# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 945.345 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.040 0.003 0.003 0.015 0.014 0.018 0.053 0.001 0.001 0.002 0.852 2 M 0.047 0.001 0.005 0.013 0.015 0.032 0.016 0.001 0.001 0.001 0.871 3 K 0.038 0.001 0.001 0.045 0.077 0.036 0.259 0.001 0.001 0.002 0.542 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.991 5 K 0.002 0.001 0.001 0.042 0.280 0.592 0.029 0.001 0.001 0.001 0.054 6 L 0.006 0.001 0.001 0.051 0.061 0.154 0.113 0.001 0.001 0.001 0.613 7 C 0.006 0.001 0.001 0.149 0.343 0.413 0.011 0.001 0.001 0.001 0.078 8 R 0.001 0.001 0.001 0.108 0.291 0.370 0.026 0.001 0.001 0.001 0.202 9 L 0.001 0.001 0.001 0.120 0.326 0.398 0.021 0.001 0.001 0.001 0.132 10 A 0.001 0.001 0.001 0.073 0.316 0.437 0.045 0.001 0.001 0.001 0.127 11 K 0.002 0.001 0.001 0.038 0.118 0.231 0.057 0.001 0.001 0.003 0.549 12 G 0.013 0.001 0.002 0.044 0.077 0.177 0.176 0.001 0.001 0.013 0.498 13 E 0.028 0.001 0.001 0.019 0.016 0.023 0.179 0.001 0.001 0.008 0.726 14 N 0.033 0.001 0.001 0.016 0.014 0.016 0.156 0.001 0.001 0.012 0.752 15 G 0.210 0.002 0.003 0.017 0.032 0.048 0.148 0.001 0.001 0.038 0.502 16 Y 0.141 0.003 0.004 0.048 0.061 0.052 0.225 0.001 0.001 0.015 0.449 17 G 0.045 0.002 0.002 0.055 0.194 0.276 0.103 0.001 0.001 0.007 0.315 18 F 0.028 0.002 0.004 0.141 0.257 0.315 0.046 0.001 0.001 0.003 0.204 19 H 0.002 0.001 0.001 0.216 0.277 0.325 0.031 0.001 0.001 0.001 0.147 20 L 0.001 0.001 0.001 0.122 0.251 0.454 0.015 0.001 0.001 0.001 0.156 21 N 0.002 0.002 0.001 0.227 0.250 0.385 0.036 0.001 0.001 0.002 0.096 22 A 0.003 0.001 0.001 0.130 0.125 0.313 0.049 0.001 0.001 0.002 0.377 23 I 0.009 0.003 0.001 0.136 0.131 0.310 0.101 0.001 0.001 0.003 0.306 24 R 0.019 0.005 0.002 0.064 0.063 0.153 0.246 0.001 0.001 0.011 0.438 25 G 0.085 0.004 0.006 0.030 0.027 0.059 0.133 0.002 0.001 0.028 0.626 26 L 0.383 0.008 0.021 0.013 0.042 0.041 0.081 0.002 0.001 0.012 0.396 27 P 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 0.990 28 G 0.019 0.001 0.001 0.048 0.079 0.140 0.087 0.001 0.001 0.001 0.623 29 S 0.144 0.006 0.002 0.058 0.109 0.101 0.091 0.001 0.001 0.007 0.481 30 F 0.023 0.010 0.002 0.135 0.194 0.260 0.084 0.001 0.001 0.001 0.292 31 I 0.009 0.008 0.003 0.101 0.189 0.519 0.032 0.001 0.001 0.001 0.136 32 K 0.009 0.015 0.001 0.188 0.211 0.397 0.033 0.001 0.001 0.002 0.144 33 E 0.022 0.020 0.001 0.127 0.112 0.191 0.076 0.001 0.001 0.003 0.447 34 V 0.068 0.046 0.006 0.105 0.153 0.297 0.039 0.003 0.001 0.002 0.281 35 Q 0.024 0.059 0.005 0.083 0.127 0.208 0.132 0.004 0.001 0.002 0.356 36 K 0.016 0.023 0.002 0.017 0.015 0.034 0.042 0.001 0.001 0.001 0.849 37 G 0.096 0.041 0.008 0.024 0.017 0.059 0.194 0.005 0.001 0.010 0.544 38 G 0.386 0.051 0.016 0.009 0.014 0.010 0.143 0.004 0.001 0.011 0.358 39 P 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.986 40 A 0.020 0.038 0.003 0.034 0.039 0.122 0.207 0.001 0.001 0.003 0.533 41 D 0.245 0.309 0.005 0.035 0.016 0.027 0.067 0.007 0.001 0.007 0.281 42 L 0.112 0.759 0.005 0.016 0.008 0.014 0.007 0.005 0.001 0.001 0.071 43 A 0.189 0.450 0.012 0.040 0.031 0.050 0.028 0.023 0.001 0.004 0.174 44 G 0.389 0.056 0.008 0.016 0.022 0.034 0.022 0.062 0.001 0.008 0.383 45 L 0.407 0.034 0.320 0.028 0.019 0.039 0.017 0.013 0.001 0.004 0.118 46 E 0.005 0.002 0.002 0.045 0.020 0.013 0.286 0.001 0.001 0.001 0.625 47 D 0.004 0.001 0.002 0.004 0.009 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.961 48 E 0.025 0.008 0.007 0.079 0.080 0.236 0.141 0.001 0.001 0.067 0.356 49 D 0.352 0.004 0.004 0.025 0.041 0.067 0.309 0.001 0.001 0.052 0.145 50 V 0.129 0.040 0.006 0.161 0.159 0.182 0.109 0.001 0.001 0.004 0.210 51 I 0.004 0.007 0.001 0.111 0.281 0.541 0.016 0.001 0.001 0.001 0.039 52 I 0.002 0.008 0.001 0.093 0.383 0.434 0.010 0.001 0.001 0.001 0.068 53 E 0.001 0.001 0.001 0.047 0.406 0.493 0.004 0.001 0.001 0.001 0.048 54 V 0.001 0.002 0.001 0.036 0.395 0.514 0.008 0.001 0.001 0.001 0.044 55 N 0.007 0.003 0.002 0.025 0.284 0.560 0.015 0.001 0.001 0.002 0.103 56 G 0.006 0.001 0.001 0.073 0.029 0.117 0.129 0.001 0.001 0.004 0.640 57 V 0.448 0.002 0.010 0.055 0.116 0.075 0.111 0.001 0.001 0.014 0.168 58 N 0.004 0.001 0.001 0.029 0.027 0.031 0.048 0.001 0.001 0.001 0.859 59 V 0.012 0.002 0.003 0.042 0.147 0.393 0.054 0.001 0.001 0.002 0.345 60 L 0.017 0.004 0.001 0.053 0.028 0.106 0.228 0.001 0.001 0.006 0.557 61 D 0.202 0.003 0.003 0.026 0.027 0.068 0.119 0.001 0.001 0.026 0.526 62 E 0.560 0.006 0.008 0.014 0.014 0.016 0.063 0.001 0.001 0.005 0.313 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.001 0.001 0.001 0.956 64 Y 0.021 0.006 0.002 0.007 0.014 0.046 0.190 0.001 0.001 0.002 0.712 65 E 0.013 0.024 0.001 0.002 0.004 0.016 0.200 0.001 0.001 0.003 0.737 66 K 0.033 0.074 0.001 0.002 0.002 0.004 0.460 0.001 0.001 0.001 0.423 67 V 0.032 0.753 0.001 0.001 0.001 0.001 0.062 0.001 0.001 0.001 0.148 68 V 0.001 0.971 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.022 69 D 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 70 R 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.006 71 I 0.001 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.988 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 73 S 0.029 0.883 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.001 0.001 0.007 74 S 0.313 0.442 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 0.186 0.001 0.001 0.024 75 G 0.302 0.085 0.318 0.003 0.005 0.006 0.010 0.070 0.001 0.003 0.199 76 K 0.075 0.004 0.389 0.014 0.009 0.010 0.094 0.004 0.001 0.004 0.397 77 N 0.071 0.002 0.027 0.060 0.037 0.026 0.112 0.001 0.001 0.003 0.661 78 V 0.040 0.002 0.009 0.168 0.246 0.214 0.030 0.001 0.001 0.002 0.288 79 T 0.001 0.001 0.001 0.412 0.184 0.289 0.040 0.001 0.001 0.001 0.073 80 L 0.001 0.001 0.001 0.264 0.227 0.434 0.010 0.001 0.001 0.001 0.062 81 L 0.001 0.001 0.001 0.438 0.241 0.277 0.009 0.001 0.001 0.001 0.034 82 V 0.001 0.001 0.001 0.233 0.227 0.389 0.019 0.001 0.001 0.001 0.131 83 C 0.001 0.001 0.001 0.188 0.279 0.403 0.036 0.001 0.001 0.001 0.091 84 G 0.003 0.001 0.001 0.111 0.153 0.315 0.088 0.001 0.001 0.004 0.323 85 K 0.017 0.002 0.002 0.052 0.060 0.119 0.123 0.001 0.001 0.007 0.616 86 K 0.024 0.002 0.001 0.023 0.027 0.045 0.194 0.001 0.001 0.005 0.678 87 A 0.020 0.001 0.001 0.006 0.006 0.012 0.039 0.001 0.001 0.002 0.913 88 Q 0.047 0.005 0.001 0.016 0.016 0.033 0.090 0.001 0.001 0.004 0.786 89 D 0.092 0.010 0.002 0.014 0.016 0.026 0.104 0.001 0.001 0.007 0.728 90 T 0.146 0.026 0.004 0.018 0.024 0.035 0.108 0.001 0.001 0.008 0.630 91 V 0.101 0.035 0.005 0.025 0.035 0.062 0.153 0.002 0.001 0.009 0.574