# TARGET T0387 # Using neural net t2k-5631-IDaaHr-5-15-7-15-9-15-13-CB-burial-14-7-from-empty.net # This is a 4-layer network, with # window units # 5 15 # 7 15 # 9 15 # 13 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(-1 bits/column, 1) # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2308 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.634 0.240 0.087 0.031 0.007 0.001 0.001 2 M 0.380 0.260 0.183 0.129 0.042 0.006 0.001 3 K 0.430 0.378 0.131 0.048 0.011 0.002 0.001 4 P 0.209 0.192 0.189 0.210 0.142 0.052 0.005 5 K 0.191 0.287 0.289 0.180 0.044 0.008 0.001 6 L 0.202 0.274 0.216 0.178 0.101 0.027 0.002 7 C 0.078 0.095 0.155 0.286 0.284 0.098 0.004 8 R 0.073 0.215 0.272 0.288 0.126 0.024 0.001 9 L 0.104 0.212 0.230 0.248 0.164 0.040 0.002 10 A 0.204 0.327 0.262 0.166 0.037 0.004 0.001 11 K 0.405 0.299 0.155 0.103 0.033 0.004 0.001 12 G 0.729 0.200 0.052 0.016 0.003 0.001 0.001 13 E 0.690 0.219 0.063 0.021 0.005 0.001 0.001 14 N 0.359 0.356 0.189 0.078 0.016 0.002 0.001 15 G 0.087 0.223 0.249 0.256 0.142 0.040 0.003 16 Y 0.008 0.022 0.058 0.190 0.339 0.328 0.056 17 G 0.007 0.021 0.063 0.145 0.262 0.366 0.135 18 F 0.001 0.002 0.008 0.028 0.094 0.393 0.473 19 H 0.003 0.013 0.040 0.106 0.220 0.397 0.220 20 L 0.002 0.006 0.015 0.051 0.176 0.487 0.264 21 N 0.007 0.054 0.133 0.253 0.300 0.211 0.041 22 A 0.025 0.103 0.193 0.291 0.263 0.114 0.011 23 I 0.159 0.286 0.235 0.199 0.093 0.025 0.002 24 R 0.372 0.303 0.170 0.107 0.039 0.009 0.001 25 G 0.515 0.312 0.119 0.042 0.010 0.002 0.001 26 L 0.306 0.333 0.190 0.120 0.042 0.009 0.001 27 P 0.137 0.282 0.284 0.192 0.082 0.021 0.001 28 G 0.026 0.134 0.239 0.304 0.218 0.074 0.005 29 S 0.005 0.020 0.058 0.178 0.340 0.356 0.042 30 F 0.003 0.028 0.099 0.260 0.364 0.226 0.019 31 I 0.002 0.004 0.013 0.058 0.230 0.551 0.142 32 K 0.015 0.100 0.203 0.322 0.239 0.106 0.014 33 E 0.030 0.142 0.256 0.288 0.185 0.087 0.011 34 V 0.008 0.035 0.086 0.241 0.388 0.225 0.017 35 Q 0.058 0.189 0.263 0.295 0.154 0.039 0.002 36 K 0.369 0.366 0.166 0.068 0.022 0.007 0.001 37 G 0.373 0.323 0.163 0.093 0.036 0.011 0.001 38 G 0.173 0.237 0.227 0.204 0.120 0.036 0.003 39 P 0.265 0.286 0.210 0.148 0.069 0.020 0.002 40 A 0.226 0.201 0.189 0.209 0.133 0.038 0.004 41 D 0.259 0.282 0.213 0.160 0.068 0.017 0.001 42 L 0.406 0.310 0.165 0.080 0.030 0.008 0.001 43 A 0.315 0.294 0.192 0.133 0.050 0.014 0.001 44 G 0.352 0.317 0.168 0.101 0.046 0.015 0.001 45 L 0.067 0.080 0.165 0.313 0.275 0.092 0.008 46 E 0.279 0.379 0.213 0.095 0.028 0.004 0.001 47 D 0.185 0.310 0.240 0.180 0.068 0.016 0.001 48 E 0.076 0.231 0.252 0.264 0.134 0.040 0.003 49 D 0.015 0.045 0.112 0.253 0.365 0.190 0.019 50 V 0.015 0.086 0.150 0.223 0.272 0.220 0.033 51 I 0.001 0.002 0.010 0.050 0.174 0.573 0.189 52 I 0.007 0.029 0.064 0.160 0.285 0.371 0.085 53 E 0.019 0.098 0.207 0.251 0.207 0.181 0.035 54 V 0.007 0.020 0.057 0.190 0.414 0.278 0.035 55 N 0.092 0.287 0.303 0.206 0.087 0.023 0.002 56 G 0.255 0.329 0.217 0.139 0.049 0.011 0.001 57 V 0.302 0.367 0.195 0.098 0.030 0.007 0.001 58 N 0.265 0.377 0.216 0.102 0.034 0.006 0.001 59 V 0.030 0.056 0.169 0.359 0.311 0.073 0.002 60 L 0.335 0.388 0.177 0.079 0.019 0.003 0.001 61 D 0.394 0.374 0.160 0.056 0.014 0.002 0.001 62 E 0.162 0.210 0.233 0.227 0.127 0.038 0.002 63 P 0.204 0.432 0.224 0.105 0.030 0.005 0.001 64 Y 0.019 0.103 0.265 0.338 0.222 0.050 0.003 65 E 0.410 0.426 0.133 0.027 0.004 0.001 0.001 66 K 0.089 0.479 0.320 0.094 0.016 0.002 0.001 67 V 0.002 0.006 0.026 0.157 0.539 0.264 0.007 68 V 0.003 0.055 0.225 0.425 0.250 0.041 0.001 69 D 0.092 0.619 0.212 0.056 0.016 0.004 0.001 70 R 0.002 0.034 0.311 0.494 0.144 0.014 0.001 71 I 0.002 0.007 0.020 0.143 0.505 0.315 0.007 72 Q 0.097 0.417 0.334 0.125 0.025 0.003 0.001 73 S 0.558 0.356 0.070 0.014 0.002 0.001 0.001 74 S 0.213 0.332 0.272 0.151 0.029 0.002 0.001 75 G 0.465 0.333 0.134 0.053 0.013 0.001 0.001 76 K 0.632 0.279 0.066 0.019 0.003 0.001 0.001 77 N 0.205 0.447 0.239 0.091 0.016 0.002 0.001 78 V 0.020 0.071 0.161 0.330 0.331 0.083 0.003 79 T 0.012 0.097 0.236 0.331 0.239 0.079 0.005 80 L 0.003 0.006 0.024 0.111 0.316 0.473 0.066 81 L 0.009 0.051 0.165 0.305 0.324 0.138 0.008 82 V 0.012 0.033 0.074 0.170 0.357 0.324 0.030 83 C 0.033 0.120 0.272 0.329 0.204 0.042 0.001 84 G 0.135 0.266 0.293 0.225 0.071 0.009 0.001 85 K 0.490 0.311 0.143 0.048 0.008 0.001 0.001 86 K 0.725 0.190 0.063 0.019 0.003 0.001 0.001 87 A 0.833 0.126 0.030 0.009 0.002 0.001 0.001 88 Q 0.825 0.132 0.032 0.009 0.002 0.001 0.001 89 D 0.844 0.117 0.029 0.008 0.001 0.001 0.001 90 T 0.825 0.135 0.031 0.008 0.001 0.001 0.001 91 V 0.752 0.160 0.053 0.026 0.008 0.001 0.001