# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 n_notor2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 317.054 # Pos AA G H I P A B S F J M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.053 0.006 0.001 0.014 0.021 0.043 0.115 0.003 0.001 0.006 0.739 2 M 0.031 0.002 0.002 0.007 0.005 0.009 0.008 0.001 0.001 0.003 0.932 3 K 0.028 0.003 0.005 0.022 0.034 0.042 0.508 0.001 0.001 0.003 0.353 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 5 K 0.016 0.002 0.001 0.098 0.212 0.505 0.034 0.001 0.001 0.003 0.130 6 L 0.051 0.006 0.002 0.101 0.098 0.116 0.058 0.001 0.001 0.002 0.567 7 C 0.010 0.006 0.001 0.189 0.357 0.330 0.017 0.001 0.001 0.001 0.089 8 R 0.004 0.007 0.001 0.160 0.255 0.432 0.025 0.001 0.001 0.002 0.113 9 L 0.011 0.005 0.001 0.096 0.302 0.446 0.015 0.001 0.001 0.001 0.125 10 A 0.006 0.005 0.001 0.085 0.300 0.438 0.027 0.001 0.001 0.002 0.136 11 K 0.007 0.005 0.001 0.037 0.128 0.199 0.050 0.001 0.001 0.005 0.567 12 G 0.040 0.005 0.002 0.043 0.146 0.167 0.128 0.002 0.001 0.017 0.449 13 E 0.124 0.003 0.008 0.013 0.016 0.027 0.092 0.001 0.001 0.025 0.692 14 N 0.017 0.003 0.002 0.010 0.023 0.029 0.203 0.001 0.001 0.016 0.698 15 G 0.276 0.002 0.008 0.016 0.035 0.054 0.139 0.001 0.001 0.081 0.389 16 Y 0.119 0.008 0.020 0.038 0.086 0.100 0.250 0.001 0.001 0.015 0.362 17 G 0.011 0.002 0.002 0.067 0.238 0.328 0.071 0.001 0.001 0.007 0.272 18 F 0.012 0.002 0.003 0.054 0.327 0.430 0.035 0.001 0.001 0.002 0.136 19 H 0.004 0.002 0.001 0.151 0.289 0.427 0.026 0.001 0.001 0.001 0.099 20 L 0.006 0.001 0.001 0.078 0.315 0.387 0.021 0.001 0.001 0.001 0.190 21 N 0.002 0.002 0.001 0.145 0.289 0.471 0.016 0.001 0.001 0.001 0.073 22 A 0.008 0.002 0.001 0.075 0.219 0.351 0.038 0.001 0.001 0.001 0.305 23 I 0.011 0.005 0.001 0.102 0.215 0.318 0.085 0.001 0.001 0.005 0.258 24 R 0.027 0.005 0.001 0.042 0.087 0.171 0.092 0.001 0.001 0.008 0.565 25 G 0.061 0.006 0.003 0.038 0.053 0.108 0.101 0.004 0.001 0.021 0.605 26 L 0.228 0.004 0.018 0.023 0.029 0.036 0.121 0.001 0.001 0.014 0.525 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 28 G 0.005 0.001 0.001 0.025 0.060 0.121 0.023 0.001 0.001 0.004 0.760 29 S 0.094 0.002 0.002 0.170 0.192 0.190 0.073 0.001 0.001 0.004 0.272 30 F 0.014 0.002 0.001 0.230 0.160 0.257 0.063 0.001 0.001 0.002 0.272 31 I 0.005 0.002 0.001 0.355 0.195 0.328 0.022 0.001 0.001 0.002 0.090 32 K 0.002 0.003 0.001 0.335 0.244 0.300 0.021 0.001 0.001 0.001 0.092 33 E 0.005 0.003 0.001 0.159 0.186 0.289 0.043 0.001 0.001 0.001 0.316 34 V 0.015 0.002 0.001 0.189 0.171 0.314 0.026 0.001 0.001 0.001 0.282 35 Q 0.010 0.008 0.001 0.081 0.183 0.219 0.143 0.001 0.001 0.011 0.341 36 K 0.008 0.003 0.001 0.022 0.010 0.031 0.024 0.001 0.001 0.002 0.899 37 G 0.053 0.010 0.006 0.049 0.029 0.093 0.131 0.003 0.001 0.028 0.599 38 G 0.418 0.004 0.061 0.010 0.011 0.011 0.127 0.001 0.001 0.023 0.335 39 P 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.984 40 A 0.016 0.030 0.004 0.037 0.062 0.160 0.138 0.001 0.001 0.009 0.543 41 D 0.047 0.274 0.001 0.011 0.010 0.027 0.125 0.002 0.001 0.002 0.500 42 L 0.210 0.499 0.001 0.006 0.005 0.012 0.109 0.014 0.001 0.002 0.144 43 A 0.325 0.578 0.001 0.003 0.002 0.003 0.009 0.030 0.001 0.002 0.047 44 G 0.637 0.118 0.006 0.004 0.006 0.008 0.014 0.132 0.001 0.003 0.073 45 L 0.097 0.042 0.765 0.012 0.004 0.008 0.006 0.007 0.001 0.002 0.057 46 E 0.024 0.022 0.015 0.045 0.104 0.057 0.207 0.015 0.001 0.003 0.508 47 D 0.006 0.003 0.003 0.009 0.002 0.007 0.013 0.001 0.001 0.003 0.953 48 E 0.021 0.010 0.001 0.073 0.051 0.033 0.437 0.002 0.001 0.006 0.365 49 D 0.507 0.002 0.011 0.030 0.021 0.012 0.179 0.001 0.001 0.080 0.159 50 V 0.093 0.011 0.009 0.383 0.065 0.083 0.187 0.001 0.001 0.009 0.159 51 I 0.004 0.003 0.002 0.112 0.337 0.453 0.023 0.001 0.001 0.003 0.064 52 I 0.001 0.002 0.001 0.081 0.425 0.456 0.006 0.001 0.001 0.001 0.028 53 E 0.002 0.002 0.001 0.043 0.335 0.485 0.007 0.001 0.001 0.001 0.126 54 V 0.005 0.001 0.001 0.045 0.316 0.555 0.008 0.001 0.001 0.001 0.071 55 N 0.002 0.004 0.001 0.072 0.248 0.371 0.038 0.001 0.001 0.006 0.258 56 G 0.044 0.002 0.005 0.041 0.139 0.214 0.043 0.002 0.001 0.029 0.482 57 V 0.348 0.002 0.073 0.050 0.041 0.062 0.207 0.001 0.001 0.022 0.195 58 N 0.001 0.001 0.001 0.009 0.019 0.022 0.057 0.001 0.001 0.002 0.889 59 V 0.015 0.003 0.004 0.054 0.149 0.368 0.065 0.001 0.001 0.015 0.327 60 L 0.012 0.008 0.001 0.058 0.036 0.071 0.354 0.001 0.001 0.002 0.457 61 D 0.123 0.006 0.002 0.031 0.027 0.040 0.135 0.001 0.001 0.028 0.607 62 E 0.304 0.015 0.015 0.028 0.012 0.012 0.178 0.001 0.001 0.008 0.428 63 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.001 0.001 0.001 0.983 64 Y 0.013 0.009 0.001 0.015 0.009 0.047 0.160 0.001 0.001 0.008 0.737 65 E 0.019 0.080 0.001 0.003 0.006 0.011 0.172 0.001 0.001 0.002 0.707 66 K 0.058 0.149 0.001 0.001 0.002 0.002 0.294 0.001 0.001 0.001 0.491 67 V 0.030 0.848 0.001 0.001 0.001 0.002 0.041 0.001 0.001 0.001 0.076 68 V 0.007 0.966 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.021 69 D 0.003 0.983 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.011 70 R 0.003 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 71 I 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.010 0.973 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.005 73 S 0.032 0.856 0.011 0.001 0.003 0.004 0.004 0.053 0.001 0.001 0.036 74 S 0.257 0.386 0.013 0.003 0.004 0.004 0.006 0.212 0.001 0.003 0.112 75 G 0.278 0.063 0.122 0.007 0.006 0.003 0.041 0.046 0.001 0.010 0.424 76 K 0.117 0.008 0.256 0.013 0.009 0.006 0.202 0.004 0.001 0.015 0.370 77 N 0.089 0.004 0.013 0.068 0.034 0.038 0.144 0.003 0.001 0.017 0.589 78 V 0.019 0.003 0.008 0.141 0.283 0.284 0.067 0.001 0.001 0.008 0.188 79 T 0.003 0.001 0.001 0.236 0.297 0.308 0.051 0.001 0.001 0.002 0.100 80 L 0.003 0.001 0.001 0.146 0.340 0.426 0.012 0.001 0.001 0.001 0.072 81 L 0.001 0.001 0.001 0.263 0.272 0.421 0.009 0.001 0.001 0.001 0.032 82 V 0.002 0.001 0.001 0.193 0.320 0.383 0.012 0.001 0.001 0.001 0.089 83 C 0.002 0.001 0.001 0.213 0.206 0.478 0.012 0.001 0.001 0.001 0.088 84 G 0.002 0.001 0.001 0.061 0.218 0.397 0.053 0.001 0.001 0.003 0.263 85 K 0.011 0.001 0.001 0.033 0.076 0.137 0.076 0.001 0.001 0.006 0.658 86 K 0.019 0.002 0.001 0.013 0.019 0.044 0.162 0.001 0.001 0.006 0.734 87 A 0.041 0.006 0.001 0.011 0.019 0.059 0.162 0.001 0.001 0.009 0.691 88 Q 0.087 0.027 0.002 0.014 0.034 0.071 0.114 0.002 0.001 0.010 0.638 89 D 0.152 0.049 0.009 0.017 0.035 0.040 0.089 0.003 0.001 0.009 0.598 90 T 0.154 0.070 0.009 0.029 0.042 0.064 0.107 0.003 0.001 0.007 0.514 91 V 0.106 0.079 0.014 0.062 0.143 0.185 0.057 0.003 0.001 0.007 0.345