# TARGET T0387 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 473.391 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.240 0.134 0.253 0.240 0.078 0.015 0.013 0.010 0.008 0.008 0.001 2 M 0.114 0.153 0.270 0.060 0.169 0.010 0.077 0.057 0.028 0.061 0.001 3 K 0.047 0.169 0.657 0.004 0.014 0.037 0.010 0.001 0.055 0.003 0.004 4 P 0.053 0.022 0.872 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 5 K 0.138 0.444 0.248 0.043 0.048 0.037 0.009 0.001 0.031 0.001 0.001 6 L 0.033 0.508 0.397 0.006 0.022 0.025 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 7 C 0.017 0.801 0.068 0.015 0.056 0.015 0.001 0.001 0.026 0.001 0.001 8 R 0.009 0.660 0.222 0.004 0.031 0.035 0.002 0.001 0.036 0.001 0.001 9 L 0.029 0.425 0.452 0.008 0.016 0.047 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 10 A 0.044 0.472 0.332 0.021 0.041 0.055 0.004 0.001 0.029 0.001 0.001 11 K 0.030 0.319 0.403 0.090 0.036 0.033 0.020 0.002 0.064 0.002 0.001 12 G 0.006 0.007 0.102 0.002 0.129 0.001 0.008 0.122 0.001 0.621 0.001 13 E 0.519 0.055 0.090 0.242 0.023 0.021 0.013 0.015 0.006 0.014 0.002 14 N 0.095 0.090 0.128 0.434 0.058 0.009 0.132 0.020 0.025 0.009 0.001 15 G 0.038 0.013 0.088 0.019 0.121 0.002 0.031 0.391 0.001 0.294 0.001 16 Y 0.088 0.344 0.230 0.179 0.106 0.013 0.016 0.005 0.013 0.004 0.002 17 G 0.019 0.116 0.106 0.037 0.469 0.008 0.031 0.068 0.006 0.139 0.001 18 F 0.008 0.683 0.152 0.008 0.138 0.006 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 19 H 0.006 0.783 0.085 0.004 0.081 0.017 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 20 L 0.017 0.714 0.176 0.005 0.027 0.039 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 21 N 0.043 0.581 0.112 0.050 0.091 0.048 0.013 0.001 0.058 0.002 0.001 22 A 0.071 0.278 0.158 0.040 0.342 0.014 0.040 0.024 0.013 0.019 0.001 23 I 0.155 0.435 0.160 0.086 0.091 0.024 0.010 0.006 0.028 0.004 0.001 24 R 0.109 0.266 0.361 0.150 0.028 0.019 0.040 0.002 0.018 0.006 0.001 25 G 0.038 0.007 0.076 0.033 0.056 0.004 0.097 0.418 0.002 0.267 0.001 26 L 0.016 0.320 0.461 0.001 0.019 0.016 0.005 0.001 0.160 0.001 0.001 27 P 0.078 0.003 0.762 0.008 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 0.130 28 G 0.063 0.026 0.155 0.019 0.131 0.005 0.030 0.455 0.002 0.112 0.001 29 S 0.059 0.482 0.278 0.018 0.139 0.010 0.002 0.001 0.010 0.001 0.002 30 F 0.016 0.733 0.175 0.011 0.025 0.027 0.002 0.001 0.012 0.001 0.001 31 I 0.015 0.475 0.420 0.002 0.009 0.068 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 32 K 0.694 0.060 0.011 0.219 0.008 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 33 E 0.012 0.543 0.047 0.011 0.354 0.008 0.014 0.001 0.012 0.001 0.001 34 V 0.050 0.642 0.221 0.019 0.019 0.019 0.001 0.001 0.028 0.001 0.001 35 Q 0.017 0.543 0.262 0.005 0.039 0.019 0.004 0.001 0.109 0.001 0.001 36 K 0.017 0.009 0.961 0.005 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 37 G 0.018 0.002 0.043 0.029 0.011 0.001 0.014 0.841 0.001 0.042 0.001 38 G 0.013 0.031 0.851 0.001 0.033 0.006 0.002 0.002 0.007 0.053 0.001 39 P 0.602 0.011 0.263 0.063 0.002 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.031 40 A 0.840 0.030 0.076 0.019 0.011 0.005 0.002 0.003 0.005 0.008 0.001 41 D 0.922 0.020 0.023 0.023 0.004 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 42 L 0.827 0.024 0.039 0.093 0.006 0.005 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 43 A 0.180 0.027 0.138 0.628 0.013 0.003 0.004 0.003 0.004 0.001 0.001 44 G 0.020 0.001 0.009 0.016 0.008 0.001 0.318 0.548 0.002 0.076 0.001 45 L 0.029 0.148 0.669 0.021 0.036 0.081 0.004 0.001 0.010 0.002 0.001 46 E 0.018 0.293 0.590 0.018 0.036 0.020 0.003 0.001 0.020 0.001 0.001 47 D 0.294 0.011 0.676 0.011 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 48 E 0.093 0.001 0.007 0.112 0.003 0.001 0.020 0.742 0.002 0.019 0.001 49 D 0.006 0.065 0.788 0.031 0.007 0.056 0.027 0.001 0.018 0.001 0.001 50 V 0.004 0.711 0.257 0.002 0.010 0.010 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 51 I 0.004 0.530 0.428 0.001 0.001 0.031 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 52 I 0.174 0.665 0.063 0.045 0.017 0.020 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 53 E 0.007 0.752 0.131 0.001 0.094 0.012 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 54 V 0.086 0.733 0.036 0.016 0.006 0.035 0.001 0.001 0.088 0.001 0.001 55 N 0.020 0.103 0.067 0.285 0.037 0.025 0.310 0.002 0.145 0.005 0.001 56 G 0.002 0.001 0.009 0.005 0.016 0.001 0.126 0.782 0.001 0.059 0.001 57 V 0.038 0.647 0.253 0.015 0.033 0.006 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 58 N 0.034 0.095 0.715 0.005 0.004 0.116 0.009 0.001 0.018 0.001 0.002 59 V 0.265 0.290 0.224 0.087 0.015 0.079 0.004 0.001 0.036 0.001 0.001 60 L 0.226 0.238 0.267 0.163 0.046 0.020 0.019 0.002 0.013 0.006 0.001 61 D 0.071 0.048 0.100 0.252 0.074 0.035 0.288 0.082 0.019 0.027 0.004 62 E 0.025 0.334 0.518 0.002 0.034 0.014 0.006 0.001 0.065 0.001 0.001 63 P 0.028 0.002 0.864 0.001 0.001 0.080 0.001 0.001 0.002 0.001 0.024 64 Y 0.993 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 65 E 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.998 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.996 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.980 0.001 0.001 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.968 0.002 0.007 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 73 S 0.785 0.010 0.023 0.164 0.005 0.002 0.005 0.003 0.003 0.001 0.001 74 S 0.382 0.017 0.129 0.432 0.008 0.005 0.013 0.002 0.010 0.003 0.001 75 G 0.023 0.001 0.016 0.009 0.012 0.001 0.057 0.634 0.001 0.247 0.001 76 K 0.169 0.065 0.296 0.368 0.028 0.023 0.033 0.008 0.004 0.004 0.002 77 N 0.020 0.454 0.333 0.068 0.078 0.026 0.008 0.002 0.011 0.001 0.001 78 V 0.001 0.787 0.175 0.001 0.019 0.009 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 79 T 0.002 0.913 0.048 0.001 0.018 0.007 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 80 L 0.001 0.653 0.316 0.001 0.011 0.014 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 81 L 0.001 0.855 0.096 0.001 0.018 0.014 0.001 0.001 0.016 0.001 0.001 82 V 0.002 0.788 0.169 0.001 0.010 0.019 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 83 C 0.011 0.699 0.172 0.029 0.036 0.022 0.002 0.001 0.028 0.001 0.001 84 G 0.015 0.079 0.169 0.011 0.342 0.010 0.048 0.059 0.006 0.259 0.001 85 K 0.162 0.232 0.324 0.088 0.057 0.054 0.025 0.003 0.047 0.004 0.003 86 K 0.246 0.084 0.510 0.080 0.018 0.023 0.014 0.005 0.013 0.006 0.002 87 A 0.417 0.057 0.345 0.068 0.025 0.024 0.020 0.016 0.009 0.016 0.003 88 Q 0.586 0.058 0.122 0.177 0.015 0.013 0.011 0.006 0.007 0.004 0.001 89 D 0.271 0.097 0.259 0.134 0.058 0.048 0.088 0.012 0.029 0.004 0.001 90 T 0.394 0.201 0.170 0.189 0.016 0.017 0.002 0.001 0.008 0.001 0.001 91 V 0.163 0.336 0.309 0.066 0.035 0.056 0.004 0.001 0.027 0.002 0.001