# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-near-backbone-11-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 near-backbone-11 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 317.054 # Pos AA A B C D E F G H I J K 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.375 0.162 0.057 0.121 0.089 0.052 0.062 0.038 0.024 0.013 0.008 2 M 0.268 0.096 0.043 0.074 0.066 0.067 0.120 0.087 0.083 0.063 0.035 3 K 0.141 0.275 0.118 0.247 0.110 0.046 0.031 0.016 0.010 0.005 0.002 4 P 0.036 0.024 0.025 0.061 0.088 0.095 0.158 0.190 0.137 0.108 0.079 5 K 0.053 0.126 0.125 0.220 0.167 0.105 0.087 0.060 0.031 0.017 0.008 6 L 0.021 0.027 0.043 0.109 0.131 0.122 0.188 0.159 0.100 0.068 0.033 7 C 0.016 0.010 0.021 0.032 0.043 0.076 0.144 0.142 0.200 0.202 0.114 8 R 0.042 0.099 0.143 0.273 0.172 0.087 0.090 0.043 0.029 0.016 0.007 9 L 0.007 0.005 0.018 0.021 0.036 0.063 0.134 0.141 0.207 0.205 0.163 10 A 0.057 0.132 0.126 0.177 0.142 0.104 0.109 0.058 0.047 0.031 0.016 11 K 0.068 0.136 0.092 0.164 0.128 0.111 0.129 0.074 0.050 0.031 0.017 12 G 0.483 0.187 0.049 0.101 0.059 0.035 0.036 0.022 0.013 0.009 0.005 13 E 0.448 0.208 0.040 0.105 0.054 0.042 0.044 0.026 0.017 0.011 0.006 14 N 0.230 0.182 0.052 0.161 0.116 0.089 0.073 0.047 0.026 0.016 0.009 15 G 0.132 0.120 0.044 0.118 0.112 0.124 0.121 0.086 0.065 0.050 0.029 16 Y 0.014 0.020 0.014 0.043 0.057 0.124 0.186 0.159 0.180 0.131 0.072 17 G 0.056 0.072 0.041 0.155 0.142 0.127 0.141 0.097 0.080 0.054 0.033 18 F 0.004 0.003 0.005 0.011 0.018 0.032 0.065 0.108 0.226 0.256 0.271 19 H 0.019 0.041 0.028 0.139 0.182 0.129 0.155 0.122 0.087 0.058 0.039 20 L 0.003 0.003 0.005 0.011 0.019 0.027 0.058 0.103 0.210 0.258 0.303 21 N 0.047 0.055 0.043 0.153 0.187 0.145 0.145 0.092 0.065 0.041 0.026 22 A 0.048 0.039 0.035 0.092 0.087 0.096 0.163 0.127 0.140 0.107 0.065 23 I 0.057 0.082 0.032 0.096 0.091 0.126 0.160 0.097 0.107 0.091 0.062 24 R 0.231 0.222 0.061 0.165 0.108 0.063 0.064 0.036 0.025 0.015 0.009 25 G 0.528 0.182 0.037 0.101 0.053 0.031 0.028 0.018 0.010 0.007 0.005 26 L 0.085 0.092 0.025 0.094 0.091 0.118 0.126 0.101 0.108 0.096 0.065 27 P 0.160 0.183 0.038 0.144 0.128 0.101 0.105 0.071 0.038 0.021 0.011 28 G 0.115 0.070 0.041 0.136 0.132 0.145 0.138 0.086 0.065 0.044 0.028 29 S 0.038 0.026 0.023 0.040 0.049 0.083 0.123 0.117 0.181 0.177 0.142 30 F 0.012 0.033 0.018 0.109 0.145 0.142 0.183 0.133 0.116 0.070 0.040 31 I 0.002 0.003 0.005 0.009 0.017 0.025 0.054 0.089 0.200 0.260 0.336 32 K 0.064 0.075 0.103 0.234 0.218 0.109 0.092 0.054 0.028 0.015 0.008 33 E 0.083 0.117 0.097 0.259 0.166 0.098 0.090 0.047 0.024 0.012 0.007 34 V 0.007 0.005 0.005 0.011 0.017 0.023 0.055 0.090 0.178 0.223 0.385 35 Q 0.080 0.167 0.052 0.154 0.151 0.116 0.122 0.069 0.044 0.031 0.013 36 K 0.189 0.235 0.163 0.220 0.093 0.043 0.026 0.014 0.009 0.005 0.003 37 G 0.491 0.115 0.033 0.085 0.066 0.060 0.067 0.038 0.022 0.015 0.009 38 G 0.097 0.071 0.024 0.084 0.077 0.092 0.144 0.131 0.130 0.090 0.059 39 P 0.066 0.094 0.044 0.160 0.158 0.134 0.127 0.088 0.064 0.039 0.026 40 A 0.008 0.007 0.010 0.025 0.045 0.057 0.097 0.140 0.189 0.187 0.236 41 D 0.040 0.055 0.060 0.154 0.186 0.117 0.165 0.108 0.060 0.036 0.018 42 L 0.009 0.023 0.034 0.095 0.109 0.144 0.172 0.126 0.121 0.111 0.056 43 A 0.034 0.027 0.028 0.070 0.084 0.142 0.179 0.129 0.144 0.103 0.061 44 G 0.263 0.161 0.054 0.187 0.114 0.059 0.076 0.039 0.025 0.013 0.009 45 L 0.004 0.003 0.004 0.006 0.009 0.017 0.040 0.054 0.175 0.230 0.458 46 E 0.098 0.319 0.066 0.196 0.166 0.066 0.046 0.021 0.011 0.007 0.004 47 D 0.275 0.225 0.070 0.174 0.096 0.057 0.045 0.029 0.016 0.009 0.005 48 E 0.593 0.130 0.025 0.085 0.055 0.037 0.037 0.019 0.010 0.006 0.004 49 D 0.021 0.021 0.015 0.054 0.055 0.090 0.136 0.144 0.187 0.177 0.100 50 V 0.011 0.055 0.036 0.131 0.163 0.257 0.181 0.078 0.050 0.026 0.011 51 I 0.006 0.008 0.020 0.030 0.039 0.041 0.079 0.114 0.199 0.228 0.234 52 I 0.003 0.003 0.007 0.017 0.031 0.090 0.165 0.154 0.213 0.203 0.114 53 E 0.025 0.073 0.091 0.278 0.206 0.102 0.101 0.057 0.038 0.019 0.010 54 V 0.005 0.005 0.008 0.011 0.021 0.035 0.073 0.114 0.176 0.247 0.304 55 N 0.032 0.084 0.045 0.152 0.171 0.138 0.146 0.096 0.070 0.043 0.023 56 G 0.366 0.155 0.053 0.120 0.069 0.056 0.071 0.045 0.033 0.021 0.010 57 V 0.144 0.063 0.039 0.105 0.107 0.136 0.159 0.096 0.074 0.045 0.032 58 N 0.256 0.253 0.068 0.191 0.097 0.047 0.045 0.022 0.011 0.006 0.003 59 V 0.010 0.012 0.008 0.017 0.027 0.042 0.077 0.104 0.188 0.222 0.293 60 L 0.093 0.156 0.065 0.179 0.183 0.106 0.105 0.059 0.029 0.016 0.008 61 D 0.311 0.245 0.117 0.159 0.066 0.041 0.031 0.014 0.008 0.005 0.002 62 E 0.319 0.102 0.048 0.133 0.117 0.091 0.089 0.049 0.026 0.015 0.010 63 P 0.291 0.410 0.039 0.102 0.051 0.030 0.033 0.022 0.012 0.007 0.003 64 Y 0.021 0.031 0.019 0.070 0.106 0.161 0.217 0.147 0.120 0.072 0.036 65 E 0.543 0.104 0.138 0.106 0.051 0.025 0.019 0.008 0.003 0.001 0.001 66 K 0.047 0.099 0.172 0.333 0.180 0.085 0.055 0.020 0.006 0.002 0.001 67 V 0.001 0.002 0.005 0.006 0.012 0.022 0.064 0.112 0.239 0.277 0.260 68 V 0.002 0.003 0.008 0.031 0.095 0.182 0.319 0.166 0.104 0.067 0.023 69 D 0.007 0.026 0.834 0.104 0.021 0.005 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.004 0.006 0.030 0.070 0.113 0.263 0.348 0.105 0.039 0.017 0.005 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.004 0.019 0.045 0.187 0.304 0.436 72 Q 0.018 0.033 0.158 0.195 0.275 0.129 0.112 0.049 0.018 0.008 0.004 73 S 0.045 0.103 0.589 0.154 0.061 0.024 0.013 0.006 0.002 0.002 0.001 74 S 0.041 0.057 0.032 0.059 0.080 0.126 0.251 0.149 0.099 0.063 0.042 75 G 0.553 0.182 0.025 0.060 0.041 0.033 0.044 0.029 0.017 0.012 0.005 76 K 0.327 0.209 0.135 0.185 0.072 0.034 0.021 0.010 0.004 0.002 0.001 77 N 0.191 0.143 0.091 0.179 0.138 0.093 0.086 0.042 0.020 0.012 0.006 78 V 0.009 0.013 0.010 0.023 0.036 0.075 0.166 0.167 0.216 0.175 0.110 79 T 0.022 0.097 0.107 0.266 0.201 0.130 0.084 0.046 0.026 0.014 0.007 80 L 0.002 0.002 0.010 0.011 0.017 0.041 0.086 0.116 0.217 0.273 0.225 81 L 0.016 0.035 0.040 0.137 0.177 0.177 0.183 0.106 0.068 0.040 0.021 82 V 0.008 0.007 0.015 0.021 0.035 0.041 0.101 0.147 0.210 0.222 0.191 83 C 0.018 0.022 0.032 0.080 0.122 0.137 0.203 0.144 0.115 0.085 0.043 84 G 0.062 0.145 0.100 0.148 0.103 0.106 0.154 0.069 0.061 0.038 0.015 85 K 0.300 0.226 0.098 0.178 0.090 0.044 0.036 0.016 0.007 0.003 0.002 86 K 0.549 0.281 0.044 0.069 0.025 0.012 0.010 0.005 0.002 0.001 0.001 87 A 0.276 0.181 0.042 0.117 0.093 0.070 0.087 0.062 0.036 0.023 0.014 88 Q 0.427 0.241 0.075 0.118 0.062 0.032 0.022 0.013 0.005 0.003 0.001 89 D 0.167 0.149 0.116 0.149 0.103 0.118 0.100 0.050 0.027 0.014 0.006 90 T 0.197 0.274 0.112 0.177 0.100 0.052 0.046 0.025 0.010 0.004 0.002 91 V 0.186 0.069 0.042 0.084 0.089 0.085 0.150 0.124 0.086 0.054 0.030