# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 317.054 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.055 0.156 0.103 0.129 0.011 0.083 0.067 0.031 0.034 0.011 0.029 0.088 0.070 0.017 0.061 0.053 2 M 0.056 0.069 0.441 0.116 0.002 0.013 0.011 0.011 0.028 0.009 0.038 0.009 0.047 0.001 0.032 0.117 3 K 0.122 0.034 0.375 0.310 0.011 0.034 0.016 0.001 0.008 0.009 0.006 0.024 0.017 0.002 0.001 0.028 4 P 0.057 0.029 0.281 0.447 0.013 0.105 0.003 0.012 0.001 0.001 0.021 0.007 0.017 0.002 0.003 0.001 5 K 0.001 0.231 0.025 0.703 0.001 0.015 0.001 0.002 0.006 0.001 0.002 0.005 0.004 0.001 0.001 0.003 6 L 0.017 0.012 0.024 0.928 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 7 C 0.005 0.010 0.293 0.667 0.002 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.001 8 R 0.001 0.005 0.015 0.959 0.002 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.002 0.021 0.022 0.756 0.057 0.119 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 0.002 0.006 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.048 0.010 0.372 0.439 0.051 0.027 0.020 0.001 0.001 0.012 0.003 0.005 0.008 0.001 0.001 11 K 0.004 0.063 0.017 0.276 0.033 0.047 0.014 0.468 0.015 0.005 0.019 0.007 0.006 0.002 0.021 0.002 12 G 0.005 0.017 0.012 0.057 0.108 0.194 0.015 0.032 0.162 0.246 0.081 0.020 0.020 0.003 0.005 0.023 13 E 0.106 0.060 0.015 0.051 0.190 0.015 0.032 0.097 0.016 0.015 0.205 0.076 0.015 0.090 0.011 0.005 14 N 0.032 0.093 0.074 0.091 0.008 0.036 0.012 0.176 0.088 0.018 0.019 0.072 0.028 0.002 0.231 0.022 15 G 0.049 0.026 0.173 0.066 0.077 0.044 0.083 0.008 0.082 0.121 0.031 0.016 0.038 0.043 0.006 0.137 16 Y 0.356 0.132 0.113 0.186 0.001 0.017 0.003 0.082 0.006 0.002 0.013 0.010 0.012 0.001 0.058 0.009 17 G 0.013 0.061 0.394 0.339 0.005 0.019 0.006 0.001 0.067 0.023 0.003 0.005 0.006 0.001 0.001 0.058 18 F 0.100 0.009 0.166 0.706 0.002 0.007 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 19 H 0.002 0.018 0.152 0.766 0.017 0.036 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.003 0.017 0.014 0.890 0.030 0.029 0.001 0.007 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 21 N 0.001 0.046 0.015 0.681 0.027 0.174 0.002 0.028 0.005 0.003 0.006 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 22 A 0.013 0.106 0.016 0.348 0.091 0.118 0.005 0.034 0.034 0.016 0.174 0.017 0.016 0.001 0.002 0.010 23 I 0.008 0.034 0.021 0.086 0.563 0.031 0.112 0.013 0.007 0.010 0.020 0.033 0.006 0.051 0.001 0.002 24 R 0.005 0.015 0.022 0.037 0.007 0.021 0.006 0.675 0.004 0.002 0.019 0.006 0.007 0.001 0.172 0.001 25 G 0.005 0.039 0.016 0.036 0.005 0.005 0.005 0.003 0.435 0.089 0.009 0.006 0.006 0.001 0.002 0.339 26 L 0.730 0.004 0.025 0.042 0.062 0.017 0.060 0.004 0.004 0.004 0.010 0.015 0.006 0.015 0.001 0.001 27 P 0.015 0.165 0.353 0.105 0.003 0.072 0.010 0.192 0.005 0.002 0.017 0.006 0.008 0.001 0.041 0.005 28 G 0.018 0.049 0.040 0.461 0.004 0.038 0.002 0.005 0.230 0.074 0.019 0.018 0.008 0.001 0.002 0.035 29 S 0.288 0.014 0.094 0.545 0.001 0.007 0.001 0.002 0.003 0.001 0.006 0.030 0.005 0.001 0.001 0.003 30 F 0.009 0.023 0.255 0.613 0.006 0.071 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.005 0.009 0.001 0.001 0.002 31 I 0.002 0.011 0.022 0.275 0.049 0.588 0.003 0.003 0.001 0.001 0.016 0.005 0.019 0.004 0.001 0.001 32 K 0.001 0.602 0.009 0.259 0.001 0.014 0.001 0.051 0.004 0.001 0.024 0.015 0.013 0.001 0.007 0.002 33 E 0.005 0.020 0.030 0.773 0.001 0.023 0.004 0.001 0.037 0.012 0.004 0.012 0.019 0.001 0.001 0.058 34 V 0.083 0.015 0.711 0.135 0.009 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 0.005 0.003 0.016 0.001 0.001 0.003 35 Q 0.001 0.010 0.038 0.163 0.627 0.031 0.094 0.003 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.021 0.001 0.001 36 K 0.006 0.027 0.013 0.242 0.049 0.082 0.040 0.497 0.001 0.001 0.015 0.002 0.008 0.002 0.013 0.001 37 G 0.003 0.058 0.019 0.186 0.005 0.011 0.003 0.025 0.454 0.123 0.023 0.004 0.007 0.001 0.004 0.075 38 G 0.281 0.003 0.003 0.098 0.002 0.152 0.002 0.002 0.025 0.027 0.023 0.360 0.019 0.002 0.001 0.001 39 P 0.026 0.150 0.037 0.061 0.009 0.071 0.002 0.016 0.003 0.001 0.416 0.129 0.069 0.003 0.005 0.002 40 A 0.003 0.018 0.004 0.101 0.009 0.027 0.004 0.005 0.002 0.002 0.056 0.681 0.076 0.008 0.003 0.002 41 D 0.007 0.031 0.015 0.017 0.022 0.047 0.012 0.021 0.004 0.002 0.043 0.159 0.572 0.007 0.015 0.026 42 L 0.001 0.001 0.001 0.002 0.060 0.001 0.248 0.002 0.001 0.001 0.018 0.007 0.016 0.636 0.002 0.003 43 A 0.001 0.002 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.179 0.001 0.001 0.002 0.005 0.011 0.001 0.791 0.001 44 G 0.001 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.103 0.021 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.861 45 L 0.954 0.001 0.032 0.004 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 46 E 0.001 0.010 0.397 0.005 0.070 0.421 0.061 0.005 0.001 0.002 0.003 0.002 0.007 0.012 0.001 0.002 47 D 0.004 0.048 0.002 0.039 0.011 0.056 0.001 0.320 0.003 0.001 0.465 0.006 0.007 0.002 0.033 0.001 48 E 0.004 0.154 0.012 0.110 0.001 0.004 0.001 0.005 0.330 0.026 0.008 0.261 0.006 0.001 0.005 0.072 49 D 0.470 0.020 0.294 0.104 0.001 0.010 0.004 0.001 0.010 0.001 0.002 0.005 0.027 0.001 0.002 0.052 50 V 0.017 0.026 0.840 0.075 0.001 0.027 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.007 51 I 0.008 0.038 0.161 0.389 0.019 0.350 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.008 0.005 0.003 0.001 0.001 52 I 0.001 0.312 0.037 0.621 0.003 0.003 0.001 0.005 0.001 0.001 0.007 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 53 E 0.002 0.004 0.031 0.381 0.462 0.082 0.011 0.003 0.004 0.003 0.002 0.004 0.004 0.002 0.001 0.004 54 V 0.003 0.003 0.017 0.014 0.752 0.007 0.113 0.037 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.044 0.001 0.001 55 N 0.001 0.014 0.001 0.014 0.001 0.020 0.001 0.885 0.011 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.001 56 G 0.005 0.011 0.001 0.010 0.001 0.002 0.001 0.001 0.684 0.158 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.116 57 V 0.897 0.005 0.052 0.035 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 58 N 0.002 0.014 0.395 0.032 0.008 0.527 0.002 0.001 0.002 0.001 0.002 0.004 0.007 0.001 0.001 0.003 59 V 0.012 0.102 0.017 0.154 0.218 0.125 0.020 0.009 0.001 0.001 0.310 0.005 0.013 0.009 0.001 0.002 60 L 0.003 0.129 0.016 0.162 0.006 0.075 0.003 0.223 0.007 0.004 0.034 0.281 0.013 0.001 0.039 0.002 61 D 0.015 0.067 0.074 0.095 0.003 0.036 0.011 0.005 0.238 0.024 0.026 0.023 0.050 0.001 0.004 0.330 62 E 0.329 0.025 0.280 0.133 0.002 0.034 0.008 0.005 0.004 0.004 0.053 0.043 0.063 0.001 0.002 0.015 63 P 0.002 0.011 0.022 0.005 0.001 0.847 0.001 0.002 0.001 0.001 0.014 0.052 0.040 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.848 0.017 0.095 0.001 0.001 0.001 65 E 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.890 0.080 0.001 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.044 0.942 0.001 0.001 0.002 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.004 0.989 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.993 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.981 0.008 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.943 0.011 0.018 0.014 73 S 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.086 0.840 0.004 0.028 74 S 0.006 0.002 0.011 0.001 0.001 0.002 0.008 0.020 0.001 0.001 0.005 0.002 0.060 0.016 0.853 0.013 75 G 0.010 0.028 0.036 0.006 0.003 0.011 0.039 0.002 0.038 0.023 0.012 0.011 0.087 0.029 0.041 0.624 76 K 0.723 0.086 0.057 0.031 0.001 0.005 0.002 0.006 0.004 0.001 0.005 0.004 0.014 0.001 0.016 0.044 77 N 0.021 0.102 0.735 0.093 0.001 0.004 0.003 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 78 V 0.035 0.020 0.533 0.401 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 T 0.001 0.060 0.135 0.804 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 L 0.001 0.001 0.008 0.991 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.031 0.954 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 V 0.001 0.001 0.001 0.510 0.473 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 C 0.001 0.108 0.001 0.544 0.017 0.089 0.001 0.239 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 G 0.001 0.066 0.001 0.177 0.041 0.297 0.001 0.025 0.159 0.194 0.033 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 85 K 0.126 0.154 0.014 0.222 0.028 0.094 0.002 0.050 0.037 0.016 0.155 0.097 0.002 0.001 0.001 0.001 86 K 0.011 0.151 0.065 0.170 0.019 0.221 0.004 0.027 0.030 0.016 0.090 0.175 0.010 0.002 0.004 0.005 87 A 0.038 0.128 0.083 0.183 0.023 0.120 0.010 0.028 0.017 0.010 0.122 0.134 0.064 0.008 0.015 0.016 88 Q 0.044 0.099 0.129 0.224 0.005 0.072 0.010 0.026 0.023 0.006 0.046 0.092 0.160 0.005 0.029 0.028 89 D 0.052 0.115 0.160 0.243 0.004 0.074 0.014 0.008 0.019 0.006 0.040 0.036 0.139 0.003 0.009 0.076 90 T 0.062 0.075 0.281 0.288 0.020 0.063 0.052 0.005 0.008 0.002 0.024 0.024 0.056 0.009 0.004 0.024 91 V 0.018 0.042 0.301 0.310 0.041 0.085 0.068 0.022 0.004 0.002 0.029 0.012 0.044 0.006 0.011 0.006