# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-str2-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 13 (1 str2 ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2612 # Pos AA A B C E G H M P Q S T Y Z 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.001 0.015 0.736 0.004 0.005 0.002 0.001 0.001 0.015 0.118 0.039 0.035 0.029 2 M 0.001 0.013 0.819 0.007 0.003 0.001 0.001 0.001 0.016 0.074 0.018 0.009 0.037 3 K 0.001 0.011 0.673 0.008 0.002 0.001 0.001 0.001 0.044 0.106 0.008 0.130 0.016 4 P 0.006 0.011 0.371 0.014 0.005 0.001 0.006 0.003 0.110 0.024 0.012 0.005 0.432 5 K 0.012 0.004 0.061 0.068 0.002 0.001 0.004 0.004 0.088 0.022 0.001 0.726 0.008 6 L 0.042 0.002 0.017 0.004 0.001 0.001 0.029 0.015 0.167 0.002 0.001 0.011 0.709 7 C 0.210 0.002 0.019 0.037 0.001 0.001 0.085 0.061 0.154 0.001 0.001 0.345 0.084 8 R 0.321 0.002 0.012 0.012 0.001 0.001 0.112 0.036 0.122 0.001 0.001 0.163 0.218 9 L 0.284 0.006 0.047 0.010 0.003 0.001 0.039 0.019 0.065 0.003 0.002 0.158 0.363 10 A 0.088 0.007 0.166 0.049 0.003 0.002 0.018 0.007 0.085 0.030 0.016 0.391 0.138 11 K 0.026 0.018 0.279 0.008 0.010 0.002 0.004 0.002 0.018 0.166 0.108 0.068 0.291 12 G 0.006 0.015 0.350 0.009 0.012 0.001 0.001 0.001 0.004 0.250 0.205 0.076 0.071 13 E 0.004 0.012 0.228 0.007 0.026 0.002 0.001 0.001 0.001 0.236 0.399 0.027 0.056 14 N 0.003 0.015 0.141 0.009 0.023 0.002 0.001 0.001 0.001 0.330 0.420 0.028 0.029 15 G 0.010 0.019 0.282 0.026 0.027 0.003 0.001 0.001 0.002 0.292 0.242 0.033 0.062 16 Y 0.051 0.023 0.261 0.078 0.019 0.006 0.007 0.001 0.007 0.231 0.126 0.105 0.085 17 G 0.172 0.019 0.155 0.045 0.006 0.004 0.033 0.005 0.019 0.072 0.044 0.172 0.253 18 F 0.370 0.006 0.064 0.017 0.001 0.001 0.067 0.023 0.024 0.008 0.002 0.169 0.248 19 H 0.456 0.003 0.011 0.014 0.001 0.001 0.093 0.026 0.031 0.002 0.001 0.298 0.065 20 L 0.417 0.004 0.010 0.007 0.001 0.001 0.116 0.029 0.056 0.001 0.001 0.051 0.305 21 N 0.222 0.006 0.067 0.213 0.006 0.003 0.066 0.025 0.048 0.023 0.019 0.210 0.091 22 A 0.091 0.012 0.213 0.013 0.012 0.004 0.013 0.007 0.047 0.096 0.050 0.160 0.281 23 I 0.031 0.017 0.344 0.012 0.049 0.009 0.006 0.004 0.020 0.134 0.117 0.047 0.211 24 R 0.011 0.017 0.212 0.009 0.089 0.010 0.002 0.002 0.011 0.159 0.309 0.120 0.049 25 G 0.003 0.023 0.176 0.006 0.031 0.004 0.001 0.001 0.003 0.336 0.357 0.014 0.045 26 L 0.003 0.013 0.450 0.017 0.016 0.002 0.001 0.001 0.002 0.350 0.100 0.027 0.019 27 P 0.006 0.011 0.321 0.042 0.019 0.007 0.002 0.001 0.004 0.262 0.267 0.019 0.040 28 G 0.048 0.022 0.289 0.046 0.014 0.005 0.011 0.003 0.015 0.190 0.145 0.096 0.117 29 S 0.212 0.011 0.138 0.045 0.004 0.003 0.057 0.033 0.060 0.028 0.005 0.183 0.222 30 F 0.268 0.006 0.015 0.022 0.001 0.002 0.195 0.082 0.133 0.004 0.002 0.138 0.132 31 I 0.352 0.004 0.016 0.039 0.003 0.003 0.156 0.099 0.107 0.002 0.002 0.063 0.154 32 K 0.266 0.002 0.028 0.125 0.006 0.003 0.077 0.036 0.096 0.008 0.005 0.247 0.099 33 E 0.159 0.009 0.050 0.010 0.005 0.004 0.048 0.021 0.156 0.020 0.014 0.216 0.288 34 V 0.070 0.054 0.240 0.011 0.010 0.006 0.032 0.022 0.113 0.054 0.022 0.065 0.300 35 Q 0.007 0.010 0.621 0.009 0.007 0.006 0.002 0.002 0.048 0.095 0.014 0.133 0.047 36 K 0.001 0.005 0.103 0.003 0.046 0.050 0.001 0.001 0.003 0.148 0.603 0.004 0.033 37 G 0.001 0.009 0.087 0.004 0.045 0.031 0.001 0.001 0.001 0.193 0.617 0.008 0.004 38 G 0.002 0.014 0.568 0.002 0.026 0.081 0.001 0.001 0.001 0.254 0.031 0.008 0.014 39 P 0.003 0.013 0.294 0.001 0.046 0.500 0.001 0.001 0.002 0.067 0.052 0.004 0.018 40 A 0.001 0.004 0.022 0.002 0.101 0.790 0.001 0.001 0.001 0.010 0.065 0.002 0.003 41 D 0.001 0.003 0.033 0.002 0.239 0.638 0.001 0.001 0.001 0.007 0.073 0.002 0.003 42 L 0.003 0.002 0.033 0.002 0.378 0.477 0.001 0.001 0.001 0.012 0.084 0.003 0.005 43 A 0.002 0.002 0.054 0.001 0.073 0.290 0.001 0.001 0.001 0.038 0.532 0.004 0.004 44 G 0.001 0.015 0.133 0.001 0.023 0.070 0.001 0.001 0.001 0.052 0.698 0.001 0.005 45 L 0.001 0.028 0.852 0.001 0.004 0.011 0.001 0.001 0.005 0.074 0.005 0.012 0.008 46 E 0.001 0.003 0.937 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.038 0.003 0.002 0.013 47 D 0.001 0.003 0.164 0.005 0.090 0.026 0.001 0.001 0.003 0.107 0.598 0.001 0.002 48 E 0.001 0.001 0.101 0.006 0.050 0.015 0.001 0.001 0.005 0.242 0.574 0.004 0.001 49 D 0.004 0.007 0.666 0.006 0.065 0.022 0.001 0.002 0.039 0.100 0.016 0.011 0.062 50 V 0.080 0.011 0.147 0.012 0.010 0.039 0.034 0.033 0.313 0.032 0.006 0.153 0.130 51 I 0.458 0.004 0.021 0.028 0.004 0.018 0.131 0.066 0.044 0.004 0.003 0.051 0.169 52 I 0.632 0.003 0.008 0.033 0.004 0.015 0.109 0.031 0.025 0.001 0.003 0.070 0.066 53 E 0.627 0.004 0.017 0.016 0.006 0.021 0.082 0.023 0.034 0.002 0.006 0.073 0.089 54 V 0.277 0.003 0.094 0.031 0.018 0.028 0.034 0.019 0.053 0.014 0.021 0.089 0.318 55 N 0.026 0.002 0.094 0.075 0.008 0.010 0.007 0.001 0.026 0.152 0.392 0.169 0.038 56 G 0.005 0.005 0.149 0.005 0.004 0.002 0.001 0.001 0.005 0.212 0.571 0.009 0.032 57 V 0.007 0.027 0.608 0.004 0.005 0.003 0.001 0.001 0.022 0.116 0.008 0.177 0.022 58 N 0.008 0.045 0.437 0.002 0.007 0.007 0.004 0.003 0.049 0.081 0.019 0.018 0.320 59 V 0.012 0.047 0.461 0.032 0.082 0.033 0.008 0.008 0.031 0.106 0.055 0.068 0.058 60 L 0.004 0.016 0.223 0.027 0.064 0.029 0.004 0.002 0.020 0.172 0.383 0.026 0.029 61 D 0.001 0.027 0.327 0.002 0.029 0.015 0.001 0.001 0.009 0.269 0.276 0.016 0.026 62 E 0.001 0.038 0.694 0.001 0.005 0.022 0.001 0.001 0.008 0.183 0.016 0.020 0.013 63 P 0.001 0.019 0.808 0.001 0.006 0.047 0.001 0.001 0.002 0.089 0.011 0.002 0.017 64 Y 0.001 0.001 0.008 0.001 0.013 0.972 0.001 0.001 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.992 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.996 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.999 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.995 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 71 I 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.986 0.001 0.001 0.001 0.001 0.012 0.001 0.001 72 Q 0.001 0.001 0.005 0.001 0.005 0.936 0.001 0.001 0.001 0.002 0.052 0.001 0.001 73 S 0.001 0.001 0.021 0.001 0.009 0.666 0.001 0.001 0.001 0.018 0.284 0.001 0.001 74 S 0.001 0.001 0.058 0.001 0.009 0.088 0.001 0.001 0.001 0.069 0.774 0.001 0.001 75 G 0.001 0.001 0.071 0.001 0.003 0.003 0.001 0.001 0.001 0.155 0.763 0.001 0.001 76 K 0.002 0.003 0.366 0.014 0.004 0.001 0.001 0.001 0.008 0.460 0.109 0.025 0.008 77 N 0.040 0.006 0.344 0.013 0.002 0.001 0.015 0.009 0.136 0.083 0.029 0.024 0.298 78 V 0.258 0.002 0.037 0.034 0.001 0.001 0.160 0.071 0.207 0.014 0.001 0.143 0.071 79 T 0.397 0.001 0.006 0.027 0.001 0.001 0.243 0.118 0.078 0.001 0.001 0.059 0.071 80 L 0.465 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.258 0.134 0.051 0.001 0.001 0.041 0.046 81 L 0.446 0.001 0.002 0.017 0.001 0.001 0.276 0.118 0.068 0.001 0.001 0.046 0.026 82 V 0.451 0.001 0.014 0.005 0.001 0.001 0.139 0.038 0.131 0.001 0.001 0.073 0.145 83 C 0.221 0.004 0.122 0.055 0.002 0.001 0.050 0.011 0.144 0.023 0.013 0.209 0.145 84 G 0.041 0.010 0.377 0.014 0.006 0.002 0.007 0.002 0.037 0.175 0.051 0.094 0.186 85 K 0.009 0.015 0.454 0.011 0.019 0.005 0.002 0.001 0.010 0.242 0.108 0.050 0.074 86 K 0.013 0.029 0.463 0.009 0.088 0.016 0.002 0.001 0.005 0.127 0.130 0.043 0.076 87 A 0.006 0.031 0.472 0.006 0.098 0.027 0.001 0.001 0.005 0.149 0.142 0.022 0.040 88 Q 0.004 0.031 0.532 0.006 0.067 0.032 0.001 0.001 0.006 0.132 0.138 0.024 0.027 89 D 0.003 0.034 0.570 0.005 0.032 0.023 0.001 0.001 0.006 0.170 0.111 0.015 0.030 90 T 0.002 0.024 0.679 0.004 0.013 0.012 0.001 0.001 0.007 0.170 0.043 0.021 0.023 91 V 0.002 0.025 0.686 0.003 0.018 0.027 0.001 0.001 0.013 0.124 0.043 0.020 0.037