# TARGET T0387 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-ebghtl-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 6 (1 EBGHTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2308 # Pos AA E B G H T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.011 0.002 0.001 0.002 0.042 0.943 2 M 0.087 0.046 0.004 0.005 0.106 0.752 3 K 0.165 0.008 0.008 0.004 0.153 0.662 4 P 0.458 0.004 0.020 0.012 0.122 0.383 5 K 0.878 0.005 0.005 0.003 0.035 0.074 6 L 0.971 0.003 0.001 0.001 0.005 0.018 7 C 0.953 0.001 0.001 0.001 0.009 0.035 8 R 0.953 0.002 0.001 0.001 0.008 0.036 9 L 0.867 0.004 0.002 0.003 0.042 0.082 10 A 0.652 0.011 0.003 0.004 0.129 0.200 11 K 0.305 0.019 0.009 0.004 0.411 0.252 12 G 0.076 0.010 0.019 0.003 0.691 0.202 13 E 0.053 0.007 0.034 0.003 0.695 0.208 14 N 0.126 0.012 0.037 0.004 0.578 0.244 15 G 0.360 0.006 0.015 0.003 0.332 0.284 16 Y 0.629 0.017 0.008 0.003 0.149 0.195 17 G 0.876 0.009 0.003 0.001 0.043 0.068 18 F 0.938 0.003 0.001 0.001 0.016 0.042 19 H 0.953 0.002 0.001 0.001 0.013 0.030 20 L 0.947 0.004 0.002 0.001 0.013 0.032 21 N 0.888 0.004 0.005 0.003 0.041 0.059 22 A 0.730 0.010 0.010 0.006 0.110 0.133 23 I 0.448 0.019 0.014 0.008 0.321 0.190 24 R 0.232 0.018 0.031 0.012 0.527 0.179 25 G 0.131 0.013 0.030 0.010 0.609 0.206 26 L 0.127 0.029 0.026 0.004 0.658 0.156 27 P 0.184 0.012 0.013 0.004 0.486 0.302 28 G 0.450 0.008 0.006 0.001 0.233 0.301 29 S 0.888 0.004 0.001 0.001 0.037 0.070 30 F 0.977 0.001 0.001 0.001 0.006 0.015 31 I 0.984 0.002 0.001 0.001 0.003 0.010 32 K 0.960 0.001 0.001 0.001 0.009 0.029 33 E 0.920 0.002 0.001 0.001 0.018 0.058 34 V 0.702 0.024 0.002 0.002 0.071 0.199 35 Q 0.277 0.041 0.004 0.006 0.581 0.092 36 K 0.025 0.008 0.008 0.008 0.874 0.077 37 G 0.008 0.004 0.004 0.009 0.828 0.147 38 G 0.031 0.033 0.010 0.060 0.728 0.138 39 P 0.015 0.018 0.034 0.721 0.151 0.062 40 A 0.007 0.003 0.128 0.740 0.106 0.016 41 D 0.004 0.001 0.287 0.598 0.102 0.008 42 L 0.005 0.001 0.190 0.703 0.091 0.011 43 A 0.005 0.001 0.077 0.581 0.205 0.130 44 G 0.014 0.004 0.009 0.017 0.233 0.723 45 L 0.067 0.026 0.006 0.004 0.249 0.648 46 E 0.103 0.052 0.018 0.009 0.552 0.266 47 D 0.035 0.005 0.334 0.019 0.541 0.066 48 E 0.108 0.004 0.181 0.010 0.607 0.090 49 D 0.481 0.004 0.115 0.009 0.323 0.068 50 V 0.913 0.005 0.004 0.002 0.023 0.053 51 I 0.981 0.003 0.001 0.001 0.005 0.009 52 I 0.988 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 53 E 0.983 0.001 0.001 0.001 0.009 0.007 54 V 0.932 0.003 0.002 0.001 0.039 0.023 55 N 0.268 0.001 0.013 0.005 0.634 0.078 56 G 0.052 0.003 0.051 0.015 0.803 0.077 57 V 0.296 0.087 0.023 0.017 0.452 0.126 58 N 0.312 0.056 0.015 0.022 0.335 0.260 59 V 0.214 0.048 0.034 0.015 0.539 0.151 60 L 0.171 0.013 0.044 0.011 0.680 0.081 61 D 0.048 0.003 0.053 0.011 0.764 0.121 62 E 0.077 0.035 0.010 0.013 0.611 0.255 63 P 0.017 0.014 0.003 0.014 0.114 0.837 64 Y 0.002 0.001 0.017 0.923 0.028 0.029 65 E 0.001 0.001 0.006 0.976 0.011 0.006 66 K 0.001 0.001 0.008 0.986 0.004 0.001 67 V 0.001 0.001 0.003 0.992 0.003 0.001 68 V 0.001 0.001 0.004 0.991 0.003 0.001 69 D 0.001 0.001 0.005 0.988 0.005 0.001 70 R 0.001 0.001 0.008 0.979 0.008 0.005 71 I 0.002 0.003 0.009 0.966 0.012 0.008 72 Q 0.007 0.003 0.021 0.916 0.028 0.024 73 S 0.031 0.006 0.028 0.435 0.232 0.268 74 S 0.043 0.012 0.041 0.073 0.517 0.314 75 G 0.030 0.006 0.021 0.014 0.637 0.293 76 K 0.042 0.008 0.031 0.010 0.664 0.246 77 N 0.276 0.010 0.009 0.003 0.316 0.385 78 V 0.814 0.007 0.002 0.001 0.053 0.123 79 T 0.958 0.002 0.001 0.001 0.008 0.031 80 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.002 0.011 81 L 0.985 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 82 V 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.016 83 C 0.914 0.003 0.001 0.001 0.017 0.065 84 G 0.580 0.010 0.001 0.001 0.078 0.330 85 K 0.147 0.012 0.007 0.002 0.244 0.589 86 K 0.045 0.012 0.054 0.008 0.447 0.435 87 A 0.033 0.009 0.114 0.015 0.541 0.288 88 Q 0.033 0.016 0.121 0.021 0.543 0.265 89 D 0.062 0.023 0.045 0.034 0.344 0.492 90 T 0.078 0.035 0.027 0.059 0.227 0.574 91 V 0.025 0.020 0.010 0.043 0.160 0.742