# TARGET T0387 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-ebghstl-dssp-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 EBGHSTL ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 924.454 # Pos AA E B G H S T C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.005 0.001 0.001 0.001 0.006 0.005 0.982 2 M 0.037 0.013 0.004 0.004 0.025 0.015 0.902 3 K 0.139 0.022 0.007 0.001 0.140 0.020 0.669 4 P 0.195 0.002 0.005 0.001 0.025 0.009 0.764 5 K 0.736 0.004 0.003 0.001 0.102 0.006 0.149 6 L 0.973 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 7 C 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 8 R 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 9 L 0.975 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 10 A 0.843 0.002 0.001 0.001 0.023 0.005 0.126 11 K 0.540 0.019 0.001 0.001 0.160 0.025 0.254 12 G 0.172 0.014 0.009 0.001 0.292 0.139 0.375 13 E 0.070 0.007 0.032 0.001 0.278 0.491 0.122 14 N 0.045 0.009 0.061 0.001 0.268 0.521 0.096 15 G 0.159 0.015 0.063 0.001 0.251 0.200 0.312 16 Y 0.260 0.013 0.022 0.001 0.240 0.095 0.371 17 G 0.845 0.012 0.005 0.001 0.034 0.014 0.091 18 F 0.946 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.047 19 H 0.992 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 20 L 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 21 N 0.923 0.004 0.001 0.001 0.010 0.007 0.054 22 A 0.661 0.003 0.007 0.002 0.057 0.058 0.212 23 I 0.364 0.014 0.023 0.003 0.216 0.167 0.214 24 R 0.344 0.025 0.026 0.003 0.235 0.221 0.147 25 G 0.151 0.011 0.028 0.002 0.359 0.201 0.248 26 L 0.128 0.013 0.033 0.002 0.270 0.073 0.481 27 P 0.117 0.011 0.050 0.004 0.290 0.267 0.261 28 G 0.461 0.013 0.029 0.002 0.140 0.118 0.238 29 S 0.815 0.008 0.002 0.001 0.013 0.003 0.157 30 F 0.972 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.020 31 I 0.961 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.032 32 K 0.935 0.001 0.001 0.003 0.011 0.002 0.047 33 E 0.903 0.002 0.002 0.003 0.015 0.002 0.073 34 V 0.693 0.023 0.002 0.006 0.041 0.003 0.231 35 Q 0.377 0.009 0.003 0.008 0.055 0.006 0.542 36 K 0.032 0.006 0.031 0.080 0.104 0.688 0.058 37 G 0.007 0.002 0.010 0.058 0.108 0.728 0.086 38 G 0.009 0.012 0.003 0.076 0.257 0.025 0.619 39 P 0.004 0.005 0.009 0.833 0.012 0.076 0.061 40 A 0.010 0.005 0.038 0.863 0.013 0.043 0.028 41 D 0.029 0.008 0.107 0.699 0.022 0.040 0.094 42 L 0.028 0.018 0.108 0.668 0.033 0.087 0.058 43 A 0.015 0.004 0.046 0.147 0.050 0.698 0.039 44 G 0.020 0.005 0.016 0.024 0.109 0.636 0.190 45 L 0.020 0.023 0.001 0.004 0.145 0.008 0.798 46 E 0.033 0.013 0.002 0.001 0.039 0.006 0.906 47 D 0.005 0.003 0.035 0.011 0.093 0.836 0.017 48 E 0.054 0.003 0.033 0.003 0.107 0.756 0.044 49 D 0.177 0.010 0.006 0.001 0.103 0.008 0.694 50 V 0.840 0.006 0.002 0.001 0.033 0.004 0.116 51 I 0.976 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.019 52 I 0.991 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 53 E 0.969 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.026 54 V 0.867 0.005 0.001 0.002 0.010 0.010 0.104 55 N 0.391 0.004 0.006 0.004 0.084 0.365 0.147 56 G 0.108 0.003 0.007 0.003 0.240 0.544 0.096 57 V 0.329 0.036 0.010 0.009 0.229 0.067 0.320 58 N 0.402 0.085 0.015 0.011 0.077 0.051 0.360 59 V 0.172 0.034 0.091 0.017 0.142 0.126 0.418 60 L 0.062 0.018 0.068 0.020 0.137 0.529 0.166 61 D 0.024 0.009 0.044 0.032 0.392 0.306 0.192 62 E 0.020 0.018 0.005 0.056 0.511 0.020 0.370 63 P 0.020 0.040 0.013 0.109 0.057 0.028 0.733 64 Y 0.001 0.001 0.015 0.965 0.001 0.006 0.012 65 E 0.001 0.001 0.005 0.993 0.001 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.005 0.994 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.002 0.996 0.001 0.002 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.003 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.990 0.001 0.009 0.001 71 I 0.001 0.001 0.005 0.971 0.001 0.021 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.021 0.911 0.002 0.064 0.002 73 S 0.001 0.001 0.037 0.656 0.006 0.294 0.006 74 S 0.003 0.003 0.042 0.147 0.107 0.608 0.090 75 G 0.005 0.002 0.019 0.005 0.202 0.468 0.298 76 K 0.037 0.003 0.010 0.001 0.379 0.078 0.493 77 N 0.414 0.007 0.005 0.001 0.114 0.015 0.447 78 V 0.918 0.002 0.001 0.001 0.008 0.001 0.071 79 T 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 80 L 0.984 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 81 L 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 82 V 0.959 0.003 0.001 0.001 0.002 0.002 0.033 83 C 0.816 0.005 0.001 0.001 0.036 0.027 0.115 84 G 0.389 0.005 0.002 0.001 0.282 0.053 0.267 85 K 0.120 0.010 0.009 0.003 0.419 0.069 0.371 86 K 0.098 0.014 0.015 0.006 0.162 0.071 0.633 87 A 0.066 0.008 0.029 0.014 0.054 0.042 0.787 88 Q 0.098 0.026 0.069 0.031 0.075 0.048 0.654 89 D 0.098 0.015 0.089 0.044 0.222 0.117 0.414 90 T 0.072 0.014 0.019 0.022 0.081 0.039 0.752 91 V 0.014 0.002 0.003 0.004 0.014 0.004 0.959