# TARGET T0387 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 473.391 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.122 0.071 0.028 0.073 0.069 0.084 0.159 0.130 0.121 0.083 0.059 2 M 0.046 0.032 0.014 0.048 0.050 0.064 0.121 0.158 0.177 0.175 0.114 3 K 0.221 0.273 0.061 0.198 0.117 0.059 0.037 0.016 0.010 0.005 0.003 4 P 0.022 0.021 0.014 0.059 0.072 0.100 0.155 0.167 0.183 0.134 0.073 5 K 0.162 0.131 0.051 0.208 0.163 0.105 0.093 0.045 0.025 0.012 0.005 6 L 0.008 0.041 0.038 0.235 0.202 0.174 0.155 0.074 0.044 0.020 0.009 7 C 0.002 0.003 0.005 0.011 0.016 0.033 0.094 0.160 0.251 0.240 0.184 8 R 0.011 0.046 0.059 0.278 0.259 0.163 0.115 0.041 0.019 0.007 0.003 9 L 0.002 0.007 0.009 0.027 0.036 0.046 0.131 0.176 0.230 0.204 0.133 10 A 0.023 0.061 0.048 0.209 0.216 0.169 0.147 0.061 0.041 0.016 0.009 11 K 0.110 0.169 0.049 0.173 0.134 0.122 0.131 0.060 0.032 0.014 0.006 12 G 0.319 0.208 0.069 0.170 0.096 0.058 0.038 0.019 0.012 0.007 0.004 13 E 0.404 0.229 0.075 0.127 0.073 0.042 0.026 0.011 0.006 0.004 0.002 14 N 0.268 0.236 0.058 0.179 0.117 0.059 0.045 0.019 0.011 0.006 0.003 15 G 0.054 0.056 0.021 0.093 0.114 0.134 0.162 0.131 0.114 0.076 0.044 16 Y 0.009 0.021 0.010 0.061 0.091 0.121 0.210 0.167 0.144 0.101 0.066 17 G 0.017 0.031 0.028 0.102 0.115 0.139 0.166 0.134 0.115 0.086 0.066 18 F 0.004 0.004 0.003 0.015 0.023 0.042 0.114 0.172 0.224 0.224 0.174 19 H 0.024 0.048 0.033 0.149 0.151 0.133 0.173 0.116 0.084 0.053 0.037 20 L 0.002 0.002 0.002 0.007 0.009 0.015 0.049 0.095 0.204 0.289 0.326 21 N 0.028 0.082 0.054 0.201 0.190 0.145 0.138 0.069 0.050 0.025 0.017 22 A 0.033 0.043 0.023 0.069 0.066 0.080 0.159 0.146 0.151 0.129 0.101 23 I 0.087 0.086 0.048 0.136 0.123 0.115 0.143 0.085 0.073 0.056 0.048 24 R 0.164 0.154 0.067 0.178 0.127 0.100 0.094 0.048 0.035 0.020 0.012 25 G 0.513 0.157 0.049 0.100 0.061 0.039 0.033 0.018 0.014 0.009 0.008 26 L 0.105 0.115 0.050 0.145 0.125 0.117 0.127 0.081 0.063 0.046 0.027 27 P 0.173 0.200 0.052 0.167 0.140 0.106 0.079 0.037 0.024 0.015 0.007 28 G 0.066 0.065 0.033 0.158 0.161 0.143 0.146 0.092 0.064 0.042 0.028 29 S 0.002 0.005 0.004 0.024 0.047 0.088 0.196 0.194 0.188 0.155 0.098 30 F 0.003 0.026 0.028 0.164 0.203 0.173 0.183 0.099 0.067 0.036 0.020 31 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.007 0.015 0.057 0.123 0.202 0.258 0.331 32 K 0.030 0.053 0.058 0.252 0.264 0.147 0.115 0.046 0.022 0.009 0.005 33 E 0.066 0.211 0.052 0.244 0.185 0.108 0.087 0.027 0.013 0.005 0.002 34 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.008 0.033 0.067 0.165 0.262 0.456 35 Q 0.064 0.147 0.091 0.236 0.220 0.122 0.082 0.022 0.010 0.004 0.002 36 K 0.368 0.249 0.087 0.172 0.064 0.029 0.020 0.006 0.003 0.001 0.001 37 G 0.479 0.145 0.052 0.125 0.078 0.053 0.036 0.015 0.009 0.006 0.003 38 G 0.082 0.154 0.032 0.107 0.105 0.111 0.110 0.081 0.083 0.069 0.064 39 P 0.112 0.132 0.040 0.136 0.127 0.107 0.119 0.083 0.071 0.045 0.029 40 A 0.083 0.019 0.011 0.030 0.046 0.082 0.144 0.131 0.182 0.148 0.125 41 D 0.074 0.117 0.149 0.291 0.170 0.091 0.054 0.026 0.014 0.008 0.006 42 L 0.091 0.087 0.078 0.174 0.152 0.131 0.115 0.069 0.051 0.030 0.023 43 A 0.048 0.019 0.024 0.036 0.045 0.072 0.146 0.131 0.163 0.174 0.142 44 G 0.316 0.260 0.082 0.162 0.074 0.044 0.037 0.011 0.008 0.004 0.002 45 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.005 0.024 0.056 0.139 0.216 0.555 46 E 0.128 0.335 0.156 0.188 0.101 0.052 0.026 0.006 0.003 0.002 0.002 47 D 0.244 0.186 0.106 0.234 0.109 0.066 0.038 0.011 0.005 0.002 0.001 48 E 0.808 0.108 0.029 0.038 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 49 D 0.001 0.005 0.006 0.045 0.103 0.182 0.275 0.183 0.129 0.052 0.019 50 V 0.004 0.049 0.032 0.193 0.267 0.232 0.151 0.040 0.018 0.008 0.006 51 I 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.031 0.073 0.161 0.274 0.449 52 I 0.001 0.003 0.006 0.039 0.078 0.130 0.282 0.202 0.144 0.080 0.036 53 E 0.004 0.038 0.026 0.168 0.146 0.116 0.148 0.115 0.106 0.072 0.062 54 V 0.001 0.001 0.001 0.005 0.010 0.024 0.083 0.127 0.239 0.263 0.247 55 N 0.019 0.060 0.055 0.240 0.249 0.142 0.133 0.059 0.027 0.010 0.005 56 G 0.304 0.246 0.071 0.185 0.097 0.041 0.032 0.012 0.006 0.003 0.002 57 V 0.038 0.099 0.069 0.225 0.195 0.156 0.119 0.052 0.027 0.014 0.008 58 N 0.321 0.362 0.075 0.144 0.065 0.021 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 59 V 0.002 0.002 0.001 0.004 0.010 0.021 0.085 0.121 0.255 0.236 0.263 60 L 0.107 0.224 0.082 0.212 0.150 0.094 0.082 0.026 0.014 0.006 0.004 61 D 0.443 0.184 0.053 0.131 0.073 0.049 0.041 0.012 0.008 0.003 0.002 62 E 0.199 0.095 0.038 0.119 0.113 0.115 0.130 0.084 0.051 0.036 0.021 63 P 0.137 0.645 0.044 0.085 0.037 0.022 0.014 0.006 0.004 0.003 0.002 64 Y 0.008 0.014 0.008 0.056 0.145 0.239 0.259 0.128 0.086 0.038 0.018 65 E 0.658 0.166 0.048 0.059 0.032 0.019 0.013 0.003 0.002 0.001 0.001 66 K 0.010 0.049 0.106 0.466 0.240 0.087 0.032 0.007 0.002 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.006 0.041 0.120 0.232 0.324 0.272 68 V 0.001 0.001 0.006 0.031 0.117 0.293 0.304 0.134 0.069 0.031 0.016 69 D 0.007 0.028 0.782 0.131 0.034 0.011 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.004 0.029 0.087 0.252 0.431 0.131 0.040 0.019 0.006 71 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.016 0.059 0.193 0.334 0.394 72 Q 0.002 0.010 0.070 0.198 0.310 0.221 0.136 0.035 0.012 0.004 0.002 73 S 0.018 0.061 0.743 0.106 0.043 0.019 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.010 0.020 0.011 0.044 0.079 0.175 0.368 0.154 0.073 0.045 0.023 75 G 0.738 0.140 0.020 0.038 0.019 0.014 0.015 0.007 0.005 0.003 0.002 76 K 0.228 0.218 0.109 0.188 0.109 0.074 0.043 0.015 0.008 0.005 0.003 77 N 0.137 0.200 0.121 0.244 0.136 0.084 0.049 0.015 0.008 0.004 0.002 78 V 0.004 0.004 0.004 0.013 0.023 0.055 0.178 0.198 0.225 0.169 0.125 79 T 0.020 0.077 0.090 0.306 0.227 0.143 0.088 0.028 0.013 0.006 0.003 80 L 0.003 0.007 0.012 0.027 0.037 0.069 0.163 0.190 0.213 0.171 0.106 81 L 0.010 0.033 0.048 0.221 0.235 0.171 0.143 0.070 0.040 0.019 0.009 82 V 0.006 0.011 0.012 0.026 0.041 0.053 0.165 0.169 0.247 0.175 0.096 83 C 0.017 0.037 0.042 0.158 0.189 0.138 0.191 0.105 0.077 0.033 0.013 84 G 0.142 0.130 0.053 0.143 0.133 0.112 0.147 0.072 0.045 0.018 0.006 85 K 0.200 0.196 0.093 0.176 0.116 0.082 0.077 0.034 0.016 0.007 0.002 86 K 0.628 0.242 0.050 0.054 0.017 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 87 A 0.392 0.180 0.058 0.111 0.078 0.066 0.058 0.029 0.017 0.009 0.003 88 Q 0.377 0.178 0.108 0.137 0.082 0.051 0.040 0.016 0.008 0.003 0.001 89 D 0.114 0.133 0.180 0.202 0.136 0.102 0.081 0.030 0.014 0.005 0.002 90 T 0.148 0.215 0.170 0.211 0.128 0.061 0.035 0.017 0.008 0.005 0.002 91 V 0.210 0.088 0.067 0.103 0.130 0.107 0.109 0.072 0.056 0.040 0.019