# TARGET T0387 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 924.454 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.576 0.144 0.046 0.092 0.050 0.035 0.025 0.013 0.010 0.005 0.003 2 M 0.284 0.107 0.043 0.095 0.089 0.094 0.107 0.076 0.055 0.036 0.016 3 K 0.366 0.349 0.065 0.140 0.052 0.015 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 4 P 0.170 0.076 0.036 0.128 0.152 0.129 0.114 0.089 0.057 0.033 0.016 5 K 0.067 0.095 0.043 0.178 0.169 0.148 0.163 0.071 0.037 0.019 0.010 6 L 0.012 0.068 0.093 0.438 0.229 0.100 0.042 0.012 0.004 0.002 0.001 7 C 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.017 0.083 0.165 0.286 0.265 0.169 8 R 0.014 0.104 0.127 0.458 0.216 0.060 0.018 0.003 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.042 0.091 0.229 0.312 0.310 10 A 0.022 0.095 0.076 0.351 0.256 0.118 0.058 0.014 0.007 0.002 0.001 11 K 0.062 0.105 0.027 0.110 0.108 0.128 0.204 0.116 0.078 0.042 0.019 12 G 0.187 0.192 0.066 0.208 0.137 0.088 0.059 0.028 0.018 0.011 0.006 13 E 0.583 0.201 0.062 0.082 0.036 0.017 0.010 0.004 0.002 0.001 0.001 14 N 0.443 0.188 0.043 0.150 0.086 0.040 0.029 0.011 0.006 0.003 0.001 15 G 0.047 0.086 0.034 0.163 0.169 0.169 0.141 0.089 0.057 0.031 0.014 16 Y 0.002 0.009 0.005 0.038 0.067 0.105 0.202 0.184 0.171 0.129 0.088 17 G 0.013 0.037 0.038 0.163 0.179 0.178 0.162 0.104 0.064 0.038 0.025 18 F 0.001 0.001 0.001 0.006 0.013 0.028 0.095 0.176 0.254 0.248 0.176 19 H 0.024 0.080 0.046 0.268 0.232 0.127 0.112 0.055 0.030 0.015 0.011 20 L 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.007 0.032 0.075 0.189 0.308 0.379 21 N 0.020 0.082 0.062 0.265 0.221 0.143 0.114 0.044 0.028 0.012 0.008 22 A 0.047 0.071 0.027 0.094 0.080 0.090 0.176 0.135 0.124 0.095 0.060 23 I 0.112 0.089 0.046 0.142 0.114 0.103 0.123 0.078 0.072 0.063 0.057 24 R 0.230 0.191 0.060 0.157 0.110 0.081 0.078 0.037 0.029 0.016 0.011 25 G 0.470 0.155 0.034 0.089 0.065 0.050 0.049 0.030 0.026 0.017 0.014 26 L 0.276 0.164 0.052 0.148 0.101 0.078 0.070 0.041 0.032 0.023 0.014 27 P 0.180 0.172 0.045 0.166 0.142 0.113 0.087 0.040 0.028 0.018 0.009 28 G 0.050 0.066 0.037 0.179 0.186 0.151 0.138 0.090 0.055 0.032 0.016 29 S 0.002 0.004 0.003 0.021 0.045 0.093 0.205 0.204 0.187 0.150 0.085 30 F 0.003 0.024 0.029 0.160 0.200 0.166 0.184 0.107 0.070 0.037 0.020 31 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.009 0.017 0.063 0.136 0.210 0.255 0.304 32 K 0.027 0.056 0.061 0.259 0.266 0.143 0.109 0.045 0.022 0.008 0.005 33 E 0.063 0.234 0.055 0.259 0.186 0.099 0.070 0.020 0.008 0.003 0.001 34 V 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.006 0.027 0.059 0.153 0.263 0.486 35 Q 0.058 0.155 0.092 0.266 0.225 0.109 0.068 0.016 0.007 0.002 0.002 36 K 0.352 0.241 0.091 0.183 0.066 0.032 0.023 0.007 0.003 0.001 0.001 37 G 0.433 0.137 0.054 0.130 0.084 0.063 0.047 0.021 0.014 0.010 0.007 38 G 0.077 0.140 0.032 0.101 0.101 0.114 0.122 0.092 0.093 0.071 0.059 39 P 0.140 0.160 0.053 0.155 0.134 0.102 0.103 0.059 0.048 0.029 0.017 40 A 0.085 0.024 0.013 0.034 0.040 0.061 0.116 0.118 0.177 0.168 0.165 41 D 0.095 0.130 0.107 0.262 0.178 0.100 0.064 0.030 0.018 0.009 0.006 42 L 0.135 0.091 0.076 0.161 0.140 0.118 0.107 0.066 0.053 0.032 0.023 43 A 0.131 0.055 0.037 0.068 0.075 0.096 0.162 0.113 0.112 0.092 0.057 44 G 0.450 0.210 0.058 0.122 0.060 0.037 0.033 0.013 0.010 0.005 0.003 45 L 0.003 0.002 0.001 0.004 0.006 0.011 0.043 0.081 0.160 0.225 0.466 46 E 0.152 0.311 0.148 0.184 0.095 0.056 0.031 0.010 0.006 0.003 0.003 47 D 0.283 0.182 0.094 0.213 0.108 0.064 0.037 0.011 0.005 0.002 0.001 48 E 0.666 0.151 0.049 0.084 0.032 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 49 D 0.001 0.007 0.009 0.049 0.107 0.164 0.256 0.187 0.138 0.060 0.025 50 V 0.005 0.048 0.036 0.211 0.268 0.219 0.146 0.040 0.017 0.007 0.005 51 I 0.001 0.001 0.001 0.004 0.006 0.012 0.055 0.113 0.191 0.279 0.336 52 I 0.002 0.003 0.005 0.033 0.062 0.100 0.246 0.211 0.179 0.107 0.051 53 E 0.003 0.030 0.026 0.147 0.127 0.110 0.153 0.126 0.124 0.085 0.068 54 V 0.001 0.001 0.002 0.007 0.012 0.024 0.081 0.129 0.236 0.268 0.239 55 N 0.015 0.045 0.047 0.193 0.217 0.149 0.169 0.091 0.046 0.019 0.009 56 G 0.267 0.222 0.074 0.194 0.111 0.054 0.043 0.017 0.009 0.005 0.003 57 V 0.040 0.098 0.067 0.214 0.190 0.150 0.121 0.059 0.033 0.018 0.009 58 N 0.256 0.323 0.080 0.165 0.095 0.041 0.024 0.007 0.004 0.002 0.001 59 V 0.007 0.005 0.002 0.009 0.018 0.031 0.100 0.126 0.244 0.221 0.237 60 L 0.136 0.232 0.080 0.205 0.138 0.084 0.076 0.027 0.014 0.006 0.004 61 D 0.509 0.167 0.048 0.118 0.065 0.041 0.032 0.009 0.006 0.003 0.002 62 E 0.159 0.088 0.033 0.112 0.114 0.120 0.142 0.099 0.062 0.045 0.027 63 P 0.103 0.663 0.043 0.087 0.039 0.024 0.017 0.008 0.006 0.005 0.004 64 Y 0.009 0.014 0.008 0.055 0.145 0.241 0.259 0.129 0.085 0.038 0.019 65 E 0.637 0.154 0.042 0.063 0.041 0.028 0.023 0.006 0.003 0.001 0.001 66 K 0.005 0.037 0.083 0.462 0.260 0.099 0.041 0.010 0.003 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.031 0.100 0.222 0.338 0.302 68 V 0.001 0.001 0.005 0.029 0.106 0.278 0.311 0.141 0.075 0.035 0.020 69 D 0.006 0.027 0.709 0.183 0.049 0.017 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.002 0.017 0.057 0.204 0.449 0.169 0.059 0.031 0.011 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.050 0.176 0.332 0.428 72 Q 0.001 0.004 0.054 0.170 0.310 0.242 0.157 0.041 0.013 0.005 0.003 73 S 0.008 0.052 0.732 0.118 0.053 0.026 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 74 S 0.001 0.003 0.003 0.014 0.031 0.099 0.345 0.212 0.138 0.097 0.055 75 G 0.681 0.198 0.025 0.050 0.022 0.010 0.008 0.003 0.001 0.001 0.001 76 K 0.251 0.185 0.103 0.225 0.114 0.067 0.037 0.011 0.004 0.002 0.001 77 N 0.060 0.154 0.120 0.345 0.184 0.099 0.030 0.005 0.002 0.001 0.001 78 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.058 0.148 0.289 0.276 0.220 79 T 0.005 0.054 0.061 0.456 0.279 0.113 0.025 0.004 0.001 0.001 0.001 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.030 0.089 0.250 0.333 0.291 81 L 0.004 0.021 0.024 0.300 0.327 0.181 0.099 0.029 0.010 0.003 0.001 82 V 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.058 0.114 0.264 0.317 0.228 83 C 0.005 0.029 0.033 0.295 0.295 0.161 0.110 0.041 0.022 0.007 0.002 84 G 0.042 0.074 0.026 0.107 0.132 0.150 0.219 0.130 0.082 0.031 0.009 85 K 0.203 0.167 0.082 0.240 0.140 0.072 0.050 0.026 0.012 0.006 0.002 86 K 0.409 0.313 0.050 0.109 0.057 0.028 0.020 0.008 0.004 0.002 0.001 87 A 0.330 0.170 0.036 0.100 0.077 0.063 0.071 0.059 0.046 0.033 0.014 88 Q 0.357 0.237 0.052 0.137 0.089 0.053 0.039 0.019 0.011 0.005 0.002 89 D 0.415 0.193 0.089 0.129 0.067 0.042 0.032 0.015 0.010 0.005 0.003 90 T 0.320 0.163 0.063 0.134 0.102 0.070 0.064 0.038 0.025 0.015 0.006 91 V 0.398 0.153 0.046 0.098 0.080 0.060 0.059 0.040 0.032 0.022 0.012