# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 945.345 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.699 0.150 0.025 0.054 0.027 0.013 0.014 0.008 0.005 0.003 0.002 2 M 0.232 0.133 0.040 0.093 0.083 0.072 0.104 0.073 0.072 0.057 0.041 3 K 0.176 0.334 0.068 0.195 0.111 0.050 0.033 0.017 0.009 0.005 0.002 4 P 0.169 0.080 0.045 0.125 0.130 0.124 0.115 0.089 0.057 0.041 0.024 5 K 0.075 0.108 0.089 0.166 0.138 0.130 0.135 0.081 0.043 0.023 0.009 6 L 0.023 0.051 0.049 0.213 0.189 0.149 0.144 0.086 0.053 0.029 0.014 7 C 0.003 0.002 0.005 0.004 0.008 0.019 0.059 0.097 0.231 0.288 0.285 8 R 0.027 0.123 0.128 0.373 0.210 0.069 0.040 0.016 0.009 0.004 0.002 9 L 0.002 0.001 0.006 0.005 0.011 0.014 0.050 0.110 0.191 0.238 0.372 10 A 0.058 0.110 0.104 0.222 0.195 0.115 0.087 0.046 0.031 0.019 0.012 11 K 0.039 0.097 0.068 0.125 0.109 0.118 0.172 0.100 0.083 0.057 0.032 12 G 0.354 0.203 0.052 0.140 0.090 0.055 0.045 0.027 0.016 0.011 0.007 13 E 0.589 0.221 0.029 0.072 0.028 0.020 0.019 0.010 0.007 0.004 0.002 14 N 0.277 0.161 0.044 0.153 0.112 0.084 0.071 0.043 0.027 0.016 0.010 15 G 0.131 0.143 0.044 0.128 0.118 0.123 0.113 0.077 0.056 0.043 0.024 16 Y 0.009 0.016 0.012 0.034 0.047 0.112 0.181 0.163 0.200 0.145 0.080 17 G 0.058 0.074 0.041 0.158 0.142 0.119 0.138 0.100 0.080 0.052 0.038 18 F 0.002 0.002 0.003 0.006 0.009 0.017 0.045 0.095 0.221 0.270 0.330 19 H 0.019 0.050 0.034 0.185 0.219 0.134 0.137 0.099 0.060 0.037 0.025 20 L 0.002 0.002 0.004 0.007 0.012 0.017 0.045 0.098 0.205 0.267 0.342 21 N 0.048 0.050 0.038 0.150 0.177 0.151 0.152 0.096 0.067 0.044 0.028 22 A 0.064 0.056 0.043 0.105 0.087 0.097 0.157 0.115 0.127 0.096 0.054 23 I 0.077 0.091 0.031 0.101 0.095 0.122 0.148 0.093 0.098 0.083 0.060 24 R 0.300 0.229 0.048 0.141 0.090 0.054 0.057 0.032 0.024 0.016 0.010 25 G 0.482 0.177 0.038 0.112 0.066 0.041 0.035 0.022 0.013 0.009 0.007 26 L 0.104 0.111 0.029 0.104 0.103 0.115 0.119 0.093 0.091 0.078 0.054 27 P 0.105 0.129 0.029 0.121 0.121 0.116 0.143 0.102 0.069 0.042 0.024 28 G 0.105 0.069 0.037 0.128 0.130 0.137 0.141 0.090 0.075 0.050 0.037 29 S 0.042 0.027 0.026 0.044 0.053 0.079 0.127 0.130 0.176 0.163 0.133 30 F 0.011 0.028 0.017 0.098 0.129 0.123 0.182 0.153 0.128 0.079 0.051 31 I 0.002 0.002 0.004 0.007 0.013 0.019 0.050 0.096 0.201 0.265 0.342 32 K 0.058 0.080 0.130 0.262 0.214 0.104 0.074 0.039 0.023 0.012 0.006 33 E 0.079 0.113 0.101 0.271 0.178 0.103 0.081 0.039 0.020 0.010 0.006 34 V 0.005 0.004 0.004 0.008 0.013 0.018 0.050 0.091 0.176 0.224 0.407 35 Q 0.081 0.167 0.057 0.163 0.162 0.119 0.117 0.059 0.037 0.026 0.012 36 K 0.213 0.239 0.172 0.206 0.086 0.039 0.021 0.011 0.007 0.004 0.002 37 G 0.448 0.115 0.033 0.092 0.073 0.070 0.075 0.041 0.026 0.017 0.010 38 G 0.104 0.071 0.024 0.077 0.069 0.086 0.144 0.129 0.138 0.097 0.061 39 P 0.072 0.112 0.057 0.184 0.162 0.135 0.111 0.070 0.049 0.028 0.020 40 A 0.008 0.007 0.012 0.021 0.037 0.047 0.094 0.146 0.188 0.180 0.259 41 D 0.048 0.055 0.055 0.151 0.177 0.112 0.156 0.114 0.066 0.042 0.024 42 L 0.013 0.026 0.035 0.095 0.110 0.152 0.183 0.123 0.116 0.099 0.048 43 A 0.081 0.063 0.056 0.138 0.129 0.124 0.141 0.101 0.082 0.053 0.033 44 G 0.264 0.152 0.045 0.154 0.104 0.071 0.093 0.051 0.034 0.019 0.014 45 L 0.010 0.008 0.008 0.011 0.016 0.023 0.056 0.077 0.191 0.213 0.388 46 E 0.153 0.298 0.066 0.180 0.142 0.067 0.047 0.021 0.012 0.008 0.005 47 D 0.242 0.202 0.070 0.175 0.114 0.067 0.054 0.034 0.022 0.012 0.008 48 E 0.526 0.133 0.029 0.096 0.066 0.046 0.048 0.026 0.015 0.008 0.005 49 D 0.019 0.019 0.015 0.054 0.058 0.097 0.154 0.145 0.183 0.167 0.089 50 V 0.012 0.071 0.058 0.170 0.177 0.214 0.151 0.069 0.044 0.023 0.010 51 I 0.005 0.007 0.020 0.028 0.040 0.041 0.088 0.133 0.206 0.214 0.219 52 I 0.002 0.002 0.007 0.013 0.023 0.064 0.140 0.154 0.222 0.227 0.146 53 E 0.020 0.065 0.097 0.264 0.202 0.116 0.105 0.054 0.042 0.021 0.012 54 V 0.004 0.004 0.010 0.010 0.020 0.031 0.073 0.128 0.180 0.239 0.300 55 N 0.020 0.048 0.038 0.117 0.136 0.130 0.169 0.125 0.104 0.072 0.042 56 G 0.266 0.132 0.060 0.128 0.085 0.075 0.096 0.058 0.050 0.032 0.016 57 V 0.117 0.056 0.045 0.107 0.114 0.134 0.160 0.103 0.080 0.049 0.036 58 N 0.189 0.212 0.070 0.198 0.117 0.067 0.069 0.037 0.022 0.012 0.007 59 V 0.009 0.011 0.009 0.017 0.027 0.038 0.084 0.120 0.190 0.211 0.282 60 L 0.118 0.170 0.080 0.193 0.174 0.095 0.082 0.043 0.024 0.013 0.008 61 D 0.303 0.219 0.112 0.165 0.076 0.049 0.038 0.017 0.011 0.007 0.003 62 E 0.262 0.093 0.044 0.125 0.123 0.103 0.108 0.063 0.039 0.024 0.017 63 P 0.227 0.416 0.043 0.106 0.059 0.040 0.045 0.029 0.018 0.012 0.005 64 Y 0.023 0.035 0.025 0.086 0.125 0.166 0.211 0.132 0.105 0.060 0.032 65 E 0.643 0.092 0.110 0.082 0.035 0.017 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 66 K 0.037 0.082 0.128 0.314 0.207 0.115 0.076 0.026 0.009 0.004 0.002 67 V 0.001 0.002 0.005 0.005 0.011 0.017 0.061 0.121 0.237 0.271 0.270 68 V 0.001 0.002 0.009 0.031 0.095 0.189 0.318 0.165 0.101 0.064 0.024 69 D 0.006 0.024 0.844 0.096 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.003 0.005 0.026 0.071 0.123 0.233 0.352 0.122 0.042 0.017 0.007 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.013 0.039 0.173 0.297 0.474 72 Q 0.014 0.024 0.177 0.191 0.264 0.139 0.116 0.045 0.018 0.009 0.004 73 S 0.019 0.071 0.604 0.165 0.077 0.035 0.017 0.006 0.003 0.002 0.001 74 S 0.010 0.020 0.017 0.024 0.046 0.087 0.230 0.186 0.156 0.119 0.104 75 G 0.497 0.165 0.028 0.073 0.057 0.047 0.058 0.034 0.020 0.014 0.006 76 K 0.307 0.197 0.174 0.188 0.068 0.033 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 77 N 0.181 0.147 0.076 0.210 0.162 0.095 0.076 0.030 0.013 0.006 0.004 78 V 0.004 0.004 0.004 0.006 0.011 0.023 0.078 0.126 0.247 0.245 0.252 79 T 0.017 0.103 0.104 0.335 0.246 0.112 0.045 0.020 0.011 0.005 0.003 80 L 0.001 0.001 0.005 0.003 0.006 0.012 0.038 0.081 0.196 0.274 0.383 81 L 0.014 0.037 0.043 0.199 0.244 0.172 0.148 0.076 0.037 0.017 0.012 82 V 0.004 0.003 0.008 0.007 0.012 0.013 0.048 0.104 0.208 0.249 0.343 83 C 0.016 0.029 0.046 0.146 0.181 0.151 0.165 0.113 0.073 0.050 0.030 84 G 0.074 0.104 0.087 0.146 0.107 0.112 0.165 0.079 0.069 0.041 0.017 85 K 0.272 0.199 0.105 0.184 0.102 0.058 0.041 0.019 0.010 0.005 0.004 86 K 0.349 0.253 0.056 0.120 0.074 0.049 0.050 0.025 0.013 0.007 0.004 87 A 0.330 0.222 0.045 0.086 0.065 0.044 0.061 0.051 0.041 0.029 0.025 88 Q 0.409 0.198 0.055 0.120 0.085 0.048 0.042 0.022 0.012 0.006 0.004 89 D 0.501 0.233 0.088 0.100 0.037 0.018 0.012 0.006 0.003 0.002 0.001 90 T 0.200 0.171 0.071 0.175 0.130 0.087 0.082 0.044 0.023 0.011 0.006 91 V 0.217 0.146 0.069 0.138 0.108 0.082 0.095 0.071 0.039 0.023 0.012