# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 945.345 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.854 0.101 0.038 0.006 0.001 0.001 0.001 2 M 0.629 0.202 0.125 0.036 0.008 0.001 0.001 3 K 0.669 0.229 0.079 0.019 0.003 0.001 0.001 4 P 0.377 0.293 0.224 0.075 0.026 0.005 0.001 5 K 0.170 0.242 0.208 0.230 0.116 0.032 0.001 6 L 0.135 0.248 0.297 0.191 0.102 0.025 0.002 7 C 0.039 0.081 0.119 0.245 0.268 0.234 0.015 8 R 0.067 0.211 0.353 0.258 0.092 0.018 0.001 9 L 0.019 0.034 0.061 0.211 0.419 0.246 0.010 10 A 0.153 0.326 0.298 0.150 0.060 0.013 0.001 11 K 0.231 0.316 0.214 0.182 0.046 0.010 0.001 12 G 0.540 0.247 0.146 0.050 0.016 0.002 0.001 13 E 0.605 0.252 0.098 0.038 0.006 0.001 0.001 14 N 0.673 0.198 0.109 0.015 0.004 0.001 0.001 15 G 0.098 0.288 0.298 0.190 0.092 0.032 0.002 16 Y 0.006 0.023 0.054 0.168 0.405 0.323 0.022 17 G 0.016 0.047 0.110 0.192 0.259 0.262 0.113 18 F 0.003 0.005 0.009 0.017 0.061 0.502 0.403 19 H 0.008 0.030 0.091 0.311 0.326 0.156 0.078 20 L 0.003 0.004 0.010 0.023 0.140 0.478 0.343 21 N 0.027 0.093 0.176 0.260 0.223 0.171 0.051 22 A 0.057 0.145 0.200 0.238 0.207 0.134 0.019 23 I 0.107 0.192 0.230 0.257 0.154 0.054 0.005 24 R 0.482 0.262 0.145 0.076 0.026 0.008 0.001 25 G 0.573 0.297 0.081 0.034 0.011 0.003 0.001 26 L 0.325 0.242 0.217 0.124 0.063 0.026 0.002 27 P 0.257 0.291 0.185 0.150 0.075 0.037 0.006 28 G 0.074 0.204 0.240 0.254 0.169 0.052 0.007 29 S 0.023 0.056 0.148 0.189 0.273 0.270 0.041 30 F 0.005 0.017 0.062 0.153 0.303 0.373 0.086 31 I 0.003 0.007 0.028 0.075 0.306 0.466 0.115 32 K 0.023 0.189 0.262 0.258 0.167 0.083 0.019 33 E 0.019 0.140 0.285 0.342 0.150 0.055 0.008 34 V 0.007 0.010 0.026 0.120 0.478 0.328 0.032 35 Q 0.050 0.174 0.275 0.338 0.117 0.041 0.004 36 K 0.491 0.304 0.156 0.033 0.011 0.004 0.001 37 G 0.223 0.347 0.236 0.137 0.042 0.013 0.002 38 G 0.102 0.164 0.181 0.224 0.205 0.114 0.010 39 P 0.125 0.262 0.233 0.205 0.122 0.048 0.004 40 A 0.090 0.098 0.143 0.239 0.255 0.158 0.017 41 D 0.126 0.242 0.233 0.202 0.135 0.052 0.009 42 L 0.130 0.182 0.216 0.250 0.160 0.056 0.007 43 A 0.270 0.362 0.182 0.127 0.044 0.014 0.001 44 G 0.179 0.307 0.261 0.155 0.075 0.022 0.001 45 L 0.032 0.045 0.095 0.235 0.409 0.173 0.010 46 E 0.116 0.387 0.237 0.198 0.049 0.011 0.001 47 D 0.258 0.338 0.196 0.124 0.068 0.014 0.001 48 E 0.184 0.355 0.219 0.177 0.044 0.018 0.002 49 D 0.027 0.076 0.204 0.269 0.304 0.112 0.007 50 V 0.015 0.087 0.197 0.323 0.272 0.096 0.011 51 I 0.008 0.018 0.038 0.087 0.218 0.478 0.153 52 I 0.012 0.040 0.073 0.129 0.217 0.415 0.114 53 E 0.028 0.125 0.219 0.367 0.169 0.071 0.022 54 V 0.017 0.026 0.045 0.105 0.268 0.392 0.147 55 N 0.029 0.076 0.099 0.199 0.249 0.261 0.087 56 G 0.105 0.219 0.258 0.227 0.116 0.063 0.012 57 V 0.129 0.221 0.217 0.245 0.134 0.047 0.006 58 N 0.170 0.295 0.250 0.158 0.087 0.037 0.004 59 V 0.090 0.085 0.118 0.235 0.297 0.160 0.014 60 L 0.211 0.273 0.248 0.179 0.071 0.016 0.001 61 D 0.448 0.364 0.122 0.048 0.014 0.003 0.001 62 E 0.326 0.286 0.191 0.141 0.045 0.010 0.001 63 P 0.348 0.343 0.180 0.082 0.036 0.011 0.001 64 Y 0.048 0.126 0.197 0.367 0.198 0.061 0.003 65 E 0.380 0.318 0.221 0.064 0.015 0.003 0.001 66 K 0.080 0.352 0.343 0.166 0.047 0.011 0.001 67 V 0.004 0.010 0.033 0.124 0.462 0.350 0.017 68 V 0.003 0.019 0.117 0.328 0.381 0.142 0.010 69 D 0.137 0.443 0.345 0.057 0.013 0.004 0.001 70 R 0.013 0.108 0.298 0.368 0.179 0.032 0.002 71 I 0.004 0.008 0.024 0.113 0.444 0.389 0.017 72 Q 0.110 0.335 0.353 0.157 0.038 0.007 0.001 73 S 0.300 0.473 0.168 0.045 0.011 0.002 0.001 74 S 0.051 0.143 0.265 0.321 0.182 0.036 0.001 75 G 0.328 0.419 0.148 0.088 0.013 0.003 0.001 76 K 0.429 0.391 0.120 0.042 0.016 0.002 0.001 77 N 0.076 0.257 0.307 0.240 0.092 0.026 0.001 78 V 0.003 0.010 0.037 0.152 0.486 0.297 0.016 79 T 0.022 0.137 0.290 0.314 0.159 0.061 0.016 80 L 0.004 0.014 0.027 0.052 0.167 0.568 0.167 81 L 0.009 0.054 0.157 0.353 0.275 0.125 0.026 82 V 0.006 0.011 0.027 0.080 0.274 0.463 0.140 83 C 0.026 0.090 0.184 0.253 0.288 0.141 0.019 84 G 0.088 0.211 0.251 0.244 0.137 0.065 0.005 85 K 0.312 0.281 0.225 0.125 0.044 0.012 0.001 86 K 0.603 0.269 0.090 0.029 0.007 0.002 0.001 87 A 0.421 0.262 0.173 0.099 0.039 0.006 0.001 88 Q 0.677 0.200 0.091 0.026 0.005 0.001 0.001 89 D 0.826 0.142 0.025 0.006 0.001 0.001 0.001 90 T 0.749 0.185 0.047 0.015 0.004 0.001 0.001 91 V 0.626 0.222 0.096 0.042 0.011 0.002 0.001