# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t04-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB8-sep9-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 14 (1 CB8-sep9 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 945.345 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.587 0.185 0.094 0.052 0.030 0.022 0.019 0.003 0.004 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 2 M 0.149 0.150 0.139 0.172 0.141 0.123 0.068 0.029 0.016 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 3 K 0.150 0.150 0.196 0.161 0.133 0.091 0.046 0.032 0.025 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 4 P 0.034 0.046 0.056 0.104 0.148 0.142 0.133 0.107 0.101 0.060 0.039 0.018 0.007 0.004 5 K 0.015 0.019 0.033 0.051 0.085 0.106 0.126 0.143 0.145 0.109 0.100 0.045 0.016 0.008 6 L 0.006 0.007 0.012 0.025 0.059 0.062 0.094 0.133 0.141 0.149 0.132 0.082 0.055 0.042 7 C 0.001 0.001 0.002 0.003 0.005 0.013 0.022 0.047 0.136 0.218 0.214 0.206 0.109 0.024 8 R 0.007 0.012 0.017 0.036 0.056 0.077 0.139 0.186 0.129 0.119 0.116 0.050 0.024 0.033 9 L 0.002 0.003 0.005 0.008 0.014 0.032 0.053 0.091 0.173 0.194 0.204 0.134 0.065 0.022 10 A 0.020 0.045 0.053 0.117 0.130 0.153 0.135 0.148 0.084 0.052 0.036 0.011 0.009 0.007 11 K 0.031 0.077 0.086 0.199 0.179 0.155 0.095 0.082 0.046 0.023 0.014 0.008 0.002 0.002 12 G 0.147 0.182 0.249 0.146 0.107 0.067 0.045 0.022 0.024 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 13 E 0.277 0.209 0.251 0.118 0.058 0.037 0.027 0.008 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 14 N 0.294 0.208 0.194 0.110 0.064 0.044 0.054 0.012 0.012 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 15 G 0.065 0.112 0.112 0.155 0.173 0.144 0.110 0.058 0.040 0.021 0.006 0.003 0.001 0.001 16 Y 0.010 0.014 0.021 0.049 0.092 0.139 0.161 0.207 0.115 0.097 0.044 0.031 0.015 0.005 17 G 0.010 0.011 0.018 0.037 0.080 0.088 0.111 0.145 0.169 0.124 0.095 0.068 0.022 0.020 18 F 0.002 0.001 0.002 0.004 0.008 0.016 0.032 0.056 0.138 0.195 0.243 0.185 0.094 0.025 19 H 0.003 0.005 0.008 0.017 0.036 0.049 0.087 0.135 0.124 0.135 0.193 0.093 0.049 0.066 20 L 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.014 0.029 0.055 0.147 0.218 0.201 0.166 0.120 0.038 21 N 0.008 0.014 0.016 0.040 0.060 0.092 0.133 0.190 0.137 0.131 0.090 0.044 0.026 0.020 22 A 0.012 0.024 0.035 0.066 0.092 0.116 0.134 0.144 0.130 0.099 0.078 0.042 0.016 0.012 23 I 0.020 0.047 0.058 0.115 0.162 0.154 0.131 0.128 0.087 0.050 0.029 0.011 0.006 0.004 24 R 0.101 0.160 0.178 0.184 0.117 0.106 0.058 0.043 0.028 0.013 0.008 0.003 0.001 0.001 25 G 0.233 0.201 0.161 0.141 0.093 0.065 0.051 0.022 0.018 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 26 L 0.077 0.118 0.127 0.166 0.157 0.143 0.091 0.059 0.035 0.015 0.007 0.003 0.001 0.001 27 P 0.064 0.079 0.104 0.141 0.161 0.151 0.113 0.086 0.055 0.029 0.011 0.005 0.001 0.001 28 G 0.044 0.041 0.050 0.086 0.134 0.134 0.142 0.130 0.106 0.069 0.031 0.019 0.009 0.004 29 S 0.032 0.023 0.033 0.039 0.063 0.085 0.122 0.145 0.135 0.115 0.112 0.058 0.028 0.010 30 F 0.015 0.015 0.024 0.042 0.076 0.093 0.126 0.160 0.133 0.108 0.099 0.059 0.026 0.022 31 I 0.009 0.010 0.011 0.023 0.037 0.064 0.088 0.129 0.184 0.153 0.127 0.087 0.057 0.021 32 K 0.068 0.075 0.073 0.107 0.115 0.120 0.127 0.110 0.078 0.054 0.044 0.015 0.007 0.006 33 E 0.053 0.083 0.106 0.145 0.159 0.149 0.103 0.086 0.055 0.028 0.020 0.008 0.003 0.003 34 V 0.024 0.025 0.027 0.064 0.117 0.156 0.153 0.167 0.110 0.070 0.043 0.022 0.018 0.005 35 Q 0.091 0.128 0.138 0.187 0.151 0.129 0.077 0.050 0.028 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 36 K 0.306 0.158 0.137 0.115 0.094 0.075 0.052 0.025 0.021 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 37 G 0.165 0.130 0.140 0.131 0.140 0.116 0.080 0.041 0.031 0.014 0.008 0.002 0.001 0.001 38 G 0.143 0.088 0.119 0.124 0.153 0.130 0.097 0.064 0.038 0.026 0.011 0.005 0.002 0.001 39 P 0.143 0.104 0.096 0.132 0.155 0.115 0.097 0.071 0.044 0.024 0.012 0.004 0.002 0.001 40 A 0.171 0.086 0.086 0.120 0.133 0.107 0.086 0.079 0.054 0.035 0.024 0.012 0.005 0.002 41 D 0.238 0.153 0.146 0.141 0.117 0.078 0.052 0.033 0.022 0.010 0.006 0.002 0.001 0.001 42 L 0.141 0.094 0.112 0.141 0.159 0.119 0.085 0.064 0.043 0.022 0.011 0.006 0.002 0.001 43 A 0.293 0.168 0.108 0.119 0.108 0.084 0.060 0.027 0.017 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 44 G 0.337 0.200 0.125 0.108 0.075 0.082 0.036 0.016 0.012 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 45 L 0.122 0.097 0.106 0.146 0.180 0.141 0.089 0.060 0.031 0.016 0.007 0.003 0.001 0.001 46 E 0.140 0.144 0.152 0.187 0.147 0.095 0.057 0.036 0.024 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 47 D 0.120 0.114 0.111 0.166 0.144 0.127 0.090 0.060 0.032 0.019 0.012 0.004 0.001 0.001 48 E 0.089 0.091 0.108 0.136 0.163 0.128 0.108 0.067 0.053 0.029 0.017 0.006 0.002 0.002 49 D 0.030 0.034 0.049 0.063 0.098 0.129 0.128 0.128 0.129 0.094 0.060 0.031 0.019 0.008 50 V 0.015 0.015 0.024 0.044 0.078 0.099 0.140 0.174 0.129 0.124 0.075 0.049 0.022 0.012 51 I 0.005 0.005 0.007 0.013 0.026 0.043 0.067 0.098 0.170 0.158 0.150 0.136 0.081 0.039 52 I 0.008 0.007 0.009 0.014 0.022 0.042 0.063 0.096 0.151 0.174 0.180 0.136 0.071 0.028 53 E 0.033 0.051 0.059 0.086 0.109 0.106 0.125 0.126 0.089 0.070 0.078 0.032 0.014 0.020 54 V 0.008 0.009 0.012 0.022 0.040 0.073 0.092 0.130 0.187 0.145 0.122 0.078 0.063 0.018 55 N 0.018 0.031 0.044 0.094 0.146 0.160 0.163 0.144 0.095 0.056 0.028 0.014 0.006 0.004 56 G 0.088 0.114 0.121 0.138 0.129 0.139 0.097 0.063 0.057 0.028 0.017 0.005 0.002 0.001 57 V 0.112 0.099 0.116 0.130 0.155 0.134 0.097 0.065 0.045 0.022 0.016 0.004 0.002 0.001 58 N 0.129 0.121 0.154 0.169 0.163 0.106 0.068 0.043 0.027 0.012 0.004 0.002 0.001 0.001 59 V 0.098 0.070 0.070 0.109 0.150 0.138 0.135 0.112 0.063 0.031 0.014 0.006 0.003 0.001 60 L 0.157 0.129 0.121 0.165 0.163 0.107 0.072 0.044 0.024 0.011 0.004 0.002 0.001 0.001 61 D 0.455 0.208 0.123 0.082 0.050 0.038 0.023 0.009 0.006 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 62 E 0.460 0.193 0.124 0.096 0.059 0.035 0.018 0.009 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 63 P 0.289 0.155 0.150 0.134 0.111 0.076 0.050 0.014 0.014 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.043 0.059 0.077 0.175 0.220 0.215 0.110 0.059 0.031 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 65 E 0.555 0.219 0.148 0.041 0.018 0.011 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.259 0.286 0.288 0.097 0.039 0.022 0.005 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.010 0.015 0.023 0.087 0.152 0.198 0.241 0.161 0.083 0.016 0.010 0.003 0.002 0.001 68 V 0.014 0.052 0.084 0.223 0.278 0.173 0.095 0.050 0.026 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.650 0.251 0.069 0.015 0.005 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.030 0.067 0.124 0.277 0.250 0.161 0.054 0.022 0.009 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.014 0.019 0.030 0.088 0.167 0.200 0.232 0.165 0.056 0.012 0.011 0.002 0.002 0.001 72 Q 0.225 0.254 0.215 0.153 0.087 0.045 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.501 0.231 0.141 0.062 0.031 0.021 0.007 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.046 0.064 0.083 0.206 0.238 0.207 0.092 0.036 0.020 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 75 G 0.125 0.154 0.283 0.175 0.116 0.079 0.041 0.011 0.012 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 76 K 0.283 0.227 0.158 0.130 0.083 0.059 0.030 0.015 0.009 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 77 N 0.019 0.050 0.052 0.147 0.205 0.185 0.140 0.104 0.053 0.025 0.010 0.007 0.003 0.002 78 V 0.003 0.003 0.006 0.013 0.033 0.071 0.132 0.166 0.170 0.157 0.125 0.067 0.040 0.014 79 T 0.005 0.007 0.010 0.023 0.053 0.075 0.113 0.159 0.172 0.142 0.109 0.069 0.032 0.032 80 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.019 0.035 0.099 0.180 0.290 0.198 0.111 0.051 81 L 0.002 0.003 0.004 0.009 0.018 0.032 0.054 0.101 0.133 0.166 0.175 0.139 0.086 0.078 82 V 0.001 0.001 0.002 0.004 0.008 0.018 0.039 0.071 0.147 0.207 0.188 0.168 0.102 0.044 83 C 0.004 0.009 0.011 0.029 0.054 0.091 0.143 0.184 0.161 0.130 0.094 0.045 0.025 0.019 84 G 0.016 0.040 0.060 0.099 0.122 0.134 0.141 0.125 0.106 0.066 0.057 0.020 0.008 0.007 85 K 0.089 0.117 0.139 0.156 0.136 0.126 0.084 0.064 0.046 0.022 0.015 0.004 0.002 0.001 86 K 0.173 0.177 0.200 0.151 0.113 0.081 0.045 0.025 0.021 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 87 A 0.171 0.146 0.119 0.151 0.150 0.105 0.076 0.043 0.023 0.011 0.003 0.002 0.001 0.001 88 Q 0.383 0.193 0.151 0.101 0.069 0.042 0.033 0.013 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 89 D 0.500 0.184 0.117 0.078 0.050 0.032 0.021 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 90 T 0.354 0.170 0.121 0.114 0.092 0.064 0.044 0.018 0.010 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 91 V 0.295 0.137 0.115 0.125 0.121 0.085 0.059 0.028 0.016 0.012 0.003 0.002 0.001 0.001