# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_sep-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 20 (1 o_sep ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 317.054 # Pos AA G H I J K L M N P Q R S T U V W A B C D 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.006 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.104 0.027 0.096 0.753 2 M 0.012 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.006 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.084 0.041 0.151 0.677 3 K 0.049 0.041 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.009 0.011 0.002 0.007 0.004 0.002 0.002 0.192 0.098 0.121 0.452 4 P 0.020 0.042 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.005 0.003 0.003 0.151 0.064 0.127 0.574 5 K 0.015 0.050 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.011 0.012 0.005 0.462 0.064 0.070 0.298 6 L 0.011 0.030 0.002 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.008 0.005 0.609 0.050 0.048 0.225 7 C 0.010 0.013 0.003 0.001 0.003 0.008 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.727 0.047 0.028 0.141 8 R 0.015 0.009 0.006 0.002 0.020 0.021 0.026 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.612 0.088 0.027 0.164 9 L 0.034 0.006 0.006 0.003 0.035 0.046 0.056 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.328 0.056 0.055 0.365 10 A 0.076 0.003 0.012 0.002 0.151 0.071 0.015 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.190 0.061 0.057 0.354 11 K 0.062 0.003 0.005 0.001 0.020 0.003 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.049 0.050 0.089 0.714 12 G 0.208 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.026 0.033 0.073 0.653 13 E 0.034 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.039 0.081 0.810 14 N 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.011 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.105 0.028 0.113 0.706 15 G 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.103 0.060 0.028 0.004 0.009 0.003 0.001 0.002 0.089 0.054 0.092 0.549 16 Y 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.033 0.032 0.045 0.008 0.039 0.019 0.011 0.006 0.363 0.061 0.087 0.289 17 G 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.005 0.013 0.005 0.086 0.078 0.047 0.013 0.426 0.070 0.041 0.203 18 F 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.002 0.002 0.036 0.068 0.082 0.017 0.580 0.045 0.030 0.123 19 H 0.003 0.003 0.001 0.001 0.002 0.003 0.010 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.008 0.024 0.009 0.808 0.036 0.017 0.065 20 L 0.010 0.007 0.002 0.002 0.009 0.025 0.046 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.581 0.056 0.056 0.185 21 N 0.027 0.006 0.006 0.003 0.040 0.026 0.023 0.012 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.494 0.082 0.053 0.225 22 A 0.050 0.004 0.004 0.001 0.017 0.010 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.239 0.065 0.104 0.482 23 I 0.295 0.002 0.002 0.001 0.022 0.017 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.082 0.058 0.067 0.445 24 R 0.018 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.040 0.102 0.792 25 G 0.025 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.045 0.024 0.112 0.786 26 L 0.049 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.019 0.018 0.009 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.042 0.074 0.124 0.656 27 P 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.005 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.090 0.044 0.192 0.642 28 G 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.011 0.017 0.006 0.020 0.011 0.006 0.003 0.439 0.048 0.072 0.341 29 S 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.009 0.003 0.019 0.020 0.022 0.008 0.491 0.073 0.054 0.286 30 F 0.003 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.020 0.031 0.025 0.010 0.714 0.091 0.018 0.074 31 I 0.005 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.008 0.010 0.004 0.572 0.113 0.038 0.232 32 K 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.010 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.697 0.036 0.050 0.184 33 E 0.018 0.005 0.006 0.001 0.038 0.025 0.007 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.463 0.086 0.072 0.273 34 V 0.013 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.384 0.041 0.131 0.419 35 Q 0.668 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.034 0.044 0.210 36 K 0.005 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.035 0.014 0.145 0.782 37 G 0.019 0.092 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.055 0.027 0.122 0.682 38 G 0.048 0.604 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.037 0.009 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.078 0.057 0.133 39 P 0.210 0.413 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.041 0.062 0.208 40 A 0.077 0.065 0.064 0.001 0.013 0.007 0.002 0.004 0.001 0.001 0.009 0.003 0.021 0.038 0.008 0.002 0.118 0.248 0.064 0.253 41 D 0.818 0.006 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.016 0.018 0.019 0.117 42 L 0.116 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.018 0.116 0.721 43 A 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.039 0.016 0.115 0.806 44 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.011 0.134 0.815 45 L 0.027 0.001 0.007 0.001 0.017 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.039 0.128 0.732 46 E 0.576 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.044 0.071 0.057 0.246 47 D 0.141 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.029 0.135 0.657 48 E 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.179 0.009 0.129 0.677 49 D 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 0.017 0.008 0.004 0.001 0.001 0.002 0.003 0.516 0.055 0.045 0.285 50 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.032 0.013 0.014 0.001 0.005 0.001 0.002 0.003 0.721 0.086 0.016 0.100 51 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.050 0.044 0.006 0.001 0.001 0.003 0.001 0.054 0.016 0.011 0.005 0.643 0.050 0.008 0.099 52 I 0.001 0.001 0.002 0.001 0.478 0.081 0.026 0.008 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.009 0.009 0.002 0.331 0.014 0.002 0.028 53 E 0.008 0.001 0.006 0.001 0.165 0.005 0.007 0.010 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.673 0.034 0.009 0.076 54 V 0.826 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.028 0.009 0.080 55 N 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.063 0.021 0.098 0.790 56 G 0.003 0.001 0.001 0.001 0.003 0.028 0.002 0.005 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.072 0.008 0.057 0.808 57 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.004 0.001 0.002 0.629 0.165 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.067 0.015 0.009 0.061 58 N 0.054 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.152 0.248 0.056 0.001 0.012 0.001 0.001 0.002 0.054 0.026 0.040 0.347 59 V 0.076 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.001 0.004 0.033 0.008 0.475 0.097 0.005 0.001 0.029 0.023 0.023 0.216 60 L 0.007 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.038 0.047 0.026 0.007 0.051 0.026 0.084 0.705 61 D 0.084 0.017 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.010 0.005 0.054 0.027 0.089 0.700 62 E 0.017 0.081 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.024 0.125 0.722 63 P 0.058 0.705 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.037 0.026 0.163 64 Y 0.016 0.906 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.005 0.018 65 E 0.003 0.938 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.040 0.005 0.012 66 K 0.002 0.964 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.002 0.006 67 V 0.004 0.977 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.011 0.001 0.004 68 V 0.021 0.876 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.081 0.004 0.011 69 D 0.040 0.482 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.387 0.012 0.064 70 R 0.028 0.198 0.051 0.002 0.002 0.003 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.568 0.033 0.099 71 I 0.051 0.055 0.382 0.002 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.307 0.048 0.127 72 Q 0.308 0.012 0.027 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.066 0.076 0.497 73 S 0.047 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.036 0.058 0.854 74 S 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.076 0.137 0.743 75 G 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.032 0.050 0.159 0.754 76 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.028 0.012 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.258 0.054 0.119 0.520 77 N 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.027 0.011 0.013 0.002 0.007 0.003 0.001 0.002 0.405 0.108 0.067 0.352 78 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.002 0.046 0.035 0.014 0.004 0.645 0.147 0.012 0.085 79 T 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.030 0.044 0.059 0.009 0.692 0.112 0.004 0.047 80 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.010 0.003 0.900 0.041 0.002 0.033 81 L 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.924 0.032 0.002 0.026 82 V 0.005 0.001 0.001 0.001 0.008 0.010 0.018 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.778 0.051 0.019 0.105 83 C 0.012 0.001 0.001 0.001 0.006 0.008 0.016 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.520 0.072 0.061 0.297 84 G 0.036 0.003 0.001 0.001 0.005 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.168 0.060 0.120 0.595 85 K 0.063 0.006 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.002 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.107 0.049 0.121 0.635 86 K 0.084 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.001 0.002 0.008 0.004 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.040 0.124 0.075 0.651 87 A 0.033 0.011 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 0.018 0.011 0.009 0.003 0.005 0.001 0.001 0.001 0.093 0.200 0.102 0.505 88 Q 0.076 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.010 0.007 0.007 0.002 0.005 0.002 0.001 0.002 0.061 0.060 0.088 0.674 89 D 0.011 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.009 0.008 0.009 0.002 0.010 0.006 0.003 0.003 0.143 0.054 0.080 0.653 90 T 0.007 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.002 0.004 0.001 0.006 0.003 0.004 0.003 0.129 0.017 0.094 0.718 91 V 0.016 0.011 0.002 0.001 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.002 0.003 0.002 0.008 0.008 0.005 0.005 0.187 0.042 0.106 0.592