 0.869 0.021 0.012 0.030 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 55 N 0.001 0.006 0.001 0.016 0.004 0.054 0.001 0.880 0.002 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.020 0.001 56 G 0.004 0.075 0.001 0.016 0.004 0.007 0.002 0.002 0.676 0.074 0.096 0.011 0.001 0.001 0.001 0.031 57 V 0.891 0.012 0.031 0.021 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.003 0.019 0.001 0.001 0.010 0.001 58 N 0.006 0.004 0.512 0.012 0.007 0.379 0.005 0.001 0.004 0.021 0.005 0.008 0.014 0.001 0.001 0.020 59 V 0.033 0.071 0.020 0.059 0.126 0.113 0.035 0.011 0.001 0.001 0.456 0.022 0.024 0.023 0.002 0.003 60 L 0.002 0.263 0.014 0.100 0.002 0.016 0.005 0.176 0.007 0.004 0.018 0.292 0.014 0.002 0.079 0.006 61 D 0.011 0.027 0.179 0.059 0.004 0.057 0.009 0.002 0.165 0.015 0.010 0.015 0.040 0.001 0.004 0.402 62 E 0.376 0.037 0.404 0.061 0.003 0.010 0.004 0.004 0.002 0.002 0.031 0.022 0.031 0.001 0.002 0.011 63 P 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.951 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.018 0.012 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.005 0.015 0.001 0.001 0.001 65 E 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.967 0.017 0.001 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.041 0.945 0.001 0.001 0.005 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.987 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.992 0.002 0.001 0.002 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.013 0.002 0.004 72 Q 0.001 0.003 0.006 0.002 0.001 0.002 0.009 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.875 0.028 0.050 0.015 73 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.116 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.026 0.811 0.003 0.029 74 S 0.017 0.002 0.037 0.001 0.001 0.001 0.013 0.030 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.004 0.857 0.007 75 G 0.007 0.014 0.053 0.004 0.002 0.009 0.025 0.003 0.077 0.079 0.007 0.002 0.037 0.011 0.011 0.658 76 K 0.763 0.104 0.017 0.045 0.001 0.005 0.002 0.009 0.007 0.001 0.009 0.005 0.010 0.001 0.013 0.009 77 N 0.012 0.135 0.645 0.180 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 78 V 0.052 0.003 0.475 0.454 0.001 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 T 0.001 0.018 0.100 0.882 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.996 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.004 0.013 0.973 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 V 0.001 0.001 0.001 0.569 0.336 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 C 0.001 0.190 0.004 0.576 0.015 0.046 0.001 0.160 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 G 0.002 0.027 0.002 0.516 0.058 0.133 0.001 0.011 0.083 0.143 0.018 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 85 K 0.138 0.166 0.087 0.333 0.036 0.096 0.002 0.045 0.008 0.005 0.056 0.021 0.004 0.001 0.002 0.002 86 K 0.012 0.107 0.069 0.472 0.017 0.146 0.003 0.019 0.027 0.026 0.040 0.046 0.008 0.001 0.002 0.005 87 A 0.035 0.109 0.081 0.324 0.034 0.205 0.012 0.014 0.010 0.009 0.076 0.047 0.031 0.004 0.004 0.007 88 Q 0.019 0.170 0.064 0.321 0.010 0.104 0.005 0.042 0.012 0.005 0.106 0.068 0.053 0.002 0.010 0.009 89 D 0.023 0.092 0.093 0.264 0.014 0.128 0.012 0.010 0.033 0.011 0.070 0.124 0.090 0.004 0.005 0.026 90 T 0.043 0.055 0.146 0.134 0.053 0.101 0.054 0.014 0.007 0.003 0.111 0.079 0.147 0.026 0.009 0.018 91 V 0.016 0.125 0.139 0.164 0.017 0.073 0.030 0.068 0.008 0.004 0.062 0.088 0.124 0.012 0.049 0.022