# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 317.054 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.003 0.008 0.528 0.004 0.026 0.004 0.001 0.001 0.007 0.222 0.158 0.021 0.019 2 M 0.003 0.010 0.445 0.007 0.011 0.002 0.001 0.001 0.005 0.365 0.095 0.014 0.040 3 K 0.002 0.008 0.633 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.009 0.159 0.021 0.134 0.026 4 P 0.012 0.009 0.517 0.004 0.006 0.001 0.006 0.001 0.028 0.030 0.010 0.008 0.369 5 K 0.052 0.007 0.179 0.071 0.003 0.001 0.018 0.002 0.035 0.042 0.005 0.555 0.031 6 L 0.151 0.002 0.047 0.008 0.005 0.001 0.048 0.008 0.061 0.009 0.003 0.055 0.604 7 C 0.358 0.003 0.030 0.029 0.001 0.001 0.149 0.026 0.051 0.003 0.001 0.271 0.078 8 R 0.476 0.003 0.007 0.013 0.001 0.001 0.065 0.023 0.023 0.002 0.001 0.226 0.161 9 L 0.410 0.004 0.024 0.010 0.001 0.001 0.056 0.018 0.035 0.003 0.002 0.125 0.312 10 A 0.190 0.017 0.101 0.037 0.003 0.001 0.023 0.009 0.052 0.024 0.014 0.333 0.197 11 K 0.049 0.016 0.177 0.029 0.011 0.003 0.007 0.002 0.028 0.143 0.137 0.115 0.285 12 G 0.009 0.012 0.186 0.020 0.010 0.002 0.001 0.001 0.005 0.240 0.405 0.065 0.046 13 E 0.007 0.012 0.127 0.027 0.014 0.002 0.001 0.001 0.002 0.238 0.475 0.045 0.049 14 N 0.029 0.024 0.130 0.025 0.022 0.002 0.002 0.001 0.003 0.239 0.345 0.066 0.113 15 G 0.077 0.024 0.247 0.037 0.013 0.001 0.004 0.001 0.007 0.169 0.061 0.155 0.204 16 Y 0.267 0.011 0.138 0.053 0.004 0.001 0.017 0.001 0.009 0.045 0.015 0.163 0.276 17 G 0.508 0.005 0.027 0.030 0.002 0.001 0.033 0.003 0.010 0.011 0.004 0.144 0.223 18 F 0.667 0.002 0.012 0.019 0.001 0.001 0.050 0.003 0.006 0.003 0.001 0.108 0.129 19 H 0.723 0.001 0.006 0.013 0.001 0.001 0.031 0.004 0.005 0.001 0.001 0.109 0.107 20 L 0.554 0.002 0.018 0.011 0.001 0.001 0.048 0.007 0.017 0.002 0.001 0.087 0.250 21 N 0.422 0.005 0.044 0.037 0.003 0.002 0.035 0.007 0.030 0.010 0.007 0.230 0.169 22 A 0.195 0.012 0.117 0.026 0.013 0.007 0.014 0.004 0.031 0.042 0.038 0.135 0.365 23 I 0.081 0.019 0.278 0.026 0.019 0.009 0.006 0.001 0.017 0.127 0.074 0.167 0.175 24 R 0.032 0.026 0.174 0.019 0.036 0.011 0.003 0.001 0.009 0.184 0.309 0.085 0.112 25 G 0.014 0.023 0.214 0.013 0.031 0.005 0.002 0.001 0.005 0.224 0.359 0.033 0.078 26 L 0.004 0.010 0.545 0.009 0.013 0.003 0.001 0.001 0.005 0.248 0.095 0.041 0.027 27 P 0.007 0.008 0.248 0.032 0.020 0.005 0.002 0.001 0.009 0.241 0.359 0.019 0.049 28 G 0.029 0.012 0.200 0.030 0.013 0.005 0.010 0.003 0.022 0.217 0.308 0.092 0.057 29 S 0.176 0.014 0.260 0.022 0.004 0.002 0.047 0.008 0.037 0.045 0.009 0.084 0.293 30 F 0.360 0.015 0.061 0.032 0.001 0.001 0.089 0.015 0.057 0.008 0.002 0.248 0.111 31 I 0.336 0.003 0.023 0.016 0.003 0.004 0.078 0.039 0.045 0.003 0.002 0.036 0.412 32 K 0.363 0.003 0.019 0.132 0.002 0.005 0.061 0.031 0.042 0.005 0.002 0.285 0.049 33 E 0.233 0.006 0.043 0.010 0.011 0.013 0.057 0.025 0.107 0.008 0.009 0.110 0.370 34 V 0.172 0.032 0.160 0.031 0.020 0.049 0.038 0.017 0.052 0.037 0.060 0.099 0.232 35 Q 0.027 0.016 0.391 0.024 0.028 0.038 0.004 0.001 0.016 0.179 0.094 0.118 0.062 36 K 0.002 0.004 0.082 0.004 0.047 0.064 0.001 0.001 0.003 0.127 0.639 0.008 0.019 37 G 0.001 0.012 0.184 0.002 0.017 0.067 0.001 0.001 0.003 0.285 0.413 0.008 0.008 38 G 0.001 0.011 0.587 0.001 0.011 0.059 0.001 0.001 0.001 0.279 0.011 0.027 0.013 39 P 0.001 0.012 0.098 0.002 0.212 0.564 0.001 0.001 0.001 0.027 0.042 0.005 0.037 40 A 0.001 0.003 0.010 0.001 0.374 0.525 0.001 0.001 0.001 0.004 0.072 0.005 0.004 41 D 0.001 0.001 0.013 0.001 0.413 0.496 0.001 0.001 0.002 0.007 0.057 0.003 0.006 42 L 0.004 0.004 0.071 0.003 0.270 0.524 0.001 0.001 0.003 0.025 0.074 0.011 0.012 43 A 0.003 0.003 0.049 0.007 0.055 0.112 0.001 0.001 0.002 0.080 0.677 0.008 0.004 44 G 0.001 0.004 0.059 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.001 0.093 0.815 0.004 0.004 45 L 0.001 0.043 0.774 0.001 0.007 0.004 0.001 0.001 0.003 0.116 0.014 0.022 0.016 46 E 0.001 0.018 0.878 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.009 0.052 0.008 0.008 0.018 47 D 0.001 0.008 0.174 0.055 0.149 0.009 0.001 0.002 0.024 0.166 0.381 0.008 0.022 48 E 0.001 0.001 0.097 0.089 0.040 0.001 0.001 0.001 0.017 0.257 0.483 0.009 0.004 49 D 0.005 0.003 0.403 0.016 0.009 0.001 0.007 0.018 0.295 0.172 0.015 0.017 0.039 50 V 0.133 0.013 0.076 0.012 0.001 0.001 0.088 0.073 0.376 0.013 0.001 0.057 0.157 51 I 0.350 0.002 0.002 0.014 0.001 0.001 0.167 0.302 0.067 0.001 0.001 0.067 0.026 52 I 0.274 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.233 0.399 0.032 0.001 0.001 0.022 0.030 53 E 0.462 0.001 0.005 0.020 0.001 0.001 0.135 0.237 0.052 0.001 0.001 0.037 0.050 54 V 0.281 0.001 0.125 0.043 0.002 0.001 0.057 0.034 0.142 0.012 0.007 0.114 0.182 55 N 0.083 0.001 0.071 0.164 0.002 0.001 0.020 0.003 0.051 0.147 0.256 0.132 0.069 56 G 0.031 0.005 0.072 0.028 0.003 0.001 0.009 0.002 0.023 0.277 0.459 0.038 0.051 57 V 0.039 0.050 0.313 0.009 0.005 0.002 0.018 0.008 0.039 0.125 0.008 0.289 0.096 58 N 0.041 0.145 0.207 0.009 0.016 0.003 0.016 0.007 0.078 0.046 0.015 0.067 0.350 59 V 0.011 0.026 0.468 0.021 0.044 0.023 0.017 0.015 0.087 0.074 0.071 0.063 0.080 60 L 0.003 0.012 0.362 0.034 0.046 0.023 0.007 0.004 0.045 0.162 0.263 0.015 0.024 61 D 0.001 0.010 0.402 0.003 0.021 0.026 0.001 0.001 0.017 0.302 0.202 0.005 0.009 62 E 0.001 0.013 0.426 0.001 0.015 0.073 0.001 0.001 0.003 0.401 0.046 0.017 0.006 63 P 0.001 0.020 0.557 0.001 0.029 0.218 0.001 0.001 0.003 0.091 0.068 0.002 0.012 64 Y 0.001 0.001 0.027 0.001 0.024 0.929 0.001 0.001 0.001 0.011 0.008 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.005 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.042 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.018 0.001 0.019 0.803 0.001 0.001 0.001 0.007 0.148 0.001 0.001 73 S 0.001 0.002 0.049 0.001 0.038 0.588 0.001 0.001 0.001 0.037 0.281 0.001 0.002 74 S 0.001 0.002 0.082 0.002 0.023 0.117 0.001 0.001 0.001 0.092 0.677 0.002 0.001 75 G 0.001 0.002 0.135 0.003 0.008 0.011 0.001 0.001 0.002 0.101 0.735 0.001 0.002 76 K 0.001 0.004 0.362 0.009 0.009 0.003 0.001 0.001 0.014 0.324 0.250 0.012 0.009 77 N 0.024 0.015 0.342 0.025 0.009 0.001 0.012 0.009 0.171 0.168 0.032 0.037 0.153 78 V 0.152 0.007 0.085 0.052 0.002 0.001 0.079 0.050 0.291 0.028 0.003 0.130 0.122 79 T 0.287 0.002 0.010 0.028 0.001 0.001 0.194 0.159 0.155 0.003 0.001 0.082 0.080 80 L 0.349 0.001 0.003 0.009 0.001 0.001 0.264 0.226 0.063 0.001 0.001 0.035 0.051 81 L 0.491 0.001 0.002 0.020 0.001 0.001 0.177 0.124 0.044 0.001 0.001 0.104 0.036 82 V 0.524 0.001 0.008 0.010 0.001 0.001 0.096 0.038 0.049 0.002 0.001 0.062 0.209 83 C 0.286 0.005 0.076 0.039 0.002 0.001 0.046 0.015 0.085 0.027 0.012 0.246 0.160 84 G 0.071 0.015 0.243 0.020 0.005 0.002 0.010 0.002 0.054 0.148 0.032 0.139 0.258 85 K 0.012 0.026 0.366 0.009 0.010 0.003 0.002 0.001 0.012 0.267 0.050 0.130 0.113 86 K 0.006 0.038 0.390 0.012 0.044 0.010 0.001 0.001 0.005 0.194 0.129 0.059 0.111 87 A 0.004 0.017 0.242 0.011 0.201 0.033 0.001 0.001 0.004 0.146 0.245 0.042 0.053 88 Q 0.004 0.011 0.176 0.012 0.253 0.051 0.001 0.001 0.004 0.149 0.271 0.019 0.048 89 D 0.009 0.019 0.287 0.007 0.106 0.059 0.002 0.001 0.009 0.212 0.152 0.086 0.052 90 T 0.017 0.050 0.432 0.005 0.032 0.035 0.003 0.001 0.016 0.117 0.061 0.042 0.190 91 V 0.009 0.033 0.584 0.007 0.012 0.024 0.002 0.001 0.011 0.097 0.023 0.126 0.071