# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 945.345 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.008 0.001 0.002 0.004 0.008 0.006 0.001 0.969 2 M 0.018 0.002 0.014 0.017 0.050 0.029 0.004 0.866 3 K 0.107 0.001 0.023 0.074 0.082 0.109 0.003 0.600 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 5 K 0.012 0.001 0.046 0.335 0.442 0.037 0.001 0.126 6 L 0.039 0.001 0.078 0.111 0.192 0.019 0.001 0.560 7 C 0.004 0.001 0.081 0.381 0.489 0.006 0.001 0.039 8 R 0.002 0.001 0.163 0.281 0.417 0.011 0.001 0.125 9 L 0.001 0.001 0.081 0.282 0.376 0.005 0.001 0.255 10 A 0.001 0.001 0.086 0.270 0.532 0.031 0.001 0.080 11 K 0.005 0.001 0.041 0.165 0.292 0.054 0.001 0.441 12 G 0.009 0.001 0.038 0.106 0.250 0.131 0.004 0.461 13 E 0.012 0.001 0.004 0.005 0.012 0.050 0.002 0.915 14 N 0.026 0.001 0.006 0.009 0.015 0.080 0.008 0.855 15 G 0.236 0.002 0.019 0.015 0.026 0.214 0.026 0.461 16 Y 0.136 0.003 0.084 0.082 0.117 0.120 0.008 0.451 17 G 0.029 0.002 0.132 0.106 0.256 0.134 0.004 0.336 18 F 0.021 0.001 0.172 0.287 0.306 0.043 0.001 0.169 19 H 0.004 0.001 0.232 0.213 0.340 0.047 0.001 0.162 20 L 0.005 0.001 0.193 0.232 0.344 0.028 0.001 0.196 21 N 0.005 0.002 0.194 0.259 0.374 0.057 0.001 0.106 22 A 0.016 0.003 0.096 0.155 0.227 0.103 0.004 0.397 23 I 0.031 0.006 0.108 0.130 0.195 0.138 0.007 0.384 24 R 0.029 0.004 0.029 0.045 0.069 0.132 0.007 0.684 25 G 0.055 0.005 0.022 0.022 0.049 0.142 0.016 0.688 26 L 0.190 0.004 0.020 0.012 0.026 0.157 0.015 0.576 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 28 G 0.023 0.004 0.035 0.061 0.188 0.129 0.004 0.557 29 S 0.251 0.005 0.072 0.135 0.119 0.077 0.002 0.338 30 F 0.023 0.023 0.121 0.241 0.274 0.052 0.002 0.265 31 I 0.010 0.026 0.121 0.252 0.434 0.029 0.001 0.126 32 K 0.011 0.047 0.165 0.207 0.389 0.032 0.002 0.146 33 E 0.033 0.035 0.120 0.091 0.269 0.023 0.007 0.421 34 V 0.086 0.060 0.230 0.122 0.207 0.039 0.013 0.243 35 Q 0.034 0.046 0.166 0.190 0.214 0.060 0.010 0.281 36 K 0.019 0.017 0.080 0.034 0.078 0.064 0.007 0.701 37 G 0.054 0.019 0.087 0.019 0.074 0.112 0.033 0.602 38 G 0.431 0.006 0.050 0.018 0.016 0.146 0.023 0.310 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 40 A 0.016 0.005 0.032 0.043 0.132 0.182 0.002 0.589 41 D 0.208 0.041 0.044 0.043 0.063 0.152 0.005 0.442 42 L 0.152 0.143 0.025 0.025 0.055 0.096 0.009 0.494 43 A 0.111 0.187 0.021 0.014 0.024 0.305 0.031 0.307 44 G 0.698 0.027 0.009 0.005 0.008 0.021 0.102 0.131 45 L 0.373 0.073 0.230 0.038 0.030 0.047 0.024 0.185 46 E 0.011 0.019 0.059 0.064 0.049 0.148 0.005 0.646 47 D 0.005 0.003 0.008 0.006 0.023 0.017 0.001 0.937 48 E 0.070 0.017 0.070 0.046 0.097 0.198 0.014 0.487 49 D 0.224 0.012 0.045 0.122 0.060 0.239 0.023 0.275 50 V 0.200 0.034 0.098 0.202 0.149 0.112 0.017 0.188 51 I 0.019 0.022 0.114 0.340 0.389 0.027 0.004 0.086 52 I 0.003 0.003 0.104 0.434 0.431 0.006 0.001 0.019 53 E 0.003 0.004 0.104 0.255 0.451 0.013 0.001 0.168 54 V 0.003 0.003 0.146 0.312 0.448 0.019 0.001 0.067 55 N 0.004 0.003 0.127 0.213 0.439 0.032 0.003 0.179 56 G 0.013 0.003 0.159 0.119 0.316 0.097 0.008 0.285 57 V 0.096 0.003 0.229 0.074 0.082 0.278 0.009 0.230 58 N 0.014 0.002 0.040 0.059 0.052 0.100 0.004 0.729 59 V 0.013 0.005 0.084 0.060 0.115 0.081 0.003 0.640 60 L 0.024 0.011 0.025 0.019 0.043 0.636 0.004 0.239 61 D 0.262 0.028 0.022 0.014 0.039 0.149 0.026 0.460 62 E 0.307 0.053 0.049 0.012 0.017 0.134 0.013 0.416 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.997 64 Y 0.022 0.027 0.009 0.007 0.028 0.200 0.003 0.703 65 E 0.071 0.126 0.008 0.003 0.006 0.224 0.003 0.560 66 K 0.045 0.361 0.004 0.002 0.003 0.166 0.003 0.417 67 V 0.022 0.905 0.004 0.001 0.001 0.007 0.001 0.059 68 V 0.005 0.975 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 69 D 0.006 0.974 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.016 70 R 0.005 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 71 I 0.016 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 72 Q 0.025 0.952 0.004 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 73 S 0.111 0.791 0.005 0.003 0.003 0.003 0.043 0.041 74 S 0.189 0.502 0.007 0.003 0.002 0.013 0.161 0.122 75 G 0.316 0.116 0.040 0.011 0.006 0.020 0.154 0.337 76 K 0.058 0.017 0.257 0.036 0.017 0.087 0.014 0.515 77 N 0.053 0.010 0.071 0.062 0.039 0.148 0.010 0.608 78 V 0.086 0.009 0.098 0.276 0.254 0.031 0.004 0.242 79 T 0.016 0.007 0.311 0.258 0.271 0.040 0.002 0.095 80 L 0.003 0.001 0.114 0.407 0.416 0.007 0.001 0.051 81 L 0.001 0.001 0.152 0.364 0.463 0.006 0.001 0.014 82 V 0.001 0.001 0.117 0.334 0.435 0.008 0.001 0.104 83 C 0.001 0.001 0.080 0.282 0.583 0.009 0.001 0.045 84 G 0.004 0.001 0.039 0.152 0.415 0.022 0.001 0.366 85 K 0.013 0.002 0.036 0.127 0.332 0.072 0.004 0.414 86 K 0.061 0.003 0.021 0.058 0.146 0.125 0.008 0.577 87 A 0.017 0.002 0.005 0.011 0.030 0.030 0.003 0.903 88 Q 0.027 0.004 0.009 0.014 0.036 0.080 0.005 0.825 89 D 0.107 0.008 0.013 0.017 0.031 0.114 0.009 0.702 90 T 0.157 0.024 0.026 0.026 0.043 0.109 0.013 0.603 91 V 0.085 0.028 0.028 0.029 0.048 0.125 0.008 0.649