# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 o_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 317.054 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.008 0.004 0.001 0.012 0.043 0.094 0.129 0.001 0.001 0.020 0.688 2 M 0.011 0.007 0.001 0.009 0.040 0.051 0.093 0.001 0.001 0.016 0.771 3 K 0.066 0.031 0.002 0.028 0.112 0.119 0.095 0.003 0.001 0.041 0.503 4 P 0.033 0.032 0.001 0.021 0.038 0.075 0.085 0.002 0.001 0.033 0.681 5 K 0.013 0.016 0.001 0.060 0.164 0.300 0.070 0.001 0.001 0.021 0.354 6 L 0.012 0.015 0.001 0.079 0.093 0.340 0.060 0.001 0.001 0.030 0.368 7 C 0.006 0.006 0.001 0.056 0.279 0.352 0.046 0.001 0.001 0.027 0.228 8 R 0.008 0.006 0.001 0.067 0.254 0.464 0.020 0.001 0.001 0.039 0.140 9 L 0.027 0.003 0.002 0.031 0.253 0.325 0.040 0.001 0.001 0.041 0.277 10 A 0.128 0.002 0.003 0.050 0.220 0.217 0.048 0.002 0.001 0.060 0.269 11 K 0.104 0.002 0.003 0.026 0.050 0.067 0.061 0.002 0.001 0.044 0.642 12 G 0.162 0.002 0.002 0.013 0.027 0.020 0.065 0.002 0.001 0.028 0.678 13 E 0.057 0.001 0.002 0.011 0.038 0.025 0.090 0.002 0.001 0.042 0.730 14 N 0.017 0.002 0.001 0.031 0.078 0.075 0.120 0.001 0.001 0.056 0.619 15 G 0.009 0.003 0.001 0.057 0.096 0.142 0.110 0.001 0.001 0.083 0.497 16 Y 0.004 0.003 0.001 0.102 0.244 0.311 0.060 0.001 0.001 0.049 0.227 17 G 0.003 0.004 0.001 0.130 0.215 0.368 0.038 0.001 0.001 0.073 0.169 18 F 0.001 0.002 0.001 0.118 0.355 0.349 0.030 0.001 0.001 0.032 0.112 19 H 0.007 0.009 0.001 0.170 0.249 0.395 0.026 0.001 0.001 0.041 0.101 20 L 0.021 0.010 0.002 0.131 0.232 0.265 0.053 0.002 0.001 0.059 0.224 21 N 0.030 0.007 0.006 0.110 0.185 0.328 0.059 0.003 0.002 0.079 0.191 22 A 0.102 0.005 0.003 0.058 0.071 0.150 0.097 0.004 0.001 0.049 0.461 23 I 0.263 0.002 0.003 0.029 0.054 0.064 0.099 0.002 0.001 0.064 0.418 24 R 0.010 0.001 0.002 0.020 0.032 0.055 0.144 0.001 0.001 0.037 0.698 25 G 0.038 0.002 0.002 0.009 0.018 0.027 0.101 0.001 0.001 0.028 0.774 26 L 0.102 0.004 0.001 0.015 0.091 0.072 0.143 0.003 0.001 0.070 0.498 27 P 0.005 0.005 0.001 0.030 0.046 0.112 0.152 0.001 0.001 0.048 0.600 28 G 0.002 0.003 0.001 0.065 0.122 0.316 0.089 0.001 0.001 0.071 0.332 29 S 0.001 0.003 0.001 0.267 0.225 0.284 0.031 0.001 0.001 0.049 0.139 30 F 0.004 0.009 0.001 0.168 0.271 0.366 0.022 0.001 0.001 0.037 0.121 31 I 0.007 0.006 0.001 0.141 0.247 0.345 0.040 0.001 0.001 0.051 0.163 32 K 0.008 0.007 0.001 0.291 0.199 0.277 0.032 0.001 0.001 0.036 0.150 33 E 0.006 0.004 0.003 0.313 0.147 0.281 0.046 0.001 0.001 0.060 0.139 34 V 0.050 0.004 0.004 0.249 0.080 0.081 0.088 0.006 0.001 0.090 0.347 35 Q 0.487 0.007 0.001 0.096 0.034 0.031 0.061 0.009 0.001 0.048 0.226 36 K 0.003 0.007 0.001 0.013 0.006 0.012 0.106 0.001 0.001 0.021 0.831 37 G 0.006 0.072 0.003 0.013 0.014 0.011 0.097 0.002 0.001 0.075 0.707 38 G 0.107 0.771 0.001 0.003 0.005 0.007 0.014 0.016 0.001 0.010 0.065 39 P 0.242 0.533 0.003 0.002 0.001 0.003 0.020 0.064 0.008 0.018 0.105 40 A 0.173 0.042 0.285 0.015 0.013 0.036 0.027 0.062 0.132 0.070 0.146 41 D 0.784 0.015 0.003 0.003 0.005 0.013 0.014 0.003 0.001 0.008 0.150 42 L 0.395 0.010 0.001 0.003 0.004 0.005 0.051 0.003 0.001 0.013 0.513 43 A 0.005 0.004 0.001 0.003 0.008 0.012 0.153 0.001 0.001 0.011 0.802 44 G 0.029 0.004 0.007 0.019 0.017 0.060 0.156 0.001 0.002 0.043 0.661 45 L 0.005 0.001 0.001 0.009 0.059 0.047 0.200 0.001 0.001 0.017 0.662 46 E 0.360 0.004 0.001 0.015 0.026 0.031 0.068 0.003 0.001 0.044 0.446 47 D 0.167 0.004 0.001 0.019 0.015 0.025 0.139 0.003 0.001 0.064 0.563 48 E 0.002 0.002 0.001 0.075 0.006 0.029 0.175 0.001 0.001 0.035 0.677 49 D 0.002 0.001 0.001 0.174 0.112 0.221 0.102 0.001 0.001 0.029 0.357 50 V 0.002 0.002 0.001 0.409 0.144 0.236 0.030 0.001 0.001 0.033 0.142 51 I 0.002 0.002 0.001 0.304 0.185 0.205 0.025 0.001 0.001 0.074 0.202 52 I 0.001 0.001 0.001 0.186 0.316 0.397 0.017 0.001 0.001 0.023 0.058 53 E 0.049 0.002 0.002 0.171 0.182 0.296 0.028 0.002 0.001 0.045 0.223 54 V 0.671 0.001 0.001 0.042 0.051 0.047 0.033 0.002 0.001 0.051 0.101 55 N 0.006 0.001 0.001 0.035 0.018 0.040 0.138 0.001 0.001 0.011 0.751 56 G 0.008 0.001 0.001 0.016 0.020 0.030 0.065 0.001 0.001 0.011 0.848 57 V 0.008 0.001 0.001 0.019 0.465 0.146 0.057 0.001 0.001 0.022 0.280 58 N 0.076 0.009 0.001 0.036 0.095 0.122 0.076 0.007 0.001 0.063 0.516 59 V 0.077 0.002 0.001 0.015 0.094 0.097 0.099 0.001 0.001 0.076 0.538 60 L 0.008 0.005 0.001 0.021 0.025 0.055 0.086 0.001 0.001 0.012 0.787 61 D 0.022 0.014 0.001 0.010 0.023 0.028 0.072 0.001 0.001 0.035 0.795 62 E 0.008 0.065 0.001 0.018 0.041 0.036 0.152 0.002 0.001 0.051 0.626 63 P 0.017 0.900 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.002 0.001 0.012 0.060 64 Y 0.016 0.958 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.009 65 E 0.003 0.859 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.001 0.001 0.114 0.017 66 K 0.003 0.949 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.041 0.004 67 V 0.003 0.963 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.025 0.003 68 V 0.011 0.903 0.005 0.001 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.069 0.007 69 D 0.018 0.546 0.008 0.001 0.003 0.008 0.013 0.002 0.002 0.329 0.071 70 R 0.041 0.147 0.062 0.002 0.007 0.009 0.038 0.013 0.022 0.560 0.099 71 I 0.221 0.045 0.235 0.004 0.017 0.012 0.044 0.015 0.030 0.255 0.121 72 Q 0.108 0.005 0.006 0.001 0.005 0.010 0.085 0.001 0.003 0.051 0.724 73 S 0.085 0.002 0.002 0.001 0.001 0.002 0.074 0.001 0.001 0.029 0.803 74 S 0.043 0.001 0.002 0.004 0.002 0.004 0.145 0.001 0.001 0.030 0.767 75 G 0.014 0.001 0.001 0.004 0.002 0.003 0.115 0.001 0.001 0.023 0.836 76 K 0.006 0.001 0.001 0.042 0.051 0.049 0.151 0.001 0.001 0.057 0.642 77 N 0.002 0.002 0.001 0.218 0.042 0.114 0.103 0.001 0.001 0.080 0.439 78 V 0.001 0.001 0.001 0.305 0.157 0.259 0.043 0.001 0.001 0.058 0.176 79 T 0.001 0.001 0.001 0.647 0.100 0.176 0.008 0.001 0.001 0.019 0.048 80 L 0.001 0.001 0.001 0.288 0.312 0.317 0.011 0.001 0.001 0.016 0.054 81 L 0.001 0.001 0.001 0.335 0.301 0.296 0.009 0.001 0.001 0.017 0.039 82 V 0.005 0.002 0.001 0.338 0.243 0.269 0.023 0.001 0.001 0.031 0.087 83 C 0.011 0.004 0.001 0.203 0.196 0.245 0.064 0.002 0.001 0.048 0.225 84 G 0.057 0.008 0.003 0.059 0.095 0.119 0.105 0.003 0.001 0.067 0.483 85 K 0.056 0.010 0.004 0.032 0.073 0.073 0.110 0.004 0.001 0.055 0.581 86 K 0.136 0.009 0.011 0.014 0.034 0.059 0.098 0.011 0.003 0.074 0.551 87 A 0.214 0.006 0.005 0.018 0.036 0.048 0.100 0.008 0.002 0.051 0.514 88 Q 0.076 0.002 0.002 0.008 0.020 0.027 0.078 0.002 0.001 0.029 0.756 89 D 0.007 0.001 0.001 0.023 0.066 0.116 0.109 0.001 0.001 0.016 0.660 90 T 0.006 0.001 0.001 0.018 0.024 0.051 0.103 0.001 0.001 0.020 0.775 91 V 0.002 0.001 0.001 0.030 0.184 0.150 0.150 0.001 0.001 0.016 0.467