# TARGET T0387 # Using neural net dunbrack-40pc-3157-t06-IDGaaH13-3-13-7-13-9-13-11-pb-seeded.net # This is a 4-layer network, with # window units # 3 13 # 7 13 # 9 13 # 11 16 (1 pb ) # The input amino acid frequencies were determined from # alignment T0387.t06-thin90.a2m.gz # with weighted counts, using HenikoffWeight(1.3 bits/column, 1) # The weighting was determined by the posterior distribution # after regularizing with /projects/compbio/lib/recode3.20comp. # Counts were regularized to probabilities using # /projects/compbio/lib/recode3.20comp # Total sequence weight for alignment was 2612 # Pos AA A B C D E F G H I J K L M N O P 10N 1S 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 5N 1 S 0.108 0.093 0.184 0.217 0.019 0.115 0.026 0.033 0.030 0.017 0.032 0.029 0.040 0.005 0.015 0.035 2 M 0.074 0.163 0.205 0.400 0.003 0.028 0.006 0.014 0.020 0.006 0.021 0.014 0.013 0.001 0.005 0.028 3 K 0.043 0.074 0.218 0.600 0.002 0.027 0.002 0.001 0.010 0.002 0.002 0.006 0.003 0.001 0.001 0.008 4 P 0.036 0.019 0.223 0.654 0.001 0.054 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.002 0.001 0.001 0.002 5 K 0.003 0.137 0.103 0.751 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 6 L 0.001 0.001 0.016 0.982 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 7 C 0.001 0.002 0.116 0.879 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 8 R 0.001 0.001 0.001 0.997 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 9 L 0.001 0.002 0.002 0.923 0.031 0.040 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 10 A 0.001 0.019 0.001 0.482 0.399 0.088 0.001 0.004 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 11 K 0.001 0.186 0.002 0.395 0.059 0.089 0.001 0.231 0.006 0.003 0.019 0.005 0.001 0.001 0.002 0.001 12 G 0.003 0.057 0.012 0.078 0.162 0.202 0.009 0.054 0.117 0.190 0.078 0.024 0.005 0.002 0.002 0.005 13 E 0.054 0.114 0.028 0.052 0.148 0.037 0.049 0.096 0.020 0.011 0.285 0.052 0.009 0.028 0.014 0.005 14 N 0.019 0.091 0.083 0.080 0.010 0.029 0.006 0.251 0.051 0.022 0.027 0.098 0.012 0.003 0.200 0.018 15 G 0.099 0.047 0.107 0.074 0.028 0.019 0.038 0.006 0.214 0.055 0.012 0.012 0.012 0.023 0.005 0.247 16 Y 0.466 0.048 0.185 0.188 0.001 0.015 0.005 0.039 0.006 0.003 0.008 0.010 0.007 0.001 0.015 0.005 17 G 0.017 0.032 0.424 0.448 0.001 0.012 0.001 0.002 0.029 0.006 0.003 0.003 0.003 0.001 0.001 0.019 18 F 0.053 0.006 0.063 0.871 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 19 H 0.001 0.002 0.111 0.867 0.003 0.014 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 20 L 0.001 0.007 0.009 0.706 0.114 0.153 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 21 N 0.001 0.147 0.005 0.698 0.045 0.033 0.001 0.047 0.002 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 22 A 0.004 0.078 0.021 0.549 0.037 0.155 0.002 0.030 0.049 0.030 0.013 0.014 0.009 0.001 0.002 0.005 23 I 0.018 0.028 0.037 0.057 0.501 0.080 0.116 0.009 0.007 0.016 0.079 0.013 0.008 0.028 0.001 0.003 24 R 0.008 0.093 0.022 0.059 0.011 0.041 0.004 0.591 0.005 0.002 0.042 0.031 0.006 0.002 0.083 0.002 25 G 0.006 0.073 0.048 0.102 0.010 0.009 0.004 0.009 0.409 0.136 0.015 0.022 0.009 0.002 0.004 0.141 26 L 0.389 0.011 0.036 0.039 0.125 0.081 0.225 0.003 0.004 0.008 0.011 0.023 0.015 0.023 0.003 0.004 27 P 0.013 0.194 0.173 0.055 0.001 0.023 0.004 0.373 0.004 0.003 0.047 0.014 0.012 0.001 0.079 0.006 28 G 0.019 0.035 0.040 0.302 0.001 0.009 0.001 0.001 0.454 0.030 0.006 0.023 0.005 0.001 0.001 0.075 29 S 0.358 0.015 0.279 0.338 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.002 30 F 0.002 0.003 0.245 0.528 0.002 0.213 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 31 I 0.001 0.012 0.005 0.195 0.009 0.689 0.001 0.001 0.001 0.001 0.075 0.001 0.010 0.001 0.001 0.001 32 K 0.001 0.657 0.002 0.230 0.001 0.010 0.001 0.004 0.002 0.001 0.019 0.067 0.007 0.001 0.001 0.001 33 E 0.003 0.011 0.038 0.775 0.007 0.017 0.003 0.003 0.011 0.001 0.018 0.015 0.082 0.002 0.002 0.012 34 V 0.008 0.010 0.713 0.148 0.013 0.010 0.009 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.069 0.001 0.002 0.008 35 Q 0.001 0.001 0.004 0.021 0.773 0.020 0.070 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.006 0.097 0.001 0.001 36 K 0.001 0.011 0.002 0.016 0.020 0.014 0.002 0.796 0.001 0.001 0.015 0.001 0.006 0.003 0.111 0.001 37 G 0.001 0.037 0.003 0.020 0.001 0.003 0.001 0.023 0.442 0.369 0.009 0.009 0.007 0.001 0.004 0.071 38 G 0.696 0.004 0.006 0.010 0.002 0.096 0.004 0.003 0.008 0.023 0.014 0.085 0.045 0.001 0.001 0.003 39 P 0.012 0.016 0.060 0.010 0.001 0.082 0.002 0.011 0.001 0.001 0.592 0.068 0.139 0.002 0.002 0.002 40 A 0.001 0.015 0.008 0.040 0.002 0.013 0.002 0.002 0.002 0.001 0.034 0.714 0.158 0.002 0.003 0.002 41 D 0.002 0.003 0.008 0.016 0.004 0.019 0.004 0.003 0.001 0.001 0.014 0.043 0.863 0.006 0.006 0.007 42 L 0.001 0.001 0.003 0.001 0.008 0.001 0.075 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.031 0.869 0.001 0.004 43 A 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.004 0.023 0.001 0.001 0.001 0.002 0.012 0.001 0.948 0.001 44 G 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.015 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.970 45 L 0.949 0.004 0.031 0.007 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.002 46 E 0.003 0.002 0.062 0.002 0.225 0.561 0.106 0.001 0.001 0.001 0.003 0.002 0.006 0.025 0.001 0.001 47 D 0.001 0.018 0.001 0.001 0.001 0.009 0.001 0.435 0.001 0.001 0.511 0.001 0.003 0.001 0.020 0.001 48 E 0.001 0.039 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.749 0.013 0.004 0.158 0.002 0.001 0.001 0.027 49 D 0.781 0.008 0.141 0.012 0.001 0.002 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.014 0.022 0.001 0.006 0.008 50 V 0.009 0.018 0.906 0.010 0.001 0.023 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.012 0.001 0.001 0.016 51 I 0.014 0.011 0.170 0.344 0.006 0.117 0.002 0.004 0.001 0.001 0.283 0.003 0.041 0.003 0.001 0.001 52 I 0.001 0.181 0.168 0.544 0.008 0.005 0.003 0.004 0.001 0.001 0.004 0.029 0.047 0.001 0.002 0.003 53 E 0.003 0.005 0.027 0.706 0.102 0.028 0.013 0.002 0.004 0.003 0.002 0.003 0.071 0.014 0.001 0.016 54 V 0.001 0.002 0.024 0.016 0.645 0.022 0.210 0.004 0.001 0.001 0.003 0.001 0.004 0.066 0.001 0.001 55 N 0.001 0.036 0.003 0.028 0.001 0.011 0.001 0.833 0.003 0.004 0.006 0.002 0.002 0.001 0.070 0.001 56 G 0.005 0.014 0.003 0.021 0.001 0.001 0.001 0.001 0.772 0.046 0.002 0.002 0.001 0.001 0.001 0.132 57 V 0.851 0.012 0.073 0.053 0.001 0.002 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 58 N 0.002 0.007 0.181 0.019 0.005 0.768 0.002 0.001 0.001 0.003 0.002 0.005 0.005 0.001 0.001 0.001 59 V 0.002 0.031 0.002 0.025 0.107 0.053 0.013 0.002 0.001 0.001 0.738 0.006 0.004 0.016 0.001 0.001 60 L 0.001 0.165 0.009 0.036 0.001 0.007 0.002 0.150 0.006 0.001 0.009 0.536 0.005 0.001 0.072 0.001 61 D 0.004 0.015 0.050 0.023 0.001 0.009 0.007 0.001 0.168 0.037 0.004 0.006 0.039 0.001 0.006 0.629 62 E 0.470 0.024 0.381 0.066 0.001 0.002 0.003 0.002 0.001 0.002 0.009 0.009 0.018 0.001 0.002 0.011 63 P 0.001 0.001 0.002 0.001 0.001 0.981 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.007 0.001 0.001 0.001 64 Y 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.983 0.002 0.009 0.001 0.001 0.001 65 E 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.003 0.988 0.008 0.001 0.001 0.001 66 K 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.007 0.990 0.001 0.001 0.001 67 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.002 0.003 0.994 0.001 0.001 0.001 68 V 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 69 D 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.998 0.001 0.001 0.001 70 R 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.985 0.004 0.001 0.009 71 I 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.006 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.964 0.011 0.007 0.005 72 Q 0.001 0.001 0.007 0.001 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.939 0.013 0.009 0.020 73 S 0.002 0.001 0.004 0.001 0.004 0.001 0.056 0.001 0.001 0.001 0.002 0.001 0.094 0.785 0.006 0.043 74 S 0.003 0.004 0.029 0.001 0.001 0.002 0.012 0.024 0.001 0.001 0.004 0.002 0.079 0.003 0.829 0.007 75 G 0.011 0.019 0.031 0.006 0.001 0.007 0.010 0.002 0.059 0.019 0.007 0.003 0.047 0.011 0.005 0.764 76 K 0.845 0.041 0.028 0.043 0.001 0.004 0.003 0.001 0.003 0.001 0.003 0.008 0.011 0.001 0.004 0.006 77 N 0.020 0.056 0.756 0.138 0.001 0.003 0.001 0.001 0.004 0.001 0.001 0.001 0.003 0.001 0.001 0.018 78 V 0.015 0.005 0.200 0.775 0.001 0.003 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 79 T 0.001 0.002 0.113 0.884 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 80 L 0.001 0.001 0.004 0.994 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 81 L 0.001 0.001 0.004 0.990 0.004 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 82 V 0.001 0.002 0.001 0.485 0.377 0.133 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 83 C 0.001 0.246 0.002 0.569 0.010 0.025 0.001 0.140 0.001 0.001 0.005 0.001 0.001 0.001 0.001 0.001 84 G 0.001 0.044 0.004 0.336 0.016 0.333 0.001 0.010 0.097 0.135 0.014 0.007 0.001 0.001 0.001 0.002 85 K 0.083 0.235 0.073 0.204 0.013 0.078 0.004 0.027 0.006 0.005 0.240 0.024 0.005 0.001 0.002 0.002 86 K 0.009 0.138 0.086 0.226 0.011 0.231 0.004 0.014 0.014 0.008 0.041 0.201 0.010 0.002 0.002 0.004 87 A 0.019 0.117 0.131 0.248 0.031 0.134 0.027 0.014 0.009 0.005 0.119 0.071 0.053 0.006 0.007 0.009 88 Q 0.016 0.152 0.090 0.230 0.013 0.112 0.019 0.029 0.017 0.006 0.089 0.101 0.082 0.005 0.013 0.025 89 D 0.034 0.127 0.183 0.332 0.005 0.022 0.011 0.016 0.033 0.012 0.035 0.060 0.064 0.005 0.010 0.050 90 T 0.037 0.022 0.100 0.092 0.040 0.392 0.068 0.004 0.007 0.011 0.022 0.061 0.121 0.008 0.005 0.012 91 V 0.013 0.114 0.113 0.078 0.023 0.051 0.022 0.044 0.002 0.002 0.375 0.027 0.097 0.013 0.014 0.013