# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-n_notor-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 8 (1 n_notor ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 317.054 # Pos AA G H P A B S M N 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.198 0.018 0.025 0.031 0.041 0.106 0.024 0.557 2 M 0.119 0.026 0.044 0.041 0.083 0.063 0.016 0.606 3 K 0.063 0.007 0.034 0.102 0.079 0.202 0.005 0.508 4 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.993 5 K 0.010 0.003 0.056 0.314 0.465 0.048 0.002 0.104 6 L 0.041 0.016 0.081 0.136 0.292 0.045 0.004 0.386 7 C 0.006 0.011 0.073 0.404 0.441 0.007 0.001 0.057 8 R 0.004 0.006 0.072 0.331 0.508 0.009 0.002 0.068 9 L 0.007 0.008 0.044 0.401 0.419 0.012 0.003 0.106 10 A 0.006 0.007 0.031 0.298 0.530 0.019 0.003 0.106 11 K 0.012 0.010 0.023 0.203 0.314 0.040 0.007 0.390 12 G 0.024 0.010 0.042 0.136 0.259 0.064 0.010 0.456 13 E 0.043 0.008 0.022 0.066 0.095 0.116 0.014 0.637 14 N 0.068 0.005 0.015 0.033 0.048 0.123 0.019 0.690 15 G 0.137 0.005 0.052 0.046 0.080 0.141 0.020 0.519 16 Y 0.084 0.003 0.111 0.158 0.152 0.158 0.009 0.326 17 G 0.012 0.001 0.105 0.125 0.203 0.106 0.002 0.447 18 F 0.004 0.001 0.119 0.310 0.393 0.020 0.001 0.153 19 H 0.002 0.001 0.190 0.238 0.383 0.036 0.001 0.149 20 L 0.004 0.001 0.136 0.257 0.327 0.035 0.001 0.240 21 N 0.002 0.001 0.184 0.208 0.457 0.033 0.001 0.113 22 A 0.013 0.005 0.086 0.160 0.229 0.081 0.006 0.419 23 I 0.032 0.011 0.105 0.137 0.229 0.154 0.009 0.323 24 R 0.034 0.011 0.037 0.075 0.123 0.127 0.010 0.583 25 G 0.059 0.015 0.026 0.038 0.089 0.132 0.021 0.620 26 L 0.142 0.012 0.033 0.068 0.089 0.114 0.011 0.532 27 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 28 G 0.023 0.002 0.018 0.037 0.076 0.116 0.003 0.724 29 S 0.206 0.004 0.081 0.115 0.131 0.044 0.007 0.413 30 F 0.027 0.003 0.199 0.233 0.279 0.044 0.003 0.214 31 I 0.006 0.002 0.229 0.199 0.266 0.030 0.001 0.267 32 K 0.002 0.001 0.318 0.244 0.360 0.015 0.001 0.060 33 E 0.006 0.004 0.145 0.100 0.122 0.057 0.004 0.563 34 V 0.011 0.005 0.351 0.093 0.223 0.058 0.004 0.253 35 Q 0.013 0.011 0.161 0.120 0.145 0.186 0.005 0.359 36 K 0.011 0.005 0.034 0.020 0.053 0.048 0.004 0.825 37 G 0.039 0.008 0.046 0.024 0.088 0.152 0.013 0.629 38 G 0.093 0.011 0.036 0.025 0.043 0.132 0.007 0.654 39 P 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 40 A 0.034 0.021 0.023 0.075 0.161 0.197 0.003 0.485 41 D 0.198 0.137 0.040 0.085 0.085 0.155 0.008 0.291 42 L 0.157 0.446 0.034 0.038 0.116 0.018 0.013 0.178 43 A 0.304 0.274 0.033 0.028 0.044 0.102 0.074 0.141 44 G 0.717 0.008 0.007 0.008 0.007 0.009 0.169 0.075 45 L 0.206 0.033 0.207 0.094 0.067 0.102 0.037 0.253 46 E 0.012 0.006 0.061 0.076 0.057 0.422 0.003 0.363 47 D 0.016 0.004 0.032 0.036 0.160 0.061 0.003 0.688 48 E 0.020 0.004 0.038 0.057 0.099 0.326 0.006 0.450 49 D 0.297 0.006 0.055 0.099 0.092 0.125 0.034 0.291 50 V 0.126 0.047 0.199 0.204 0.179 0.071 0.010 0.164 51 I 0.012 0.013 0.139 0.302 0.382 0.035 0.002 0.115 52 I 0.003 0.003 0.169 0.285 0.483 0.006 0.001 0.050 53 E 0.003 0.002 0.204 0.287 0.400 0.014 0.002 0.087 54 V 0.005 0.004 0.145 0.297 0.385 0.033 0.002 0.129 55 N 0.004 0.005 0.212 0.136 0.313 0.088 0.005 0.238 56 G 0.022 0.003 0.101 0.044 0.150 0.056 0.020 0.604 57 V 0.089 0.005 0.229 0.080 0.085 0.272 0.013 0.227 58 N 0.006 0.002 0.060 0.013 0.016 0.151 0.002 0.751 59 V 0.018 0.003 0.094 0.048 0.241 0.061 0.003 0.533 60 L 0.012 0.004 0.099 0.029 0.060 0.347 0.005 0.444 61 D 0.191 0.004 0.037 0.015 0.021 0.055 0.036 0.641 62 E 0.259 0.015 0.077 0.021 0.021 0.152 0.008 0.447 63 P 0.003 0.002 0.004 0.001 0.002 0.116 0.001 0.871 64 Y 0.023 0.007 0.010 0.003 0.027 0.139 0.002 0.789 65 E 0.009 0.018 0.003 0.001 0.003 0.180 0.001 0.783 66 K 0.067 0.139 0.004 0.002 0.005 0.308 0.004 0.470 67 V 0.036 0.868 0.002 0.001 0.002 0.015 0.001 0.077 68 V 0.002 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 69 D 0.001 0.989 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.007 70 R 0.004 0.988 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 71 I 0.013 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 72 Q 0.030 0.941 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.010 73 S 0.088 0.736 0.017 0.004 0.002 0.005 0.094 0.054 74 S 0.298 0.297 0.040 0.008 0.007 0.015 0.172 0.163 75 G 0.099 0.057 0.086 0.013 0.007 0.077 0.081 0.579 76 K 0.162 0.011 0.232 0.044 0.016 0.190 0.036 0.309 77 N 0.089 0.006 0.130 0.055 0.040 0.119 0.010 0.551 78 V 0.012 0.001 0.149 0.352 0.310 0.033 0.002 0.141 79 T 0.002 0.001 0.229 0.281 0.389 0.025 0.001 0.072 80 L 0.001 0.001 0.186 0.354 0.390 0.009 0.001 0.058 81 L 0.001 0.001 0.268 0.277 0.430 0.005 0.001 0.019 82 V 0.001 0.001 0.198 0.318 0.370 0.012 0.001 0.099 83 C 0.001 0.001 0.161 0.244 0.527 0.010 0.001 0.055 84 G 0.004 0.002 0.050 0.210 0.324 0.059 0.003 0.348 85 K 0.012 0.003 0.032 0.090 0.220 0.078 0.004 0.561 86 K 0.013 0.004 0.013 0.028 0.063 0.109 0.003 0.766 87 A 0.042 0.010 0.010 0.020 0.064 0.177 0.007 0.669 88 Q 0.099 0.023 0.009 0.013 0.035 0.171 0.012 0.638 89 D 0.191 0.049 0.014 0.021 0.030 0.155 0.017 0.524 90 T 0.185 0.077 0.021 0.028 0.039 0.149 0.014 0.487 91 V 0.095 0.121 0.044 0.064 0.110 0.084 0.009 0.474