# TARGET T0387 # Using neural net t04-2621-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-alpha-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 ABCDEFGHIST ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t04-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 924.454 # Pos AA A B C D E F G H I S T 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.088 0.214 0.132 0.023 0.187 0.014 0.036 0.112 0.078 0.077 0.038 2 M 0.109 0.217 0.134 0.014 0.178 0.014 0.034 0.074 0.077 0.093 0.056 3 K 0.038 0.426 0.288 0.012 0.182 0.005 0.012 0.013 0.007 0.008 0.008 4 P 0.307 0.170 0.045 0.002 0.373 0.003 0.007 0.005 0.006 0.017 0.065 5 K 0.064 0.362 0.071 0.005 0.469 0.006 0.009 0.003 0.002 0.003 0.006 6 L 0.412 0.036 0.003 0.001 0.518 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.025 7 C 0.104 0.143 0.009 0.002 0.730 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.006 8 R 0.310 0.044 0.002 0.001 0.603 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.037 9 L 0.307 0.125 0.014 0.003 0.480 0.003 0.002 0.001 0.001 0.007 0.056 10 A 0.145 0.235 0.121 0.023 0.418 0.010 0.010 0.003 0.002 0.008 0.025 11 K 0.057 0.059 0.034 0.211 0.057 0.137 0.185 0.091 0.051 0.066 0.053 12 G 0.009 0.059 0.284 0.477 0.020 0.059 0.005 0.010 0.021 0.044 0.011 13 E 0.052 0.078 0.051 0.119 0.078 0.144 0.115 0.150 0.115 0.074 0.024 14 N 0.025 0.137 0.170 0.165 0.048 0.049 0.132 0.069 0.058 0.118 0.031 15 G 0.053 0.060 0.093 0.237 0.044 0.110 0.020 0.021 0.032 0.246 0.082 16 Y 0.109 0.223 0.067 0.050 0.254 0.027 0.037 0.032 0.042 0.106 0.052 17 G 0.287 0.064 0.061 0.055 0.215 0.033 0.010 0.006 0.011 0.089 0.170 18 F 0.186 0.223 0.026 0.003 0.542 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.013 19 H 0.244 0.107 0.014 0.001 0.612 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.017 20 L 0.484 0.040 0.007 0.003 0.323 0.005 0.004 0.003 0.003 0.011 0.116 21 N 0.161 0.112 0.048 0.069 0.285 0.096 0.087 0.022 0.018 0.040 0.061 22 A 0.165 0.162 0.127 0.049 0.254 0.011 0.008 0.023 0.023 0.098 0.080 23 I 0.093 0.139 0.116 0.123 0.158 0.064 0.032 0.063 0.080 0.094 0.038 24 R 0.017 0.123 0.096 0.247 0.042 0.151 0.151 0.093 0.046 0.024 0.011 25 G 0.035 0.036 0.067 0.150 0.035 0.053 0.018 0.033 0.048 0.425 0.100 26 L 0.043 0.283 0.395 0.040 0.135 0.015 0.016 0.035 0.017 0.014 0.007 27 P 0.032 0.208 0.220 0.098 0.065 0.079 0.119 0.092 0.034 0.026 0.028 28 G 0.036 0.068 0.078 0.342 0.038 0.087 0.026 0.026 0.038 0.182 0.078 29 S 0.144 0.284 0.059 0.001 0.436 0.002 0.005 0.010 0.015 0.018 0.026 30 F 0.044 0.516 0.037 0.001 0.370 0.001 0.002 0.011 0.008 0.007 0.004 31 I 0.725 0.005 0.001 0.001 0.138 0.001 0.001 0.001 0.002 0.005 0.121 32 K 0.011 0.030 0.012 0.086 0.054 0.396 0.283 0.076 0.039 0.009 0.005 33 E 0.241 0.143 0.013 0.001 0.527 0.001 0.001 0.007 0.004 0.016 0.047 34 V 0.351 0.106 0.017 0.008 0.339 0.006 0.004 0.012 0.008 0.029 0.119 35 Q 0.043 0.121 0.199 0.244 0.105 0.097 0.042 0.038 0.026 0.049 0.036 36 K 0.046 0.132 0.092 0.070 0.089 0.110 0.232 0.120 0.048 0.027 0.034 37 G 0.025 0.068 0.057 0.126 0.042 0.022 0.014 0.024 0.044 0.468 0.109 38 G 0.115 0.203 0.201 0.067 0.173 0.026 0.023 0.050 0.026 0.051 0.065 39 P 0.049 0.223 0.075 0.015 0.128 0.011 0.013 0.226 0.145 0.078 0.036 40 A 0.043 0.087 0.033 0.012 0.105 0.015 0.032 0.339 0.205 0.103 0.026 41 D 0.034 0.039 0.029 0.006 0.027 0.009 0.078 0.478 0.215 0.059 0.026 42 L 0.018 0.033 0.016 0.005 0.032 0.009 0.085 0.459 0.251 0.081 0.011 43 A 0.007 0.680 0.179 0.009 0.085 0.005 0.007 0.008 0.007 0.008 0.005 44 G 0.075 0.018 0.026 0.015 0.023 0.007 0.004 0.011 0.019 0.427 0.374 45 L 0.157 0.392 0.060 0.007 0.250 0.003 0.006 0.022 0.014 0.031 0.057 46 E 0.013 0.236 0.520 0.087 0.078 0.013 0.004 0.019 0.015 0.010 0.004 47 D 0.004 0.012 0.023 0.017 0.006 0.053 0.244 0.449 0.183 0.007 0.003 48 E 0.041 0.062 0.051 0.039 0.037 0.016 0.025 0.097 0.112 0.361 0.158 49 D 0.169 0.248 0.029 0.002 0.386 0.001 0.002 0.005 0.012 0.089 0.057 50 V 0.052 0.360 0.033 0.001 0.541 0.001 0.002 0.003 0.002 0.003 0.003 51 I 0.587 0.012 0.001 0.001 0.369 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 52 I 0.147 0.099 0.009 0.018 0.607 0.078 0.019 0.005 0.001 0.003 0.014 53 E 0.349 0.054 0.007 0.001 0.560 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.027 54 V 0.219 0.034 0.018 0.176 0.119 0.268 0.029 0.022 0.007 0.027 0.081 55 N 0.006 0.103 0.104 0.573 0.035 0.063 0.066 0.021 0.006 0.014 0.007 56 G 0.028 0.020 0.047 0.074 0.018 0.019 0.003 0.011 0.029 0.623 0.129 57 V 0.005 0.669 0.185 0.003 0.122 0.001 0.003 0.006 0.004 0.001 0.001 58 N 0.335 0.099 0.018 0.001 0.438 0.001 0.005 0.010 0.003 0.007 0.084 59 V 0.174 0.095 0.047 0.027 0.182 0.034 0.041 0.083 0.128 0.108 0.082 60 L 0.008 0.032 0.038 0.099 0.024 0.193 0.248 0.232 0.084 0.035 0.008 61 D 0.035 0.036 0.058 0.028 0.020 0.009 0.006 0.020 0.032 0.645 0.111 62 E 0.008 0.536 0.328 0.011 0.099 0.002 0.003 0.006 0.002 0.003 0.002 63 P 0.006 0.780 0.156 0.001 0.032 0.001 0.001 0.018 0.002 0.003 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.883 0.112 0.002 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.971 0.028 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.974 0.023 0.003 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.963 0.034 0.004 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.966 0.033 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.987 0.011 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.954 0.039 0.004 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.841 0.142 0.012 0.001 72 Q 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.828 0.136 0.004 0.001 73 S 0.002 0.002 0.002 0.002 0.002 0.014 0.179 0.508 0.118 0.166 0.004 74 S 0.032 0.517 0.189 0.012 0.208 0.003 0.010 0.008 0.003 0.007 0.011 75 G 0.043 0.015 0.022 0.054 0.014 0.033 0.015 0.042 0.083 0.490 0.190 76 K 0.024 0.366 0.251 0.038 0.138 0.022 0.033 0.050 0.034 0.037 0.009 77 N 0.338 0.047 0.008 0.004 0.365 0.011 0.026 0.014 0.018 0.049 0.119 78 V 0.145 0.187 0.008 0.001 0.645 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 79 T 0.210 0.043 0.002 0.001 0.732 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 80 L 0.334 0.039 0.002 0.001 0.609 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 81 L 0.145 0.108 0.004 0.001 0.721 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 82 V 0.436 0.053 0.018 0.003 0.393 0.002 0.002 0.001 0.001 0.006 0.085 83 C 0.084 0.109 0.065 0.147 0.157 0.105 0.131 0.038 0.021 0.081 0.063 84 G 0.049 0.182 0.348 0.185 0.097 0.037 0.010 0.015 0.017 0.037 0.024 85 K 0.036 0.173 0.176 0.124 0.092 0.044 0.040 0.086 0.090 0.108 0.031 86 K 0.015 0.341 0.408 0.056 0.085 0.016 0.017 0.033 0.015 0.008 0.004 87 A 0.094 0.231 0.065 0.013 0.182 0.017 0.045 0.153 0.093 0.055 0.051 88 Q 0.059 0.144 0.055 0.021 0.120 0.035 0.068 0.153 0.151 0.148 0.046 89 D 0.144 0.156 0.061 0.011 0.225 0.012 0.029 0.121 0.084 0.092 0.065 90 T 0.125 0.152 0.050 0.010 0.190 0.012 0.027 0.164 0.116 0.108 0.045 91 V 0.088 0.186 0.072 0.022 0.166 0.022 0.044 0.189 0.094 0.078 0.039