# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 n_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 945.345 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.047 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.007 0.056 0.821 2 M 0.088 0.004 0.013 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.079 0.009 0.047 0.750 3 K 0.018 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.184 0.001 0.182 0.605 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 K 0.009 0.001 0.001 0.001 0.006 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.783 0.001 0.044 0.138 6 L 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.275 0.001 0.031 0.668 7 C 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.916 0.001 0.011 0.057 8 R 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.025 0.008 0.736 0.001 0.035 0.167 9 L 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.032 0.106 0.059 0.018 0.619 0.001 0.022 0.128 10 A 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.021 0.008 0.168 0.109 0.024 0.011 0.509 0.001 0.033 0.100 11 K 0.008 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.047 0.093 0.006 0.026 0.009 0.006 0.004 0.122 0.004 0.065 0.577 12 G 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.137 0.176 0.039 0.009 0.007 0.001 0.001 0.002 0.132 0.010 0.063 0.399 13 E 0.016 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.025 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.006 0.122 0.788 14 N 0.046 0.003 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.030 0.212 0.653 15 G 0.155 0.006 0.044 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.021 0.151 0.549 16 Y 0.049 0.005 0.013 0.013 0.023 0.006 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.298 0.004 0.222 0.358 17 G 0.012 0.001 0.002 0.005 0.164 0.085 0.024 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.358 0.001 0.098 0.237 18 F 0.004 0.001 0.001 0.001 0.028 0.041 0.054 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.593 0.001 0.030 0.228 19 H 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.013 0.039 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.850 0.001 0.018 0.055 20 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.009 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 0.024 0.013 0.682 0.001 0.026 0.213 21 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.008 0.002 0.025 0.015 0.011 0.013 0.830 0.001 0.023 0.066 22 A 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.011 0.007 0.002 0.006 0.006 0.008 0.006 0.367 0.001 0.074 0.502 23 I 0.015 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.006 0.013 0.008 0.008 0.008 0.005 0.003 0.247 0.002 0.238 0.422 24 R 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.004 0.029 0.003 0.021 0.003 0.002 0.002 0.192 0.005 0.145 0.554 25 G 0.070 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.113 0.026 0.088 0.647 26 L 0.189 0.003 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.009 0.215 0.520 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.996 28 G 0.015 0.002 0.001 0.001 0.024 0.023 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.255 0.003 0.093 0.570 29 S 0.293 0.001 0.004 0.004 0.014 0.015 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.292 0.003 0.052 0.299 30 F 0.004 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.817 0.001 0.028 0.135 31 I 0.003 0.003 0.001 0.001 0.025 0.018 0.016 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.628 0.001 0.053 0.233 32 K 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.917 0.001 0.021 0.045 33 E 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.020 0.014 0.010 0.009 0.449 0.002 0.047 0.431 34 V 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.003 0.001 0.002 0.001 0.756 0.002 0.045 0.160 35 Q 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.008 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 0.001 0.428 0.002 0.110 0.351 36 K 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.047 0.001 0.009 0.936 37 G 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.282 0.007 0.094 0.589 38 G 0.369 0.004 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.011 0.072 0.505 39 P 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.011 0.978 40 A 0.013 0.012 0.002 0.002 0.049 0.007 0.003 0.001 0.001 0.002 0.013 0.001 0.035 0.005 0.001 0.001 0.026 0.002 0.055 0.772 41 D 0.080 0.073 0.001 0.001 0.002 0.006 0.001 0.001 0.003 0.061 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.028 0.725 42 L 0.142 0.533 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.008 0.005 0.252 43 A 0.188 0.581 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.108 0.004 0.110 44 G 0.578 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.278 0.003 0.094 45 L 0.011 0.001 0.935 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.033 46 E 0.001 0.001 0.002 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.142 0.001 0.307 0.530 47 D 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 0.955 48 E 0.019 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.263 0.006 0.169 0.531 49 D 0.321 0.005 0.004 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.128 0.025 0.167 0.343 50 V 0.099 0.031 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.494 0.005 0.093 0.259 51 I 0.006 0.006 0.001 0.001 0.017 0.006 0.011 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.006 0.002 0.751 0.001 0.063 0.111 52 I 0.003 0.004 0.001 0.001 0.013 0.031 0.008 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.079 0.027 0.014 0.011 0.681 0.001 0.023 0.093 53 E 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.010 0.003 0.001 0.011 0.002 0.001 0.006 0.003 0.003 0.004 0.857 0.001 0.016 0.073 54 V 0.003 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.188 0.010 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.003 0.602 0.001 0.040 0.130 55 N 0.002 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.609 0.001 0.071 0.293 56 G 0.012 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.303 0.025 0.088 0.559 57 V 0.231 0.002 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.141 0.016 0.200 0.373 58 N 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.327 0.001 0.158 0.502 59 V 0.010 0.005 0.004 0.002 0.186 0.018 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.207 0.003 0.121 0.423 60 L 0.013 0.014 0.001 0.001 0.005 0.017 0.003 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.002 0.242 0.004 0.272 0.409 61 D 0.080 0.014 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.132 0.017 0.075 0.668 62 E 0.177 0.022 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.154 0.007 0.152 0.469 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.978 64 Y 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.002 0.137 0.791 65 E 0.026 0.063 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.223 0.676 66 K 0.130 0.099 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.090 0.676 67 V 0.018 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.087 68 V 0.001 0.979 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.016 69 D 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 70 R 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.004 71 I 0.009 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.002 72 Q 0.011 0.972 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.006 73 S 0.070 0.856 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 0.001 0.024 74 S 0.284 0.492 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.117 0.004 0.081 75 G 0.172 0.249 0.104 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.066 0.031 0.359 76 K 0.086 0.015 0.160 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.051 0.029 0.175 0.470 77 N 0.084 0.005 0.008 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.083 0.004 0.211 0.596 78 V 0.013 0.002 0.001 0.002 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.574 0.001 0.096 0.297 79 T 0.002 0.001 0.001 0.001 0.018 0.020 0.008 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.761 0.001 0.049 0.134 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.874 0.001 0.013 0.090 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.942 0.001 0.010 0.036 82 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.003 0.004 0.899 0.001 0.013 0.072 83 C 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.004 0.871 0.001 0.027 0.081 84 G 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.003 0.002 0.006 0.007 0.008 0.005 0.431 0.001 0.066 0.461 85 K 0.021 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.002 0.271 0.003 0.086 0.597 86 K 0.076 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.119 0.008 0.152 0.625 87 A 0.033 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.002 0.031 0.911 88 Q 0.030 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.003 0.051 0.861 89 D 0.046 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.004 0.047 0.877 90 T 0.184 0.029 0.005 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.043 0.011 0.100 0.617 91 V 0.158 0.076 0.008 0.002 0.003 0.002 0.002 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.073 0.010 0.139 0.517