# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str4-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 21 (1 str4 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2612 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M P Q R S T U V W 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.005 0.004 0.054 0.058 0.155 0.004 0.107 0.004 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.014 0.127 0.072 0.179 0.193 0.001 2 M 0.004 0.006 0.056 0.058 0.142 0.003 0.106 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.024 0.033 0.076 0.100 0.123 0.256 0.001 3 K 0.006 0.013 0.191 0.162 0.062 0.002 0.028 0.001 0.001 0.001 0.002 0.002 0.004 0.002 0.062 0.015 0.041 0.033 0.113 0.253 0.004 4 P 0.010 0.025 0.010 0.018 0.712 0.001 0.008 0.001 0.001 0.001 0.005 0.003 0.005 0.002 0.012 0.096 0.010 0.010 0.034 0.037 0.003 5 K 0.051 0.081 0.320 0.198 0.026 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.011 0.007 0.030 0.012 0.221 0.004 0.004 0.002 0.006 0.011 0.011 6 L 0.090 0.144 0.006 0.020 0.364 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.028 0.048 0.021 0.016 0.096 0.001 0.002 0.009 0.002 0.080 7 C 0.179 0.198 0.075 0.041 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.037 0.035 0.162 0.059 0.157 0.007 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 8 R 0.211 0.278 0.024 0.075 0.102 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.034 0.076 0.030 0.015 0.027 0.001 0.001 0.003 0.002 0.049 9 L 0.251 0.252 0.041 0.043 0.151 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.022 0.075 0.026 0.064 0.017 0.002 0.001 0.004 0.002 0.025 10 A 0.235 0.195 0.094 0.179 0.078 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 0.044 0.026 0.062 0.012 0.004 0.003 0.010 0.008 0.013 11 K 0.131 0.075 0.048 0.075 0.482 0.001 0.009 0.001 0.001 0.001 0.004 0.004 0.013 0.008 0.033 0.024 0.031 0.010 0.020 0.026 0.004 12 G 0.035 0.040 0.146 0.154 0.124 0.002 0.052 0.003 0.001 0.002 0.003 0.004 0.007 0.006 0.098 0.016 0.050 0.052 0.073 0.126 0.003 13 E 0.013 0.009 0.064 0.041 0.182 0.003 0.036 0.003 0.004 0.004 0.002 0.001 0.002 0.002 0.031 0.026 0.331 0.040 0.069 0.136 0.001 14 N 0.005 0.008 0.034 0.040 0.062 0.010 0.433 0.003 0.001 0.002 0.001 0.001 0.003 0.004 0.039 0.021 0.135 0.042 0.035 0.121 0.001 15 G 0.010 0.019 0.068 0.049 0.118 0.004 0.212 0.002 0.002 0.003 0.006 0.006 0.006 0.006 0.030 0.040 0.065 0.149 0.087 0.111 0.006 16 Y 0.024 0.047 0.096 0.053 0.214 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.017 0.011 0.025 0.022 0.110 0.095 0.038 0.021 0.055 0.130 0.015 17 G 0.046 0.105 0.091 0.065 0.102 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 0.050 0.025 0.063 0.066 0.197 0.032 0.010 0.014 0.021 0.016 0.084 18 F 0.076 0.111 0.020 0.020 0.116 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.096 0.051 0.102 0.126 0.083 0.106 0.001 0.002 0.011 0.005 0.071 19 H 0.089 0.094 0.077 0.053 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.071 0.045 0.153 0.185 0.143 0.015 0.001 0.001 0.005 0.003 0.042 20 L 0.079 0.082 0.010 0.025 0.126 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.053 0.043 0.097 0.243 0.048 0.147 0.003 0.002 0.005 0.003 0.033 21 N 0.087 0.075 0.065 0.068 0.027 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.029 0.040 0.113 0.260 0.171 0.024 0.004 0.003 0.008 0.005 0.015 22 A 0.060 0.069 0.037 0.088 0.195 0.001 0.012 0.001 0.001 0.001 0.013 0.018 0.044 0.150 0.060 0.142 0.018 0.021 0.030 0.032 0.006 23 I 0.036 0.035 0.109 0.119 0.120 0.004 0.032 0.002 0.002 0.002 0.008 0.010 0.014 0.035 0.166 0.049 0.050 0.043 0.055 0.104 0.005 24 R 0.011 0.009 0.052 0.036 0.110 0.008 0.068 0.004 0.002 0.001 0.003 0.003 0.004 0.012 0.080 0.053 0.279 0.035 0.083 0.145 0.002 25 G 0.006 0.007 0.039 0.027 0.097 0.007 0.296 0.003 0.001 0.002 0.002 0.002 0.003 0.005 0.062 0.025 0.107 0.145 0.052 0.110 0.001 26 L 0.006 0.005 0.111 0.057 0.046 0.002 0.021 0.002 0.002 0.003 0.003 0.003 0.002 0.002 0.026 0.023 0.054 0.042 0.212 0.377 0.002 27 P 0.005 0.007 0.031 0.035 0.173 0.002 0.024 0.002 0.001 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.035 0.028 0.360 0.033 0.039 0.213 0.002 28 G 0.019 0.047 0.042 0.042 0.201 0.007 0.261 0.005 0.001 0.001 0.010 0.009 0.018 0.018 0.057 0.072 0.034 0.067 0.033 0.046 0.011 29 S 0.100 0.167 0.109 0.117 0.099 0.001 0.011 0.003 0.001 0.001 0.027 0.023 0.077 0.055 0.077 0.042 0.009 0.012 0.030 0.022 0.018 30 F 0.139 0.125 0.064 0.049 0.198 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.045 0.041 0.089 0.077 0.045 0.046 0.007 0.005 0.021 0.007 0.036 31 I 0.178 0.133 0.067 0.066 0.083 0.001 0.003 0.004 0.001 0.001 0.034 0.047 0.085 0.081 0.139 0.023 0.010 0.003 0.009 0.004 0.031 32 K 0.155 0.162 0.038 0.067 0.138 0.001 0.009 0.004 0.001 0.001 0.019 0.029 0.110 0.109 0.094 0.026 0.007 0.004 0.005 0.008 0.015 33 E 0.098 0.120 0.102 0.183 0.086 0.001 0.008 0.005 0.001 0.001 0.032 0.030 0.052 0.070 0.096 0.030 0.014 0.012 0.021 0.019 0.021 34 V 0.066 0.100 0.029 0.046 0.437 0.001 0.016 0.004 0.001 0.001 0.006 0.007 0.022 0.016 0.055 0.073 0.039 0.031 0.020 0.027 0.003 35 Q 0.027 0.019 0.155 0.175 0.034 0.002 0.018 0.004 0.004 0.003 0.004 0.006 0.005 0.008 0.163 0.016 0.031 0.016 0.100 0.207 0.002 36 K 0.002 0.001 0.004 0.008 0.144 0.002 0.022 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.021 0.653 0.013 0.025 0.087 0.001 37 G 0.001 0.001 0.012 0.009 0.017 0.008 0.635 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.008 0.057 0.122 0.025 0.064 0.001 38 G 0.003 0.004 0.067 0.026 0.032 0.002 0.014 0.024 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.018 0.019 0.080 0.087 0.215 0.403 0.001 39 P 0.003 0.006 0.031 0.017 0.216 0.003 0.018 0.104 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.015 0.019 0.349 0.055 0.071 0.085 0.002 40 A 0.005 0.008 0.053 0.020 0.034 0.016 0.140 0.453 0.004 0.001 0.002 0.001 0.003 0.002 0.041 0.012 0.133 0.024 0.026 0.021 0.001 41 D 0.007 0.007 0.039 0.030 0.049 0.020 0.117 0.531 0.006 0.001 0.001 0.001 0.003 0.004 0.015 0.009 0.076 0.018 0.041 0.023 0.001 42 L 0.009 0.005 0.015 0.036 0.022 0.009 0.143 0.030 0.164 0.154 0.001 0.003 0.008 0.011 0.018 0.015 0.261 0.043 0.032 0.021 0.001 43 A 0.001 0.001 0.005 0.011 0.012 0.022 0.697 0.009 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.008 0.094 0.006 0.021 0.098 0.001 44 G 0.001 0.001 0.004 0.002 0.020 0.003 0.201 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.003 0.019 0.699 0.032 0.008 0.001 45 L 0.001 0.001 0.042 0.027 0.012 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.017 0.019 0.011 0.020 0.339 0.506 0.001 46 E 0.001 0.001 0.013 0.006 0.044 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.004 0.008 0.007 0.126 0.783 0.001 47 D 0.001 0.001 0.032 0.005 0.015 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.012 0.036 0.647 0.049 0.027 0.165 0.001 48 E 0.001 0.003 0.018 0.012 0.036 0.012 0.695 0.015 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.036 0.011 0.063 0.015 0.016 0.061 0.001 49 D 0.019 0.039 0.089 0.049 0.152 0.005 0.280 0.050 0.001 0.001 0.008 0.007 0.013 0.010 0.022 0.089 0.018 0.055 0.065 0.025 0.004 50 V 0.114 0.102 0.200 0.121 0.112 0.002 0.006 0.053 0.001 0.001 0.007 0.009 0.060 0.022 0.060 0.044 0.021 0.017 0.025 0.012 0.012 51 I 0.219 0.183 0.023 0.025 0.368 0.001 0.006 0.021 0.001 0.001 0.010 0.023 0.032 0.015 0.013 0.020 0.007 0.003 0.009 0.002 0.018 52 I 0.236 0.185 0.172 0.111 0.020 0.001 0.006 0.024 0.001 0.001 0.012 0.016 0.068 0.059 0.064 0.003 0.004 0.002 0.003 0.002 0.012 53 E 0.196 0.316 0.022 0.075 0.163 0.001 0.006 0.017 0.002 0.001 0.023 0.019 0.055 0.047 0.012 0.008 0.006 0.003 0.004 0.002 0.023 54 V 0.219 0.182 0.111 0.094 0.049 0.001 0.009 0.007 0.018 0.009 0.017 0.029 0.053 0.034 0.100 0.009 0.019 0.003 0.008 0.008 0.022 55 N 0.097 0.064 0.024 0.046 0.437 0.001 0.039 0.003 0.002 0.001 0.005 0.004 0.012 0.007 0.056 0.023 0.079 0.003 0.012 0.079 0.005 56 G 0.034 0.039 0.057 0.029 0.284 0.002 0.159 0.004 0.001 0.001 0.007 0.005 0.011 0.008 0.039 0.024 0.016 0.225 0.018 0.027 0.011 57 V 0.033 0.046 0.263 0.131 0.058 0.002 0.008 0.004 0.001 0.001 0.013 0.010 0.029 0.028 0.085 0.062 0.026 0.027 0.065 0.093 0.016 58 N 0.022 0.031 0.039 0.039 0.526 0.001 0.007 0.003 0.001 0.001 0.007 0.008 0.023 0.022 0.049 0.057 0.027 0.016 0.066 0.044 0.008 59 V 0.017 0.017 0.140 0.093 0.091 0.002 0.024 0.004 0.002 0.001 0.014 0.010 0.013 0.019 0.246 0.056 0.065 0.029 0.082 0.068 0.006 60 L 0.012 0.008 0.043 0.066 0.139 0.009 0.071 0.008 0.001 0.001 0.005 0.004 0.011 0.013 0.115 0.053 0.205 0.033 0.060 0.143 0.002 61 D 0.003 0.004 0.013 0.018 0.084 0.004 0.174 0.011 0.001 0.001 0.003 0.004 0.004 0.008 0.067 0.114 0.058 0.139 0.148 0.141 0.001 62 E 0.003 0.002 0.070 0.049 0.009 0.001 0.013 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.063 0.009 0.158 0.061 0.094 0.457 0.001 63 P 0.001 0.001 0.003 0.004 0.074 0.001 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.014 0.013 0.165 0.677 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.011 0.001 0.001 0.001 0.001 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.921 0.021 0.008 0.005 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.021 0.921 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.052 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.009 0.985 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.976 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.967 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.029 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.005 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.008 0.957 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.003 0.001 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.002 0.002 0.001 0.017 0.074 0.752 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.125 0.002 0.002 0.002 0.001 73 S 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.006 0.313 0.027 0.347 0.133 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.144 0.015 0.004 0.002 0.001 74 S 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.616 0.003 0.008 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.006 0.107 0.018 0.105 0.119 0.001 75 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.007 0.001 0.066 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.016 0.806 0.059 0.032 0.001 76 K 0.002 0.003 0.107 0.029 0.042 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.026 0.146 0.059 0.092 0.122 0.338 0.002 77 N 0.012 0.053 0.074 0.051 0.356 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.008 0.006 0.022 0.016 0.149 0.057 0.024 0.027 0.050 0.056 0.020 78 V 0.050 0.160 0.073 0.053 0.104 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.071 0.037 0.060 0.081 0.160 0.083 0.002 0.003 0.009 0.007 0.044 79 T 0.129 0.223 0.034 0.044 0.043 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.084 0.043 0.165 0.086 0.076 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.055 80 L 0.191 0.167 0.014 0.009 0.055 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.153 0.080 0.124 0.073 0.045 0.024 0.001 0.001 0.001 0.001 0.064 81 L 0.271 0.236 0.047 0.043 0.013 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.054 0.033 0.127 0.037 0.086 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.048 82 V 0.248 0.309 0.011 0.035 0.094 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.050 0.034 0.101 0.032 0.014 0.028 0.001 0.001 0.002 0.001 0.039 83 C 0.195 0.261 0.100 0.151 0.031 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.022 0.029 0.078 0.025 0.066 0.010 0.002 0.002 0.007 0.009 0.011 84 G 0.058 0.080 0.039 0.065 0.405 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.004 0.005 0.009 0.008 0.044 0.090 0.021 0.016 0.037 0.104 0.004 85 K 0.016 0.011 0.110 0.068 0.086 0.002 0.035 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.004 0.003 0.207 0.017 0.176 0.042 0.065 0.149 0.001 86 K 0.003 0.003 0.040 0.031 0.057 0.010 0.149 0.009 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.030 0.023 0.105 0.090 0.134 0.311 0.001 87 A 0.002 0.002 0.034 0.025 0.048 0.011 0.084 0.010 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.021 0.020 0.198 0.120 0.162 0.258 0.001 88 Q 0.002 0.002 0.034 0.035 0.043 0.014 0.119 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.023 0.015 0.230 0.065 0.147 0.249 0.001 89 D 0.002 0.004 0.027 0.035 0.095 0.008 0.172 0.016 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.021 0.021 0.133 0.121 0.133 0.205 0.001 90 T 0.003 0.004 0.059 0.056 0.058 0.002 0.028 0.015 0.001 0.001 0.002 0.001 0.002 0.001 0.021 0.021 0.052 0.043 0.275 0.353 0.001 91 V 0.003 0.005 0.039 0.035 0.136 0.003 0.027 0.034 0.002 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.043 0.029 0.315 0.070 0.080 0.174 0.001