# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 945.345 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.012 0.001 0.001 0.014 0.020 0.052 0.098 0.001 0.001 0.015 0.788 2 M 0.005 0.001 0.001 0.013 0.020 0.022 0.140 0.001 0.001 0.011 0.789 3 K 0.012 0.001 0.001 0.034 0.072 0.218 0.099 0.001 0.001 0.035 0.529 4 P 0.002 0.001 0.001 0.016 0.044 0.080 0.109 0.001 0.001 0.033 0.717 5 K 0.002 0.001 0.001 0.213 0.184 0.322 0.050 0.001 0.001 0.028 0.200 6 L 0.001 0.001 0.001 0.112 0.159 0.432 0.034 0.001 0.001 0.031 0.231 7 C 0.001 0.001 0.001 0.170 0.299 0.368 0.023 0.001 0.001 0.030 0.109 8 R 0.001 0.001 0.001 0.160 0.233 0.514 0.014 0.001 0.001 0.017 0.061 9 L 0.006 0.001 0.001 0.145 0.223 0.367 0.036 0.001 0.001 0.050 0.172 10 A 0.011 0.002 0.001 0.180 0.142 0.275 0.100 0.001 0.001 0.035 0.255 11 K 0.018 0.005 0.001 0.066 0.060 0.122 0.155 0.001 0.001 0.047 0.525 12 G 0.349 0.018 0.001 0.017 0.031 0.051 0.080 0.004 0.001 0.050 0.396 13 E 0.153 0.005 0.001 0.011 0.019 0.024 0.102 0.002 0.001 0.049 0.634 14 N 0.048 0.006 0.001 0.013 0.032 0.072 0.196 0.001 0.001 0.041 0.591 15 G 0.025 0.002 0.001 0.016 0.051 0.230 0.081 0.001 0.001 0.027 0.565 16 Y 0.007 0.002 0.001 0.037 0.385 0.273 0.077 0.001 0.001 0.014 0.203 17 G 0.001 0.001 0.001 0.022 0.173 0.664 0.022 0.001 0.001 0.012 0.104 18 F 0.001 0.001 0.001 0.040 0.571 0.230 0.045 0.001 0.001 0.014 0.099 19 H 0.004 0.001 0.001 0.071 0.236 0.609 0.025 0.001 0.001 0.016 0.039 20 L 0.021 0.004 0.001 0.078 0.274 0.284 0.039 0.001 0.001 0.043 0.257 21 N 0.024 0.005 0.001 0.142 0.199 0.267 0.087 0.001 0.001 0.032 0.241 22 A 0.098 0.013 0.001 0.069 0.082 0.210 0.057 0.004 0.001 0.032 0.432 23 I 0.261 0.004 0.001 0.043 0.039 0.063 0.081 0.005 0.001 0.063 0.441 24 R 0.020 0.002 0.001 0.017 0.024 0.032 0.133 0.001 0.001 0.019 0.751 25 G 0.030 0.004 0.001 0.010 0.013 0.017 0.086 0.001 0.001 0.018 0.819 26 L 0.123 0.003 0.001 0.012 0.032 0.047 0.135 0.003 0.001 0.082 0.563 27 P 0.006 0.002 0.001 0.016 0.035 0.048 0.209 0.001 0.001 0.029 0.655 28 G 0.003 0.007 0.001 0.129 0.099 0.225 0.109 0.001 0.001 0.035 0.393 29 S 0.002 0.003 0.001 0.080 0.262 0.433 0.042 0.001 0.001 0.027 0.150 30 F 0.010 0.007 0.001 0.107 0.213 0.444 0.034 0.001 0.001 0.046 0.137 31 I 0.035 0.012 0.001 0.168 0.259 0.242 0.037 0.001 0.001 0.056 0.188 32 K 0.010 0.006 0.001 0.181 0.212 0.186 0.065 0.001 0.001 0.069 0.269 33 E 0.007 0.007 0.002 0.076 0.078 0.195 0.130 0.001 0.001 0.068 0.436 34 V 0.087 0.013 0.003 0.034 0.071 0.114 0.075 0.010 0.001 0.067 0.526 35 Q 0.524 0.005 0.001 0.033 0.033 0.033 0.037 0.006 0.001 0.065 0.261 36 K 0.008 0.006 0.001 0.024 0.008 0.010 0.117 0.001 0.001 0.007 0.818 37 G 0.008 0.045 0.001 0.021 0.008 0.018 0.204 0.003 0.001 0.018 0.675 38 G 0.208 0.355 0.002 0.019 0.035 0.039 0.071 0.016 0.001 0.037 0.216 39 P 0.269 0.254 0.005 0.025 0.028 0.032 0.062 0.011 0.001 0.071 0.241 40 A 0.166 0.038 0.029 0.035 0.049 0.087 0.081 0.017 0.006 0.080 0.413 41 D 0.656 0.012 0.005 0.011 0.012 0.033 0.055 0.012 0.003 0.017 0.184 42 L 0.255 0.002 0.001 0.013 0.015 0.020 0.037 0.005 0.001 0.014 0.638 43 A 0.006 0.001 0.001 0.019 0.031 0.023 0.119 0.001 0.001 0.006 0.796 44 G 0.004 0.002 0.001 0.024 0.030 0.070 0.180 0.001 0.001 0.013 0.676 45 L 0.016 0.012 0.003 0.016 0.048 0.027 0.257 0.004 0.001 0.022 0.595 46 E 0.499 0.113 0.002 0.029 0.022 0.026 0.054 0.017 0.001 0.030 0.209 47 D 0.182 0.119 0.001 0.035 0.015 0.020 0.056 0.006 0.001 0.044 0.521 48 E 0.006 0.164 0.001 0.108 0.056 0.078 0.087 0.001 0.001 0.067 0.432 49 D 0.003 0.067 0.003 0.175 0.087 0.338 0.041 0.003 0.001 0.147 0.136 50 V 0.003 0.026 0.001 0.125 0.337 0.390 0.016 0.002 0.001 0.055 0.043 51 I 0.003 0.007 0.001 0.145 0.283 0.356 0.023 0.001 0.001 0.115 0.066 52 I 0.002 0.005 0.007 0.234 0.393 0.223 0.016 0.001 0.001 0.037 0.082 53 E 0.083 0.011 0.004 0.101 0.152 0.364 0.048 0.006 0.003 0.039 0.189 54 V 0.203 0.003 0.003 0.050 0.088 0.120 0.057 0.007 0.001 0.051 0.417 55 N 0.016 0.001 0.001 0.056 0.058 0.087 0.265 0.001 0.001 0.015 0.501 56 G 0.009 0.005 0.001 0.084 0.041 0.182 0.140 0.001 0.001 0.019 0.520 57 V 0.009 0.004 0.003 0.064 0.148 0.081 0.162 0.002 0.001 0.015 0.511 58 N 0.331 0.012 0.001 0.049 0.046 0.158 0.071 0.011 0.001 0.025 0.295 59 V 0.204 0.002 0.001 0.035 0.021 0.026 0.049 0.003 0.001 0.025 0.635 60 L 0.009 0.003 0.001 0.084 0.029 0.025 0.139 0.001 0.001 0.008 0.703 61 D 0.012 0.031 0.001 0.032 0.012 0.033 0.085 0.002 0.001 0.011 0.781 62 E 0.043 0.214 0.001 0.016 0.034 0.021 0.098 0.008 0.001 0.031 0.534 63 P 0.011 0.921 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.002 0.001 0.004 0.052 64 Y 0.005 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 65 E 0.004 0.936 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.040 0.012 66 K 0.001 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.004 67 V 0.001 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 68 V 0.008 0.950 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.021 0.012 69 D 0.024 0.487 0.005 0.002 0.003 0.005 0.009 0.004 0.004 0.395 0.062 70 R 0.025 0.111 0.028 0.009 0.009 0.007 0.031 0.004 0.013 0.655 0.108 71 I 0.198 0.050 0.105 0.017 0.008 0.015 0.071 0.010 0.061 0.237 0.226 72 Q 0.263 0.005 0.015 0.007 0.005 0.012 0.046 0.005 0.010 0.031 0.602 73 S 0.088 0.001 0.002 0.004 0.003 0.005 0.080 0.001 0.001 0.016 0.800 74 S 0.035 0.001 0.001 0.004 0.002 0.005 0.171 0.001 0.001 0.020 0.762 75 G 0.006 0.001 0.001 0.005 0.002 0.004 0.238 0.001 0.001 0.032 0.711 76 K 0.002 0.001 0.001 0.043 0.018 0.025 0.176 0.001 0.001 0.027 0.708 77 N 0.001 0.001 0.001 0.115 0.061 0.202 0.100 0.001 0.001 0.047 0.473 78 V 0.001 0.001 0.001 0.309 0.155 0.337 0.039 0.001 0.001 0.042 0.115 79 T 0.001 0.001 0.001 0.515 0.140 0.263 0.014 0.001 0.001 0.018 0.048 80 L 0.001 0.001 0.001 0.416 0.227 0.297 0.008 0.001 0.001 0.014 0.037 81 L 0.001 0.001 0.001 0.241 0.223 0.439 0.014 0.001 0.001 0.022 0.058 82 V 0.011 0.004 0.001 0.152 0.232 0.364 0.029 0.001 0.001 0.042 0.166 83 C 0.028 0.005 0.001 0.125 0.157 0.243 0.071 0.001 0.001 0.041 0.330 84 G 0.033 0.009 0.001 0.063 0.084 0.191 0.093 0.001 0.001 0.029 0.495 85 K 0.039 0.010 0.001 0.023 0.051 0.083 0.089 0.001 0.001 0.028 0.674 86 K 0.079 0.011 0.001 0.017 0.050 0.075 0.119 0.002 0.001 0.061 0.584 87 A 0.083 0.007 0.001 0.011 0.024 0.046 0.110 0.001 0.001 0.046 0.672 88 Q 0.066 0.004 0.001 0.012 0.025 0.037 0.085 0.001 0.001 0.030 0.739 89 D 0.029 0.003 0.001 0.012 0.025 0.046 0.089 0.001 0.001 0.021 0.774 90 T 0.014 0.005 0.001 0.012 0.035 0.059 0.110 0.001 0.001 0.026 0.738 91 V 0.016 0.009 0.001 0.021 0.062 0.084 0.135 0.001 0.001 0.038 0.635