# TARGET T0387 # Using neural net t2k-5651-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-str2-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2308 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.003 0.013 0.661 0.009 0.023 0.003 0.001 0.001 0.004 0.073 0.075 0.037 0.097 2 M 0.014 0.041 0.531 0.005 0.009 0.002 0.004 0.001 0.016 0.058 0.022 0.028 0.267 3 K 0.011 0.012 0.270 0.003 0.002 0.002 0.003 0.001 0.028 0.090 0.008 0.522 0.049 4 P 0.014 0.004 0.319 0.010 0.001 0.001 0.003 0.001 0.032 0.021 0.004 0.006 0.584 5 K 0.068 0.003 0.153 0.188 0.001 0.001 0.007 0.001 0.032 0.017 0.001 0.484 0.047 6 L 0.184 0.002 0.072 0.006 0.001 0.001 0.010 0.001 0.025 0.006 0.001 0.089 0.605 7 C 0.357 0.001 0.053 0.016 0.001 0.001 0.026 0.004 0.015 0.004 0.001 0.292 0.230 8 R 0.422 0.001 0.027 0.005 0.001 0.001 0.030 0.004 0.009 0.002 0.001 0.208 0.291 9 L 0.491 0.002 0.024 0.010 0.001 0.001 0.025 0.003 0.009 0.002 0.001 0.085 0.348 10 A 0.390 0.003 0.066 0.015 0.001 0.002 0.020 0.002 0.013 0.011 0.006 0.221 0.249 11 K 0.122 0.013 0.134 0.014 0.005 0.003 0.003 0.001 0.005 0.136 0.071 0.135 0.357 12 G 0.003 0.009 0.157 0.004 0.017 0.003 0.001 0.001 0.001 0.353 0.377 0.033 0.044 13 E 0.001 0.004 0.096 0.011 0.019 0.003 0.001 0.001 0.001 0.424 0.413 0.011 0.019 14 N 0.006 0.009 0.139 0.016 0.027 0.004 0.001 0.001 0.001 0.444 0.264 0.053 0.038 15 G 0.069 0.018 0.295 0.019 0.020 0.003 0.002 0.001 0.003 0.163 0.074 0.075 0.260 16 Y 0.312 0.020 0.179 0.038 0.007 0.002 0.015 0.002 0.005 0.058 0.018 0.153 0.191 17 G 0.559 0.005 0.045 0.017 0.002 0.002 0.021 0.002 0.005 0.011 0.005 0.121 0.204 18 F 0.720 0.003 0.022 0.011 0.002 0.002 0.024 0.003 0.003 0.005 0.002 0.099 0.105 19 H 0.800 0.002 0.013 0.006 0.001 0.001 0.026 0.002 0.003 0.002 0.001 0.062 0.081 20 L 0.805 0.001 0.012 0.008 0.002 0.001 0.026 0.003 0.004 0.002 0.001 0.048 0.087 21 N 0.668 0.002 0.028 0.004 0.002 0.002 0.016 0.004 0.012 0.008 0.002 0.145 0.107 22 A 0.343 0.011 0.103 0.018 0.011 0.005 0.009 0.003 0.011 0.029 0.017 0.074 0.365 23 I 0.079 0.016 0.269 0.018 0.032 0.011 0.002 0.001 0.007 0.165 0.086 0.158 0.157 24 R 0.011 0.016 0.165 0.026 0.047 0.015 0.001 0.001 0.002 0.275 0.331 0.024 0.087 25 G 0.005 0.012 0.200 0.014 0.037 0.020 0.001 0.001 0.001 0.275 0.353 0.047 0.034 26 L 0.006 0.015 0.257 0.024 0.021 0.008 0.001 0.001 0.001 0.316 0.282 0.024 0.045 27 P 0.027 0.008 0.342 0.027 0.013 0.005 0.002 0.001 0.002 0.235 0.199 0.052 0.086 28 G 0.224 0.010 0.139 0.017 0.006 0.003 0.051 0.005 0.013 0.078 0.034 0.116 0.303 29 S 0.528 0.004 0.043 0.004 0.001 0.001 0.126 0.012 0.024 0.005 0.002 0.073 0.177 30 F 0.636 0.002 0.007 0.001 0.001 0.001 0.140 0.009 0.029 0.001 0.001 0.136 0.038 31 I 0.397 0.005 0.023 0.005 0.001 0.001 0.112 0.023 0.187 0.002 0.001 0.027 0.216 32 K 0.240 0.002 0.066 0.321 0.001 0.001 0.047 0.009 0.112 0.014 0.004 0.125 0.060 33 E 0.185 0.007 0.144 0.012 0.001 0.001 0.052 0.010 0.202 0.024 0.002 0.170 0.189 34 V 0.069 0.034 0.194 0.004 0.006 0.001 0.037 0.010 0.181 0.045 0.003 0.049 0.368 35 Q 0.010 0.057 0.581 0.014 0.010 0.001 0.008 0.001 0.077 0.090 0.013 0.048 0.091 36 K 0.001 0.008 0.134 0.003 0.015 0.009 0.001 0.001 0.003 0.339 0.456 0.007 0.024 37 G 0.001 0.008 0.378 0.001 0.008 0.024 0.001 0.001 0.001 0.251 0.325 0.001 0.005 38 G 0.001 0.003 0.396 0.001 0.007 0.210 0.001 0.001 0.001 0.348 0.033 0.001 0.001 39 P 0.001 0.001 0.021 0.001 0.015 0.906 0.001 0.001 0.001 0.011 0.046 0.001 0.001 40 A 0.001 0.003 0.010 0.001 0.035 0.920 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 0.001 0.001 41 D 0.001 0.002 0.019 0.001 0.088 0.860 0.001 0.001 0.001 0.005 0.023 0.001 0.001 42 L 0.001 0.011 0.022 0.001 0.209 0.670 0.001 0.001 0.002 0.011 0.069 0.001 0.004 43 A 0.001 0.003 0.013 0.001 0.146 0.196 0.001 0.001 0.001 0.034 0.602 0.001 0.001 44 G 0.001 0.001 0.024 0.001 0.022 0.007 0.001 0.001 0.004 0.047 0.892 0.001 0.001 45 L 0.001 0.046 0.783 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.118 0.016 0.006 0.009 46 E 0.001 0.028 0.901 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.035 0.003 0.001 0.020 47 D 0.001 0.001 0.062 0.006 0.072 0.017 0.001 0.001 0.001 0.084 0.749 0.005 0.003 48 E 0.001 0.002 0.050 0.011 0.082 0.010 0.001 0.001 0.001 0.107 0.727 0.002 0.009 49 D 0.040 0.008 0.546 0.002 0.020 0.026 0.006 0.003 0.040 0.082 0.015 0.039 0.174 50 V 0.212 0.016 0.145 0.004 0.001 0.021 0.036 0.022 0.242 0.014 0.003 0.087 0.197 51 I 0.352 0.036 0.064 0.014 0.001 0.009 0.044 0.043 0.073 0.002 0.002 0.086 0.275 52 I 0.568 0.003 0.028 0.038 0.001 0.005 0.027 0.019 0.010 0.003 0.002 0.197 0.099 53 E 0.617 0.003 0.026 0.018 0.008 0.012 0.046 0.002 0.007 0.010 0.011 0.023 0.216 54 V 0.447 0.008 0.045 0.001 0.003 0.006 0.044 0.003 0.016 0.017 0.014 0.227 0.170 55 N 0.004 0.005 0.079 0.006 0.006 0.005 0.001 0.001 0.002 0.122 0.723 0.025 0.022 56 G 0.001 0.001 0.064 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.223 0.654 0.003 0.010 57 V 0.005 0.010 0.109 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.003 0.076 0.010 0.712 0.069 58 N 0.005 0.064 0.353 0.003 0.003 0.002 0.005 0.001 0.014 0.006 0.004 0.007 0.532 59 V 0.021 0.044 0.455 0.064 0.027 0.006 0.018 0.001 0.042 0.029 0.015 0.182 0.096 60 L 0.010 0.011 0.191 0.072 0.069 0.010 0.010 0.001 0.030 0.166 0.210 0.082 0.138 61 D 0.002 0.006 0.146 0.028 0.063 0.008 0.002 0.001 0.012 0.200 0.442 0.032 0.057 62 E 0.001 0.033 0.614 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.012 0.188 0.015 0.074 0.045 63 P 0.001 0.052 0.708 0.001 0.003 0.035 0.001 0.001 0.024 0.056 0.013 0.003 0.106 64 Y 0.001 0.001 0.039 0.001 0.009 0.901 0.001 0.001 0.001 0.020 0.027 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.980 0.001 0.001 0.001 0.003 0.011 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.003 0.966 0.001 0.001 0.001 0.004 0.022 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.016 0.001 0.007 0.811 0.001 0.001 0.001 0.009 0.153 0.001 0.001 73 S 0.001 0.001 0.048 0.001 0.010 0.408 0.001 0.001 0.001 0.058 0.473 0.001 0.001 74 S 0.001 0.004 0.321 0.001 0.023 0.091 0.001 0.001 0.001 0.200 0.355 0.002 0.004 75 G 0.001 0.004 0.226 0.001 0.035 0.012 0.001 0.001 0.001 0.262 0.456 0.002 0.004 76 K 0.001 0.001 0.252 0.005 0.018 0.002 0.001 0.001 0.002 0.490 0.220 0.006 0.004 77 N 0.006 0.013 0.504 0.004 0.005 0.001 0.009 0.001 0.139 0.152 0.026 0.021 0.119 78 V 0.077 0.008 0.120 0.015 0.001 0.001 0.114 0.023 0.407 0.013 0.001 0.112 0.110 79 T 0.131 0.001 0.033 0.045 0.001 0.001 0.199 0.109 0.327 0.005 0.001 0.053 0.096 80 L 0.112 0.001 0.016 0.013 0.001 0.001 0.292 0.306 0.164 0.001 0.001 0.044 0.051 81 L 0.100 0.001 0.016 0.003 0.001 0.001 0.334 0.360 0.115 0.001 0.001 0.034 0.035 82 V 0.122 0.002 0.033 0.007 0.001 0.001 0.337 0.167 0.191 0.003 0.001 0.036 0.100 83 C 0.170 0.004 0.086 0.040 0.001 0.001 0.194 0.028 0.172 0.017 0.004 0.124 0.161 84 G 0.036 0.008 0.325 0.021 0.002 0.003 0.026 0.003 0.095 0.123 0.014 0.126 0.218 85 K 0.003 0.016 0.528 0.009 0.011 0.006 0.001 0.001 0.018 0.242 0.041 0.020 0.104 86 K 0.001 0.029 0.436 0.004 0.070 0.017 0.001 0.001 0.005 0.249 0.148 0.016 0.026 87 A 0.001 0.015 0.278 0.003 0.125 0.026 0.001 0.001 0.002 0.262 0.271 0.005 0.012 88 Q 0.001 0.009 0.373 0.003 0.103 0.025 0.001 0.001 0.002 0.278 0.192 0.005 0.011 89 D 0.001 0.026 0.438 0.001 0.055 0.030 0.001 0.001 0.003 0.282 0.130 0.012 0.022 90 T 0.002 0.059 0.673 0.001 0.024 0.029 0.001 0.001 0.007 0.068 0.071 0.016 0.049 91 V 0.001 0.005 0.965 0.001 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.007 0.002 0.002 0.010