# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-bys-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 11 (1 Bystroff ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 317.054 # Pos AA H E P G Y N L T D S C 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.169 0.107 0.128 0.383 0.058 0.023 0.097 0.010 0.015 0.009 0.001 2 M 0.066 0.117 0.216 0.135 0.079 0.033 0.229 0.083 0.018 0.022 0.002 3 K 0.008 0.387 0.438 0.003 0.020 0.007 0.004 0.001 0.130 0.002 0.001 4 P 0.036 0.005 0.863 0.006 0.003 0.026 0.001 0.001 0.001 0.001 0.059 5 K 0.042 0.711 0.141 0.022 0.055 0.008 0.002 0.001 0.016 0.001 0.001 6 L 0.042 0.537 0.300 0.012 0.071 0.028 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 7 C 0.025 0.789 0.094 0.008 0.058 0.015 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 8 R 0.028 0.675 0.177 0.007 0.057 0.030 0.002 0.001 0.024 0.001 0.001 9 L 0.053 0.496 0.306 0.016 0.053 0.043 0.002 0.001 0.031 0.001 0.001 10 A 0.077 0.529 0.237 0.024 0.052 0.022 0.004 0.001 0.050 0.001 0.002 11 K 0.102 0.222 0.479 0.074 0.051 0.022 0.021 0.001 0.023 0.003 0.002 12 G 0.025 0.010 0.049 0.021 0.087 0.010 0.051 0.294 0.004 0.449 0.001 13 E 0.351 0.124 0.242 0.172 0.036 0.020 0.013 0.004 0.021 0.013 0.003 14 N 0.084 0.050 0.208 0.354 0.036 0.022 0.174 0.019 0.012 0.040 0.001 15 G 0.019 0.010 0.024 0.023 0.031 0.005 0.071 0.568 0.003 0.245 0.001 16 Y 0.087 0.246 0.355 0.196 0.062 0.012 0.020 0.003 0.013 0.004 0.002 17 G 0.025 0.108 0.178 0.046 0.187 0.030 0.078 0.180 0.017 0.149 0.001 18 F 0.031 0.568 0.249 0.039 0.071 0.020 0.004 0.001 0.014 0.001 0.001 19 H 0.021 0.554 0.238 0.022 0.075 0.057 0.004 0.001 0.026 0.001 0.001 20 L 0.055 0.561 0.241 0.030 0.046 0.043 0.003 0.001 0.018 0.001 0.003 21 N 0.065 0.517 0.187 0.056 0.088 0.038 0.012 0.002 0.035 0.002 0.001 22 A 0.113 0.237 0.264 0.064 0.188 0.044 0.029 0.010 0.031 0.018 0.002 23 I 0.154 0.363 0.243 0.093 0.037 0.043 0.015 0.002 0.047 0.003 0.003 24 R 0.159 0.120 0.404 0.174 0.025 0.025 0.061 0.003 0.017 0.007 0.005 25 G 0.014 0.010 0.037 0.038 0.041 0.013 0.088 0.533 0.003 0.223 0.001 26 L 0.011 0.242 0.526 0.010 0.031 0.011 0.008 0.001 0.151 0.008 0.001 27 P 0.133 0.008 0.759 0.024 0.004 0.009 0.003 0.001 0.003 0.003 0.055 28 G 0.057 0.093 0.146 0.074 0.201 0.028 0.039 0.301 0.010 0.053 0.001 29 S 0.033 0.532 0.309 0.024 0.071 0.019 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 30 F 0.019 0.710 0.183 0.011 0.033 0.033 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 31 I 0.047 0.628 0.198 0.013 0.056 0.039 0.002 0.001 0.015 0.001 0.001 32 K 0.101 0.574 0.124 0.028 0.124 0.020 0.005 0.001 0.021 0.001 0.001 33 E 0.075 0.410 0.240 0.053 0.113 0.053 0.021 0.001 0.030 0.001 0.001 34 V 0.101 0.481 0.277 0.035 0.039 0.030 0.006 0.001 0.027 0.001 0.002 35 Q 0.084 0.222 0.475 0.031 0.030 0.071 0.007 0.001 0.075 0.002 0.002 36 K 0.163 0.124 0.549 0.073 0.018 0.018 0.018 0.001 0.021 0.001 0.012 37 G 0.013 0.003 0.037 0.016 0.035 0.006 0.023 0.499 0.001 0.367 0.001 38 G 0.036 0.072 0.509 0.007 0.098 0.029 0.013 0.007 0.103 0.125 0.001 39 P 0.933 0.001 0.049 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 40 A 0.941 0.002 0.010 0.031 0.006 0.004 0.003 0.002 0.001 0.002 0.001 41 D 0.848 0.012 0.015 0.116 0.003 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 42 L 0.831 0.034 0.029 0.072 0.008 0.003 0.007 0.001 0.014 0.001 0.001 43 A 0.408 0.016 0.077 0.380 0.007 0.005 0.096 0.002 0.005 0.002 0.001 44 G 0.112 0.008 0.034 0.069 0.023 0.006 0.242 0.403 0.003 0.100 0.001 45 L 0.114 0.194 0.546 0.079 0.022 0.021 0.007 0.001 0.013 0.002 0.001 46 E 0.066 0.243 0.500 0.038 0.015 0.066 0.014 0.001 0.054 0.003 0.002 47 D 0.179 0.147 0.409 0.129 0.037 0.031 0.036 0.003 0.015 0.006 0.007 48 E 0.051 0.056 0.082 0.087 0.177 0.019 0.063 0.340 0.010 0.113 0.001 49 D 0.049 0.301 0.272 0.142 0.173 0.023 0.017 0.004 0.017 0.003 0.002 50 V 0.011 0.806 0.085 0.011 0.065 0.010 0.004 0.001 0.007 0.001 0.001 51 I 0.004 0.860 0.090 0.002 0.017 0.023 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 52 I 0.004 0.798 0.099 0.002 0.024 0.066 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 53 E 0.005 0.768 0.136 0.003 0.012 0.068 0.001 0.001 0.008 0.001 0.001 54 V 0.032 0.768 0.084 0.011 0.019 0.046 0.005 0.001 0.034 0.001 0.001 55 N 0.031 0.040 0.125 0.165 0.044 0.026 0.532 0.004 0.018 0.015 0.001 56 G 0.002 0.002 0.003 0.006 0.022 0.001 0.093 0.778 0.001 0.093 0.001 57 V 0.029 0.550 0.355 0.015 0.027 0.007 0.002 0.001 0.011 0.002 0.001 58 N 0.023 0.152 0.667 0.012 0.011 0.113 0.004 0.001 0.012 0.001 0.004 59 V 0.208 0.440 0.158 0.093 0.033 0.027 0.003 0.001 0.030 0.001 0.005 60 L 0.280 0.203 0.196 0.185 0.060 0.021 0.032 0.002 0.018 0.002 0.001 61 D 0.069 0.034 0.074 0.234 0.089 0.055 0.243 0.142 0.019 0.040 0.001 62 E 0.042 0.188 0.644 0.007 0.018 0.008 0.006 0.001 0.082 0.004 0.001 63 P 0.226 0.004 0.700 0.010 0.002 0.036 0.001 0.001 0.002 0.001 0.018 64 Y 0.869 0.018 0.066 0.026 0.005 0.011 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 65 E 0.983 0.002 0.010 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.982 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.992 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.998 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.988 0.001 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.971 0.003 0.004 0.019 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 72 Q 0.909 0.010 0.011 0.061 0.003 0.002 0.002 0.001 0.003 0.001 0.001 73 S 0.653 0.023 0.055 0.210 0.015 0.008 0.019 0.002 0.013 0.002 0.001 74 S 0.191 0.025 0.137 0.482 0.015 0.014 0.106 0.015 0.008 0.007 0.001 75 G 0.020 0.006 0.023 0.023 0.017 0.005 0.129 0.621 0.001 0.155 0.001 76 K 0.107 0.144 0.365 0.211 0.063 0.025 0.055 0.010 0.012 0.009 0.001 77 N 0.024 0.342 0.272 0.082 0.143 0.041 0.047 0.009 0.032 0.007 0.001 78 V 0.009 0.679 0.213 0.010 0.062 0.016 0.002 0.001 0.006 0.001 0.002 79 T 0.002 0.884 0.071 0.002 0.023 0.014 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 80 L 0.001 0.887 0.066 0.001 0.024 0.015 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 81 L 0.002 0.818 0.108 0.001 0.022 0.039 0.001 0.001 0.010 0.001 0.001 82 V 0.007 0.752 0.136 0.003 0.038 0.041 0.001 0.001 0.021 0.001 0.001 83 C 0.029 0.539 0.216 0.036 0.103 0.023 0.017 0.001 0.031 0.002 0.001 84 G 0.017 0.044 0.086 0.019 0.272 0.019 0.095 0.129 0.019 0.300 0.001 85 K 0.229 0.145 0.395 0.105 0.060 0.021 0.010 0.002 0.020 0.008 0.005 86 K 0.166 0.175 0.389 0.113 0.044 0.048 0.020 0.004 0.031 0.009 0.002 87 A 0.259 0.135 0.361 0.106 0.038 0.041 0.017 0.003 0.026 0.006 0.007 88 Q 0.346 0.143 0.254 0.159 0.034 0.022 0.016 0.003 0.016 0.003 0.003 89 D 0.167 0.143 0.263 0.199 0.074 0.055 0.057 0.010 0.025 0.006 0.002 90 T 0.126 0.405 0.230 0.101 0.063 0.027 0.014 0.004 0.027 0.002 0.001 91 V 0.087 0.539 0.247 0.035 0.034 0.033 0.005 0.001 0.018 0.001 0.001