# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t2k-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-CB-burial-14-7-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 7 (1 CB_burial_14_7 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t2k-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 317.054 # Pos AA A B C D E F G 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.658 0.213 0.072 0.037 0.015 0.004 0.001 2 M 0.509 0.218 0.127 0.090 0.044 0.011 0.001 3 K 0.503 0.268 0.141 0.062 0.019 0.006 0.001 4 P 0.462 0.238 0.156 0.098 0.035 0.009 0.001 5 K 0.412 0.325 0.143 0.077 0.034 0.009 0.001 6 L 0.116 0.173 0.213 0.259 0.169 0.066 0.005 7 C 0.064 0.098 0.158 0.227 0.302 0.142 0.008 8 R 0.133 0.294 0.303 0.184 0.069 0.017 0.001 9 L 0.071 0.119 0.226 0.303 0.218 0.061 0.002 10 A 0.255 0.299 0.242 0.142 0.052 0.009 0.001 11 K 0.442 0.291 0.150 0.086 0.026 0.004 0.001 12 G 0.666 0.248 0.056 0.021 0.007 0.001 0.001 13 E 0.516 0.283 0.122 0.060 0.016 0.003 0.001 14 N 0.463 0.318 0.139 0.058 0.017 0.004 0.001 15 G 0.172 0.243 0.235 0.197 0.113 0.037 0.004 16 Y 0.033 0.067 0.130 0.220 0.309 0.212 0.029 17 G 0.030 0.073 0.147 0.239 0.240 0.214 0.056 18 F 0.006 0.011 0.018 0.032 0.135 0.465 0.332 19 H 0.015 0.037 0.071 0.137 0.209 0.295 0.236 20 L 0.009 0.017 0.029 0.063 0.166 0.420 0.297 21 N 0.032 0.100 0.180 0.248 0.209 0.183 0.048 22 A 0.043 0.097 0.159 0.229 0.261 0.187 0.025 23 I 0.083 0.151 0.225 0.251 0.189 0.092 0.008 24 R 0.273 0.288 0.215 0.131 0.068 0.023 0.002 25 G 0.413 0.318 0.137 0.080 0.038 0.013 0.001 26 L 0.171 0.228 0.236 0.196 0.121 0.044 0.005 27 P 0.153 0.262 0.214 0.186 0.124 0.057 0.005 28 G 0.055 0.165 0.235 0.253 0.188 0.096 0.009 29 S 0.012 0.026 0.065 0.137 0.314 0.362 0.085 30 F 0.005 0.027 0.082 0.147 0.245 0.383 0.112 31 I 0.005 0.016 0.033 0.084 0.228 0.490 0.144 32 K 0.017 0.127 0.261 0.304 0.215 0.073 0.004 33 E 0.023 0.159 0.232 0.324 0.197 0.062 0.003 34 V 0.005 0.016 0.062 0.217 0.425 0.264 0.011 35 Q 0.087 0.237 0.269 0.261 0.123 0.022 0.001 36 K 0.461 0.423 0.082 0.025 0.008 0.002 0.001 37 G 0.308 0.347 0.210 0.112 0.019 0.004 0.001 38 G 0.118 0.147 0.221 0.268 0.187 0.056 0.002 39 P 0.190 0.266 0.258 0.174 0.084 0.026 0.002 40 A 0.136 0.120 0.180 0.219 0.220 0.110 0.015 41 D 0.207 0.323 0.212 0.146 0.078 0.031 0.004 42 L 0.147 0.196 0.232 0.227 0.134 0.057 0.007 43 A 0.276 0.271 0.191 0.138 0.084 0.035 0.004 44 G 0.194 0.285 0.233 0.171 0.078 0.034 0.004 45 L 0.091 0.071 0.143 0.284 0.268 0.126 0.018 46 E 0.259 0.336 0.213 0.118 0.055 0.017 0.001 47 D 0.312 0.333 0.171 0.107 0.055 0.019 0.002 48 E 0.199 0.304 0.202 0.166 0.089 0.035 0.004 49 D 0.050 0.112 0.156 0.243 0.274 0.147 0.017 50 V 0.018 0.061 0.142 0.241 0.291 0.210 0.037 51 I 0.017 0.029 0.055 0.107 0.223 0.412 0.157 52 I 0.010 0.028 0.066 0.130 0.265 0.397 0.105 53 E 0.053 0.164 0.245 0.266 0.181 0.079 0.013 54 V 0.019 0.047 0.103 0.211 0.307 0.276 0.037 55 N 0.106 0.209 0.229 0.227 0.172 0.055 0.003 56 G 0.288 0.349 0.183 0.111 0.050 0.017 0.001 57 V 0.235 0.292 0.255 0.148 0.058 0.011 0.001 58 N 0.208 0.367 0.254 0.129 0.034 0.007 0.001 59 V 0.076 0.084 0.204 0.300 0.260 0.073 0.002 60 L 0.299 0.344 0.204 0.107 0.040 0.006 0.001 61 D 0.601 0.322 0.061 0.013 0.003 0.001 0.001 62 E 0.386 0.381 0.150 0.070 0.013 0.001 0.001 63 P 0.330 0.410 0.159 0.070 0.027 0.004 0.001 64 Y 0.023 0.070 0.233 0.389 0.228 0.057 0.001 65 E 0.361 0.451 0.141 0.036 0.010 0.001 0.001 66 K 0.095 0.326 0.345 0.195 0.036 0.003 0.001 67 V 0.003 0.012 0.022 0.058 0.341 0.518 0.046 68 V 0.003 0.038 0.165 0.455 0.256 0.081 0.002 69 D 0.087 0.442 0.281 0.136 0.043 0.011 0.001 70 R 0.005 0.037 0.216 0.478 0.230 0.034 0.001 71 I 0.005 0.013 0.034 0.082 0.384 0.467 0.015 72 Q 0.082 0.323 0.379 0.173 0.040 0.003 0.001 73 S 0.474 0.435 0.066 0.021 0.004 0.001 0.001 74 S 0.327 0.303 0.203 0.128 0.035 0.005 0.001 75 G 0.459 0.286 0.156 0.074 0.022 0.003 0.001 76 K 0.516 0.365 0.091 0.023 0.004 0.001 0.001 77 N 0.165 0.394 0.281 0.121 0.033 0.006 0.001 78 V 0.019 0.052 0.109 0.259 0.393 0.157 0.011 79 T 0.010 0.093 0.228 0.377 0.204 0.084 0.004 80 L 0.007 0.025 0.044 0.109 0.299 0.467 0.050 81 L 0.006 0.047 0.177 0.327 0.288 0.144 0.010 82 V 0.008 0.029 0.063 0.147 0.313 0.396 0.045 83 C 0.020 0.083 0.253 0.313 0.239 0.088 0.005 84 G 0.137 0.255 0.266 0.225 0.097 0.019 0.001 85 K 0.526 0.344 0.089 0.029 0.010 0.001 0.001 86 K 0.677 0.239 0.056 0.023 0.005 0.001 0.001 87 A 0.717 0.202 0.055 0.020 0.005 0.001 0.001 88 Q 0.795 0.170 0.027 0.006 0.001 0.001 0.001 89 D 0.770 0.186 0.032 0.010 0.002 0.001 0.001 90 T 0.628 0.263 0.077 0.025 0.006 0.001 0.001 91 V 0.366 0.167 0.197 0.175 0.076 0.019 0.001