# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-o_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 o_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 317.054 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.018 0.005 0.015 0.053 0.102 0.111 0.026 0.670 2 M 0.015 0.012 0.009 0.030 0.035 0.123 0.026 0.749 3 K 0.089 0.085 0.018 0.064 0.085 0.101 0.134 0.423 4 P 0.050 0.075 0.018 0.038 0.088 0.105 0.050 0.577 5 K 0.012 0.030 0.048 0.201 0.370 0.049 0.047 0.242 6 L 0.012 0.029 0.047 0.146 0.369 0.041 0.071 0.286 7 C 0.013 0.014 0.049 0.321 0.365 0.036 0.038 0.164 8 R 0.008 0.004 0.078 0.309 0.366 0.026 0.054 0.155 9 L 0.020 0.002 0.041 0.214 0.342 0.044 0.041 0.296 10 A 0.117 0.002 0.051 0.137 0.144 0.074 0.063 0.412 11 K 0.045 0.001 0.017 0.035 0.059 0.071 0.028 0.744 12 G 0.131 0.002 0.006 0.011 0.016 0.077 0.035 0.721 13 E 0.094 0.002 0.008 0.025 0.026 0.113 0.025 0.706 14 N 0.022 0.003 0.014 0.047 0.086 0.110 0.025 0.693 15 G 0.023 0.004 0.017 0.062 0.127 0.119 0.042 0.606 16 Y 0.007 0.008 0.041 0.260 0.264 0.083 0.041 0.297 17 G 0.006 0.011 0.055 0.145 0.375 0.052 0.075 0.282 18 F 0.005 0.008 0.046 0.361 0.360 0.034 0.042 0.144 19 H 0.008 0.011 0.073 0.304 0.453 0.021 0.033 0.097 20 L 0.020 0.009 0.059 0.279 0.333 0.039 0.051 0.210 21 N 0.018 0.004 0.094 0.259 0.336 0.047 0.050 0.192 22 A 0.047 0.002 0.048 0.098 0.202 0.069 0.041 0.493 23 I 0.304 0.002 0.020 0.057 0.045 0.079 0.079 0.413 24 R 0.023 0.001 0.016 0.021 0.043 0.112 0.018 0.766 25 G 0.017 0.001 0.008 0.010 0.022 0.095 0.018 0.828 26 L 0.073 0.005 0.015 0.044 0.034 0.157 0.082 0.591 27 P 0.008 0.008 0.049 0.047 0.085 0.131 0.042 0.629 28 G 0.004 0.006 0.084 0.093 0.320 0.056 0.058 0.379 29 S 0.003 0.007 0.172 0.318 0.271 0.031 0.041 0.158 30 F 0.007 0.007 0.225 0.271 0.278 0.026 0.063 0.123 31 I 0.018 0.011 0.130 0.225 0.273 0.036 0.071 0.235 32 K 0.026 0.017 0.215 0.164 0.266 0.050 0.034 0.228 33 E 0.013 0.003 0.244 0.139 0.197 0.067 0.043 0.293 34 V 0.090 0.003 0.094 0.039 0.051 0.093 0.032 0.598 35 Q 0.666 0.005 0.017 0.008 0.006 0.041 0.094 0.162 36 K 0.007 0.009 0.004 0.001 0.004 0.109 0.005 0.862 37 G 0.022 0.053 0.007 0.007 0.011 0.101 0.015 0.784 38 G 0.080 0.386 0.011 0.053 0.035 0.086 0.076 0.273 39 P 0.216 0.409 0.013 0.011 0.013 0.061 0.088 0.189 40 A 0.208 0.060 0.092 0.026 0.032 0.083 0.276 0.224 41 D 0.596 0.022 0.019 0.006 0.014 0.062 0.036 0.245 42 L 0.303 0.006 0.004 0.004 0.009 0.062 0.037 0.576 43 A 0.006 0.003 0.005 0.004 0.006 0.140 0.008 0.828 44 G 0.009 0.006 0.017 0.014 0.030 0.151 0.025 0.747 45 L 0.042 0.007 0.025 0.052 0.034 0.147 0.033 0.662 46 E 0.476 0.033 0.019 0.014 0.015 0.074 0.084 0.286 47 D 0.062 0.043 0.023 0.010 0.026 0.163 0.056 0.617 48 E 0.009 0.013 0.088 0.022 0.120 0.141 0.071 0.537 49 D 0.008 0.011 0.104 0.161 0.296 0.083 0.073 0.265 50 V 0.002 0.003 0.105 0.320 0.463 0.014 0.033 0.061 51 I 0.007 0.003 0.108 0.191 0.286 0.031 0.152 0.221 52 I 0.003 0.001 0.130 0.462 0.320 0.010 0.025 0.050 53 E 0.016 0.001 0.104 0.187 0.362 0.034 0.027 0.271 54 V 0.571 0.001 0.024 0.089 0.053 0.053 0.030 0.179 55 N 0.005 0.001 0.050 0.081 0.247 0.070 0.010 0.537 56 G 0.010 0.001 0.012 0.025 0.103 0.090 0.022 0.737 57 V 0.003 0.001 0.022 0.653 0.090 0.045 0.009 0.177 58 N 0.041 0.004 0.113 0.048 0.087 0.083 0.041 0.583 59 V 0.109 0.001 0.022 0.062 0.084 0.121 0.072 0.529 60 L 0.006 0.002 0.052 0.030 0.073 0.083 0.008 0.746 61 D 0.072 0.039 0.013 0.008 0.013 0.079 0.053 0.723 62 E 0.019 0.119 0.022 0.025 0.017 0.146 0.078 0.575 63 P 0.014 0.837 0.002 0.002 0.002 0.022 0.039 0.083 64 Y 0.009 0.962 0.001 0.001 0.001 0.002 0.015 0.010 65 E 0.004 0.943 0.001 0.001 0.001 0.003 0.033 0.013 66 K 0.005 0.889 0.002 0.001 0.002 0.004 0.083 0.014 67 V 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.004 68 V 0.014 0.946 0.003 0.001 0.002 0.002 0.024 0.009 69 D 0.033 0.616 0.009 0.003 0.004 0.013 0.255 0.066 70 R 0.048 0.137 0.068 0.009 0.010 0.031 0.612 0.084 71 I 0.156 0.019 0.140 0.019 0.013 0.050 0.488 0.115 72 Q 0.190 0.002 0.010 0.006 0.008 0.087 0.022 0.675 73 S 0.018 0.001 0.002 0.001 0.001 0.056 0.006 0.917 74 S 0.048 0.001 0.007 0.001 0.002 0.200 0.029 0.712 75 G 0.028 0.001 0.010 0.001 0.004 0.199 0.019 0.738 76 K 0.004 0.001 0.065 0.023 0.034 0.117 0.027 0.729 77 N 0.002 0.002 0.374 0.032 0.096 0.086 0.066 0.342 78 V 0.001 0.001 0.525 0.089 0.180 0.028 0.072 0.103 79 T 0.001 0.001 0.545 0.132 0.223 0.008 0.051 0.040 80 L 0.001 0.001 0.442 0.267 0.232 0.006 0.022 0.030 81 L 0.002 0.001 0.431 0.255 0.202 0.015 0.038 0.055 82 V 0.010 0.001 0.216 0.223 0.358 0.042 0.031 0.118 83 C 0.017 0.003 0.101 0.201 0.256 0.085 0.037 0.301 84 G 0.038 0.011 0.049 0.160 0.191 0.102 0.058 0.391 85 K 0.084 0.021 0.028 0.042 0.062 0.100 0.058 0.605 86 K 0.324 0.022 0.015 0.020 0.019 0.070 0.123 0.406 87 A 0.116 0.019 0.011 0.014 0.028 0.089 0.055 0.669 88 Q 0.065 0.007 0.004 0.007 0.013 0.088 0.031 0.784 89 D 0.016 0.009 0.023 0.049 0.054 0.118 0.033 0.697 90 T 0.010 0.006 0.043 0.040 0.085 0.101 0.050 0.664 91 V 0.013 0.004 0.070 0.102 0.065 0.113 0.056 0.577