# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 945.345 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.123 0.186 0.286 0.146 0.075 0.034 0.084 0.017 0.026 0.015 0.008 2 M 0.063 0.249 0.347 0.147 0.057 0.041 0.050 0.012 0.024 0.005 0.004 3 K 0.006 0.369 0.368 0.003 0.042 0.013 0.008 0.001 0.189 0.003 0.001 4 P 0.032 0.005 0.898 0.006 0.004 0.016 0.001 0.001 0.001 0.002 0.034 5 K 0.031 0.619 0.146 0.042 0.127 0.008 0.005 0.002 0.018 0.001 0.001 6 L 0.001 0.755 0.152 0.005 0.065 0.007 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 7 C 0.001 0.857 0.045 0.001 0.087 0.004 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 8 R 0.001 0.791 0.139 0.001 0.036 0.018 0.001 0.001 0.015 0.001 0.001 9 L 0.003 0.719 0.180 0.002 0.008 0.070 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 10 A 0.019 0.663 0.180 0.008 0.046 0.035 0.005 0.001 0.040 0.002 0.001 11 K 0.047 0.223 0.504 0.049 0.057 0.037 0.032 0.002 0.031 0.010 0.008 12 G 0.018 0.037 0.141 0.015 0.219 0.018 0.026 0.151 0.018 0.352 0.005 13 E 0.302 0.124 0.304 0.150 0.020 0.023 0.016 0.004 0.024 0.012 0.021 14 N 0.051 0.064 0.138 0.369 0.093 0.012 0.160 0.061 0.016 0.033 0.005 15 G 0.020 0.013 0.052 0.019 0.103 0.006 0.032 0.474 0.005 0.273 0.002 16 Y 0.039 0.264 0.267 0.337 0.035 0.008 0.026 0.001 0.018 0.001 0.003 17 G 0.009 0.104 0.119 0.013 0.484 0.012 0.053 0.136 0.008 0.057 0.003 18 F 0.003 0.600 0.194 0.004 0.182 0.007 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 19 H 0.002 0.671 0.238 0.001 0.034 0.034 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 20 L 0.010 0.638 0.237 0.004 0.017 0.069 0.001 0.001 0.023 0.001 0.001 21 N 0.042 0.551 0.195 0.050 0.076 0.042 0.009 0.001 0.028 0.003 0.002 22 A 0.053 0.222 0.302 0.041 0.188 0.034 0.060 0.022 0.033 0.039 0.006 23 I 0.131 0.364 0.227 0.071 0.081 0.028 0.026 0.009 0.048 0.011 0.006 24 R 0.127 0.239 0.297 0.163 0.041 0.018 0.064 0.003 0.028 0.006 0.013 25 G 0.033 0.020 0.100 0.057 0.114 0.015 0.068 0.346 0.007 0.232 0.007 26 L 0.019 0.180 0.485 0.013 0.050 0.015 0.010 0.002 0.212 0.012 0.002 27 P 0.176 0.009 0.670 0.032 0.004 0.010 0.008 0.001 0.004 0.006 0.081 28 G 0.031 0.023 0.100 0.022 0.098 0.013 0.068 0.575 0.003 0.066 0.001 29 S 0.044 0.380 0.449 0.018 0.064 0.028 0.003 0.002 0.009 0.001 0.001 30 F 0.041 0.384 0.348 0.017 0.024 0.157 0.004 0.001 0.024 0.001 0.001 31 I 0.134 0.452 0.276 0.021 0.018 0.079 0.003 0.001 0.016 0.001 0.001 32 K 0.294 0.345 0.111 0.130 0.074 0.020 0.006 0.002 0.015 0.002 0.001 33 E 0.048 0.603 0.125 0.019 0.142 0.014 0.009 0.001 0.038 0.001 0.001 34 V 0.124 0.538 0.248 0.020 0.010 0.037 0.004 0.001 0.017 0.001 0.002 35 Q 0.050 0.326 0.384 0.011 0.034 0.027 0.005 0.001 0.157 0.004 0.001 36 K 0.242 0.015 0.554 0.092 0.006 0.016 0.015 0.001 0.006 0.007 0.047 37 G 0.012 0.003 0.026 0.036 0.030 0.005 0.076 0.699 0.002 0.110 0.001 38 G 0.056 0.064 0.558 0.023 0.100 0.011 0.011 0.017 0.035 0.122 0.002 39 P 0.472 0.013 0.409 0.021 0.005 0.026 0.003 0.001 0.003 0.004 0.045 40 A 0.669 0.127 0.102 0.045 0.028 0.014 0.002 0.001 0.010 0.001 0.001 41 D 0.772 0.058 0.094 0.050 0.004 0.012 0.002 0.001 0.005 0.001 0.002 42 L 0.819 0.049 0.030 0.076 0.008 0.004 0.003 0.001 0.009 0.001 0.001 43 A 0.359 0.039 0.094 0.410 0.006 0.004 0.073 0.001 0.011 0.001 0.002 44 G 0.012 0.002 0.010 0.005 0.032 0.002 0.087 0.724 0.002 0.123 0.001 45 L 0.099 0.136 0.586 0.109 0.013 0.033 0.010 0.002 0.008 0.002 0.003 46 E 0.056 0.276 0.504 0.020 0.033 0.042 0.005 0.001 0.055 0.007 0.002 47 D 0.359 0.045 0.418 0.085 0.012 0.036 0.014 0.002 0.008 0.006 0.015 48 E 0.069 0.023 0.049 0.223 0.066 0.025 0.225 0.289 0.008 0.024 0.001 49 D 0.099 0.133 0.439 0.115 0.050 0.053 0.076 0.016 0.013 0.004 0.001 50 V 0.184 0.397 0.301 0.063 0.009 0.030 0.005 0.001 0.010 0.001 0.001 51 I 0.155 0.541 0.190 0.048 0.020 0.035 0.003 0.001 0.008 0.001 0.001 52 I 0.040 0.742 0.079 0.013 0.089 0.022 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 53 E 0.022 0.637 0.196 0.004 0.043 0.066 0.004 0.001 0.027 0.001 0.001 54 V 0.063 0.563 0.212 0.024 0.012 0.067 0.004 0.001 0.054 0.001 0.001 55 N 0.048 0.101 0.217 0.182 0.091 0.039 0.221 0.013 0.052 0.031 0.003 56 G 0.012 0.013 0.042 0.014 0.123 0.010 0.235 0.404 0.003 0.141 0.001 57 V 0.033 0.505 0.314 0.015 0.098 0.021 0.002 0.001 0.010 0.002 0.001 58 N 0.025 0.083 0.546 0.026 0.011 0.278 0.005 0.001 0.017 0.001 0.006 59 V 0.276 0.343 0.176 0.073 0.023 0.069 0.005 0.001 0.031 0.001 0.001 60 L 0.235 0.317 0.141 0.200 0.049 0.023 0.016 0.001 0.013 0.002 0.001 61 D 0.041 0.058 0.130 0.111 0.088 0.099 0.337 0.099 0.016 0.019 0.002 62 E 0.082 0.289 0.459 0.018 0.068 0.027 0.010 0.002 0.039 0.005 0.001 63 P 0.334 0.030 0.507 0.030 0.007 0.073 0.003 0.001 0.006 0.006 0.004 64 Y 0.860 0.014 0.043 0.052 0.009 0.014 0.002 0.001 0.004 0.002 0.001 65 E 0.988 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.994 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.986 0.001 0.002 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.954 0.005 0.010 0.023 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.767 0.010 0.012 0.179 0.005 0.004 0.014 0.003 0.005 0.001 0.001 74 S 0.269 0.019 0.063 0.565 0.006 0.003 0.058 0.005 0.009 0.001 0.001 75 G 0.015 0.003 0.015 0.013 0.028 0.002 0.122 0.651 0.002 0.148 0.001 76 K 0.096 0.134 0.362 0.247 0.043 0.022 0.069 0.012 0.008 0.005 0.003 77 N 0.022 0.382 0.318 0.103 0.074 0.041 0.037 0.008 0.013 0.001 0.001 78 V 0.004 0.738 0.185 0.005 0.043 0.015 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 79 T 0.003 0.729 0.176 0.003 0.058 0.020 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 80 L 0.001 0.818 0.089 0.001 0.063 0.018 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 81 L 0.002 0.835 0.088 0.001 0.032 0.031 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 82 V 0.008 0.650 0.210 0.004 0.012 0.088 0.002 0.001 0.026 0.001 0.001 83 C 0.031 0.539 0.227 0.036 0.066 0.042 0.011 0.001 0.044 0.003 0.001 84 G 0.044 0.056 0.206 0.027 0.225 0.040 0.046 0.069 0.019 0.261 0.007 85 K 0.184 0.240 0.307 0.113 0.041 0.039 0.032 0.005 0.029 0.005 0.005 86 K 0.150 0.215 0.360 0.072 0.078 0.034 0.028 0.008 0.038 0.014 0.004 87 A 0.197 0.118 0.454 0.058 0.057 0.040 0.022 0.007 0.025 0.017 0.006 88 Q 0.303 0.146 0.335 0.104 0.039 0.026 0.015 0.006 0.015 0.007 0.005 89 D 0.250 0.141 0.240 0.143 0.070 0.054 0.041 0.025 0.020 0.012 0.004 90 T 0.235 0.262 0.236 0.146 0.046 0.033 0.016 0.003 0.021 0.002 0.001 91 V 0.194 0.359 0.271 0.073 0.034 0.027 0.014 0.002 0.024 0.002 0.001